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题名猪基因共表达网络模块的构建及功能分析
被引量：2
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作者
魏凯
张婷婷
马磊
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机构
石河子大学生命科学学院
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出处
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第11期2205-2215,共11页
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基金
国家自然科学基金(31272416
31560310)
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文摘
旨在构建猪(Sus scrofa)的基因共表达网络模块,挖掘功能基因。基于权重基因共表达网络分析技术(Weighted gene co-expression network analysis,WGCNA),利用猪的多组织转录组测序数据,构建了24个猪的基因共表达模块,并对模块进行生物学过程、KEGG通路、疾病和组织特异性分析。结果显示,模块具有功能特异性,与器官的发育阶段、代谢通路有关,且同一模块中的信号通路间呈现调控关系;模块可富集与代谢、神经系统、癌症相关的疾病基因;模块可定位于特定组织。分析发现,钙调通路、PI3K-Akt通路、MAPK通路、泛素介导通路等在模块中呈现关键作用,催产素通路、昼夜节律通路内的相关基因对繁殖调控具有重要作用,SIX1、PRKAG3等基因的局部网络涉及肌肉发育。综上表明,在基因组水平上,构建和分析基因表达调控网络,可为探究中国地方猪品种特有的基因资源信息、丰富分子育种理论,提供新思路和新途径。
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关键词
基因共表达网络模块
功能协同性
组织特异性
猪
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Keywords
gene co-expression network modules
functional cooperativity
tissue specifieity
pig
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分类号
S828.2
[农业科学—畜牧学]
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