基于大球盖菇基因组的SSR分子标记开发及指纹数据库应用 被引量：8

1

作者 李雪松 孙达锋 +4 位作者 刘绍雄 张俊波 岳万松 李建英 华蓉 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第1期84-93,共10页

以13个大球盖菇菌株及其已公布的基因组为试材,采用生物信息学和试验验证相结合的方法,研究了大球盖菇基因组上的SSR类型及分布,设计了100对SSR引物开展试验验证,以期为大球盖菇的种质资源鉴定、品种选育、分子标记辅助育种等研究提供... 以13个大球盖菇菌株及其已公布的基因组为试材,采用生物信息学和试验验证相结合的方法,研究了大球盖菇基因组上的SSR类型及分布,设计了100对SSR引物开展试验验证,以期为大球盖菇的种质资源鉴定、品种选育、分子标记辅助育种等研究提供参考依据。结果表明:总计检索到6种SSR类型的2 124条序列,其中主要以三核苷酸类型为主,共计704,占SSR总数的33.15%;五、六碱基重复类型较多,但总和只占全部SSR数量的14.59%。由验证试验获得16对引物,其中引物DQGSSR020、DQGSSR031、DQGSSR077的多态性较高、特异性好、无杂峰、荧光亮度高、区分度好。同时,基于16对SSR引物进行大球盖菇DNA指纹编码构建,获得了13个大球盖菇菌株的32位数分子指纹数据库编码。 展开更多

关键词 大球盖菇 基因组 SSR分子标记开发

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菜豆EST-SSR分子标记开发及部分种质分子身份证构建 被引量：2

2

作者 付阳云 文晓鹏 《西南大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期63-73,共11页

为开发菜豆高效新型分子标记,从分子水平解析菜豆重要种质的遗传多样性及亲缘关系,基于菜豆转录组数据,设计EST-SSR引物,建立EST-SSR标记系统.利用PCR筛选出多态性引物,结合毛细管电泳,分析81份菜豆种质的亲缘关系,并构建分子身份证.通... 为开发菜豆高效新型分子标记,从分子水平解析菜豆重要种质的遗传多样性及亲缘关系,基于菜豆转录组数据,设计EST-SSR引物,建立EST-SSR标记系统.利用PCR筛选出多态性引物,结合毛细管电泳,分析81份菜豆种质的亲缘关系,并构建分子身份证.通过MISA软件,在菜豆转录组数据85276条非冗余序列中,共挖掘出11649个EST-SSR位点.菜豆转录组SSR标记主要重复单元为1~3个碱基,其中单碱基为主要类型,占总量的56.7%;其次是三碱基重复,占总量的21.1%.从128对EST-SSR引物中筛选出18对多态性高、重复性好的引物进行PCR扩增.供试种质的多态性信息量(PIC)为0.50~0.95,平均为0.88;遗传相似性系数为0.15~0.65,以0.35为阈值可将81份种质分为3大类,其中贵州种质主要分布于第Ⅰ,Ⅲ类,而省外品种仅分布在第Ⅱ类.利用核心引物TDc9和TDc66可以有效区分81份菜豆种质,并构建其分子身份证.研究开发的EST-SSR标记系统,可用于菜豆种质的鉴定及亲缘关系分析. 展开更多

关键词 菜豆 转录组 分子标记开发 EST-SSR标记 分子身份证

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天麻基因组微卫星特征分析与分子标记开发 被引量：14

3

作者 周天华 丁家玺 +1 位作者 田伟 王家 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第9期1728-1735,共8页

该研究基于第二代测序技术建立了天麻的基因文库,筛选微卫星序列,并对微卫星位点的类型、丰度、长度、偏好性等进行了分析与比较;并为60条重复次数高的微卫星序列设计了引物,运用4个种群80个样本进行了PCR扩增和聚丙烯酰胺凝胶电泳检测... 该研究基于第二代测序技术建立了天麻的基因文库,筛选微卫星序列,并对微卫星位点的类型、丰度、长度、偏好性等进行了分析与比较;并为60条重复次数高的微卫星序列设计了引物,运用4个种群80个样本进行了PCR扩增和聚丙烯酰胺凝胶电泳检测。结果表明:(1)天麻基因组测序得到61 048条基因序列,检测出微卫星位点12 107个,其中二核苷酸重复最多、长度变异大。(2)设计的60对微卫星引物中的20对能扩增出清晰条带且有多态性,每个位点的复等位基因数(N_a)在4~14之间,平均为8.40;多态性信息含量(PIC)平均为0.77。该研究开发的天麻微卫星分子标记为开展天麻遗传学研究及种质资源鉴定等工作奠定了基础。 展开更多

