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多光谱法和分子对接模拟法研究黄腐酸与胃蛋白酶的相互作用 被引量：6
1
作者 王晓霞 马力通 +4 位作者 聂智华 王正德 崔金龙 赵文渊 赛华征 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2019年第9期1840-1846,共7页
利用荧光光谱、同步荧光光谱、三维荧光光谱、紫外-可见吸收光谱、傅里叶变换红外光谱和圆二色光谱以及分子对接模拟方法研究了黄腐酸(FA)与胃蛋白酶(PEP)之间的相互作用.荧光光谱分析表明,FA-PEP荧光猝灭的类型为静态猝灭.根据Stern-Vo... 利用荧光光谱、同步荧光光谱、三维荧光光谱、紫外-可见吸收光谱、傅里叶变换红外光谱和圆二色光谱以及分子对接模拟方法研究了黄腐酸(FA)与胃蛋白酶(PEP)之间的相互作用.荧光光谱分析表明,FA-PEP荧光猝灭的类型为静态猝灭.根据Stern-Volmer方程和静态猝灭双对数公式计算得到猝灭常数Ksv和结合位点数n.根据Vant’t Hoff方程计算得到热力学常数ΔH=-59. 86 kJ/mol,ΔS=-98. 13 J·mol^-1·K^-1,ΔG=-30. 62 kJ/mol(298 K).热力学分析表明,氢键和范德华力是PEP与FA之间的主要结合力,其反应为自发过程.根据F9rster非辐射能量转移理论,计算得到PEP和FA之间的结合距离为2. 436 nm,表明在FA与PEP之间发生了非辐射能量转移.三维荧光光谱分析表明,在FA存在下PEP的肽链骨架结构发生了改变.此外,紫外-可见吸收光谱、同步荧光光谱和红外光谱结果表明,FA使PEP的二级构象发生变化.分子对接模拟结果表明,FA引起PEP荧光猝灭的结合作用力不仅有氢键和范德华力,还有疏水作用力. 展开更多
关键词 黄腐酸 胃蛋白酶 多光谱法 分子对接模拟法
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多光谱和分子对接模拟法研究冬凌草甲素与胃蛋白酶的相互作用 被引量：2
2
作者 汪伦记 郭晓松 +2 位作者 高婷 白雪 纠敏 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2023年第12期258-263,共6页
通过多光谱和分子对接模拟法研究了冬凌草甲素(Oridonin,ORI)和胃蛋白酶(pepsin,PEP)的互作机制。不同温度下的荧光光谱分析发现ORI以非辐射能量转移的静态猝灭方式猝灭PEP的荧光。结合位点数n值接近于1,表明ORI与PEP之间以1∶1形式结... 通过多光谱和分子对接模拟法研究了冬凌草甲素(Oridonin,ORI)和胃蛋白酶(pepsin,PEP)的互作机制。不同温度下的荧光光谱分析发现ORI以非辐射能量转移的静态猝灭方式猝灭PEP的荧光。结合位点数n值接近于1,表明ORI与PEP之间以1∶1形式结合。热力学分析表明ORI与PEP的作用力主要是氢键和范德华力,二者的作用是自发过程。紫外吸收光谱、同步荧光光谱和三维荧光光谱分析表明,ORI的加入影响了PEP中的色氨酸残基周围的微环境,导致PEP构象发生改变。傅里叶变换红外光谱结果表明,ORI使PEP的二级结构发生了变化。分子对接模拟结果进一步表明,ORI结合在PEP的活性中心凹槽内,5个氨基酸残基参与了ORI的结合。该研究结果有助于了解ORI与PEP的结合机理,为合理使用ORI提供依据。 展开更多
关键词 多光谱 分子对接模拟 冬凌草甲素 胃蛋白酶 相互作用
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分子模拟技术在食品领域中的应用研究进展 被引量：2
3
作者 毕新健 文诗雨 +3 位作者 屈婷敏 吴昊 谢雨菲 文李 《食品与机械》 CSCD 北大核心 2024年第5期1-10,95,共11页
从食品领域的上游实验室研发到下游工厂生产过程中,有许多问题无法用传统试验方法从宏观上得到解决。分子模拟技术不仅简洁高效、成本低廉,还可以通过对分子行为的分析快速预测或解释试验结果,是连接微观与宏观的重要工具。文章阐述了... 从食品领域的上游实验室研发到下游工厂生产过程中,有许多问题无法用传统试验方法从宏观上得到解决。分子模拟技术不仅简洁高效、成本低廉,还可以通过对分子行为的分析快速预测或解释试验结果,是连接微观与宏观的重要工具。文章阐述了食品领域分子模拟技术的基本原理,梳理了食品领域分子模拟技术常用的数据库和软件及其特点,综述了近几年分子模拟技术在食品安全、食品加工和贮藏、食品功能因子筛选及其机制研究领域中的应用研究进展。 展开更多
