生物化学分子数据库分析和设计研究 被引量：2

1

作者 杨庚 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2000年第4期10-11,44,共3页

讨论了在新药物发现与设计中化学分子数据库的设计和应用这一较新的应用领域，通过对分子数据库结构和特征的分析，提出了一种可行的数据库的设计模型，分析了模型中的各个模块的结构和功能，讨论了数据冗余的处理和数据库的管理，并提... 讨论了在新药物发现与设计中化学分子数据库的设计和应用这一较新的应用领域，通过对分子数据库结构和特征的分析，提出了一种可行的数据库的设计模型，分析了模型中的各个模块的结构和功能，讨论了数据冗余的处理和数据库的管理，并提出了一些有待解决的问题。 展开更多

关键词 生物化学 化学分子数据库 CAD CAE

在线阅读 下载PDF 职称材料

婴幼儿配方乳粉危害物分子预测及营养组分数据库的组建 被引量：1

2

作者 杨慧慧 修红霞 +6 位作者 任海斌 冯宝龙 温春辉 张厚森 王洪跃 侯俊财 王玉堂 《中国乳品工业》 CAS 北大核心 2021年第3期15-18,56,共5页

根据国家标准GB10767和GB10765所述方法,搜集、整理并测定完善符合中国国家标准的婴幼儿配方乳粉中的营养组分;综合1998年至2019年所有婴幼儿乳粉产品及原料的食品安全事件及相关文献中涉及的内源及外源危害物,结合数据库技术建立婴幼... 根据国家标准GB10767和GB10765所述方法,搜集、整理并测定完善符合中国国家标准的婴幼儿配方乳粉中的营养组分;综合1998年至2019年所有婴幼儿乳粉产品及原料的食品安全事件及相关文献中涉及的内源及外源危害物,结合数据库技术建立婴幼儿配方乳粉营养组分及危害物分子数据库。基于分子指纹和相似性算法建立婴幼儿乳粉中危害物预测算法,预测出89种可能影响婴幼儿配方乳粉质量和安全的化合物。 展开更多

关键词 婴幼儿配方乳粉 分子数据库 营养组分 危害物 分子指纹 相似性算法

在线阅读 下载PDF 职称材料

杂交稻主要亲本的SSR分子身份证数据库的构建 被引量：23

3

作者 颜静宛 田大刚 +1 位作者 许彦 王锋 《福建农业学报》 CAS 2011年第2期148-152,共5页

利用前期构建的基于明恢86的SSR电子遗传图谱,筛选得到分布于水稻12条染色体长短臂上的24对多态性好的SSR标记,利用这些标记对139份水稻品种材料进行多态性分析,从而得到142个等位位点,24个标记位点的分布范围在2~10之间,平均值为5.9。... 利用前期构建的基于明恢86的SSR电子遗传图谱,筛选得到分布于水稻12条染色体长短臂上的24对多态性好的SSR标记,利用这些标记对139份水稻品种材料进行多态性分析,从而得到142个等位位点,24个标记位点的分布范围在2~10之间,平均值为5.9。这些标记对杂交稻组合的鉴别能力高于对杂交稻亲本的鉴别能力,这在对目前生产中数目繁多的杂交组合的识别鉴定具备突出的优势。对18个杂交稻组合与其亲本材料进行了标记匹配性分析,在确定了母本高精确性遗传的同时,剔除了2个假杂交稻。此外,构建了137个水稻品种材料×24个标记的分子身份证数据库,本库可直接应用于生产中相关的亲本鉴定及种子验杂,从而为杂交水稻品种纯度和真伪鉴定提供科学数据。 展开更多

关键词 水稻 电子遗传图谱 微卫星标记 分子身份证数据库

在线阅读 下载PDF 职称材料

基于Linux+Apache+MySQL+PHP的棉花分子生物学数据库系统构建 被引量：2

4

作者 张荣志 王省芬 +2 位作者 马峙英 张桂寅 迟吉娜 《棉花学报》 CSCD 北大核心 2008年第5期399-400,F0003,共3页

利用课题组积累的数据信息和网上公用数据库中有关棉花分子生物学数据,采用MySQL为后台数据库,以Apache+PHP为环境,在Linux操作系统下实现了棉花分子生物学数据库系统的构建和wwwBLAST的本地化服务。在脱机状态下使用blast进行同源性比... 利用课题组积累的数据信息和网上公用数据库中有关棉花分子生物学数据,采用MySQL为后台数据库,以Apache+PHP为环境,在Linux操作系统下实现了棉花分子生物学数据库系统的构建和wwwBLAST的本地化服务。在脱机状态下使用blast进行同源性比对,使得数据查询和序列比对更加方便、快捷、稳定和安全,而且增强了针对性。数据库最终以局域网的形式发布,通过授予权限可向同行提供利用。本课题组在棉纤维品质、黄萎病抗性等相关基因的克隆研究中使该数据库得到初步应用。 展开更多

