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不同地区褐黄血蜱的单倍型多态性、遗传分化和种系发育关系分析 被引量：4
1
作者 李中波 侯强红 +1 位作者 舒鸣 程天印 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2023年第9期60-66,共7页
为了探究不同地区褐黄血蜱的单倍型多态性、遗传分化和种系发育关系,本试验以采自于湖南、河南两省的褐黄血蜱(各10只,共20只)为研究对象,通过PCR扩增其细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(cox1)和还原型烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶亚基Ⅳ(nad4)基... 为了探究不同地区褐黄血蜱的单倍型多态性、遗传分化和种系发育关系,本试验以采自于湖南、河南两省的褐黄血蜱(各10只,共20只)为研究对象,通过PCR扩增其细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(cox1)和还原型烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶亚基Ⅳ(nad4)基因序列,对其单倍型多态性(Hd)、遗传分化和种系发育关系进行分析。结果显示,cox 1基因序列(849 bp)包含4个变异位点,5个单倍型(h=5,A1~A5,Hd=0.653),其基因分化系数(Gst)=0.061,遗传分化系数(Fst)=-0.047,基因流(Nm)=-5.625;nad 4基因序列(626 bp)包含3个变异位点,3个单倍型(h=3,B1~B3,Hd=0.363),其Gst=0.004,Fst=0.074,Nm=3.125;cox 1+nad 4基因序列包含7个变异位点,7个单倍型(h=7,C1~C7,Hd=0.768),其Gst=-0.010,Fst=-0.015,Nm=-16.560;在所构建的种系发育树中,20只褐黄血蜱均处于种系发育树的一个分支。结果表明,湖南、河南两省的褐黄血蜱个体之间虽表现出单倍型多态性,但它们之间具有较近的亲缘关系,尚未出现遗传分化。 展开更多
关键词 褐黄血蜱 cox 1 nad 4 基因变异 单倍型多态性 遗传分化 种系发育关系
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不同种群白纹伊蚊单倍型多态性、遗传分化及种系发育关系分析 被引量：1
2
作者 李中波 侯强红 段德勇 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期1452-1460,共9页
【目的】试验旨在探究湖南怀化地区不同种群白纹伊蚊单倍型多态性、遗传分化情况及种系发育关系。【方法】于湖南怀化地区采集30只白纹伊蚊样本,PCR扩增其核糖体18S rRNA及线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(cox1)基因部分序列。利用Clustal... 【目的】试验旨在探究湖南怀化地区不同种群白纹伊蚊单倍型多态性、遗传分化情况及种系发育关系。【方法】于湖南怀化地区采集30只白纹伊蚊样本,PCR扩增其核糖体18S rRNA及线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(cox1)基因部分序列。利用ClustalX软件对其变异位点进行分析;运用Dnasp 5.0、Network 4.6及Arlequin version 3.0软件进行单倍型多态性与遗传分化分析;利用PhyML 3.0及Mega 5.0软件对白纹伊蚊的种系发育关系进行分析。【结果】所获全部样本的18S rRNA和cox 1基因序列长度均为489和1004 bp。白纹伊蚊18S rRNA基因序列中共存在30个变异位点,17个单倍型(A1~A17,Hd=0.9149),其中单倍型A5为最古老的单倍型,白纹伊蚊18S rRNA的基因分化系数(Gst)、遗传分化系数(Fst)和基因流(Nm)分别为0.05614、0.24001和0.792;白纹伊蚊的cox 1基因序列中共存在2个变异位点,3个单倍型(B1~B3,Hd=0.1908),其中单倍型B1为最古老的单倍型,白纹伊蚊cox 1基因的Gst、Fst和Nm分别为0.05000、0.04762和4.999。系统发育树中,来源于怀化地区的30只白纹伊蚊均分别处于2个发育树的一个分支。【结论】来源于湖南怀化地区的白纹伊蚊个体和种群之间存在一定程度基因变异和单倍型多态性现象,但各单倍型及其个体之间具有较近的亲缘关系,且两种群白纹伊蚊个体间发生了较为频繁的基因交流,未出现遗传分化。 展开更多
关键词 白纹伊蚊 单倍型多态性 基因流 遗传分化 种系发育关系
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陕西榆林地区鸡蛔虫的单倍型多态性、遗传分化及种系发育关系分析 被引量：1
3
作者 崔巍山 李中波 《中国家禽》 北大核心 2023年第12期101-107,共7页
