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雌蕊缺失茶树花3个发育期的数字基因表达谱分析 被引量:5
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作者 李梅 陈林波 +4 位作者 田易萍 夏丽飞 宋维希 梁名志 江昌俊 《茶叶科学》 CAS CSCD 北大核心 2017年第1期97-107,共11页
以雌蕊缺失茶树花为试材,利用转录组、数字基因表达谱技术,研究了雌蕊缺失茶树花的花芽、花蕾、花3个时期相关基因的表达规律。结果发现,雌蕊缺失茶树花生长发育过程中进行着各种旺盛的生物合成和代谢活动。生长素信号转导途径的6个基因... 以雌蕊缺失茶树花为试材,利用转录组、数字基因表达谱技术,研究了雌蕊缺失茶树花的花芽、花蕾、花3个时期相关基因的表达规律。结果发现,雌蕊缺失茶树花生长发育过程中进行着各种旺盛的生物合成和代谢活动。生长素信号转导途径的6个基因和ABCDE类识别基因的A类、C类和E类可能与茶树花的雌蕊缺失和雄蕊发育密切相关,并且基因调控过程较复杂;WUS基因中WUS2和WUS8下调可能调控了C类和E类基因,从而导致雌蕊的缺失;KNOX家族中,未检测到KNOXⅡ的同源基因,KNOX I类同源基因下调表达和缺失可能减弱了茶树花雌蕊心皮的启动和雌蕊边缘组织的生长。可以看出,本研究通过数字基因表达谱分析,初步了解了雌蕊缺失茶树花发育前后的网络途径,为后期对茶树花雌蕊缺失和雄蕊发育的研究,探明茶树花不育和性别决定基因的分子机制提供理论依据。 展开更多
关键词 茶树花 雌蕊缺失 数字基因表达 转录组 花器官调控
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高通量基因表达谱的应用 被引量:4
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作者 胡红柳 侯晓明 +2 位作者 曲波 高学军 李庆章 《中国乳品工业》 CAS 北大核心 2012年第12期40-43,共4页
基因表达谱可以描绘特定情况下组织、细胞中所表达的全套基因及其丰度,它从mRNA水平上反映出组织或细胞特异性表型和表达模式。目前基于高通量的基因表达谱主要有基因芯片和数字基因表达谱(DGE)。本文主要介绍了基因芯片和DGE的原理、特... 基因表达谱可以描绘特定情况下组织、细胞中所表达的全套基因及其丰度,它从mRNA水平上反映出组织或细胞特异性表型和表达模式。目前基于高通量的基因表达谱主要有基因芯片和数字基因表达谱(DGE)。本文主要介绍了基因芯片和DGE的原理、特点,并对其在作物科学、动物科学和乳品科学中的应用做了简要列举。 展开更多
关键词 基因表达 高通量 基因芯片 数字基因表达
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温湿度变化对茶苗芽萌发基因表达的影响 被引量:2
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作者 韦康 王丽鸳 +2 位作者 成浩 龚武云 吴立赟 《茶叶科学》 CAS CSCD 北大核心 2013年第2期109-115,共7页
利用数字基因表达谱技术研究了温湿度变化对秋插茶苗芽萌发基因表达的影响。通过保温棚处理日均温度提高约5.15℃,湿度提高5.10%,两者茶苗芽萌发具有明显差异。比较保温棚与对照芽的基因表达共筛选获得949个差异表达基因,其中503个基因... 利用数字基因表达谱技术研究了温湿度变化对秋插茶苗芽萌发基因表达的影响。通过保温棚处理日均温度提高约5.15℃,湿度提高5.10%,两者茶苗芽萌发具有明显差异。比较保温棚与对照芽的基因表达共筛选获得949个差异表达基因,其中503个基因受保温棚处理诱导上调表达,446个基因下调表达。对差异表达基因进行GO分类分析,在P值<0.01的情况下,有360个基因与14个GO分类匹配。其中7个GO分类与光合作用相关,P值最小的GO分类为光系统,其11个基因均表现为上调表达,说明高温高湿条件具有促进光合相关基因表达的作用。这些结果将为深入研究理解茶苗的生长机制及相关基因的克隆打下基础。 展开更多
关键词 数字表达 茶苗 差异表达基因 光合作用
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赤霉素对棉花叶片衰老相关基因表达的影响 被引量:4
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作者 王丹 范术丽 +2 位作者 宋美珍 庞朝友 喻树迅 《中国棉花》 北大核心 2011年第3期11-13,共3页
以中棉所10号未衰老和衰老的棉花叶片为材料,构建数字化表达谱文库,通过比较2个表达谱数据发现:赤霉素合成的关键基因GA3ox、GA20ox,乙烯合成的关键基因ACS6和促进叶片衰老基因NAP、SAG18均显著上调表达,利用荧光定量技术证明了这几个... 以中棉所10号未衰老和衰老的棉花叶片为材料,构建数字化表达谱文库,通过比较2个表达谱数据发现:赤霉素合成的关键基因GA3ox、GA20ox,乙烯合成的关键基因ACS6和促进叶片衰老基因NAP、SAG18均显著上调表达,利用荧光定量技术证明了这几个基因的表达谱数据结果可靠。用浓度30μg.μL-1和100μg.μL-1的赤霉素处理棉苗,通过荧光定量技术分析ACS6、NAP和SAG18在不同浓度赤霉素处理下和对照中的表达变化,结果表明:用不同浓度的赤霉素处理棉花可以抑制NAP、SAG18的表达,但是在处理6 h后却促进了乙烯合成基因ACS6的表达,初步推断赤霉素可能通过与乙烯的协同作用调控叶片的衰老。本试验结果将为进一步研究赤霉素对叶片衰老的作用机理奠定基础。 展开更多
