化学信息学发展现状 被引量：11

1

作者 陈泓 曹庆文 李梦龙 《化学研究与应用》 CAS CSCD 北大核心 2004年第4期453-455,共3页

本文叙述了目前化学领域的发展热点之一———化学信息学 (Chemoinformatics)的发展概况 ,从信息学角度对其产生。

关键词 化学信息学 化学信息 互联网

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基于蓝墨云班课开设“化学信息学”的教学实践初探

2

作者 毕红梅 张金艳 李艳凤 《农产品加工》 2019年第3期104-105,共2页

随着信息技术的发展,化学信息学在培养学生化学信息素养方面有着举足轻重的作用。通过总结"化学信息学"教学的现状及存在的问题,提出使用蓝墨云班课进行教学。通过课前准备、课中内化、课后巩固体现了信息技术与教学活动的完... 随着信息技术的发展,化学信息学在培养学生化学信息素养方面有着举足轻重的作用。通过总结"化学信息学"教学的现状及存在的问题,提出使用蓝墨云班课进行教学。通过课前准备、课中内化、课后巩固体现了信息技术与教学活动的完美融合,为今后化学信息学的教学改革提出建议,培养更多适应未来社会发展的综合性人才。 展开更多

关键词 化学信息学 云班课 信息素养 教学实践 双语教学

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化学信息学在液相色谱高分辨质谱联用的化学品非靶向筛查中的应用 被引量：2

3

作者 申珊齐 李爱民 +5 位作者 黄雅娟 施鹏 潘旸 李文涛 张怀成 吴几 《环境化学》 CAS CSCD 北大核心 2022年第10期3135-3143,共9页

化学工业的发展使得环境介质中未知化合物数目巨大,对其进行识别是认识其环境风险进而开发削减策略的关键.液相色谱串联高分辨质谱是化合物识别的常用技术,该技术采集的数据一般较复杂,需要适当的数据解析手段方能呈现复杂环境样品中的... 化学工业的发展使得环境介质中未知化合物数目巨大,对其进行识别是认识其环境风险进而开发削减策略的关键.液相色谱串联高分辨质谱是化合物识别的常用技术,该技术采集的数据一般较复杂,需要适当的数据解析手段方能呈现复杂环境样品中的化合物信息,化学信息学在高分辨质谱非靶向筛查中的发展为化合物结构解析提供了可能.本文综述了化学信息学在非靶向筛查中的应用.基于非靶向筛查流程中的峰提取、去冗余、特征峰筛选、注释与结构确定步骤,从涉及的算法、软件、化合物数据库、谱图数据库等进行了阐述.在此基础上,对算法和软件工具的参数优化和数据处理一致性进行了阐述.本综述为更好的进行高分辨质谱数据非靶向处理提供了支撑. 展开更多

关键词 高分辨质谱数据 化学信息学 非靶向筛查 算法

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深度学习在化学信息学中的应用研究进展 被引量：5

4

作者 刘振邦 张硕 +5 位作者 包宇 马英明 梁蔚淇 王伟 何颖 牛利 《应用化学》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期360-373,共14页

在知识、数据、算法与算力的多重驱动下,深度学习不仅在计算机视觉、自然语言处理等研究领域取得了突破,并随着各学科间的迁移应用于交叉融合,逐渐衍生出多个新兴研究方向。化学信息学作为以应用信息学方法以解决化学问题的学科,深度学... 在知识、数据、算法与算力的多重驱动下,深度学习不仅在计算机视觉、自然语言处理等研究领域取得了突破,并随着各学科间的迁移应用于交叉融合,逐渐衍生出多个新兴研究方向。化学信息学作为以应用信息学方法以解决化学问题的学科,深度学习技术凭借其强大的非线性学习能力,通过深度学习模型可以从数据集中对其进行筛选预测,再基于理论计算对结果可行性进行理论验证,最后通过实验表征结果,缩短了实验周期、降低了人力成本、加速了化学信息学智能化。本文简要介绍了深度学习发展历史及主要网络模型架构,介绍了近年来深度学习在在化合物合成路线规划、化合物结构活性与性质及催化剂设计的最新研究和应用现状,并对未来的发展方向进行讨论与展望。 展开更多

关键词 深度学习 化学信息学 构效关系 合成路线 催化化学

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微生物天然产物生物及化学信息学最新进展

5

作者 王梦源 常珊珊 解云英 《中国抗生素杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第7期625-630,共6页