为探究陕西榆林地区鸡蛔虫单倍型多态性及遗传分化情况,并阐明其种系发育关系,试验以分离于榆林不同地区的30条鸡蛔虫为样品,采用PCR扩增其线粒体cox1与nad4基因,进行单倍型多态性、遗传分化与种系发育关系分析。结果显示:在所有的cox1... 为探究陕西榆林地区鸡蛔虫单倍型多态性及遗传分化情况,并阐明其种系发育关系,试验以分离于榆林不同地区的30条鸡蛔虫为样品,采用PCR扩增其线粒体cox1与nad4基因,进行单倍型多态性、遗传分化与种系发育关系分析。结果显示:在所有的cox1基因(953 bp)序列中,共含30个变异位点(4个转换、26个颠换),17个单倍型(h=17,Hd=0.936),其基因分化系数(Gst)为-0.01285,遗传分化系数(Fst)为-0.02995,基因流(Nm)为11.53;在所有的nad4基因(876bp)序列中,共含29个变异位点(2个转换、27个颠换),16个单倍型(h=16,Hd=0.9356),其Gst为-0.01238,Fst为-0.0409,Nm为17.05;在所有的cox1+nad4基因(1829 bp)序列中,共含59个变异位点(6个转换、53个颠换),24个单倍型(h=24,Hd=0.977),其Gst为-0.0039,Fst为-0.0365,Nm为14.77;在所有cox1、nad4及cox1+nad4基因的Network图中,均未发现有单倍型聚集成簇的现象,构建的种系发育树中30条鸡蛔虫均聚集于一起,共同形成种系发育树的一个分支。研究表明,分离于陕西榆林地区的30条鸡蛔虫之间虽存在一定程度的基因变异,但其个体及单倍型之间具有较近的亲缘关系,尚未出现遗传分化。 展开更多
关键词 鸡蛔虫 cox1 nad4 基因变异 单倍型多态性 遗传分化 种系发育关系
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不同地区长角血蜱的单倍型多样性、遗传分化及种群扩张研究
4
作者 李中波 程天印 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2024年第12期5405-5415,共11页
【目的】探究浏阳、信阳两地区长角血蜱的单倍型多样性(Hd)、遗传分化及种群扩张状况,为后续长角血蜱的种群遗传结构研究提供数据支撑和理论依据。【方法】试验以采集于两地区的30只长角血蜱为样品,对其线粒体cox 1、nad 5基因进行PCR... 【目的】探究浏阳、信阳两地区长角血蜱的单倍型多样性(Hd)、遗传分化及种群扩张状况,为后续长角血蜱的种群遗传结构研究提供数据支撑和理论依据。【方法】试验以采集于两地区的30只长角血蜱为样品,对其线粒体cox 1、nad 5基因进行PCR扩增及测序,运用Clustal X、Dnasp 5.0和Network 4.6软件对两地区长角血蜱的单倍型多样性进行分析;运用Dnasp 5.0和Arlequin version 3.0软件探究两地区长角血蜱的遗传分化及种群扩张状况。【结果】长角血蜱cox 1基因序列(776 bp)中共存在4个碱基突变位点,含5个单倍型(A1~A5,Hd=0.3609),其基因分化系数(Gst)、遗传分化系数(Fst)、基因流(Nm)分别为―0.0154、―0.019和―26.82;长角血蜱nad 5基因序列(519 bp)中共存在33个碱基突变位点,含17个单倍型(B1~B17,Hd=0.9402),Gst、Fst、Nm分别为0.0316、0.0503和9.44;长角血蜱cox 1+nad 5基因序列(1295 bp)中共存在37个碱基突变位点,含20个单倍型(C1~C20,Hd=0.9563),Gst、Fst、Nm分别为0.0184、0.0451和10.59。表明两地区的长角血蜱之间尚未出现遗传分化。cox 1、nad 5及cox 1+nad 5基因的种群扩张分析结果显示,来自于浏阳、信阳两地区的长角血蜱均经历了多次种群扩张事件。【结论】来自于浏阳、信阳两地区的长角血蜱之间虽存在低水平的遗传变异和单倍型多样性,但它们之间却存在较高频率的基因交流,无明显的遗传分化,且浏阳、信阳两地区的长角血蜱经历了多次种群扩张事件。 展开更多
关键词 长角血蜱 单倍型多态性 遗传分化 基因流 种群扩张
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中国人群白介素1受体相关激酶4基因多态性与脓毒症易感性的相关性研究 被引量：3
5
作者 方宇 张璐 +5 位作者 周钢桥 曾昭书 王志富 罗志毅 李垒 刘保池 《华中科技大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2011年第4期385-391,共7页
