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分子表面积的精确和经验计算及其在QSAR中的应用 被引量:5
1
作者 张大仁 黄庆国 +1 位作者 韩朔睽 王连生 《环境化学》 CAS CSCD 北大核心 1994年第3期234-238,共5页
本文列出了精确计算分子表面积的公式,在分子几何结构优化的基础上,可用此式得到准确的分子表面积.用该法对20种氯代酚进行了计算,所得分子表面积能很好地预言其正辛醇/水分配系数.并且用分子表面积(或取代基数)加上OH基的表面积,能很... 本文列出了精确计算分子表面积的公式,在分子几何结构优化的基础上,可用此式得到准确的分子表面积.用该法对20种氯代酚进行了计算,所得分子表面积能很好地预言其正辛醇/水分配系数.并且用分子表面积(或取代基数)加上OH基的表面积,能很好预言其对发光菌的毒性.此外.还提出了计算分子表面积的经验方法——碎片加和法,此法应用于某些取代芳烃化合物.也得到与正辛醇/水分配系数很好的相关性. 展开更多
关键词 分子表面积 氯代酚 氯代芳烃 QSAR
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多环芳烃的分子表面积与双区理论 被引量:3
2
作者 王连生 汪小江 黄庆国 《环境化学》 CAS CSCD 北大核心 1992年第4期1-6,共6页
本文提出了一种利用基团贡献法原理计算分子表面积(TSA)的新方法,应用该方法计算了多环芳烃(PAHs)的TSA,并以双区理论为基础,研究PAHs的分子表面积与致癌活性的关系,将TSA参数引入双区理论方程,通过本文提出的理论方程对PAHs的致癌活性... 本文提出了一种利用基团贡献法原理计算分子表面积(TSA)的新方法,应用该方法计算了多环芳烃(PAHs)的TSA,并以双区理论为基础,研究PAHs的分子表面积与致癌活性的关系,将TSA参数引入双区理论方程,通过本文提出的理论方程对PAHs的致癌活性进行了计算,所得结果与实验值吻合得很好,对双区理论进行了分子表面积的补充。 展开更多
关键词 多环芳烃 致癌活性 分子表面积
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单取代苯衍生物的QSAR研究——分子表面积和活性基团表面积的应用 被引量:4
3
作者 张大仁 《环境化学》 CAS CSCD 北大核心 1996年第6期536-540,共5页
本文对30种单取代苯衍生物的结构和毒性关系进行了研究,由于取代基的多样性和性质的各不相同,用量子化学计算所得电子性质参数、拓扑指数和某些经验参数作描述参数,均不能得到好的与毒性的相关性.为此,引入了与取代基相关的取代基活性... 本文对30种单取代苯衍生物的结构和毒性关系进行了研究,由于取代基的多样性和性质的各不相同,用量子化学计算所得电子性质参数、拓扑指数和某些经验参数作描述参数,均不能得到好的与毒性的相关性.为此,引入了与取代基相关的取代基活性基因表面积,再加上反映分于总体性质和形状的分子表面积及三阶形状指数,所得回归方程较好地反映了结构和毒性关系.这也说明了对于单取代苯衍生物,取代基在致毒作用中可能起重要作用. 展开更多
关键词 苯衍生物 QSAR 分子表面积 活性基因
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化合物分子表面积计算方法的研究
4
作者 郭明 刘文杰 王咏梅 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2002年第5期950-952,共3页
化合物的分子表面积是重要的物理化学性质参数. 根据不同的应用领域及数学方法, 提出了多种分子表面积算法[1~10], 由此产生了"分子表面积法", 各方法的有效性在各具体应用领域都已被验证. 本文将统计方法中的随机变量引入... 化合物的分子表面积是重要的物理化学性质参数. 根据不同的应用领域及数学方法, 提出了多种分子表面积算法[1~10], 由此产生了"分子表面积法", 各方法的有效性在各具体应用领域都已被验证. 本文将统计方法中的随机变量引入计算化合物分子表面积体系, 由分子模型化技术得到化合物分子的原子坐标, 不考虑化合物分子中原子的相互作用及分子间近似, 直接计算分子表面积. 使用该方法可以计算"净"分子表面积、"溶剂可及表面积"、甚至分子结构片段, 分子结构中有交叉重叠片段及存在"空洞"的各种分子表面积, 该算法及程序较简捷, 适应范围广, 计算结果较为满意. 展开更多
关键词 化合物 计算方法 随机变量 分子表面积 分子力学 分子结构 统计方法
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分子体积及表面积的Monte Carlo模拟计算 被引量:16
5
作者 商志才 俞庆森 林瑞森 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 1997年第12期1097-1100,共4页
建立了用MonteCarlo方法模拟计算vanderWaals分子体积和表面积的算法.在一定的置信度条件下,可获得在指定置信限内的期望值.与Bodor算法比较,此算法有更优的精度.