关键词 天麻 微卫星 分子标记开发

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基于简化基因组测序技术的甘薯HRM分子标记开发及其应用 被引量：1

4

作者 冯俊彦 郎涛 +5 位作者 张聪 李明 青莉芳 屈会娟 蒲志刚 康乐 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第7期1350-1361,共12页

目前甘薯中针对SNP位点的分子标记开发及应用的报道较少。为开发甘薯特异SNP分子标记,本研究利用简化基因组测序技术对甘薯种质材料进行测序,筛选稳定的SNP位点,将其开发为基于HRM技术的分子标记,并在甘薯种质材料中进行验证。通过对23... 目前甘薯中针对SNP位点的分子标记开发及应用的报道较少。为开发甘薯特异SNP分子标记,本研究利用简化基因组测序技术对甘薯种质材料进行测序,筛选稳定的SNP位点,将其开发为基于HRM技术的分子标记,并在甘薯种质材料中进行验证。通过对23个甘薯种质材料简化基因组测序数据的分析,共发现835 756个SNP多态性位点,筛选其中的3 650个含有SNP多态性位点的高质量测序片段,成功设计了134对引物;初步验证发现,22对(16.42%)引物没有扩增产物,15对(11.19%)引物扩增产物2个以上,36对(26.87%)引物的扩增产物没有差异。61对(45.52%)引物在8个样本中的扩增特异性好,而且样本之间有差异。最后筛选34对扩增多态性丰富的引物对52份甘薯种质材料进行扫描,发现材料间多态性介于27.27%~90.91%之间,平均多态性达到59.35%。聚类分析表明,参试52份甘薯种质材料之间的差异较小,多数材料与骨干亲本南瑞苕、徐薯18之间关系较近,国外引进甘薯材料和地方品种差异较大。建议在今后甘薯育种中尽量选用地方品种和国外甘薯品种,从而更好地拓宽甘薯遗传背景。本研究初步建立了基于简化基因组技术和HRM技术开发甘薯SNP分子标记的新思路,为今后甘薯SNP分子标记开发提供了参考。同时本研究开发的甘薯分子标记,丰富了甘薯分子标记类型,为甘薯研究者开展快速的分子标记研究提供了支持。 展开更多

关键词 甘薯 简化基因组测序 单核苷酸多态性 分子标记开发

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基于转录组测序的牧草分子标记开发研究进展 被引量：9

5

作者 郑玉莹 谢文刚 《中国草地学报》 CSCD 北大核心 2020年第1期154-162,共9页

转录组测序是一种获得生物组织或细胞几乎所有转录本的高通量测序技术,测序所得的基因编码序列可用于研究植物在不同条件下的基因表达、调控方式及后续的功能基因发掘与遗传进化分析。随着分子标记技术的快速发展,转录组测序数据也可作... 转录组测序是一种获得生物组织或细胞几乎所有转录本的高通量测序技术,测序所得的基因编码序列可用于研究植物在不同条件下的基因表达、调控方式及后续的功能基因发掘与遗传进化分析。随着分子标记技术的快速发展,转录组测序数据也可作为标记开发的重要来源,为牧草开展种质资源遗传多样性评价、遗传变异分析、居群结构研究和育种提供有效工具。本文综述了基于转录组测序的牧草分子标记如EST-SSR和SNP的开发及应用现状,以期为牧草分子标记开发提供重要参考。 展开更多

关键词 牧草 转录组测序 分子标记开发 应用现状

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开口箭基因组中微卫星特征分析与分子标记开发 被引量：1

6

作者 丁家玺 周天华 王小童 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第8期1456-1463,共8页

