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苏姜猪mtDNA D-loop序列的遗传多样性分析
被引量：
2
1
作者
韩大勇
周春宝
+2 位作者
倪黎纲
陈章言
赵锦明
《中国畜牧兽医》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第4期1472-1479,共8页
【目的】通过对苏姜猪线粒体DNA(mtDNA)D-loop高变区Ⅰ的序列扩增测序,探究苏姜猪种群的种质资源特性和遗传多样性。【方法】采集苏姜猪核心群100头经产母猪耳组织,提取DNA后扩增苏姜猪核心群母猪mtDNA D-loop高变区Ⅰ的基因片段并测序...
【目的】通过对苏姜猪线粒体DNA(mtDNA)D-loop高变区Ⅰ的序列扩增测序,探究苏姜猪种群的种质资源特性和遗传多样性。【方法】采集苏姜猪核心群100头经产母猪耳组织,提取DNA后扩增苏姜猪核心群母猪mtDNA D-loop高变区Ⅰ的基因片段并测序,运用NCBI在线BLAST对测序序列与参考序列进行比对、校正并寻找同源序列,确定mtDNA D-loop高变区Ⅰ序列的长度和位置;使用DnaSP v.5.10.1软件统计获得群体中核苷酸多态位点和变异位点数量,分析单倍型多样度(Hd)、核苷酸多样性(Pi)、平均核苷酸差异度(K)等参数;使用Mega 7.0软件对不同单倍型进行基于Kimura’s 2-prarmetermodel的遗传距离计算,采用邻接法(Neighbor-Joining,NJ)对苏姜猪的4个单倍型、17个中国地方猪种、欧洲家猪(登录号:AF034253.1)的mtDNA D-loop高变区Ⅰ序列构建系统发育树。【结果】对100头苏姜猪的mtDNA D-loop序列高变区Ⅰ进行扩增测序,获得长度为429 bp的有效序列,获得的序列中,AT含量为63.1%,GC含量为36.9%;中性检验Tajima’s D值为-1.80517(P<0.05),证实苏姜猪种群显著性偏离中性检验;被测序列中检测到19个变异位点,定义了4个单倍型,单倍型多样度为0.578,核苷酸多样性为0.0032;种群内4个单倍型之间的平均遗传距离在0.004~0.031之间。系统发育树结果显示,群体分为国内和国外2个类群,苏姜猪4个单倍型都聚集在国内分支上,其中单倍型H2和二花脸猪聚为一类,单倍型H4和姜曲海、皖南花猪等聚为一类。【结论】苏姜猪种群mtDNA D-loop高变区Ⅰ多态位点比例高,单倍型多样度高,核苷酸多样性低;苏姜猪群体内优势单倍型的遗传距离较近,占比较高,反映出苏姜猪群体母系来源较少。
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关键词
苏姜猪
线粒体DNA
D-loop区
遗传变异
单倍型多样度
核苷酸
多样
性
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职称材料
题名
苏姜猪mtDNA D-loop序列的遗传多样性分析
被引量：
2
1
作者
韩大勇
周春宝
倪黎纲
陈章言
赵锦明
机构
江苏农牧科技职业学院
江苏姜曲海种猪场
出处
《中国畜牧兽医》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第4期1472-1479,共8页
基金
江苏现代农业(生猪)产业技术体系资源保护与利用创新团队(JATS[2022]390)。
文摘
【目的】通过对苏姜猪线粒体DNA(mtDNA)D-loop高变区Ⅰ的序列扩增测序,探究苏姜猪种群的种质资源特性和遗传多样性。【方法】采集苏姜猪核心群100头经产母猪耳组织,提取DNA后扩增苏姜猪核心群母猪mtDNA D-loop高变区Ⅰ的基因片段并测序,运用NCBI在线BLAST对测序序列与参考序列进行比对、校正并寻找同源序列,确定mtDNA D-loop高变区Ⅰ序列的长度和位置;使用DnaSP v.5.10.1软件统计获得群体中核苷酸多态位点和变异位点数量,分析单倍型多样度(Hd)、核苷酸多样性(Pi)、平均核苷酸差异度(K)等参数;使用Mega 7.0软件对不同单倍型进行基于Kimura’s 2-prarmetermodel的遗传距离计算,采用邻接法(Neighbor-Joining,NJ)对苏姜猪的4个单倍型、17个中国地方猪种、欧洲家猪(登录号:AF034253.1)的mtDNA D-loop高变区Ⅰ序列构建系统发育树。【结果】对100头苏姜猪的mtDNA D-loop序列高变区Ⅰ进行扩增测序,获得长度为429 bp的有效序列,获得的序列中,AT含量为63.1%,GC含量为36.9%;中性检验Tajima’s D值为-1.80517(P<0.05),证实苏姜猪种群显著性偏离中性检验;被测序列中检测到19个变异位点,定义了4个单倍型,单倍型多样度为0.578,核苷酸多样性为0.0032;种群内4个单倍型之间的平均遗传距离在0.004~0.031之间。系统发育树结果显示,群体分为国内和国外2个类群,苏姜猪4个单倍型都聚集在国内分支上,其中单倍型H2和二花脸猪聚为一类,单倍型H4和姜曲海、皖南花猪等聚为一类。【结论】苏姜猪种群mtDNA D-loop高变区Ⅰ多态位点比例高,单倍型多样度高,核苷酸多样性低;苏姜猪群体内优势单倍型的遗传距离较近,占比较高,反映出苏姜猪群体母系来源较少。
关键词
苏姜猪
线粒体DNA
D-loop区
遗传变异
单倍型多样度
核苷酸
多样
性
Keywords
Sujiang pig
mtDNA D-loop
genetic variation
haplotype diversity
nucleotide diversity
分类号
S828 [农业科学—畜牧学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
苏姜猪mtDNA D-loop序列的遗传多样性分析
韩大勇
周春宝
倪黎纲
陈章言
赵锦明
《中国畜牧兽医》
CAS
CSCD
北大核心
2023
2
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