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题名沼泽红假单胞菌相似菌株间差异功能模体的筛选和分析
被引量：1
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作者
杨艳北
许晶
马荆鄂
冯育林
孙勇
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机构
江西中医药大学博士后流动站/正邦集团有限公司博士后工作站
南昌师范学院生物技术研究院/江西省地方鸡种遗传改良重点实验室
南昌师范学院生命科学学院
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出处
《江苏农业科学》
北大核心
2022年第3期73-78,共6页
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基金
江西省教育厅科学技术研究项目(编号:GJJ181090、GJJ202631、GJJ191131)
南昌师范学院博士科研启动基金(编号:NSBSJJ2018023)
南昌师范学院校级科研项目(编号:20RWYB02)。
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文摘
从功能模体水平上,探索沼泽红假单胞菌相似菌株间功能差异的机理。利用循环遍历算法和Python特有的字典数据格式,编写脚本test.py和difference analysis.py,筛选沼泽红假单胞菌CGA009和YSC3差异功能模体。沼泽红假单胞菌CGA009独有14种功能模体,功能主要集中在DNA复制、合成、修复、重排和结构稳定;蛋白质合成;呼吸链的电子转移;细胞的增殖和分化;生长和繁殖;代谢途径的补充;离子运输;清除毒性物质甲基乙二醛。沼泽红假单胞菌CGA009独有5种功能模体,功能主要集中在重金属铜的抗性、降解生物胺、调节生物节律和光周期。沼泽红假单胞菌CGA009对紫外线和化学试剂具有抵抗能力,DNA骨架结构更稳定,生长和繁殖性能更强。沼泽红假单胞菌YSC3,对光照反应更加敏感,对重金属铜具有抵抗能力,能够降解生物胺,生存能力更强。本研究编写的Python脚本,广泛适用于细菌、真菌、动物、植物等所有物种。
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关键词
沼泽红假单胞菌
功能模体
Python程序
生物信息学
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分类号
S188
[农业科学—农业基础科学]
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