关键词 分子模拟技术 分子对接模拟 分子动力学模拟 食品安全 食品加工与贮藏 食品功能因子
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亲水改性PBS基共聚物的N435酶降解差异性及分子模拟 被引量：2
4
作者 张敏 张祎 +4 位作者 李成涛 覃家祥 高让 马晓宁 邱建辉 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2015年第3期568-574,共7页
在水相体系中,采用脂肪酶Novozym435对聚丁二酸丁二醇酯(PBS)分子主链中氧醚键在醇段和酸段的不同位置的共聚物聚(丁二酸丁二醇-co-丁二酸二甘醇酯)[P(BS-co-BDGA)]和聚(丁二酸丁二醇-co-二甘醇酸丁二醇酯)[P(BS-co-DEGS)]进行酶促降解... 在水相体系中,采用脂肪酶Novozym435对聚丁二酸丁二醇酯(PBS)分子主链中氧醚键在醇段和酸段的不同位置的共聚物聚(丁二酸丁二醇-co-丁二酸二甘醇酯)[P(BS-co-BDGA)]和聚(丁二酸丁二醇-co-二甘醇酸丁二醇酯)[P(BS-co-DEGS)]进行酶促降解研究.以分子对接模拟探讨了酶对亲水性底物的识别及相互作用机制.通过对降解前后不同摩尔比的共聚物薄膜的质量损失率、亲水性、热性能以及降解产物的分析,研究了PBS改性共聚物的降解规律.结果表明,随着降解时间的推移,所有共聚物薄膜的质量损失率升高,亲水性增强,热分解温度升高;降解5 d后,P(BS-co-BDGA)降解产生的低聚物种类比P(BS-co-DEGS)的多.分子对接结果表明,醚键在酸段的P(BS-co-BDGA)型酯键与Novozym435酶活性位点的结合比醚键在醇段的P(BS-co-DEGS)型酯键更稳定,因此,在N435脂肪酶作用下,P(BS-co-BDGA)比P(BS-co-DEGS)的降解效果好.实验结果表明,当DGA摩尔分数为20%时,降解效果最佳. 展开更多
关键词 聚丁二酸丁二醇酯 氧醚键 脂肪酶N435 酶促降解 分子对接模拟
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单环刺螠ACE抑制肽的重排及构效关系研究
5
作者 金丹青 杨会成 +4 位作者 陈静 聂鹏 初雪梅 王玉梅 孙坤来 《食品与发酵工业》 北大核心 2025年第7期40-47,共8页
为探讨以单环刺螠血管紧张素转换酶(angiotensin converting enzyme,ACE)抑制肽为基础设计的重排肽的构效关系,该文以课题组发现的来源于单环刺螠的5条ACE抑制肽为基础,进行氨基酸序列重排,设计出20条重组肽,最终筛选出5条最符合经验规... 为探讨以单环刺螠血管紧张素转换酶(angiotensin converting enzyme,ACE)抑制肽为基础设计的重排肽的构效关系,该文以课题组发现的来源于单环刺螠的5条ACE抑制肽为基础,进行氨基酸序列重排,设计出20条重组肽,最终筛选出5条最符合经验规则的重排肽。通过ACE抑制活性测试、Lineweaver-Burk双倒数法酶抑制动力学实验以及计算机分子模拟对接评测其效果。结果显示:重排肽F2-1、F3-1、F4-1、F5-1、F7-1对ACE抑制活性的IC_(50)值分别为(10.15±0.36)、(6.38±0.22)、(35.05±0.38)、(44.14±0.71)、(25.73±0.24)μmol/L,与单环刺螠天然酶解肽F2、F3、F4、F5、F7对ACE抑制活性的IC_(50)[(75.47±0.61)、(110.45±0.37)、(46.32±0.42)、(56.35±0.53)、(60.23±0.48)μmol/L]相比,均有显著降低,表明重排后多肽的ACE抑制活性显著提高。Lineweaver-Burk图显示的酶动力学参数说明5条重排肽均为ACE竞争性抑制模式。分子对接模拟结果显示,5种重排肽都能够通过与ACE活性口袋的位点形成多个氢键和疏水键等交互作用。其中F3-1与F3相比,由原来的非竞争性抑制剂转变为竞争性抑制剂,且ACE抑制活性提高了16.31倍。由此可见,ACE抑制肽的氨基酸序列及肽链N、C两端的疏水性对其ACE抑制活性有重要影响,是天然ACE抑制肽进行序列调控或修饰优化并获得高效ACE抑制活性肽的有效方法。 展开更多
关键词 单环刺螠 重排肽 分子模拟对接 ACE抑制肽 构效关系