关键词 分子体积和表面积 MONTECARLO模拟 Bodor算法
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神经网络法预测分子总表面积的研究 被引量:5
6
作者 张向东 赵立群 张国义 《环境化学》 CAS CSCD 北大核心 1995年第1期43-53,共11页
本文用误差反向传播人工神经网络(ANN)预测有机分子的总表面积,提出一组分子描述码(描述分子的分支性、不饱和性和成环性)作为输入的特征参数.预测结果:对于烷烃、烯烃、炔烃、脂环烃、芳烃、卤代烃、醇、醛、酮、酸、酯、胺、硫醇、杂... 本文用误差反向传播人工神经网络(ANN)预测有机分子的总表面积,提出一组分子描述码(描述分子的分支性、不饱和性和成环性)作为输入的特征参数.预测结果:对于烷烃、烯烃、炔烃、脂环烃、芳烃、卤代烃、醇、醛、酮、酸、酯、胺、硫醇、杂环等14类有机物平均误差为2.58%,对于多环芳烃平均误差为2.88%.根据ANN法提供的信息,用统计分析的方法,得到分子总表面积与分子描述码之间的关联式,用它估算分子总表面积、估算精度相当于ANN法. 展开更多
关键词 分子表面积 分子描述码 神经网络
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从分子极性表面积预测头孢菌素类药物的血浆蛋白结合率 被引量:5
7
作者 傅旭春 柯芳 詹淑玉 《浙江大学学报(医学版)》 CAS CSCD 2007年第4期386-390,共5页
目的:采用分子结构参数预测头孢菌素类药物的血浆蛋白结合率。方法:用半经验自洽场分子轨道AM1法得到药物分子的优化几何构型,用Monte Carlo法计算分子极性表面积,相关分析采用逐步多元回归分析法。结果:头孢菌素类药物的血浆蛋白结合率... 目的:采用分子结构参数预测头孢菌素类药物的血浆蛋白结合率。方法:用半经验自洽场分子轨道AM1法得到药物分子的优化几何构型,用Monte Carlo法计算分子极性表面积,相关分析采用逐步多元回归分析法。结果:头孢菌素类药物的血浆蛋白结合率(fb)与分子量(MW)和氢键给体表面积(SH)具有良好的相关性,回归方程式为:fb=0.5057+2.861×10-3MW-0.1572SH+4.714×10-3SH2(n=22,r=0.9042)。结论:头孢菌素类药物的血浆蛋白结合率不仅与药物的脂溶性,而且还与形成氢键的能力密切相关。从药物的分子量和极性表面积可以预测头孢菌素类药物的血浆蛋白结合率。 展开更多
关键词 头孢菌素类/药代动力学 蛋白质结合 模型 统计学 血浆蛋白结合率 分子极性表面积 氢键
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基于结合自由能计算和激活实验探讨玉米肽激活乙醇脱氢酶机制
8
作者 邱智军 魏亚楠 龚明贵 《中国粮油学报》 北大核心 2025年第5期105-114,共10页
玉米肽具有显著的醒酒活性,大量实验表明,激活乙醇脱氢酶(ADH)是其发挥醒酒作用的重要途径。为了研究玉米肽激活ADH是否通过变构作用实现的,使用口袋特征(AlloSite)和盲对接(HPEPDOCK)2种预测方法识别到共同一致的ADH变构位点Site2;然... 玉米肽具有显著的醒酒活性,大量实验表明,激活乙醇脱氢酶(ADH)是其发挥醒酒作用的重要途径。为了研究玉米肽激活ADH是否通过变构作用实现的,使用口袋特征(AlloSite)和盲对接(HPEPDOCK)2种预测方法识别到共同一致的ADH变构位点Site2;然后采用分子对接(AutoDock Vina)和分子力学/广义波恩表面积(Uni-GBSA)方法计算玉米肽与变构位点Site2的结合自由能,在考虑结合自由能预测方法能力边界的前提下,分析得到玉米肽的结合自由能与其实验测定激活率之间具有较强相关性,反过来验证了变构位点预测以及玉米肽与ADH发生变构作用结果。另外,直观构效关系分析表明,玉米肽-ADH结合构象模式能够解释83%的激活活性差异案例,进一步肯定了结合自由能预测结果的可靠性及其分析结果的可信性。 展开更多