微生物天然产物一直是药物开发的重要源泉,而且目前仍是新结构天然产物的重要来源。但随着微生物天然产物基数的增加,重复发现已经成为制约其发展的主要因素,而基于生物信息学和化学信息学建立起来的基因组挖掘技术是解决这一问题的关... 微生物天然产物一直是药物开发的重要源泉,而且目前仍是新结构天然产物的重要来源。但随着微生物天然产物基数的增加,重复发现已经成为制约其发展的主要因素,而基于生物信息学和化学信息学建立起来的基因组挖掘技术是解决这一问题的关键。近年来天然产物相关信息学研究一直处于加速发展阶段,为了使天然产物研究者能够及时了解并选择性使用这些信息学工具,以提高新化合物的发现效率,本文对近两年来微生物天然产物研究领域相关的信息学工具进行了综述。 展开更多

关键词 微生物天然产物 生物信息学 化学信息学 生物合成基因簇

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化学计量学/信息学助推化学与分析测试科学研究范式转换 被引量：1

6

作者 常月月 伍娟妮 +2 位作者 王童 吴海龙 俞汝勤 《分析测试学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第9期1267-1278,共12页

该文回顾了科学研究范式的形成并讨论了化学与分析测试科学的相关发展历程。实验科学向理论科学演进实际是现代科学的形成过程,对化学而言是一个困难的数学化进程,直到第三即计算科学范式形成,化学的现代科学地位才得以确定。分析化学... 该文回顾了科学研究范式的形成并讨论了化学与分析测试科学的相关发展历程。实验科学向理论科学演进实际是现代科学的形成过程,对化学而言是一个困难的数学化进程,直到第三即计算科学范式形成,化学的现代科学地位才得以确定。分析化学或分析测试科学发展过程中遇到类似的问题,化学计量学/信息学在助推其完善分析化学“数学化”进程的同时,也能够挖掘更多有效信息。随着现代分析仪器的快速发展和数据海啸的到来,化学计量学/信息学作为成熟的化学学科分支和有力“武器”,正在协助并推动化学和分析测试科学步入第四即“数据密集型”的科学新范式。该文以作者实验室的研究工作为基础,论述了化学计量学/信息学助力推动化学与分析测试科学研究范式的转换过程中的相关进展,并对未来的研究动向进行了展望。 展开更多

关键词 化学计量学 化学信息学 分析测试科学 科学研究范式

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化学组学及其信息学探索研究和初步应用

7

作者 李志良 吴世容 +3 位作者 覃仁辉 杨胜喜 周原 李根容 《重庆大学学报（自然科学版）》 EI CAS CSCD 北大核心 2004年第7期82-85,共4页

提出诸如烷烯炔组、醇酚醚组、醛酮醌组、生物碱组、抗生素组、黄酮[醇]组、多寡肽组、萜组、合成药物组、天然药物组、环境激素组、代谢物质组、环境激素组等化学组学新颖概念,犹如基因组、蛋白质组、糖组等生物组学概念一样,对于化学... 提出诸如烷烯炔组、醇酚醚组、醛酮醌组、生物碱组、抗生素组、黄酮[醇]组、多寡肽组、萜组、合成药物组、天然药物组、环境激素组、代谢物质组、环境激素组等化学组学新颖概念,犹如基因组、蛋白质组、糖组等生物组学概念一样,对于化学研究与应用具有重要意义,通过大量物质组分子多样性结构表达和化学性能预测,阐述了化学组学方法与技术的广阔应用前景。 展开更多

关键词 分子组学与信息学 化学组学与信息学 基因组学与信息学 生物组学与信息学 药物组学与信息学 核磁共振

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化学信息论——21世纪化学的重要课题之一 被引量：3

8

作者 刘威 宋心琦 《河北大学学报（自然科学版）》 CAS 2000年第3期297-303,共7页

简要地介绍了1987年诺贝尔化学奖得主、法国化学家莱恩(Lehn)在定义超分子化学时所提出的化学信息论的概念 ,在审视有关化学信息论的近期发展中的一些问题的基础上 ,对Lehn提出的分子识别、化学反应智能化和化学信息论以及施耐德(Schnei... 简要地介绍了1987年诺贝尔化学奖得主、法国化学家莱恩(Lehn)在定义超分子化学时所提出的化学信息论的概念 ,在审视有关化学信息论的近期发展中的一些问题的基础上 ,对Lehn提出的分子识别、化学反应智能化和化学信息论以及施耐德(Schneider)在1994年提出的分子机器理论进行了分析和思辨 ,并对这个领域的近期理论工作 ,提出了建议. 展开更多

