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纸皮核桃内果皮硬化期差异表达基因筛选及功能预测
被引量：
9
1
作者
鱼尚奇
贾昌路
+5 位作者
宋岩
刘春花
郭永翠
张文涛
陈立平
张锐
《果树学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第4期410-420,共11页
【目的】综合分析纸皮核桃内果皮硬化期转录本表达情况,获得3个代表样本间差异表达基因,为系统研究纸皮核桃内果皮木质化的分子机理打下基础。【方法】采用转录组测序技术对其内果皮硬化期3个样品测序,利用生物信息学方法和软件筛选样...
【目的】综合分析纸皮核桃内果皮硬化期转录本表达情况,获得3个代表样本间差异表达基因,为系统研究纸皮核桃内果皮木质化的分子机理打下基础。【方法】采用转录组测序技术对其内果皮硬化期3个样品测序,利用生物信息学方法和软件筛选样本间的差异表达基因并进行生物学功能预测。【结果】通过Trinity软件拼接得到76 814条Unigene,筛选出了609个差异表达基因,利用Gene Ontology和KEGG数据库对差异表达基因注释,发现差异表达基因显著富集在植物激素信号转导、苯丙烷类生物合成、苯丙氨酸代谢、ABC转运子合成、泛醌和其他萜类醌生物合成等途径中。【结论】筛出了纸皮核桃内果皮硬化期差异表达基因显著富集的主要代谢途径,为今后系统研究纸皮核桃内果皮木质化的分子机理打下了良好基础。
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关键词
核桃内果皮
差异表达基因
表达模式
分析
功能显著性富集分析
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职称材料
题名
纸皮核桃内果皮硬化期差异表达基因筛选及功能预测
被引量：
9
1
作者
鱼尚奇
贾昌路
宋岩
刘春花
郭永翠
张文涛
陈立平
张锐
机构
新疆生产建设兵团塔里木盆地生物资源保护利用重点实验室
塔里木大学生命科学学院
新疆大学科学技术学院(阿克苏校区)
塔里木大学植物科学学院
南疆特色果树高效优质栽培与深加工技术国家地方联合工程实验室
塔里木大学信息工程学院
出处
《果树学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第4期410-420,共11页
基金
兵团南疆重点产业创新发展支撑计划(2017DB006)
国家自然科学基金(31260469)
研究生科研创新项目(TDGRI201716)
文摘
【目的】综合分析纸皮核桃内果皮硬化期转录本表达情况,获得3个代表样本间差异表达基因,为系统研究纸皮核桃内果皮木质化的分子机理打下基础。【方法】采用转录组测序技术对其内果皮硬化期3个样品测序,利用生物信息学方法和软件筛选样本间的差异表达基因并进行生物学功能预测。【结果】通过Trinity软件拼接得到76 814条Unigene,筛选出了609个差异表达基因,利用Gene Ontology和KEGG数据库对差异表达基因注释,发现差异表达基因显著富集在植物激素信号转导、苯丙烷类生物合成、苯丙氨酸代谢、ABC转运子合成、泛醌和其他萜类醌生物合成等途径中。【结论】筛出了纸皮核桃内果皮硬化期差异表达基因显著富集的主要代谢途径,为今后系统研究纸皮核桃内果皮木质化的分子机理打下了良好基础。
关键词
核桃内果皮
差异表达基因
表达模式
分析
功能显著性富集分析
Keywords
Walnut endocarp
Differential expression genes
Expression profile analysis
Functional significance enrichment analysis
分类号
S664.1 [农业科学—果树学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
纸皮核桃内果皮硬化期差异表达基因筛选及功能预测
鱼尚奇
贾昌路
宋岩
刘春花
郭永翠
张文涛
陈立平
张锐
《果树学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019
9
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