关键词 棉花 分子生物学数据库 wwwBLAST本地化 生物信息学

在线阅读 下载PDF 职称材料

猪专门化分子生物学数据库的建立及其初步应用 被引量：1

5

作者 黄廷华 曹建华 +5 位作者 余梅 刘榜 朱猛进 赵书红 李奎 樊斌 《猪业科学》 2006年第2期19-20,共2页

以公共数据库为基础,利用自编过滤程序初步建立了以核酸序列为主的猪专门化分子生物学数据库。在此基础上初步实现了数据库应用,包括核酸电子自动延伸系统、BLAST同源序列检索程序、参照数据库、siRNA序列设计等。本数据库为猪生物信息... 以公共数据库为基础,利用自编过滤程序初步建立了以核酸序列为主的猪专门化分子生物学数据库。在此基础上初步实现了数据库应用,包括核酸电子自动延伸系统、BLAST同源序列检索程序、参照数据库、siRNA序列设计等。本数据库为猪生物信息学研究平台的建立打下了基础。 展开更多

关键词 分子生物学数据库 生物信息学 数据库应用 猪

在线阅读 下载PDF 职称材料

基于分子式数据库策略的FM-searcher软件在危害物非目标筛查分子式预测中的应用

6

作者 雷珊 吴文林 +1 位作者 周燕 夏兵 《质谱学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2020年第5期453-461,I0003,共10页

利用高分辨质谱数据进行非目标筛查时,为提高分子式预测的前位命中率,为化合物的进一步筛查提供可靠的参考信息,本研究开发了基于分子式数据库策略的分子式计算器FM-searcher。该软件基于“存在即合理,大量存在即稳定”的核心思想,根据... 利用高分辨质谱数据进行非目标筛查时,为提高分子式预测的前位命中率,为化合物的进一步筛查提供可靠的参考信息,本研究开发了基于分子式数据库策略的分子式计算器FM-searcher。该软件基于“存在即合理,大量存在即稳定”的核心思想,根据分子式在已有化合物数据库中出现的频率对分子式进行计算和排序,并依据排序对获得分子式的合理性进行判断,以提高分子式计算的合理性和前位命中率。以测定及搜集文献所得兽残、生物毒素等多类危害物共计219个精确分子质量作为测试数据,将该计算器计算的分子式前位命中率与普通算法(Xcalibur内嵌计算器)的计算结果进行比较。结果表明,FM-searcher在无任何元素限制时,仍可获得较高的前位命中率,前5、前3及首位命中率分别为91.8%、82.6%和50.7%;而普通算法在模糊限制元素时,其命中率分别为21.0%、15.1%、6.4%。在分小类精确限制元素组成时,得到的结果分别为82.2%、69.9%、48.9%。对实际样品基质中测定得到精确质量数的分子式进行计算,FM-searcher能够获得比普通计算器更高的正确分子式前位命中排位。该方法与普通算法相比,能够在更宽泛的限制条件下大幅提高分子式预测的前位命中率,简化分子式计算过程,减少数据处理量,且操作简便、实用性较强。 展开更多

关键词 非目标筛查 分子式数据库 分子式预测 命中率

在线阅读 下载PDF 职称材料

食品源中可能的致病性因素及食品分子云端数据库

7

作者 李美龄 张景凯 +2 位作者 赵毅 李贞景 罗成 《农业工程》 2013年第2期43-45,49,共4页

介绍了在医学及卫生环境规范的食品安全中,食品源中可能的致病性因素主要包括食品源病原体、食物过敏、食品添加剂、农药残留、食品源的耕作方式和食品动物源抗生素等。指出利用食品分子云端数据库可使消费者方便地了解食品相关信息。

关键词 食品安全 致病性因素 食品分子云端数据库

在线阅读 下载PDF 职称材料

RiceDB:基于Web界面的水稻基因芯片注释整合数据库 被引量：3

8

作者 何飞 施清芸 +1 位作者 陈铭 吴平 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2007年第3期235-241,共7页