关键词 醒酒肽 变构作用 分子对接 分子力学/广义波恩表面积(MM/GBSA)
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肾素与抑制性地肤子皂苷相互作用的分子机制(英文)
9
作者 光翠娥 张海玲 +1 位作者 汪俊卿 Robert PHILLIPS 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2017年第9期8-13,共6页
地肤子中的木鳖子皂苷Ic和2’-O-β-D-吡喃葡萄糖木鳖子皂苷Ic有较强抑制肾素体外活性的功能。分子对接证实两皂苷与肾素结合较好,分别形成9个和4个氢键,氨基酸Ser230与Tyr231是氢键作用的关键残基,而Ala229、Met303、His301、Asp38、Ar... 地肤子中的木鳖子皂苷Ic和2’-O-β-D-吡喃葡萄糖木鳖子皂苷Ic有较强抑制肾素体外活性的功能。分子对接证实两皂苷与肾素结合较好,分别形成9个和4个氢键,氨基酸Ser230与Tyr231是氢键作用的关键残基,而Ala229、Met303、His301、Asp38、Arg82、Tyr83与Ile137则对疏水结合起重要作用。分子动力学模拟约1 000 ps后,两复合物平衡,均方根偏差分别为0.224 nm和0.219 nm,两皂苷降低了肾素链开始约160个氨基酸的均方根波动。分子力学泊松-波尔兹曼表面积法获得的结合自由能分别为-44.36 kcal/mol与-62.46 kcal/mol,其中主要驱动力是静电和范德华作用,而极性溶剂化能则强烈阻碍结合。3种方法综合揭示了两种地肤子皂苷抑制肾素的分子机制。 展开更多
关键词 肾素 皂苷 分子对接 分子动力学模拟 分子力学泊松-波尔兹曼表面积
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基于分子动力学模拟提高嗜热磷酸三酯酶样内酯酶非特异性底物活力的理论研究 被引量:1
10
作者 朱镜璇 于正飞 +4 位作者 刘野 詹冬玲 韩佳睿 田晓翩 韩葳葳 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2019年第1期138-146,共9页
采用分子动力学模拟和拉伸分子动力学模拟方法,结合分子力学-广义玻恩表面积(MM-GB/SA)方法进行自由能计算和结构交互指纹分析,研究了模拟过程中非特异性底物(对氧磷/内酯)分别与嗜热磷酸三酯酶样内酯酶(SsoPox)野生型和突变体(W263F/W2... 采用分子动力学模拟和拉伸分子动力学模拟方法,结合分子力学-广义玻恩表面积(MM-GB/SA)方法进行自由能计算和结构交互指纹分析,研究了模拟过程中非特异性底物(对氧磷/内酯)分别与嗜热磷酸三酯酶样内酯酶(SsoPox)野生型和突变体(W263F/W263T)结合的构象变化,分析了Loop8中重要残基Trp263的突变提高SsoPox非特异性底物活力的原因,发现其能够影响门控残基Phe229的构象变化,导致活性口袋入口变宽(Phe229与Tyr99之间的距离变大),使对氧磷和内酯更容易结合到蛋白质的活性位点上; Asp256和Arg223形成盐桥的几率高于野生型(WT) SsoPox,在Arg223(位于Loop7)的协助下质子更加高效地从活性中心的Asp256(位于Loop8)传递到溶剂中去,因而能够提高SsoPox水解底物的效率.通过比较2个野生型复合物的结构稳定性和结合自由能差异,发现在模拟过程中SsoPox与内酯的复合物体系更加稳定并且具有更低的结合自由能,有利于SsoPox识别底物并使其埋在活性部位的疏水环境中,促进氢氧化物亲核进攻底物的亲电中心.因此,底物与酶稳定的相互作用可能是SsoPox具有天然内酯酶活性的原因之一. 展开更多