关键词 化学信息论 化学信息学 分子识别 分子机器理论 化学亲和力 分子化学

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氧化还原酶辅因子的使用偏好与化学基础 被引量：1

9

作者 陈蕾 曲戈 《山东农业大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2009年第3期393-397,共5页

为了探究氧化还原酶对不同辅因子的使用偏好性,使用生物信息学方法对40个物种体内氧化还原酶辅因子的使用频率进行了统计分析,发现古核生物和原核生物体内大约90%的氧化还原酶使用有机辅因子,真核生物体内约78%的氧化还原酶选择使用有... 为了探究氧化还原酶对不同辅因子的使用偏好性,使用生物信息学方法对40个物种体内氧化还原酶辅因子的使用频率进行了统计分析,发现古核生物和原核生物体内大约90%的氧化还原酶使用有机辅因子,真核生物体内约78%的氧化还原酶选择使用有机辅因子。为了进一步解释上述现象,一方面,对氧化还原反应方程式进行了分析,发现有机酶组约28.5%的反应需要氧气的参与;而金属酶组约63.2%的反应需要氧气的参与,由此我们推断氧气的出现有可能是导致金属辅因子使用频率升高的重要原因;另一方面,使用化学信息学方法对氧化还原反应涉及的小分子进行了化学性质的分析,发现有机酶组小分子的分子量和亲水性都比较高,由此我们推断金属辅因子更适于疏水的反应环境。 展开更多

关键词 氧化还原 辅因子 生物信息学 化学信息学

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基于规则的化学特征词自动标引研究 被引量：8

10

作者 宋丹 孙济庆 《情报学报》 CSSCI 北大核心 2009年第5期689-692,共4页

本文介绍了一种基于规则的识别未登录化学物质名词的方法。通过对大量的化学物质名称进行观察后，发现化学领域中的物质命名有一定的规律可循。本文通过化学物质命名的常用词及规律进行总结，将化学特定词分为3类：化学介词、化学词头... 本文介绍了一种基于规则的识别未登录化学物质名词的方法。通过对大量的化学物质名称进行观察后，发现化学领域中的物质命名有一定的规律可循。本文通过化学物质命名的常用词及规律进行总结，将化学特定词分为3类：化学介词、化学词头和化学符号，制定六项规则，提出了对化学物质名称基于规则的识别方法。在系统实现方面，应用正则表达式将规则结合模板表示出来，从文本信息中提取特定的化学物质专用特征词，同时进行了可行性实验，经过对比，验证了规则的可行性。 展开更多

关键词 自动标引 化学物质名 化学信息学 规则

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2011年全国化学与光谱分析会议

11

《中国机械工程》 EI CAS CSCD 北大核心 2011年第11期1326-1326,共1页

会议定于2011年7月29日～8月2日在成都召开。会议主题：①化学与光谱分析的理论研究（包括化学计量学、量子化学、化学信息学）；②原子光谱及其应用（AAS、AES、AFS、Plasma等）；

关键词 化学计量学 光谱分析 Plasma 化学信息学 量子化学 原子光谱 AES AFS

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机器学习预测食品重金属检测中铜离子对汞离子荧光信号的干扰 被引量：2

12

作者 宋方亮 梁盈 +2 位作者 董界 王雪洁 钱洁 《食品与机械》 CSCD 北大核心 2024年第5期62-66,153,共6页

目的:构建一个人工智能预测模型,在存在Cu^(2+)干扰的复杂食品检测环境下预测荧光探针对Hg^(2+)的选择性。方法:采用荧光探针技术结合7种先进经典的机器学习模型,预测分析存在Cu^(2+)干扰时探针对Hg^(2+)的选择性,并比较各模型的预测效... 目的:构建一个人工智能预测模型,在存在Cu^(2+)干扰的复杂食品检测环境下预测荧光探针对Hg^(2+)的选择性。方法:采用荧光探针技术结合7种先进经典的机器学习模型,预测分析存在Cu^(2+)干扰时探针对Hg^(2+)的选择性,并比较各模型的预测效果,选择最优模型。结果:基于分子二维描述符(molecular 2D descriptors,Mol2D)和极端梯度提升算法成功建立了在交叉验证和测试集中准确度为0.786和0.810的高效模型,在Cu^(2+)干扰下准确预判Hg^(2+)的探针选择性。结论:该模型通过选择性预判对Hg^(2+)荧光分子探针的设计进行改进,使Hg^(2+)荧光探针的设计更加高效可靠。 展开更多