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中药调周法治疗排卵障碍性不孕症的用药规律及核心药对的作用机制研究
6
作者 李薇懿 孟鑫婉 +2 位作者 焦雨帆 何东杰 韩永梅 《国际生殖健康/计划生育杂志》 2025年第2期100-109,115,共11页
目的:基于数据挖掘、网络药理学及分子对接研究中药调周法治疗排卵障碍性不孕症(ovulatory dysfunction infertility,ODI)的用药规律及潜在作用机制。方法:检索中国知网、万方数据库、维普中文期刊和中国生物医学文献服务系统内中药调... 目的:基于数据挖掘、网络药理学及分子对接研究中药调周法治疗排卵障碍性不孕症(ovulatory dysfunction infertility,ODI)的用药规律及潜在作用机制。方法:检索中国知网、万方数据库、维普中文期刊和中国生物医学文献服务系统内中药调周法治疗ODI的文献,归纳方药规律,网络药理学分析核心药对,并以分子对接技术加以验证。结果:纳入133篇文献,共464个处方,涉及154味中药,功效共有19类。月经期主要为性温、味辛、归肝经的活血化瘀药、补血药以及理气药等,高频中药为当归、川芎及香附等,常用药对为当归、赤芍、香附。卵泡期主要是性温、味甘、归经的补阳药、补血药以及活血化瘀药等,高频中药为菟丝子、当归及熟地黄等,常用药对为菟丝子、何首乌。排卵期主要是性温、味辛、归肝经的活血化瘀药、补阳药以及补血药等,高频中药为当归、香附及菟丝子等,常用药对为当归、牛膝及川芎。以上3期的主要成分包括木犀草素、槲皮素和大黄素等,其治疗ODI的核心基因为蛋白激酶Bα(protein kinase B alpha,PKBα,又称AKT1)、白细胞介素-6(interleukin-6,IL-6)和肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)等,主要通路均为癌症信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化通路及糖尿病并发症中的晚期糖基化终末产物(advanced glycation end product,AGE)/晚期糖基化终末产物受体(receptor for advanced glycation end product,RAGE)信号通路等。黄体期主要是性温、味甘、归肝经的补阳药、补血药以及补气药等,高频中药为菟丝子、熟地黄及当归等,常用药对为当归、川芎,主要成分为谷固醇、亚油酸乙酯、杨梅酮等,核心基因为雌激素受体1(estrogen receptor 1,ESR1)、胱天蛋白酶3(caspase 3,CASP3)、前列腺素-内过氧化物合酶2(prostaglandin-endoperoxide synthase 2,PTGS2)等,主要通路为癌症通路、雌激素信号通路及化学致癌-受体活化作用通路等。分子对接验证了主要活性成分与关键靶点有较好的结合能力,其中月经期木犀草素与TNF、卵泡期大黄素与TP53、排卵期槲皮素与TNF、黄体期川芎哚与PTGS2结合能最小。结论:中药调周法各分期核心药对通过调控关键靶点影响相应信号通路,干预ODI的治疗机制。 展开更多
关键词 数据挖掘 分子对接模拟 排卵障碍性不孕症 中药调周法 用药规律分析 网络药理学分析
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小分子与人血清白蛋白相互作用研究方法的进展 被引量：3
7
作者 杨雾 易忠胜 +1 位作者 杨露露 伍智蔚 《理化检验（化学分册）》 CAS CSCD 北大核心 2016年第11期1352-1358,共7页
对1958年至2015年期间应用光谱法、亲和色谱法、毛细管电泳法、等温滴定量热法、分子对接和动力学模拟法等方法研究小分子与人血清白蛋白相互作用的进展作了评述,并对其发展方向作了展望。
关键词 人血清白蛋白 光谱法 等温滴定量热法 毛细管电泳法 亲和色谱法 分子对接和动力学模拟法
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4-苯基-1,3-硒唑衍生物的合成及其对蛋白酪氨酸磷酸酯酶-1B抑制活性 被引量：2
8
作者 张成路 王华玉 +4 位作者 李奕嶙 王一鸣 宫荣庆 孙越冬 宋府璐 《应用化学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期749-757,共9页
