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格氏乳杆菌CRISPR/Cas系统生物信息学分析
1
作者
廖彩羽
汤科
+5 位作者
程道梅
赵长菘
高睿
王铎蓉
肖宇涵
韩云蕾
《食品与发酵工业》
北大核心
2025年第15期24-31,I0003,共9页
规律成簇间隔短回文重复序列(CRISPR/Cas)系统近年来被广泛应用于基因编辑。为开发基于格氏乳杆菌(Lactobacillus gasseri)CRISPR/Cas系统的基因编辑工具,该研究通过生物信息学方法对L.gasseri菌株的CRISPR/Cas系统的结构及作用机制进...
规律成簇间隔短回文重复序列(CRISPR/Cas)系统近年来被广泛应用于基因编辑。为开发基于格氏乳杆菌(Lactobacillus gasseri)CRISPR/Cas系统的基因编辑工具,该研究通过生物信息学方法对L.gasseri菌株的CRISPR/Cas系统的结构及作用机制进行分析。从GenBank数据库中获得了142株L.gasseri的全基因组序列,利用CRISPRViz软件查找菌株中存在的CRISPR位点,CRISPROne对Cas蛋白的种类及tracrRNA的位置进行预测、RNAfold预测CRISPR区重复序列的二级结构、CRISPRTarget查找间隔序列的同源物及对前间隔序列邻近基序(protospacer adjacent motif,PAM)序列的预测。结果显示,在142株菌株基因组中有31株含有CRISPR序列,共包含54个CRISPR位点,其重复序列大小为28~38 nt,间隔序列大小为26~38 nt,数量为3~32个不等。29株基因组中含有Cas蛋白编码基因,包括Ⅱ-A亚型(26株,89.66%)和Ⅰ-E亚型(9株,31.03%),且其中有6株同时携带这2种亚型的Cas蛋白编码基因。24株Ⅱ-A亚型菌株包含2个tracrRNA基因,分别位于cas9基因上游和cas1与cas9基因之间的非编码区。在456个独特的间隔序列中有109个靶向噬菌体,93个靶向质粒,其余都未识别到靶向物种。L.gasseri Cas9蛋白识别的PAM序列是5′-AAAA-3′。研究结果可为开发基于CRISPR/Cas9的L.gasseri基因编辑工具提供参考。
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关键词
格氏乳杆菌
CRISPR/Cas
重复
序列
间隔
序列
tracrRNA
前间隔序列邻近基序
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职称材料
题名
格氏乳杆菌CRISPR/Cas系统生物信息学分析
1
作者
廖彩羽
汤科
程道梅
赵长菘
高睿
王铎蓉
肖宇涵
韩云蕾
机构
成都医学院公共卫生学院
成都医学院基础医学院
出处
《食品与发酵工业》
北大核心
2025年第15期24-31,I0003,共9页
基金
四川省自然科学基金项目(2022NSFSC1679)
成都医学院研究生科研创新基金项目(YCX2024-01-71)。
文摘
规律成簇间隔短回文重复序列(CRISPR/Cas)系统近年来被广泛应用于基因编辑。为开发基于格氏乳杆菌(Lactobacillus gasseri)CRISPR/Cas系统的基因编辑工具,该研究通过生物信息学方法对L.gasseri菌株的CRISPR/Cas系统的结构及作用机制进行分析。从GenBank数据库中获得了142株L.gasseri的全基因组序列,利用CRISPRViz软件查找菌株中存在的CRISPR位点,CRISPROne对Cas蛋白的种类及tracrRNA的位置进行预测、RNAfold预测CRISPR区重复序列的二级结构、CRISPRTarget查找间隔序列的同源物及对前间隔序列邻近基序(protospacer adjacent motif,PAM)序列的预测。结果显示,在142株菌株基因组中有31株含有CRISPR序列,共包含54个CRISPR位点,其重复序列大小为28~38 nt,间隔序列大小为26~38 nt,数量为3~32个不等。29株基因组中含有Cas蛋白编码基因,包括Ⅱ-A亚型(26株,89.66%)和Ⅰ-E亚型(9株,31.03%),且其中有6株同时携带这2种亚型的Cas蛋白编码基因。24株Ⅱ-A亚型菌株包含2个tracrRNA基因,分别位于cas9基因上游和cas1与cas9基因之间的非编码区。在456个独特的间隔序列中有109个靶向噬菌体,93个靶向质粒,其余都未识别到靶向物种。L.gasseri Cas9蛋白识别的PAM序列是5′-AAAA-3′。研究结果可为开发基于CRISPR/Cas9的L.gasseri基因编辑工具提供参考。
关键词
格氏乳杆菌
CRISPR/Cas
重复
序列
间隔
序列
tracrRNA
前间隔序列邻近基序
Keywords
Lactobacillus gasseri
CRISPR/Cas
repeats
spacer
tracrRNA
protospacer adjacent motif(PAM)
分类号
Q78 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
格氏乳杆菌CRISPR/Cas系统生物信息学分析
廖彩羽
汤科
程道梅
赵长菘
高睿
王铎蓉
肖宇涵
韩云蕾
《食品与发酵工业》
北大核心
2025
0
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