关键词 汞离子检测 荧光分子探针 探针选择性 机器学习 化学信息学

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上海市协同创新中心 上海交通大学医学院转化医学协同创新中心 被引量：1

13

作者 吴慧 仇晓春 《上海交通大学学报（医学版）》 CSCD 北大核心 2017年第10期I0003-I0004,共2页

上海交通大学医学院转化医学协同创新中心作为上海市教委知识服务平台于2012年底通过市教委筹建验收，2014年6月顺利通过中期检查并获批为上海市协同创新中心。中心以上海交通大学医学院为核心单位，组建了药动学与代谢组学、分子影像... 上海交通大学医学院转化医学协同创新中心作为上海市教委知识服务平台于2012年底通过市教委筹建验收，2014年6月顺利通过中期检查并获批为上海市协同创新中心。中心以上海交通大学医学院为核心单位，组建了药动学与代谢组学、分子影像学、靶标发现与新药筛选、系统药理学与化学信息学、药物设计与合成分析5个新药临床前研究平台和知识服务型团队。 展开更多

关键词 上海交通大学 转化医学 上海市 医学院 协同 新药筛选 分子影像学 化学信息学

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转化医学

14

作者 吴慧(编译) 仇晓春(审校) 《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2016年第7期I0007-I0008,共2页

上海交通大学医学院转化医学协同创新中心作为上海市教委知识服务平台于2012年底通过市教委筹建验收，2014年6月顺利通过中期检查并批准为上海市协同创新中心。中心以上海交通大学医学院为核心单位，组建了药动学与代谢组学、分子影像... 上海交通大学医学院转化医学协同创新中心作为上海市教委知识服务平台于2012年底通过市教委筹建验收，2014年6月顺利通过中期检查并批准为上海市协同创新中心。中心以上海交通大学医学院为核心单位，组建了药动学与代谢组学、分子影像学、靶标发现与新药筛选、系统药理学与化学信息学、药物设计与合成分析5个新药临床前研究平台和知识服务型团队。 展开更多

关键词 上海交通大学 转化医学 医学院 上海市 协同 新药筛选 分子影像学 化学信息学

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上海市协同创新中心上海交通大学医学院转化医学协同创新中心

15

作者 吴慧 仇晓春 《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2016年第8期I0011-I0012,共2页

上海交通大学医学院转化医学协同创新中心作为上海市教委知识服务平台于2012年底通过市教委筹建验收，2014年6月顺利通过中期检查并批准为上海市协同创新中心。中心以上海交通大学医学院为核心单位，组建了药动学与代谢组学、分子影像... 上海交通大学医学院转化医学协同创新中心作为上海市教委知识服务平台于2012年底通过市教委筹建验收，2014年6月顺利通过中期检查并批准为上海市协同创新中心。中心以上海交通大学医学院为核心单位，组建了药动学与代谢组学、分子影像学、靶标发现与新药筛选、系统药理学与化学信息学、药物设计与合成分析5个新药临床前研究平台和知识服务型团队。 展开更多

关键词 上海交通大学 转化医学 医学院 上海市 协同 新药筛选 分子影像学 化学信息学

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化工出版社重点书推荐

16

《化工进展》 EI CAS CSCD 北大核心 2006年第6期719-720,共2页

关键词 化工出版社 重点书 化学品 化学修复技术 化学信息学 有机合成 化学合成 芳烃 分子机器 分子器件 电子器件

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上海市协同创新中心 上海交通大学医学院转化医学协同创新中心

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作者 吴慧(编译) 仇晓春 《上海交通大学学报（医学版）》 CSCD 北大核心 2016年第11期I0003-I0004,共2页

