提出一种基于Yarn云平台的基因启发式多序列比对算法。建立核酸替换等价矩阵作为基因启发式数学模型,构建Yarn云平台逻辑架构,通过对基因数据预处理、基因数据存储、基因序列比对、基因数据管理、基因数据分析等步骤,对数据分类保存,划...提出一种基于Yarn云平台的基因启发式多序列比对算法。建立核酸替换等价矩阵作为基因启发式数学模型,构建Yarn云平台逻辑架构,通过对基因数据预处理、基因数据存储、基因序列比对、基因数据管理、基因数据分析等步骤,对数据分类保存,划分错误率较高的长序列,得到多个较短的基因片段。对不同片段实施定位,将其中的变长种子生成,进行骨架构建和孔隙填补,可以实现基因启发式多序列比对。结果表明,设计的算法在不同数据集下处理时间缩短,多序列比对SP(Sum of Pairs)的分值较高,实验验证了该多序列比对方法具有很好的应用价值。展开更多
文摘提出一种基于Yarn云平台的基因启发式多序列比对算法。建立核酸替换等价矩阵作为基因启发式数学模型,构建Yarn云平台逻辑架构,通过对基因数据预处理、基因数据存储、基因序列比对、基因数据管理、基因数据分析等步骤,对数据分类保存,划分错误率较高的长序列,得到多个较短的基因片段。对不同片段实施定位,将其中的变长种子生成,进行骨架构建和孔隙填补,可以实现基因启发式多序列比对。结果表明,设计的算法在不同数据集下处理时间缩短,多序列比对SP(Sum of Pairs)的分值较高,实验验证了该多序列比对方法具有很好的应用价值。
