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SNP单体型分析在单基因病植入前遗传学检测中的应用
1
作者 郝燕 李欣媛 +5 位作者 陈大蔚 章志国 纪冬梅 周平 魏兆莲 曹云霞 《安徽医科大学学报》 CAS 北大核心 2020年第10期1556-1560,共5页
目的探讨基于二代测序的植入前单体型分析在单基因病植入前遗传学检测中的应用概况。方法对发育至第5天或者第6天的囊胚行活检,对活检细胞进行全基因组扩增,将致病基因突变作为目标区域,在该基因突变上、下游选择数十至上百个单核苷酸... 目的探讨基于二代测序的植入前单体型分析在单基因病植入前遗传学检测中的应用概况。方法对发育至第5天或者第6天的囊胚行活检,对活检细胞进行全基因组扩增,将致病基因突变作为目标区域,在该基因突变上、下游选择数十至上百个单核苷酸多态性位点作为连锁遗传标记,通过二代测序技术所获胚胎行植入前单体型分析和染色体非整倍体筛查,胚胎结果经一代测序和妊娠中期羊水穿刺结果验证。结果22例患者一共获卵421枚,成熟卵子355枚,受精305枚,卵裂301枚,共活检囊胚143枚,经植入前单体型分析和植入前遗传学筛查,40枚胚胎为可移植胚胎,移植周期数为17例,临床妊娠12例,活产9例婴儿(其中1例患者分娩2名婴儿,为单卵双胎),随访均健康,4例患者继续妊娠中,妊娠率为70.6%。所有单体型分析结果经过Sanger测序验证,均一致。结论基于二代测序的植入前单体型分析方法是切实可行的,通过此技术的应用可以帮助具有高遗传风险的单基因病家庭获得健康子代,最终达到阻断遗传病发生的目的。 展开更多
关键词 植入前遗传学检测 单基因病 二代测序 单体型分析 单核苷酸多态性
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生物钟基因隐花色素-1与精神分裂症核心家系的单体型相对风险分析
2
作者 彭子文 陈晓岗 +2 位作者 唐劲松 徐西嘉 谭立文 《中国神经精神疾病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2007年第8期476-477,共2页
目的探讨精神分裂症与生物钟基因隐花色素-1(Cryptochrome-1,Cry1)的关系。方法检测100个精神分裂症核心家系的Cry1基因上的rs2300448-rs1921135和rs1056560三个多态性位点,并进行单体型相对风险分析(HHRR)。结果HHRR结果显示,rs230044... 目的探讨精神分裂症与生物钟基因隐花色素-1(Cryptochrome-1,Cry1)的关系。方法检测100个精神分裂症核心家系的Cry1基因上的rs2300448-rs1921135和rs1056560三个多态性位点,并进行单体型相对风险分析(HHRR)。结果HHRR结果显示,rs2300448多态性由父母传递给患病子女的等位基因(G/A)频率差异有统计学意义(P<0.05),等位基因G优先传递给患病子女;而rs1056560和rs1921135的等位基因传递频率差异无统计学意义(P>0.05)。结论Cry1基因可能与中国汉族精神分裂症相关联。 展开更多
关键词 精神分裂症 隐花色素-1 基因 单体型相对风险分析
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15个短串联重复序列位点与大骨节病传递不平衡分析及与低硒暴露的交互作用 被引量：2
3
作者 史晓薇 吕爱莉 +3 位作者 任峰玲 李文荣 康龙丽 郭雄 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第4期567-571,共5页