开发了1个基于Web界面在生物学背景下注释水稻基因芯片的整合数据库RiceDB,它的注释信息比同类针对水稻Affymetrix 57K全基因组表达谱芯片的注释数据库更全面、更快捷且可以自动更新。它由8个功能模块组成,RiceMap建立水稻Affymetrix 57... 开发了1个基于Web界面在生物学背景下注释水稻基因芯片的整合数据库RiceDB,它的注释信息比同类针对水稻Affymetrix 57K全基因组表达谱芯片的注释数据库更全面、更快捷且可以自动更新。它由8个功能模块组成,RiceMap建立水稻Affymetrix 57K探针组与基因的对应关系,从而提供来自各个水稻生物信息学数据库功能描述信息;RiceGO整合Gene Ontology数据库从生物学途径/分子功能和细胞构建对Affymetrix 57K探针组进行注释;RiceKO确定Affymetrix 57K探针组代表的基因可能参与的代谢与调控路径;RiceUP、RiceDO、RiceMR、RiceCD、RiceGF分别确定Affymetrix 57K探针组代表的基因上游小于1 kb启动子序列、结构功能域组成、受哪些水稻MicroRNA调控、染色体定位、基因家族分类。 展开更多

关键词 芯片注释 水稻 分子数据库

在线阅读 下载PDF 职称材料

结合机器学习和强化学习的润滑油分子集生成方法 被引量：1

9

作者 周康 魏朝良 +4 位作者 汤仲平 王栋 车昕昊 王建新 张磊 《石油学报(石油加工)》 北大核心 2025年第3期804-816,共13页

基于从分子层面更理性化指导润滑油品改性实验、构建充分详实的基础油分子结构和物性数据库的目的,采用了一种结合机器学习和强化学习的润滑油矿物型基础油分子集生成方法,按个性化地生成满足目标结构或性质要求的理想分子集。通过利用... 基于从分子层面更理性化指导润滑油品改性实验、构建充分详实的基础油分子结构和物性数据库的目的,采用了一种结合机器学习和强化学习的润滑油矿物型基础油分子集生成方法,按个性化地生成满足目标结构或性质要求的理想分子集。通过利用随机森林模型快速预测分子物性和神经网络模型智能探索分子化学空间的双重优势,该方法能够在数小时内生成数千个满足设计要求的基础油分子,并且可同时考虑熔点、沸点、油品黏度、分子结构等多方面的设计需求,针对油品数据库构建时探究理想分子组成和辅助油品分子表征2种应用场景,分别通过以探究理想分子组成为目的的基础油分子生成和以辅助油品分子表征为目的的基础油分子生成2个案例来说明提出的技术路线的可行性和有效性。 展开更多

关键词 润滑油 基础油 分子数据库 机器学习 强化学习 随机森林

在线阅读 下载PDF 职称材料

基于HITRAN数据库的深海甲烷辐射光谱仿真研究 被引量：1

10

作者 刘青松 但有全 +3 位作者 杨鹏 许罗鹏 羊富彬 邓楠 《光谱学与光谱分析》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2022年第9期2714-2719,共6页

研发能够精确、实时、原位获取热液甲烷数据的深海甲烷传感器对深海研究具有非常重要的意义。前期研制的两款深海甲烷光学成像干涉系统,均利用甲烷辐射光谱开展甲烷状态参数探测和反演。首先,以分子光谱辐射理论为基础,建立了分子辐射... 研发能够精确、实时、原位获取热液甲烷数据的深海甲烷传感器对深海研究具有非常重要的意义。前期研制的两款深海甲烷光学成像干涉系统,均利用甲烷辐射光谱开展甲烷状态参数探测和反演。首先,以分子光谱辐射理论为基础,建立了分子辐射光谱与浓度、温度、压强的理论关系式,结合深海高压环境特点,建立了基于Lorentz线型的深海分子辐射模型,该模型为利用光谱法定量反演分子浓度、温度、压强等状态参数提供理论依据,同时为深海分子光谱仿真提供有力工具。接着,借助HITRAN分子光谱数据库提供的分子基本谱线参数,挑选出甲烷成像干涉系统的光源谱线。对比CH_(4)分子与CO_(2),H_(2)S,H_(2)O等分子的特征吸收谱线,在5990~6150 cm^(-1)波段范围内,CH_(4)谱线强度比CO_(2),H_(2)S,H_(2)O等三种干扰分子的谱线强度约高2~3个数量级,且此波段内甲烷六条有效谱线分布均匀,谱线间距皆约为2~3 nm,非常适合采用光谱法进行分子状态参数探测,因此选择谱线干扰较弱、谱线分布均匀、谱线间距适中的甲烷六条谱线(1640.37,1642.91,1645.56,1648.23,1650.96和1653.72 nm)作为甲烷成像干涉探测系统的目标光源谱线。最后,基于深海分子辐射模型和HITRAN数据库的甲烷分子基本谱线参数,人工合成了甲烷任意浓度,任意温度和任意压强的辐射光谱数据,并分析了甲烷辐射光谱随浓度、温度和压强的变化特征。对于单一中心谱线,甲烷分子辐亮度随着浓度的升高而线性增大,随着温度的升高而非线性增大,随着压强的升高而非线性减小。对于全波段谱线,甲烷辐射光谱的全线宽随着浓度、温度的升高而变宽,随着压强的升高而变窄。建立的深海甲烷辐射光谱理论和仿真分析结果,可以为基于光谱法的海洋原位甲烷传感器的研制和数据反演提供数据支撑和理论依据。 展开更多

