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基于知识编码的剪切位点预测
被引量：
3
1
作者
黄金艳
李通化
陈开
《同济大学学报（自然科学版）》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2007年第11期1548-1551,1561,共5页
在现有生物统计中,对脱氧核糖核酸中碱基的编码表达主要限于腺嘌呤,鸟嘌呤,胞嘧啶和胸腺嘧啶4种.但这种编码方式的变量太少,同时没有考虑碱基在脱氧核糖核酸中的位置信息,在剪切位点预测中,准确率不会超过90%.据此采用基于知识的编码方...
在现有生物统计中,对脱氧核糖核酸中碱基的编码表达主要限于腺嘌呤,鸟嘌呤,胞嘧啶和胸腺嘧啶4种.但这种编码方式的变量太少,同时没有考虑碱基在脱氧核糖核酸中的位置信息,在剪切位点预测中,准确率不会超过90%.据此采用基于知识的编码方式,即真剪切位点与假剪切位点的统计差表,结合支持向量机方法,大大提高了剪切位点识别的准确率,并进一步采用碱基的统计特征的多变量编码方式使真给体位点和假给体位点的预报率分别达到96.4%和93.0%,真受体位点和假受体位点的预报率分别达到94.4%和93.0%.
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关键词
基因
识别
支持向量机
剪切
位点
识别
编码方法
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职称材料
利用改进的MutMap方法克隆水稻雄性不育基因
被引量：
14
2
作者
陈竹锋
严维
+6 位作者
王娜
张文辉
谢刚
卢嘉威
简智华
刘东风
唐晓艳
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第1期85-93,共9页
通过对籼稻黄华占EMS(甲磺酸乙酯)诱变,筛选得到一隐性核不育的水稻雄性不育突变体osms55,遗传分析表明该突变体为单基因控制的隐性核不育,采用高通量的Illumina Infinium iSelect SNP(50 K)芯片检测技术鉴定该突变体的遗传背景,确认该...
通过对籼稻黄华占EMS(甲磺酸乙酯)诱变,筛选得到一隐性核不育的水稻雄性不育突变体osms55,遗传分析表明该突变体为单基因控制的隐性核不育,采用高通量的Illumina Infinium iSelect SNP(50 K)芯片检测技术鉴定该突变体的遗传背景,确认该突变体的遗传背景与黄华占一致。文章利用改进的MutMap方法成功克隆该雄性不育基因,突变位点与突变表型的共分离分析表明LOC_Os02g40450(MER3)是控制osms55突变体雄性不育的基因,该基因的剪切识别位点发生变异后导致剪切异常,造成第5外显子缺失15个碱基,从而产生雄性不育。改进的MutMap方法无需精确组装的野生型基因组序列作对照,而是通过将定位群体中有突变表型植株的DNA pool和野生型植株DNA的重测序结果分别与日本晴参考基因组进行比对,然后再比较突变体和野生型的差异SNP来确定候选基因,该方法大大降低了野生型基因组测序和组装成本,进一步扩大了MutMap方法的应用范围。
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关键词
水稻(Oryza
SATIVA
L
)
突变体
雄性不育
MutMap
剪切识别位点
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职称材料
题名
基于知识编码的剪切位点预测
被引量：
3
1
作者
黄金艳
李通化
陈开
机构
同济大学化学系
出处
《同济大学学报（自然科学版）》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2007年第11期1548-1551,1561,共5页
基金
国家自然科学基金资助项目(20275026)
文摘
在现有生物统计中,对脱氧核糖核酸中碱基的编码表达主要限于腺嘌呤,鸟嘌呤,胞嘧啶和胸腺嘧啶4种.但这种编码方式的变量太少,同时没有考虑碱基在脱氧核糖核酸中的位置信息,在剪切位点预测中,准确率不会超过90%.据此采用基于知识的编码方式,即真剪切位点与假剪切位点的统计差表,结合支持向量机方法,大大提高了剪切位点识别的准确率,并进一步采用碱基的统计特征的多变量编码方式使真给体位点和假给体位点的预报率分别达到96.4%和93.0%,真受体位点和假受体位点的预报率分别达到94.4%和93.0%.
关键词
基因
识别
支持向量机
剪切
位点
识别
编码方法
Keywords
gene recognition
support vector machines
splice-site recognition
encoding approach
分类号
Q811.4 [生物学—生物工程]
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职称材料
题名
利用改进的MutMap方法克隆水稻雄性不育基因
被引量：
14
2
作者
陈竹锋
严维
王娜
张文辉
谢刚
卢嘉威
简智华
刘东风
唐晓艳
机构
深圳市作物分子设计育种研究院
首都师范大学生命科学学院
出处
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第1期85-93,共9页
基金
国家自然科学基金项目(编号:31110103917)
广东省引进创新科研团队计划资助项目(编号:201001S0104725509)
深圳市科创委基础研究重点项目(编号:JC201005280655A)资助
文摘
通过对籼稻黄华占EMS(甲磺酸乙酯)诱变,筛选得到一隐性核不育的水稻雄性不育突变体osms55,遗传分析表明该突变体为单基因控制的隐性核不育,采用高通量的Illumina Infinium iSelect SNP(50 K)芯片检测技术鉴定该突变体的遗传背景,确认该突变体的遗传背景与黄华占一致。文章利用改进的MutMap方法成功克隆该雄性不育基因,突变位点与突变表型的共分离分析表明LOC_Os02g40450(MER3)是控制osms55突变体雄性不育的基因,该基因的剪切识别位点发生变异后导致剪切异常,造成第5外显子缺失15个碱基,从而产生雄性不育。改进的MutMap方法无需精确组装的野生型基因组序列作对照,而是通过将定位群体中有突变表型植株的DNA pool和野生型植株DNA的重测序结果分别与日本晴参考基因组进行比对,然后再比较突变体和野生型的差异SNP来确定候选基因,该方法大大降低了野生型基因组测序和组装成本,进一步扩大了MutMap方法的应用范围。
关键词
水稻(Oryza
SATIVA
L
)
突变体
雄性不育
MutMap
剪切识别位点
Keywords
rice
mutant
male sterility
MutMap
splice-recognition site
分类号
S511 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于知识编码的剪切位点预测
黄金艳
李通化
陈开
《同济大学学报（自然科学版）》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2007
3
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
利用改进的MutMap方法克隆水稻雄性不育基因
陈竹锋
严维
王娜
张文辉
谢刚
卢嘉威
简智华
刘东风
唐晓艳
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2014
14
在线阅读
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职称材料
已选择
0
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引证文献
统计分析
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