开口箭(Tupistra chinensis Baker)为百合科(Liliaceae)开口箭属(Tupistra Ker-Gawl)多年生草本植物,其野生资源稀少,为中国珍稀药用植物。该研究基于第二代测序技术首次建立了开口箭的基因组文库与微卫星文库,对开口箭的微卫星组成进... 开口箭(Tupistra chinensis Baker)为百合科(Liliaceae)开口箭属(Tupistra Ker-Gawl)多年生草本植物,其野生资源稀少,为中国珍稀药用植物。该研究基于第二代测序技术首次建立了开口箭的基因组文库与微卫星文库,对开口箭的微卫星组成进行了特征分析,开发了开口箭SSR引物一套,并对开口箭及其近缘种进行了PCR扩增与聚丙烯酰胺凝胶电泳检测。结果表明:(1)通过对开口箭基因组测序与拼接得到23 362条基因序列,检测出微卫星位点1 465个,其中单核苷酸重复最多,二核苷酸重复长度变异最大。(2)所设计的52对微卫星引物中有14对扩增出的条带清晰且多态性丰富,每个位点的复等位基因数(Na)在2~4之间,平均为3.00;多态性信息含量(PIC)在0.336 9~0.785 6,平均为0.546 3。(3)用筛选出13对多态性引物对6个开口箭近缘种,长柱开口箭(Tupistra grandistigma)、筒花开口箭(Tupistra delavayi)、弯蕊开口箭(Tupistra wattii)、剑叶开口箭(Tupistra ensifolia)、吉祥草(Reineckia carnea)和万年青(Rohdea japonica)进行通用性检测,结果大部分引物均能在开口箭的近缘种中成功扩增,通用率较高。该研究所开发的开口箭微卫星分子标记为开展开口箭的遗传多样性研究及种质资源鉴定奠定了基础。 展开更多

关键词 开口箭 微卫星 分子标记开发

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开发TRAP标记的新策略 被引量：3

7

作者 任民 王志德 +2 位作者 贾兴华 蒋彩虹 王日新 《中国烟草科学》 CSCD 北大核心 2009年第B12期25-31,共7页

烟草作为重要的经济作物和生物工程研究领域的模式植物,由于基因组庞大、结构复杂、重复序列较多以及缺少理想的分子标记,致使大量重要农艺、品质性状缺少分子水平上的遗传研究。因此开发适合烟草的分子标记对其遗传研究具有重要意义。... 烟草作为重要的经济作物和生物工程研究领域的模式植物,由于基因组庞大、结构复杂、重复序列较多以及缺少理想的分子标记,致使大量重要农艺、品质性状缺少分子水平上的遗传研究。因此开发适合烟草的分子标记对其遗传研究具有重要意义。本研究在以往TRAP标记开发经验的基础上,探索了一种直接利用EST-SSR引物作为固定引物开发TRAP标记的新方法,降低了TRAP标记的开发难度和成本,在短期内能开发出丰富的TRAP标记组合。本研究开发了首套烟草TRAP标记,结果显示其扩增带型理想,多态性较高,并在普通烟草品种中筛选到一条类香料烟特殊高香气基因型特征带,显示出良好的应用前景。 展开更多

关键词 TRAP 分子标记开发 烟草 类香料烟特殊高香气

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豚鹿SSR标记开发与遗传多样性分析 被引量：5

8

作者 耿广耀 由玉岩 刘群秀 《野生动物学报》 北大核心 2022年第3期816-820,共5页

以上海动物园圈养豚鹿(Axis porcinus)日常体检中抽取的血液为试验样品提取总DNA,利用高通量测序技术对通过探针富集得到的SSR序列测序,并用MISA检索SSR标记。结果表明:单碱基重复SSR到六碱基重复SSR在豚鹿基因组中均有分布,其中双碱基... 以上海动物园圈养豚鹿(Axis porcinus)日常体检中抽取的血液为试验样品提取总DNA,利用高通量测序技术对通过探针富集得到的SSR序列测序,并用MISA检索SSR标记。结果表明:单碱基重复SSR到六碱基重复SSR在豚鹿基因组中均有分布,其中双碱基重复占比最高,在双碱基重复中以AC/GT重复为主。本研究成功开发出7个SSR标记,这些标记在22只豚鹿个体中检测到等位基因2~5个,在豚鹿种群中的平均多态信息含量(PIC)为0.421,平均期望杂合度(H_(e))为0.513。7个SSR标记中有3个高度多态标记、3个中度多态标记和1个低度多态标记,可用于豚鹿的遗传多样性研究。 展开更多