关键词 嗜热类磷酸三酯酶样内酯酶 分子动力学模拟 拉伸分子动力学模拟 分子力学-广义玻恩表面积 结构交互指纹分析
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人血清白蛋白与氯氰菊酯相互作用的分子模拟研究 被引量:2
11
作者 邓培渊 王辉 +2 位作者 袁洪哲 王广军 李长看 《农药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第1期11-17,共7页
运用分子对接、分子动力学、结合自由能计算和丙氨酸扫描等分子模拟方法,研究了人血清白蛋白(human serum albumin,HSA)与氯氰菊酯的结合模式。结果表明:氯氰菊酯与HSA结合形成了稳定的复合物,与其氨基酸残基Arg209形成1个氢键,结合... 运用分子对接、分子动力学、结合自由能计算和丙氨酸扫描等分子模拟方法,研究了人血清白蛋白(human serum albumin,HSA)与氯氰菊酯的结合模式。结果表明:氯氰菊酯与HSA结合形成了稳定的复合物,与其氨基酸残基Arg209形成1个氢键,结合自由能为–83.43 kJ/mol,其中范德华力是结合的主要驱动力,极性溶剂化能是主要抑制力。丙氨酸突变扫描结果显示,氨基酸残基Lys199的ΔΔG_(bind)值为16.78 kJ/mol,是HSA和氯氰菊酯结合的关键氨基酸。该研究结果为阐明氯氰菊酯在人体内的代谢机制提供了理论参考。 展开更多
关键词 人血清白蛋白 氯氰菊酯 分子动力学 分子力学泊松-波尔兹曼表面积法(MM-PBSA) 丙氨酸突变扫描
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CPSA与疏水性参数的遗传算法及神经网络法研究 被引量:2
12
作者 郭明 刘文杰 徐尊 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2000年第1期41-44,共4页
用分子力学计算出“净”原子表面积 ,并利用量子化学方法计算出化合物的电荷加权部分表面积 (CP-SA) .在用遗传算法和神经网络法对改进的 CPSA与有机醇类化合物的疏水性参数作相关分析时发现 ,改进的 CPSA可有效地用于构效关系研究 ,且... 用分子力学计算出“净”原子表面积 ,并利用量子化学方法计算出化合物的电荷加权部分表面积 (CP-SA) .在用遗传算法和神经网络法对改进的 CPSA与有机醇类化合物的疏水性参数作相关分析时发现 ,改进的 CPSA可有效地用于构效关系研究 ,且算法简洁易行 ,两种多元统计方法均得到了满意的结果 . 展开更多
关键词 遗传算法 CPSA 醇类化合物 分子表面积
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用概率神经网络对多环芳烃的致癌性分类 被引量:9
13
作者 相玉红 姚小军 +3 位作者 张瑞生 刘满仓 胡之德 范波涛 《兰州大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2002年第4期55-60,共6页
通过对多环芳烃的分子表面积、代谢活性区域中心碳原子的离域能、亲电活性区域中心碳原子的离域能以及分子脱毒区的总数的研究发现它们与致癌性有很大关系 .因此利用这四个参数作为网络的输入 ,用已知致癌性的 6 4个样本做训练集建立概... 通过对多环芳烃的分子表面积、代谢活性区域中心碳原子的离域能、亲电活性区域中心碳原子的离域能以及分子脱毒区的总数的研究发现它们与致癌性有很大关系 .因此利用这四个参数作为网络的输入 ,用已知致癌性的 6 4个样本做训练集建立概率神经网络 ,对 13个样本的致癌性进行了预测 ,其结果优于以前工作的自组织网络的分类结果 .致癌性按高 (h)、低 (l)、非 (n)分类时预言准确率达 10 0 % . 展开更多
