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题名龙脷叶转录组分析及黄酮类生物合成相关基因的挖掘
被引量：9
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作者
徐世强
梅瑜
曹阳
黄志娜
蔡时可
王继华
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机构
广东省农业科学院作物研究所/广东省农作物遗传改良重点实验室
广东省农业科学院农业经济与农村发展研究所
农业农村部华南都市农业重点实验室
中山永正生物医疗投资有限公司
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出处
《广东农业科学》
CAS
2020年第7期36-44,共9页
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基金
广东省现代农业产业技术体系创新团队建设项目(2019KJ148)
广东省农业科学院科技创新战略专项资金(高水平农科院建设)-金颖之星(R2019PY-JX003)
农业农村部华南都市农业重点实验室开放基金(016)。
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文摘
【目的】获得龙脷叶(Sauropus spatulifolius Beille)转录组学信息特征及黄酮类生物合成通路基因。【方法】采用高通量测序平台Illumina HiSeqTM 4000对龙脷叶进行转录组测序,通过Trinity软件de novo组装获得unigene,并基于序列同源性对unigene进行功能注释和代谢通路分析。【结果】测序数据经过质控后共获得88396692个高质量的reads,通过de novo组装获得46600个unigene,N50长度为1441 bp,平均长度877 bp。其中34188个(73.36%)unigene在NR、SwissProt、KOG、GO、KEGG数据库中得到注释。其中KEGG数据库注释到6902个unigene,涉及132条代谢通路。在龙脷叶中我们共鉴定到56个unigene涉及类黄酮生物合成、9个unigene参与黄酮和黄酮醇生物合成,2个unigene参与异黄酮生物合成。同时还鉴定到1256个转录因子(transcription factors,TFs)和3842个植物抗性基因(R基因)。MISA分析发现46600个unigene包含3356个简单重复序列(simple sequence repeats,SSRs)。【结论】利用高通量测序技术和生物信息分析获得了龙脷叶的转录组信息特征,为后期开展功能基因鉴定、解析黄酮类化合物次生代谢途径及其调控机制奠定研究基础。
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关键词
龙脷叶
高通量测序
单一序列
黄酮类
功能基因
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Keywords
Sauropus spatulifolius Beille
high-throughput sequencing
unigene
flavonoids
functional gene
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分类号
S567.19
[农业科学—中草药栽培]
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