目的寻找大骨节病(KBD)的易感基因,探讨低硒暴露与KBD易感基因的交互作用。方法在陕西省麟游县KBD病区收集23个KBD核心家系,应用聚合酶链反应技术及GeneScan Analysis 3.7和Genotyper3.7软件进行基因分析。对核心家系进行单体型相对风... 目的寻找大骨节病(KBD)的易感基因,探讨低硒暴露与KBD易感基因的交互作用。方法在陕西省麟游县KBD病区收集23个KBD核心家系,应用聚合酶链反应技术及GeneScan Analysis 3.7和Genotyper3.7软件进行基因分析。对核心家系进行单体型相对风险分析(HRR)和传递/不平衡检验(TDT)。采用原子荧光光谱法测定血清硒水平,用二项Logistic回归模型分析低硒暴露与KBD可疑易感基因的交互作用。结果 23个核心家系的HRR和TDT分析发现3个等位基因(位点D2S151的等位基因248 bp、位点D2S305的等位基因320 bp和位点D11S4094的等位基因194 bp)与KBD关联(P<0.05)。被研究人群的平均血硒浓度为0.037μg/ml,未发现低硒暴露与多态性STR位点的交互作用(P>0.05)。结论 D2S151、D2S305和D11S4094位点或其附近位点的多态性可能与KBD发病有关,可疑易感基因和低硒暴露在研究人群中无交互作用。 展开更多
关键词 大骨节病 低硒 短串联重复序列 单体型相对风险分析 传递不平衡分析
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染色体10q24.31片段重复导致先天性缺指/缺趾畸形的一个家系致病机理分析 被引量：2
4
作者 张秀泉 王建 +7 位作者 熊符 吕伟标 周远青 杨少民 张玉婷 田小燕 连蔚 徐湘民 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2019年第8期716-724,共9页
先天性缺指/缺趾畸形表现为手足指/趾骨发育不全等症状,会严重影响患者生活中的精细操作及心理健康。本研究对一个患有先天性缺指/缺趾畸形家系进行了基因变异检测,分析总结了该疾病分型与基因变异之间的关联关系,并探讨了对此类疾病患... 先天性缺指/缺趾畸形表现为手足指/趾骨发育不全等症状,会严重影响患者生活中的精细操作及心理健康。本研究对一个患有先天性缺指/缺趾畸形家系进行了基因变异检测,分析总结了该疾病分型与基因变异之间的关联关系,并探讨了对此类疾病患者开展遗传咨询及基因诊断的策略。首先,采用临床体检及四肢X线检查的方式,对患者表型进行分析。然后,应用D10S1709、D10S192、D10S597、D10S1693和D10S587等5个位点对外周血DNA进行了单倍型分析,并利用Array-CGH检测基因重复片段。最后,通过基于家系调查和基因分析探讨先天性手足裂畸形的致病原因。研究结果显示,先证者为典型的先天性手足裂畸形,表现为双侧食、中指缺失,拇指短,左手无名指畸形与缺失中指的皮肤相连成蹼状;双足正中裂开至足中部,第2和3趾缺失,第4和5趾融合。家系中其他患者表型变异较大。其外周血基因单倍型分析表现为染色体10q24.31-10q24.32区域有一个至少610 kb的重复,Array-CGH分析结果为10q24.31(102 832 650~103 511 083)×3。对先证者及其弟弟和父母进行单倍型分析,确认该家系的致病基因为10q24.31-10q24.32基因重复,单倍型165-251-289-219-102为该病的等位基因。研究结果提示,该家系缺指/缺趾畸形乃由于染色体10q24.31(102 832650~103 511 083)×3引起,其单倍型165-251-289-219-102可作为检测10q24.31-10q24.32等位基因的疾病标志物。 展开更多
关键词 先天性手足裂畸形 微阵列比较基因组杂交技术 单体型基因分析 遗传咨询
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BDNF、GRIN1基因与双相情感障碍的关联研究 被引量：8
5
作者 刘敏 凌四海 +3 位作者 李文标 王传跃 陈大方 王刚 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2007年第1期41-46,共6页
为了探讨GRIN1和BDNF基因的遗传变异在双相情感障碍疾病中的相关作用,从GRIN1、BDNF基因上各取2个SNP位点,采用TaqMan法对100例双相情感障碍患者和100例健康人进行了单核苷酸多态性分析,比较两组基因型频率的差异,并使用软件SHEsis进行... 为了探讨GRIN1和BDNF基因的遗传变异在双相情感障碍疾病中的相关作用,从GRIN1、BDNF基因上各取2个SNP位点,采用TaqMan法对100例双相情感障碍患者和100例健康人进行了单核苷酸多态性分析,比较两组基因型频率的差异,并使用软件SHEsis进行单体型分析。结果发现GRIN1基因上的rs2301363和hcv1840191与双相情感障碍发病的关联有统计学意义(P<0.05),它们形成的单倍型T/G在两组人群中的分布差异亦有统计学意义(P<0.05)。而BDNF基因上的rs7103411和rs6265与双相情感障碍发病无统计学意义。实验结果表明GRIN1基因是双相情感障碍的易感基因之一。 展开更多