关键词 概率神经网络 多环芳烃 径向基网络 致癌性 分类预测 分子表面积 离域能
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甜菜夜蛾细胞色素P450(CYP9A11)与3种杀虫剂的结合机理研究 被引量:1
14
作者 邓培渊 李玉华 +2 位作者 袁伟 王林青 李长看 《农药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期158-164,共7页
细胞色素P450(以下简称CYP)与昆虫的抗药性密切相关。本研究运用Auto Dock分子对接技术和分子力学泊松-波尔兹曼表面积法(molecular mechanics Poisson-Boltzmann surface area,MM-PBSA)结合自由能计算方法,分析了甜菜夜蛾CYP9A11与3种... 细胞色素P450(以下简称CYP)与昆虫的抗药性密切相关。本研究运用Auto Dock分子对接技术和分子力学泊松-波尔兹曼表面积法(molecular mechanics Poisson-Boltzmann surface area,MM-PBSA)结合自由能计算方法,分析了甜菜夜蛾CYP9A11与3种杀虫剂结合的作用位点、作用力类型和大小。结果表明:CYP9A11与毒死蜱结合形成两个氢键,有8个氨基酸残基参与形成疏水作用力,二者结合自由能为–3 659.80 k J/mol;CYP9A11与灭多威结合形成5个氢键,有3个氨基酸残基形成疏水作用力,结合自由能为–470.92 k J/mol;CYP9A11中有7个氨基酸残基与氯氰菊酯结合形成疏水作用力,结合自由能为–473.44 k J/mol。范德华力是CYP9A11与毒死蜱结合的主要驱动力,极性溶剂化能是CYP9A11与氯氰菊酯和灭多威结合的主要驱动力,这些结果为阐明甜菜夜蛾CYP9A11与3种杀虫剂的结合机理提供了参考。 展开更多
关键词 甜菜夜蛾 细胞色素P450 分子力学泊松-波尔兹曼表面积法(MM-PBSA) 分子对接 结合自由能
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HIV-1蛋白酶的质子化状态 被引量:1
15
作者 洪正平 王秀娥 《原子与分子物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期577-580,共4页
将分子动力学模拟和分子力学-泊松/波耳兹曼方法相结合,研究在HIV蛋白酶和抑制剂ABT-538的复合物中的不同质子化位置.结果表明:不同的质子化状态对蛋白酶的温度因子、蛋白酶和抑制剂的结合自由能及氢键都有很大影响.用分子力学-泊松/波... 将分子动力学模拟和分子力学-泊松/波耳兹曼方法相结合,研究在HIV蛋白酶和抑制剂ABT-538的复合物中的不同质子化位置.结果表明:不同的质子化状态对蛋白酶的温度因子、蛋白酶和抑制剂的结合自由能及氢键都有很大影响.用分子力学-泊松/波耳兹曼方法计算显示:在B链中,25号天冬氨酸OD1氧原子被质子化的结合自由能最强,计算得到的温度因子和实验值比较吻合.另外,由氢键分析看出:在此质子化状态中,药物和蛋白酶、药物和W301水分子、W301水分子和蛋白酶形成的氢键在整个动力学模拟过程中最稳定. 展开更多
关键词 质子化 分子动力学 分子力学-泊松/波耳兹曼表面积方法 HIV蛋白酶 氢键
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PD-1与单克隆抗体残基特异性结合机制的计算丙氨酸扫描研究 被引量:3