关键词 豚鹿 微卫星 分子标记开发 遗传多样性

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水稻基因组任意区间InDel标记开发方法 被引量：3

9

作者 孙玥 杨秀荣 +14 位作者 郭彦丽 李军玲 李月娇 孙淑琴 路信 刘燕清 佟卉 孙林静 刘静妍 张融雪 王晓静 苏京平 王胜军 赵习朴 闫双勇 《江苏农业科学》 北大核心 2022年第1期34-39,共6页

基于极端表型单株高通量测序的定位方法QTL-seq已成为植物QTL分析的一种主要方法。继QTL-seq分析后,对目标QTL定位区间进行分子标记开发时,由于目标区间大,所含变异位点多,特定区间的分子标记开发仍是一件较繁琐的事。为提高特定区间分... 基于极端表型单株高通量测序的定位方法QTL-seq已成为植物QTL分析的一种主要方法。继QTL-seq分析后,对目标QTL定位区间进行分子标记开发时,由于目标区间大,所含变异位点多,特定区间的分子标记开发仍是一件较繁琐的事。为提高特定区间分子标记开发的效率,本研究建立了基于高通量测序数据基础的特定脚本程序,可简单快速地完成水稻基因组任意区间的InDel标记开发。本研究开发了来自7个不同作图群体和染色体区间的有8 bp以上片段长度差异的InDel标记708个,平均每17.6 kb有1个InDel标记;对95个标记进行试验验证,总体多态频率为63%。本研究建立的方法在水稻及其他已测序的植物重要农艺性状控制QTL的分子标记辅助育种、精细定位和图位克隆中有重要应用价值。 展开更多

关键词 水稻 分子标记开发 高通量测序 QTL定位(QTL-seq) INDEL标记 多态频率

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基于简化基因组的海南坡鹿亲缘关系分析

10

作者 李慧明 陈兴永 +1 位作者 段春宇 邱深本 《农业与技术》 2025年第11期118-123,共6页

基于我国特有一级重点保护动物海南坡鹿(Cervus eldi hainanus)简化基因组测序结果,筛选微卫星(SSR)分子标记用于坡鹿种群亲缘鉴定分析。通过对海南坡鹿总DNA进行提取,使用Illumina平台对基因组进行测序,利用CERVUS和POPGENE软件分别对... 基于我国特有一级重点保护动物海南坡鹿(Cervus eldi hainanus)简化基因组测序结果,筛选微卫星(SSR)分子标记用于坡鹿种群亲缘鉴定分析。通过对海南坡鹿总DNA进行提取,使用Illumina平台对基因组进行测序,利用CERVUS和POPGENE软件分别对海南坡鹿SSR位点特征信息及亲缘关系鉴定进行分析。海南坡鹿简化基因组共检测到20505个SSR位点,其中19个SSR位点的遗传多样性较高,等位基因数量在2~8个,平均多态性信息含量(PIC)为0.42,平均期望杂合度(HE)和观测杂合度(HO)分别为0.63和0.48。基于19个SSR位点的累积非父排除率分析表明,仅使用4个SSR位点组合对坡鹿亲缘关系鉴定的排除概率在99.9%以上。本研究建立了一套有效的鹿科动物亲子鉴定的分子标记方法,筛选的SSR分子标记物可有效地用于海南坡鹿的亲缘分析及家系管理,对合理指导海南坡鹿人工繁育工作,以及在濒危和珍贵鹿科动物的选种育种研究中具有重要的应用价值。 展开更多

关键词 海南坡鹿 基因组 亲子鉴定 微卫星 分子标记开发

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鸭茅的分子育种 被引量：9

11

作者 唐露 张新全 +4 位作者 黄琳凯 张旭 赵欣欣 聂刚 许蕾 《草业科学》 CAS CSCD 2018年第9期2230-2240,共11页

鸭茅(Dactylis glomerata)是世界著名的优良冷季型禾本科牧草。和其他农作物相比,鸭茅分子遗传育种起步较晚,但近年来,随着分子生物学的发展和新技术的应用,鸭茅分子遗传育种发展迅速,目前已取得了一些初步成就。本文回顾了近年来国内... 鸭茅(Dactylis glomerata)是世界著名的优良冷季型禾本科牧草。和其他农作物相比,鸭茅分子遗传育种起步较晚,但近年来,随着分子生物学的发展和新技术的应用,鸭茅分子遗传育种发展迅速,目前已取得了一些初步成就。本文回顾了近年来国内外鸭茅在分子标记开发、种质资源的评价、遗传多样性分析、指纹图谱构建、遗传图谱构建、重要性状的基因定位、基因的遗传转化等方面的主要研究,并对当前存在问题进行分析及未来发展方向进行展望。 展开更多