关键词 双相情感障碍 N-甲基-D-天冬氨酸 谷氨酸受体离子化NMDA1受体基因 脑衍生神经营养因子 单核 苷酸多态性 单体型分析
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转化生长因子β1基因多态性与广东地区汉族妊娠期糖尿病的相关性研究 被引量：10
6
作者 陈海霞 李映桃 +1 位作者 何文智 王振宇 《实用妇产科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第6期453-458,共6页
目的:探讨转化生长因子β1(TGF-β1)4个基因位点:-800G/A、-509C/T、+869T/C、+915G/C的单核苷酸多态性(SNP)及其构成的单体型与中国广东地区汉族女性妊娠期糖尿病(GDM)发生风险的相关性。方法:回顾性分析2014年9月至2017年3月在广州医... 目的:探讨转化生长因子β1(TGF-β1)4个基因位点:-800G/A、-509C/T、+869T/C、+915G/C的单核苷酸多态性(SNP)及其构成的单体型与中国广东地区汉族女性妊娠期糖尿病(GDM)发生风险的相关性。方法:回顾性分析2014年9月至2017年3月在广州医科大学附属第三医院产科产前检查并分娩的广东地区汉族女性240例(正常对照组120例,GDM组120例)。利用SNaPshot基因测序技术对各组TGF-β1的4个基因位点(-800G/A、-509C/T、+869T/C、+915G/C)进行基因分型检测,并对各个位点的基因型频率、等位基因频率及其构成的单体型与GDM的相关性进行比较分析。结果:①GDM组与正常对照组TGF-β1的+915 G/C、-800G/A 2个基因位点暂未发现SNP多态性,而-509C/T、+869T/C 2个基因位点存在多态性。②GDM组+869T/C位点的CC基因型、C等位基因频率明显高于正常对照组(55.83%vs 32.50%、75.42%vs 54.58%),而TT基因型和T等位基因明显低于正常对照组(5.00%vs 23.33%、24.58%vs 45.42%),差异均有统计学意义(P<0.05);进一步统计分析提示,CC基因型(OR 2.626,95CI 1.553~4.439)、C等位基因(OR 2.553,95%CI 1.731~3.764)可能是GDM的危险因素,TT基因型(OR 0.173,95%CI 0.069~0.435)、T等位基因(OR 0.392,95%CI 0.266~0.578)可能是GDM的保护因素。③GDM组与正常对照组-509C/T位点的CC、TT、CT基因型频率及C、T等位基因频率比较,差异均无统计学意义(P>0.05)。④单体型分析发现,与正常对照组比较,+869T/C、-509C/T 2个位点构建的C-T单体型在GDM组明显增加(65.83%vs 49.58%),而T-C和T-T单体型明显下降(19.58%vs 31.25%、5.00%vs 14.17%),差异均有统计学意义(P<0.05);进一步统计分析提示,C-T单体型可能是中国广东地区汉族女性GDM发生的危险因素(OR 1.959,95%CI 1.356~2.830),T-C单体型(OR 0.536,95%CI 0.352~0.815)、T-T单体型(OR 0.319,95%CI 0.161~0.632)可能是其保护因素。结论:GDM发病是多个基因共同作用的结果,TGF-β1+869T/C SNP位点和+869T/C、-509C/T两个SNP位点构成的C-T单体型、T-C单体型、T-T单体型可能和中国广东地区汉族女性GDM的遗传易感性有关。 展开更多
关键词 TGF-Β1 单核苷酸多态性 妊娠期糖尿病 单体型分析
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X-连锁严重联合免疫缺陷病的植入前遗传学诊断 被引量：2
