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生化反应系统的高维矩阵方程被引量：1: 1; 作者周天寿《江西师范大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2017年第1期1-5,共5页; 化学主方程对生化反应系统提供了一个建模框架,但它的分析与模拟一直是计算系统生物学的一个难题,到目前为止并没有得到解决.这里,通过引进高维矩阵及其运算规则,首先把化学主方程表示为高维矩阵方程,然后给出了其分析解的形式表示,此... 展开更多; 关键词化学主方程高维矩阵方程矩阵指数函数环路算法; 在线阅读下载PDF 职称材料

马氏和半马氏反应系统中的噪声效果分析: 2; 作者曹文洁滕嘉琪 +1 位作者陈浩文周天寿《中山大学学报（自然科学版）（中英文）》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期291-300,共10页; 基因调控网、信号转导网、代谢控制网和蛋白质相互网等生物分子网络是计算系统生物学的主要研究对象.从随机过程的观点,这些网络可以划分为马氏反应网和非马氏反应网,依赖于分子机制的实验测定.另一方面,由于生化反应事件是随机发生的,... 展开更多; 关键词马氏反应网络半马氏反应网络分子噪声化学主方程; 在线阅读下载PDF 职称材料

生化反应系统的建模与分析被引量：6: 3; 作者雷锦誌《江西师范大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2015年第3期230-239,共10页; 很多细胞行为受细胞内基因表达和蛋白质相互作用等生物化学反应的调控.这些细胞内的生化反应表现出明显的随机性,它成为描述细胞行为的可计算建模中不可忽略的因素.该文是关于计算系统生物学中随机模拟的基本理论和新进展的自洽综述.本... 展开更多; 关键词系统生物学随机模拟化学主方程生物化学反应随机微分方程; 在线阅读下载PDF 职称材料