关键词 鸭茅 分子标记开发 遗传多样性 遗传图谱 基因定位 基因克隆 遗传转化

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基于简化基因组数据开发岭南青冈微卫星引物 被引量：5

12

作者 宁馨 姜小龙 +1 位作者 邓敏 徐刚标 《植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2020年第4期629-634,共6页

微卫星标记(simple sequence repeat,SSR)在基因组中普遍存在,具有共显性、高多态性等特点,在群体空间遗传研究中应用广泛。随着测序技术的发展,SSR的开发方法也更加多样化。岭南青冈(Quercus championii Benth)是中国南方常绿阔叶林的... 微卫星标记(simple sequence repeat,SSR)在基因组中普遍存在,具有共显性、高多态性等特点,在群体空间遗传研究中应用广泛。随着测序技术的发展,SSR的开发方法也更加多样化。岭南青冈(Quercus championii Benth)是中国南方常绿阔叶林的珍贵材用树种,对其分子标记的开发可促进岭南青冈的育种和种质保护。本研究基于4个岭南青冈个体的简化基因组序列进行SSR引物的开发。使用pyRAD软件分析显示:①每个个体中包含微卫星重复片段的序列在46000~84000条;②个体内聚类后得到的位点数在5500~24000;③个体间聚类后获得1158个一致性位点。在1158个位点中获得186个侧翼序列没有变异且重复碱基位于序列中间位置的位点。使用Primer Premier 5.0设计了25对引物,在来自3个群体的36个岭南青冈个体中进行验证,结果表明17对引物能成功扩增,共获得106个等位位点,每个引物的等位基因数在2~12,平均为6.2。引物的期望杂合度和观测杂合度分别为0.19~0.88和0.11~0.76。本研究的引物开发方法具有速度快、效率高、成本低的特点,可应用于群体遗传学分子标记的开发。 展开更多

关键词 岭南青冈 简化基因组测序 微卫星分子标记开发 遗传多样性

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利用高通量测序快速定位目标性状位点的研究 被引量：2

13

作者 林静 赵青松 +2 位作者 张孟臣 杨春燕 赵团结 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2019年第6期47-53,共7页

为了快速鉴定目标性状遗传位点,开发与性状连锁的分子标记,用于剔除高世代选育株行中不利性状,从而加速育种进程。以大豆MS轮回群体中发生花色分离的叫株行为研究材料,利用其衍生的F6;7中20个紫花和17个白花纯合家系分别构建2个DNA混池... 为了快速鉴定目标性状遗传位点,开发与性状连锁的分子标记,用于剔除高世代选育株行中不利性状,从而加速育种进程。以大豆MS轮回群体中发生花色分离的叫株行为研究材料,利用其衍生的F6;7中20个紫花和17个白花纯合家系分别构建2个DNA混池,通过高通量重技术获得变异信息,明确SNP,并在SNP富集区内开发分子标记对目标性状进行连锁分析。结果显示,在2个DNA混池间发现329992个SNP位点,表明混池间的遗传背景已经非常相似,但未发现明显SNP富集区,表明可能存在较多假阳性位点;进一步对高质量(Quality〉100)的SNP变异位点进行筛选,并去除杂合SNP位点,最终获得3371个可信位点。其中,位于13号染色上的SNP变异有700个(占比20.77%),并在20-30 Mb的物理区间形成一个最大的SNP富集区,推测调控花色的叼位点可能位于此区间内。利用该区间内SNP信息开发出dCAPS-1.dCAPS-2分子标记,连锁分析结果显示其与叼位点紧密连锁(W1-(0.4 cM)-dCAPS-1-(2.3 cM)-dCAPS-2),表明叼位点位于SNP富集区内。综上所述,通过构建高世代株行的分离群体混池,利用高通量测序方法可以快速定位控制目标性状的遗传位点,且开发的dCAPS标记可以有效剔除不状,从而加速遗传育种程。 展开更多

关键词 高世代混池 高通量测序 SNP变异 遗传定位 分子标记开发

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