7
作者 吴海涛 沈晓婷 +5 位作者 叶青剑 刘瑜亮 钟依平 曾艳红 徐艳文 周灿权 《中山大学学报（医学科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2017年第6期955-960,共6页
【目的】采用多重置换扩增建立一种可靠、准确的植入前遗传学诊断方法,应用于X-连锁严重联合免疫缺陷病(X-SCID)的植入前遗传学诊断(PGD)。【方法】选择5个位于致病基因IL-2受体γ链(IL2RG)基因两侧的短串联重复序列(STR)位点对X-SCID... 【目的】采用多重置换扩增建立一种可靠、准确的植入前遗传学诊断方法,应用于X-连锁严重联合免疫缺陷病(X-SCID)的植入前遗传学诊断(PGD)。【方法】选择5个位于致病基因IL-2受体γ链(IL2RG)基因两侧的短串联重复序列(STR)位点对X-SCID家系进行单体型分析,采用多重置换扩增(MDA)对单细胞进行全基因组扩增,对扩增产物采用在家系分析中具有多态性的STR位点进行单体型分析,结合位点Amel进行性别诊断,STR位点均采用单重荧光PCR,同时对IL2RG基因exon5进行测序分析。【结果】对家系分析中,共有3个STR位点具有多态性。对10个单淋巴细胞及10个单卵裂球进行了预实验:MDA扩增成功率为100%,对致病基因IL2RG exon5的行基因测序的检测效率为100%;对于3个有多态性的STR位点和AMEL,PCR扩增效率为96.3%(77/80),等位基因脱扣率(ADO)为11.5%(7/61)。对该家系进行了一个周期的PGD,对7个胚胎进行了诊断,其中2个为正常胚胎,移植后获得双胎妊娠,早产活产一个健康男婴及一个健康女婴。【结论】采用多重置换扩增结合致病基因特异性扩增测序检测及单体型分析在单细胞水平对X-连锁严重联合免疫缺陷病进行检测,两者相结合可避免污染、等位基因脱扣等导致的误诊,提高了PGD诊断效率。 展开更多
关键词 X-连锁严重联合免疫缺陷病 植入前遗传学诊断 多重置换扩增 短串联重复序列 单体型分析
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采用多重置换扩增进行软骨发育不全的植入前遗传学诊断 被引量：1
8
作者 沈晓婷 郭奕斌 +5 位作者 徐艳文 钟依平 曾艳红 王静 丁晨晖 周灿权 《中山大学学报（医学科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期564-568,共5页
【目的】采用多重置换扩增建立一种可靠、准确的植入前遗传学诊断方法,可应用于软骨发育不全的植入前遗传学诊断。【方法】对软骨发育不全高危家系采用8个与成纤维细胞生长因子受体3（FGFR3）基因紧密连锁的短串联重复序列（STR）进行... 【目的】采用多重置换扩增建立一种可靠、准确的植入前遗传学诊断方法,可应用于软骨发育不全的植入前遗传学诊断。【方法】对软骨发育不全高危家系采用8个与成纤维细胞生长因子受体3（FGFR3）基因紧密连锁的短串联重复序列（STR）进行软骨发育与不全（ACH）的单体型分析。采用多重置换扩增（MDA）对单细胞进行全基因组扩增,对其产物采用在家系分析中具有多态性的STR位点及PCR-限制性酶切法检测FGFR3基因进行分析。【结果】对家系分析中,共有5个STR位点具有多态性。共进行了10个单淋巴细胞及11个单卵裂球的MDA,MDA扩增效率为100%（21/21）,单个淋巴细胞MDA产物的PCR结果与其外周血结果比较,平均PCR扩增率为96.8%（122/126,变化范围95.4%~100%）,平均ADO率为8.5%（7/82,变化范围0~12.6%）,综合诊断效率为100%,其中一个单淋巴细胞的MDA产物在经过酶切后未能检测出两个条带,出现了异常等位基因的脱扣,在11个单卵裂球的MDA产物中进行致病基因的检测,经酶切后均只产生一条条带。【结论】本研究采用限制性酶切法直接检测FGFR3基因及单体型分析在单细胞水平对ACH进行检测,两者相结合可避免污染、等位基因脱扣等导致的误诊,可提高软骨发育不全的PGD诊断效率,为进一步的临床应用奠定了基础。 展开更多
关键词 软骨发育不全 植入前遗传学诊断 多重置换扩增 单体型分析
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