λ噬菌体阻抑物基因表达调控的随机稳态结构: 4; 作者黄婷张宇欣 +1 位作者唐伟游雄《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第4期721-728,共8页; [目的]本文旨在研究λ噬菌体自阻抑蛋白CI降解对基因表达稳态的影响。[方法]根据λ噬菌体阻抑物基因cI表达调控的化学反应,针对线性降解和非线性降解情形,分别建立化学主方程。通过无量纲化速率方程的分支分析,确定2种稳态结构的降解速... 展开更多; 关键词 Λ噬菌体化学主方程蒙特卡洛模拟双稳态; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名生化反应系统的高维矩阵方程被引量：1: 1; 作者周天寿; 机构中山大学数学学院; 出处《江西师范大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2017年第1期1-5,共5页; 基金国家自然科学基金委/重大研究计划/集成(91530320) 科技部973课题(2014CB964703)资助项目; 文摘化学主方程对生化反应系统提供了一个建模框架,但它的分析与模拟一直是计算系统生物学的一个难题,到目前为止并没有得到解决.这里,通过引进高维矩阵及其运算规则,首先把化学主方程表示为高维矩阵方程,然后给出了其分析解的形式表示,此外还介绍了一种求解高维矩阵方程的高效数值方法.研究表明:高维矩阵方法似乎解决了化学主方程的分析求解和数值求解问题.; 关键词化学主方程高维矩阵方程矩阵指数函数环路算法; Keywords chemical master equation high-dimensional matrix equation matrix exponent function cyclic iterative algorithm; 分类号 Q242 [生物学—细胞生物学] Q332 [生物学—遗传学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名马氏和半马氏反应系统中的噪声效果分析: 2; 作者曹文洁滕嘉琪陈浩文周天寿; 机构中山大学数学学院; 出处《中山大学学报（自然科学版）（中英文）》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期291-300,共10页; 基金国家自然科学基金(11931019,62373384) 国家重点研发计划(2021YFA1302500)。; 文摘基因调控网、信号转导网、代谢控制网和蛋白质相互网等生物分子网络是计算系统生物学的主要研究对象.从随机过程的观点,这些网络可以划分为马氏反应网和非马氏反应网,依赖于分子机制的实验测定.另一方面,由于生化反应事件是随机发生的,这必然会导致反应物种水平的涨落(即生化反应系统是固有噪声的).这种分子噪声可能在自然选择、细胞命运决定、细胞内部过程等起着重要作用.一个未完全解决的问题是分子噪声的生物学功能是什么.本文分别分析地导出一般的马氏生化网络和一般的半马氏生化网络中分子噪声对各个反应物种水平影响的计算公式,并对一般的朗之万方程,建立了小噪声影响系统平衡态和特征值的两个实用定理.此外,以广义生灭过程作为一个例子,分析地显示出分子记忆的效果等同于反馈的引入.本文的分析结果既有宽广的应用前景,也为基于实验数据的统计推断奠定了基础.; 关键词马氏反应网络半马氏反应网络分子噪声化学主方程; Keywords Markov reaction network semi-Markov reaction molecular noise chemical master equation; 分类号 O29 [理学—应用数学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名生化反应系统的建模与分析被引量：6: 3; 作者雷锦誌; 机构清华大学周培源应用数学研究中心; 出处《江西师范大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2015年第3期230-239,共10页; 基金国家自然科学基金面上(11272169) 重大研究计划(91430101)资助项目; 文摘很多细胞行为受细胞内基因表达和蛋白质相互作用等生物化学反应的调控.这些细胞内的生化反应表现出明显的随机性,它成为描述细胞行为的可计算建模中不可忽略的因素.该文是关于计算系统生物学中随机模拟的基本理论和新进展的自洽综述.本综述从生化反应系统的基本假设出发,介绍关于生化反应内部噪声、外部随机扰动和包含时间滞后的反应过程的各种数学描述,包括化学主方程、化学福克尔-普朗克方程、化学速率方程、化学郎之万方程等;还介绍了相关的数值模拟方法,包括随机模拟算法和τ跳跃算法.; 关键词系统生物学随机模拟化学主方程生物化学反应随机微分方程; Keywords systems biology stochastic simulation chemical master equation biochemical reaction stochastic differ-ential equation; 分类号 O29 [理学—应用数学] Q61 [生物学—生物物理学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名λ噬菌体阻抑物基因表达调控的随机稳态结构: 4; 作者黄婷张宇欣唐伟游雄; 机构南京农业大学园艺学院南京农业大学理学院; 出处《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第4期721-728,共8页; 基金国家自然科学基金项目(11871268,11171155) 江苏省自然科学基金项目(BK20171370)。; 文摘 [目的]本文旨在研究λ噬菌体自阻抑蛋白CI降解对基因表达稳态的影响。[方法]根据λ噬菌体阻抑物基因cI表达调控的化学反应,针对线性降解和非线性降解情形,分别建立化学主方程。通过无量纲化速率方程的分支分析,确定2种稳态结构的降解速率范围,画出参数平面上的分支图。应用蒙特卡洛模拟探究cI基因表达稳态结构及其转换。[结果]随着蛋白降解速率常数的减小,蛋白的降解方式由线性降解变为非线性降解,细菌由裂解态经过不稳定的双稳态转换到溶原态。[结论]阻抑物蛋白CI的降解率及降解方式的变化可能是噬菌体溶原/裂解途径决定的一种新机制。; 关键词 Λ噬菌体化学主方程蒙特卡洛模拟双稳态; Keywords λphage chemical master equation Monte Carlo simulation bistability; 分类号 Q937 [生物学—微生物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

	题名	作者	出处	发文年	被引量	操作
1	生化反应系统的高维矩阵方程	周天寿	《江西师范大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心	2017	1	在线阅读下载PDF 职称材料
2	马氏和半马氏反应系统中的噪声效果分析	曹文洁滕嘉琪陈浩文周天寿	《中山大学学报（自然科学版）（中英文）》 CAS CSCD 北大核心	2024	0	在线阅读下载PDF 职称材料
3	生化反应系统的建模与分析	雷锦誌	《江西师范大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心	2015	6	在线阅读下载PDF 职称材料
4	λ噬菌体阻抑物基因表达调控的随机稳态结构	黄婷张宇欣唐伟游雄	《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心	2022	0	在线阅读下载PDF 职称材料