关键词 棉花 赤霉素 叶片衰老相关基因 数字表达 荧光定量分析
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公鸡弱精症相关候选基因的表达分析 被引量:5
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作者 富丽 孙研研 +5 位作者 薛夫光 刘冉冉 白皓 常国斌 陈国宏 陈继兰 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第6期889-895,共7页
为了探究公鸡弱精症的发病机理,本研究对前期应用数字基因表达谱技术(Digital gene expression,DGE)及生物信息学分析得到的与公鸡弱精症相关的6个候选基因(COX7B、PTGDS、hPGDS、SPAG6、WNT2、CCNF)进行表达分析。选取300只42周龄的北... 为了探究公鸡弱精症的发病机理,本研究对前期应用数字基因表达谱技术(Digital gene expression,DGE)及生物信息学分析得到的与公鸡弱精症相关的6个候选基因(COX7B、PTGDS、hPGDS、SPAG6、WNT2、CCNF)进行表达分析。选取300只42周龄的北京油鸡公鸡,进行为期4周的精液品质检测,从中筛出弱精及正常个体各15只。采用RT-qPCR对这6个候选基因在两组个体的睾丸组织的表达量进行相对定量检测。结果发现,COX7B、PTGDS在弱精组个体睾丸的表达量显著高于正常个体(P<0.01),WNT2、hPGDS、CCNF在弱精组个体的表达量显著低于正常个体(P<0.05),SPAG6在两组睾丸中的表达量没有显著差异,该结果与DGE的结果相吻合。通过DGE筛选出与弱精症相关的6个候选基因的表达模式在本研究的群体中得到进一步验证,可作为公鸡弱精症的重要候选基因,进一步进行功能分析与验证,为揭示公鸡弱精症的发病机理提供依据。 展开更多
关键词 弱精症 候选基因 睾丸 数字基因表达 实时荧光定量PCR
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生姜转录因子基因ZoNAC17的克隆与表达分析 被引量:3
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作者 陈美伶 姜玉松 《广东农业科学》 CAS 2018年第6期30-35,173,共7页
NAC类转录因子在植物逆境胁迫应答过程中具有极其重要的作用。为进一步探索NAC转录因子的结构与功能,基于生姜转录组数据库,利用RT-PCR法克隆生姜转录因子基因ZoNAC17,采用数字表达谱分析生姜不同组织的ZoNAC17表达图谱。序列分析结果显... NAC类转录因子在植物逆境胁迫应答过程中具有极其重要的作用。为进一步探索NAC转录因子的结构与功能,基于生姜转录组数据库,利用RT-PCR法克隆生姜转录因子基因ZoNAC17,采用数字表达谱分析生姜不同组织的ZoNAC17表达图谱。序列分析结果显示,生姜ZoNAC17基因的ORF长度为1 815 bp,编码604个氨基酸残基,分子量为67.52 k D;转录因子ZoNAC17等电点为4.59,不存在信号肽,为跨膜蛋白,亚细胞定位于细胞核。系统进化树分析表明,生姜ZoNAC17与小果野蕉MaNAC17基因亲缘关系最近。数字表达谱结果表明,ZoNAC17在生姜不同组织中均有较强表达,在成熟组织中的表达量为地上茎>叶片>根茎。在生姜根茎的发育过程中,ZoNAC17表达量先增加,后逐渐减少,且在生长约3个月的发育期表达量最高。 展开更多
关键词 生姜 NAC转录因子 基因克隆 数字表达 表达分析
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地黄根部响应涝胁迫关键基因的鉴定 被引量:6
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作者 王翠英 李鑫宇 +3 位作者 王潇然 李明杰 张重义 陈新建 《中国现代中药》 CAS 2017年第2期232-238,242,共8页
目的:本研究利用RNA-seq技术,对涝胁迫下的地黄根部差异表达基因进行了鉴定,为揭示地黄特异响应涝胁迫的分子机制奠定基础。方法:以温"85-5"怀地黄品种为供试材料,采用人工模拟涝胁迫的方法处理地黄植株,利用升级版数字基因... 目的:本研究利用RNA-seq技术,对涝胁迫下的地黄根部差异表达基因进行了鉴定,为揭示地黄特异响应涝胁迫的分子机制奠定基础。方法:以温"85-5"怀地黄品种为供试材料,采用人工模拟涝胁迫的方法处理地黄植株,利用升级版数字基因表达谱技术分别对对照及处理样品进行测序,测序结果与转录组文库比对获得表达基因,利用RPKM方法计算基因的表达量,以FDR<0.005和|log2 ratio|≥1为标准,筛选差异表达基因,并对差异表达基因进行GO和KEGG注释和富集分析。结果:涝害胁迫处理后共筛选到7249差异表达基因,上调表达2505个(约35%),下调表达4744个(约65%)。结论:KEGGPathway显著性富集分析发现基础代谢、次生代谢、植物激素信号转导途径、淀粉和蔗糖代谢途基因包含的比例较多。功能分析发现,涝害条件下参与乙醇发酵、乙烯合成等途径的基因被显著上调,钙信号途径的基因异常,同时发现许多转录因子呈现差异表达,如WRKY、GRAS和NAC这些与胁迫相关的基因发生上调表达,而调控正常生长的转录因子如BHLH、MYC、BYB、MADS-box等则是以下调表达为主,由此证实涝害胁迫严重影响植物的正常生长发育。 展开更多
关键词 地黄 升级版数字基因表达谱 人工模拟涝害胁迫 差异表达基因 转录因子
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