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基于最小自由能和协变信息预测带伪结RNA二级结构的迭代化方法
被引量：
1
1
作者
王金华
骆志刚
+3 位作者
管乃洋
严繁妹
靳新
张雯
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2007年第7期889-897,共9页
多数RNA分子的结构在进化中是高度保守的,其中很多包含伪结。而RNA伪结的预测一直是一个棘手问题,很多RNA二级结构预测算法都不能预测伪结。文章提出一种基于迭代法预测带伪结RNA二级结构的新方法。该方法在给潜在碱基对打分时综合了热...
多数RNA分子的结构在进化中是高度保守的,其中很多包含伪结。而RNA伪结的预测一直是一个棘手问题,很多RNA二级结构预测算法都不能预测伪结。文章提出一种基于迭代法预测带伪结RNA二级结构的新方法。该方法在给潜在碱基对打分时综合了热力学和协变信息,通过基于最小自由能RNA折叠算法的多次迭代选出所有的碱基对。测试结果表明:此方法几乎能预测到所有的伪结。与其他方法相比,敏感度接近最优,而特异性达到最优。
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关键词
RNA二级结构
伪结
协变信息
最小自由能
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职称材料
题名
基于最小自由能和协变信息预测带伪结RNA二级结构的迭代化方法
被引量：
1
1
作者
王金华
骆志刚
管乃洋
严繁妹
靳新
张雯
机构
国防科学技术大学并行与分布处理国家重点实验室
出处
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2007年第7期889-897,共9页
基金
国家自然科学基金项目(编号:60673018)
湖南省自然科学基金项目(编号:06JJ4123)资助~~~
文摘
多数RNA分子的结构在进化中是高度保守的,其中很多包含伪结。而RNA伪结的预测一直是一个棘手问题,很多RNA二级结构预测算法都不能预测伪结。文章提出一种基于迭代法预测带伪结RNA二级结构的新方法。该方法在给潜在碱基对打分时综合了热力学和协变信息,通过基于最小自由能RNA折叠算法的多次迭代选出所有的碱基对。测试结果表明:此方法几乎能预测到所有的伪结。与其他方法相比,敏感度接近最优,而特异性达到最优。
关键词
RNA二级结构
伪结
协变信息
最小自由能
Keywords
RNA secondary structure
pseudoknots
covariance
minimum of free energy
分类号
Q522 [生物学—生物化学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于最小自由能和协变信息预测带伪结RNA二级结构的迭代化方法
王金华
骆志刚
管乃洋
严繁妹
靳新
张雯
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2007
1
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