关键词 热液甲烷 辐射光谱 HITRAN分子光谱数据库 成像干涉

在线阅读 下载PDF 职称材料

基于Web的分子化石信息系统探讨

11

作者 熊永柱 林丽 +2 位作者 朱利东 庞艳春 付修根 《成都理工大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2003年第3期249-253,共5页

通过系统需求分析 ,应用 ASP技术和 B/ S多层结构的分布式数据库技术来实现分子化石信息系统的 Web设计开发。对分子化石图谱、结构式等数据进行了系统总结 ,建立了基于Web的分子化石数据库模型 ,并详细描述了包括气相色谱图库、质量色... 通过系统需求分析 ,应用 ASP技术和 B/ S多层结构的分布式数据库技术来实现分子化石信息系统的 Web设计开发。对分子化石图谱、结构式等数据进行了系统总结 ,建立了基于Web的分子化石数据库模型 ,并详细描述了包括气相色谱图库、质量色谱图库、总离子流图库、质谱图库、化石分子数据库和化石分子结构图库在内的分子化石数据库的结构和联接方式。该系统的成功研制将实现分子化石鉴别的计算机网络化 。 展开更多

关键词 分子化石信息系统 WEB ASP B/S多层结构 分布式数据库 分子化石数据库 分子古生物学

在线阅读 下载PDF 职称材料

基于色质联用技术的丝织品染料分析新方法 被引量：2

12

作者 蔡碧莹 罗曦芸 +2 位作者 徐志珍 夏玮 张文清 《丝绸》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期12-18,共7页

文章选用古代常用于染色的六种植物,针对丝织品的染色方法展开研究,扩充建立红、黄、紫色多组颜色的检测体系,最终用于鉴定出土丝织品文物上植物染料的组成成分。为解决丝织品文物丰富颜色的分析问题,文章建立了基于自建精确质量数据库... 文章选用古代常用于染色的六种植物,针对丝织品的染色方法展开研究,扩充建立红、黄、紫色多组颜色的检测体系,最终用于鉴定出土丝织品文物上植物染料的组成成分。为解决丝织品文物丰富颜色的分析问题,文章建立了基于自建精确质量数据库的方法,使用四级杆飞行时间串联质谱(UHPLC-QTOF-MS),对植物染料的化学成分进行快速鉴定,并探究同位素模式对鉴定结果的影响,增强鉴定结果的准确度和可信性。实验结果显示,文章所建立的数据库可以解决大量出土文物的植物染料鉴定问题,对文物的修复和文化的继承都具有十分重要的意义。 展开更多

关键词 丝织品文物 植物染料 染料颜色 色质联用 分子数据库

在线阅读 下载PDF 职称材料

生物信息工具软件的Web集成方案研究 被引量：3

13

作者 陈传波 雷昊 《计算机工程与科学》 CSCD 2004年第8期66-69,共4页

本文利用Java的相关技术,提出了一种跨平台的、适用于不同类型生物信息工具软件的Web集成方案。

关键词 分子生物数据库 核酸数据库 生物信息工具软件 WEB 集成

在线阅读 下载PDF 职称材料

网络中的遗传学信息资源 被引量：1

14

作者 石磊 尚彤 《生理科学进展》 CAS CSCD 北大核心 2002年第2期182-186,共5页

关键词 互联网 遗传学信息资源 分子生物学数据库

在线阅读 下载PDF 职称材料