16
作者 温炜 黄达锭 +1 位作者 鲍劲霄 张增辉 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2021年第7期2161-2169,共9页
通过分子动力学模拟检测了2种程序性细胞死亡蛋白(PD-1)/单克隆抗体(Pembrolizumab和Nivolumab)复合物,并使用高效的计算丙氨酸扫描方法预测了单抗与PD-1的结合热点,将它们与对PD-1/PD-L1结合重要的热点残基进行对比分析.结果显示,Pembr... 通过分子动力学模拟检测了2种程序性细胞死亡蛋白(PD-1)/单克隆抗体(Pembrolizumab和Nivolumab)复合物,并使用高效的计算丙氨酸扫描方法预测了单抗与PD-1的结合热点,将它们与对PD-1/PD-L1结合重要的热点残基进行对比分析.结果显示,Pembrolizumab以类似于PD-L1的方式与PD-1结合,而Nivolumab则以不同的方式与PD-1结合.2个PD-1/mAb复合物中共有的热点只有_(PD-1)K131.同时发现,与_(PD-1)K131结合的单抗的关键残基通常都受范德华(vdW)能量控制.2种单克隆抗体上热点的自由能贡献都以vdW能量为主,这表明在下一代PD-1新抗体的设计中需要提高静电型热点残基的数量. 展开更多
关键词 程序性细胞死亡蛋白 丙氨酸扫描计算 单克隆抗体 分子力学广义波恩表面积 相互作用熵
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基于丁酸钠的新型HDAC4抑制剂的设计与模拟 被引量:1
17
作者 贾梦珠 韩迪 +2 位作者 路嘉瑞 高云龙 徐永涛 《化学研究与应用》 CAS 北大核心 2023年第7期1556-1564,共9页
组蛋白的乙酰化水平异常与多种癌症相关。研究表明,与组蛋白乙酰化水平调控相关的组蛋白去乙酰化酶4(Histone deacetylase 4,HDAC4)在鼻咽癌、胃癌、直肠癌等癌症患者体内的表达明显高于正常水平。本研究以对HDAC4具有一定活性的丁酸钠(... 组蛋白的乙酰化水平异常与多种癌症相关。研究表明,与组蛋白乙酰化水平调控相关的组蛋白去乙酰化酶4(Histone deacetylase 4,HDAC4)在鼻咽癌、胃癌、直肠癌等癌症患者体内的表达明显高于正常水平。本研究以对HDAC4具有一定活性的丁酸钠(Sodium Butyrate,NaBu)为结构基础,采用基于片段的药物设计方法(Fragment-based drug design,FBDD)设计出五个小分子化合物SBD1、SBD2、SBD3、SBD4和SBD5,进而综合利用分子对接、分子动力学模拟以及ADMET预测等分子模拟方法对这些化合物与HDAC4的作用模式进行了探索。结合自由能结果显示在丁酸钠的结构基础上适当延长linker并在尾部引入芳香环,可以有效增强此类抑制剂与HDAC4的结合强度。通过能量分解和氢键分析考察了新抑制剂与HDAC4之间的关键相互作用。此外,通过ADMET预测,所有新设计的丁酸钠衍生物均具有良好的类药性和药代动力学特性,可以作为潜在的HDAC4抑制剂。研究结论可以为新型HDAC4抑制剂的设计提供理论基础。 展开更多
关键词 组蛋白去乙酰化酶4抑制剂 基于片段的药物设计 分子动力学模拟 分子力学/广义波恩模型表面积 ADMET预测
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环境化学
18
《环境工程技术学报》 CAS 1995年第5期2-7,共6页
关键词 环境化学行为 生态环境研究中心 硝基多环芳烃 中科院 环境科学 致突变性 模拟酸雨 植物可利用性 有机物 分子表面积
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