上海交通大学医学院转化医学协同创新中心作为上海市教委知识服务平台于2012年底通过市教委筹建验收，2014年6月顺利通过中期检查并批准为上海市协同创新中心。中心以上海交通大学医学院为核心单位．组建了药动学与代谢组学、分子影像... 上海交通大学医学院转化医学协同创新中心作为上海市教委知识服务平台于2012年底通过市教委筹建验收，2014年6月顺利通过中期检查并批准为上海市协同创新中心。中心以上海交通大学医学院为核心单位．组建了药动学与代谢组学、分子影像学，靶标发现与新药筛选、系统药理学与化学信息学、药物设计与合成分析5个新药临床前研究平台和知识服务型团队。 展开更多

关键词 上海交通大学 转化医学 上海市 医学院 协同 新药筛选 分子影像学 化学信息学

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上海市协同创新中心 上海交通大学医学院转化医学协同创新中心

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作者 吴慧 仇晓春 《上海交通大学学报（医学版）》 CSCD 北大核心 2017年第9期I0005-I0006,共2页

上海交通大学医学院转化医学协同创新中心作为上海市教委知识服务平台于2012年底通过市教委筹建验收．2014年6月顺利通过中期检查并获批为上海市协同创新中心。中心以上海交通大学医学院为核心单位．组建了药动学与代谢组学、分子影像... 上海交通大学医学院转化医学协同创新中心作为上海市教委知识服务平台于2012年底通过市教委筹建验收．2014年6月顺利通过中期检查并获批为上海市协同创新中心。中心以上海交通大学医学院为核心单位．组建了药动学与代谢组学、分子影像学、靶标发现与新药筛选、系统药理学与化学信息学、药物设计与合成分析5个新药临床前研究平台和知识服务型团队。 展开更多

关键词 上海交通大学 转化医学 上海市 医学院 协同 新药筛选 分子影像学 化学信息学

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上海市协同创新中心上海交通大学医学院转化医学协同创新中心

19

作者 吴慧(编译) 仇晓春(审校) 《上海交通大学学报（医学版）》 CSCD 北大核心 2017年第7期I0005-I0006,共2页

上海交通大学医学院转化医学协同创新中心作为上海市教委知识服务平台于2012年底通过市教委筹建验收，2014年6月顺利通过中期检查并获批为上海市协同创新中心。中心以上海交通大学医学院为核心单位，组建了药动学与代谢组学、分子影像... 上海交通大学医学院转化医学协同创新中心作为上海市教委知识服务平台于2012年底通过市教委筹建验收，2014年6月顺利通过中期检查并获批为上海市协同创新中心。中心以上海交通大学医学院为核心单位，组建了药动学与代谢组学、分子影像学、靶标发现与新药筛选、系统药理学与化学信息学、药物设计与合成分析5个新药临床前研究平台和知识服务型团队。通过协同相关附属医院以及国家GCP平台、 展开更多

关键词 上海交通大学 转化医学 医学院 上海市 协同 新药筛选 分子影像学 化学信息学

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含能化合物热解反应机理综合分析平台构建研究

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作者 饶硕雯 任春醒 +5 位作者 郑默 徐立环 牛诗尧 曲文刚 高红旭 李晓霞 《含能材料》 2025年第9期1123-1134,共12页

面向利用ReaxFF MD模拟研究含能化合物热解燃烧机理共性规律的需求,构建了含能化合物热解反应机理数据综合分析平台ReaxMDDB-EMs。提出和建立了预处理与批量导入相结合的自动导入策略,测试结果表明含有百万物种和百万反应数据的导入耗... 面向利用ReaxFF MD模拟研究含能化合物热解燃烧机理共性规律的需求,构建了含能化合物热解反应机理数据综合分析平台ReaxMDDB-EMs。提出和建立了预处理与批量导入相结合的自动导入策略,测试结果表明含有百万物种和百万反应数据的导入耗时减少为26.8 h、性能提升了约18倍,为解决海量反应数据导入耗时过长问题提供了一种有效方案。研发的多层次的反应机理分析方法可多角度对汇集的海量反应数据进行统一检索、统计分析和结果的可视化。利用ReaxMDDB-EMs对4种硝胺含能化合物热解特性的研究应用表明:建立的ReaxMDDB-EMs可在汇集了多种含能材料热解反应空间内综合分析获得其反应机理的共性规律、揭示材料结构与反应性关系,有望为大数据时代数据驱动的含能材料按需设计的新研究范式提供一种高效平台。 展开更多

关键词 反应分子动力学模拟 化学信息学 含能材料 热解反应机理 多层次机理分析

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