蛋白酪氨酸磷酸酯酶-1B(PTP1B)是抗糖尿病治疗的重要靶点,因此创制活性优良的PTP1B抑制剂具有重要意义。本文设计并合成了11个含1,3-硒唑和1,2,4-三唑活性组块新型结构目标分子(ZLXZ1-ZLXZ11),并利用傅里叶变换红外光谱仪(FTIR)、核磁... 蛋白酪氨酸磷酸酯酶-1B(PTP1B)是抗糖尿病治疗的重要靶点,因此创制活性优良的PTP1B抑制剂具有重要意义。本文设计并合成了11个含1,3-硒唑和1,2,4-三唑活性组块新型结构目标分子(ZLXZ1-ZLXZ11),并利用傅里叶变换红外光谱仪(FTIR)、核磁共振波谱仪(NMR)和高分辨质谱(HRMS)等对其进行了结构表征。首先选择ZLXZ1和ZLXZ11在MOE 2015.10程序上,与PTP1B进行分子对接模拟,结果表明,在ZLXZ1分子中硒唑环上的硒原子与PTP1B中副催化位点Tyr46、Ala217、Lys120和Asp 48分别形成了π-H作用和氢键作用。在ZLXZ11分子中硒唑上的硒原子与PTP1B中Asp181、Arg221和Asp48形成了氢键作用。在分子对接模拟的基础上,测试了11个目标分子的抑制活性,结果表明,所有目标分子的抑制率均在87.02%以上,其中3个目标分子PTP1B抑制活性高于阳性参照物齐墩果酸,抑制活性优良,有望成为潜在的PTP1B抑制剂。 展开更多
关键词 1 3-硒唑 1 2 4-三唑席夫碱 分子对接模拟 蛋白酪氨酸磷酸酯酶-1B抑制剂
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去甲去氢斑蝥素酰亚胺缩茴香醛的荧光性质
9
作者 汤富 曾造 +3 位作者 王继杉 顾熙 谢美 吴雷 《精细石油化工》 CAS 2022年第6期64-68,共5页
以呋喃和顺丁烯二酸酐为原料,经双烯反应、胺化和胺醛缩合一系列反应得到目标化合物,经NMR测定其结构。利用荧光光谱法结合分子对接技术研究其与HSA的相互作用原理。结果表明:目标化合物对HSA的猝灭过程为静态荧光猝灭,猝灭常数为3.104 ... 以呋喃和顺丁烯二酸酐为原料,经双烯反应、胺化和胺醛缩合一系列反应得到目标化合物,经NMR测定其结构。利用荧光光谱法结合分子对接技术研究其与HSA的相互作用原理。结果表明:目标化合物对HSA的猝灭过程为静态荧光猝灭,猝灭常数为3.104 2×10^(4) L/mol(293 K),3.030 4×10^(4) L/mol(303 K),3.121 3×10^(4) L/mol(313 K);去甲去氢斑蝥素酰亚胺缩茴香醛与HSA主要以疏水作用力结合,分子对接得出也有部分基团以氢键结合;结合位点数为1.1674;荧光实验所得结合能(-26.93 kJ/mol, 313 K)与分子模拟对接所得结合能(-26.69 kJ/mol)相近。 展开更多
关键词 去甲去氢斑蝥素 HSA 分子模拟对接技术 荧光性质
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蛋白质-香气化合物结合作用的研究方法及影响因素研究进展 被引量：3
10
作者 陈臣 周琪琪 +3 位作者 于海燕 娄新曼 李永 田怀香 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2023年第17期178-187,共10页
食品中包含蛋白质在内的多种大分子及微量风味物质,香气化合物与蛋白基质之间的结合作用对食品整体风味的释放和感知具有重要影响。本文对蛋白质与香气化合物结合作用的机制、测定方法、理论模型和影响因素进行了系统阐述,概括了蛋白质... 食品中包含蛋白质在内的多种大分子及微量风味物质,香气化合物与蛋白基质之间的结合作用对食品整体风味的释放和感知具有重要影响。本文对蛋白质与香气化合物结合作用的机制、测定方法、理论模型和影响因素进行了系统阐述,概括了蛋白质与香气化合物之间的结合作用方式,包括非共价键合、共价键合和传质效应等;系统比较了荧光光谱、圆二色光谱和傅里叶变换红外光谱等多光谱技术在蛋白质-香气化合物结合作用中的应用;并介绍了蛋白质与香气化合物结合作用研究中常用的几种理论模型和新兴的分子对接和分子动力学模拟方法。此外,围绕蛋白质、香气化合物和食品中的配料成分3个方面对香气化合物在蛋白基质中释放与保留的影响因素进行论述,并归纳了当前研究中主要存在的问题,同时针对未来的研究方向提出了建议,以期为香气化合物在食品蛋白基质中的可控释放提供科学依据和参考。 展开更多
关键词 蛋白质 香气化合物 多光谱技术 分子对接模拟 结合作用
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