目的探讨白介素1受体相关激酶4(interleukin-1 receptor-associated kinase 4,IRAK4)多态性位点与脓毒症发生风险及疾病严重程度的关联性。方法采用Hapmap单倍型标签SNPs(htSNPs)策略和SNPstream分型方法,对255例脓毒症患者和260例对照... 目的探讨白介素1受体相关激酶4(interleukin-1 receptor-associated kinase 4,IRAK4)多态性位点与脓毒症发生风险及疾病严重程度的关联性。方法采用Hapmap单倍型标签SNPs(htSNPs)策略和SNPstream分型方法,对255例脓毒症患者和260例对照个体进行分型。采用Logistic回归分析,校正性别、年龄、吸烟和饮酒、慢性病状态、A-PACHEⅡ评分和脓毒症病因等混杂因素的影响,评价IRAK4多态性位点与脓毒症的发生风险,以及脓毒症性休克、死亡和多器官功能障碍的遗传相关性。结果 IRAK4基因在中国人群中共捕获6个htSNPs。rs4251431 G/T,rs4251460A/C,rs4251513 G/C和rs4251545 G/A最终用于分型研究。4个htSNPs位点在病例和对照组中的基因型分布均呈Hardy-Weinberg平衡状态。IRAK4多态性位点及单倍体与脓毒症的发生风险和疾病严重程度均无明显相关性。结论在中国人群中,IRAK4基因多态性位点在脓毒症的发生、发展和病程转归中可能不发挥重要作用。 展开更多
关键词 白介素1受体相关激酶4 脓毒症 单倍型标签单核苷酸多态性 连锁不平衡 遗传关联
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高血压人群中β_2肾上腺素受体遗传多态性与肥胖相关性研究 被引量：4
6
作者 莫玮 刘洁 +1 位作者 周宏灏 刘昭前 《中国药理学通报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第2期154-159,共6页
目的人类β2肾上腺素受体通过内源性儿茶酚胺从而调控机体脂解作用、糖代谢以及心血管功能。本研究旨在分析β2肾上腺素受体Arg16G ly和G ln27G lu遗传多态性在高血压人群中的分布特征以及他们与肥胖发生的相关性。方法分别采用聚合酶... 目的人类β2肾上腺素受体通过内源性儿茶酚胺从而调控机体脂解作用、糖代谢以及心血管功能。本研究旨在分析β2肾上腺素受体Arg16G ly和G ln27G lu遗传多态性在高血压人群中的分布特征以及他们与肥胖发生的相关性。方法分别采用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性和等位基因特异性聚合酶链式反应的方法对受试者进行基因型分析。应用单因素方差分析和卡方检验进行统计学分析。结果对225名中国汉族原发性高血压患者以及125名健康对照者进行了β2肾上腺素受体Arg16G ly和G ln27G lu基因分型,发现其等位基因的发生频率符合Hardy-W e inberg平衡。在高血压合并肥胖组中,27 G lu等位基因的频率为0.069,明显高于单纯性高血压组和健康对照组(P<0.05),进一步分析发现G ln27G lu多态性与肥胖的这种相关性仅存在于男性高血压患者,而女性受试者缺乏这种联系。单倍型研究发现在男性受试者中,β2肾上腺素受体单倍型与肥胖无相关性。结论结果显示β2肾上腺素受体G ln27G lu遗传多态性可能是导致男性高血压人群对肥胖易感的主要因素之一。 展开更多
关键词 β2 肾上腺素受体 遗传多态性 单倍型 肥胖 高血压
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浙江沿岸髭缟虾虎鱼的系统地理分析
7
作者 杨开荣 毛君来 +1 位作者 顾翠平 陈永久 《浙江海洋大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2019年第2期142-146,共5页
通过对浙江沿岸41个髭缟虾虎鱼样本579bp线粒体DNACOI序列进行分析,共鉴定出11种单倍型。单倍型之间碱基替换为1~5个。H01是最常见单倍型(占总数的56.1%),被23个个体分享,分布于6个采样点;H02分布于除象山之外的5个采样点;洞头、临海分... 通过对浙江沿岸41个髭缟虾虎鱼样本579bp线粒体DNACOI序列进行分析,共鉴定出11种单倍型。单倍型之间碱基替换为1~5个。H01是最常见单倍型(占总数的56.1%),被23个个体分享,分布于6个采样点;H02分布于除象山之外的5个采样点;洞头、临海分享了H03;H06和H07仅分布在嵊泗;H08和H09仅分布在岱山;H10只分布在象山;H11只分布在苍南。单倍型多态性与核苷酸多态性在嵊泗最高(Hd=0.90±0.16;π=0.0031±0.0007),在临海最低(Hd=0.57±0.13;π=0.0013±0.0004)。这可能与嵊泗列岛栖息地生态环境多样性,或者较少人为活动干扰有关。单倍型网络图呈辐射状,以H01和H02为中心,通过1~3个碱基替换与其它所有单倍型相连接,除此之外,NJ聚类树、AMOVA和FST分析结果一致表明,浙江沿岸髭缟虾虎鱼没有显著的系统地理分化。初步推断有两种可能:(1)不同群体间的隔离时间不久;(2)该海域没有显著的基因流障碍。此外,台湾暖流与沿岸入海径流的交汇,有助于海洋生物卵、幼体及成体的扩散,导致了髭缟虾虎鱼群体间的遗传结构不显著。 展开更多
关键词 髭缟虾虎鱼 COIDNA序列 核苷酸多态性 单倍型多态性 系统地理
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