基于三维分子描述符的埃坡霉素类衍生物抗癌活性预测 被引量：1

1

作者 谈宁馨 李娟琴 +1 位作者 李泽荣 李象远 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2006年第4期397-402,共6页

为预测埃坡霉素类衍生物的抗癌活性,定义了一套表征分子形状的描述符,即K阶形状参数,并计算了67个表征分子的电子、拓扑和几何结构的分子描述符.描述符经遗传算法筛选,用于建立基于支持向量学习机(SVM)的抗癌活性分类模型;用留一法和5... 为预测埃坡霉素类衍生物的抗癌活性,定义了一套表征分子形状的描述符,即K阶形状参数,并计算了67个表征分子的电子、拓扑和几何结构的分子描述符.描述符经遗传算法筛选,用于建立基于支持向量学习机(SVM)的抗癌活性分类模型;用留一法和5重交叉验证法对SVM模型参数进行了优化.结果表明模型具有较高的预测性且两种方法得到相近结果,交叉验证的预测正确率达80.6%;经筛选后的描述符有30个,其中含有5个K阶形状参数,这些描述符对埃坡霉素类衍生物的抗癌活性的模型建立具有比较重要的作用. 展开更多

关键词 支持向量学习机 埃坡霉素 分子描述符 K阶形状参数

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脂肪醇临界温度与分子描述符的定量结构性质关系研究 被引量：1

2

作者 饶火瑜 祝志强 +1 位作者 乐长高 徐珍珍 《石油化工》 CAS CSCD 北大核心 2022年第7期773-779,共7页

采用Gaussian-16软件对脂肪醇分子进行了密度泛函理论计算,在6-311g(d,p)基组下进行几何优化和频率分析,得到每个醇分子最稳定的构象,将此构象的几何参数交给Alvadesc软件计算分子描述符。运用逐步多元线性回归技术找到了对脂肪醇临界... 采用Gaussian-16软件对脂肪醇分子进行了密度泛函理论计算,在6-311g(d,p)基组下进行几何优化和频率分析,得到每个醇分子最稳定的构象,将此构象的几何参数交给Alvadesc软件计算分子描述符。运用逐步多元线性回归技术找到了对脂肪醇临界温度有显著贡献的五个分子描述符,分别是piPC01,ATS6e,GATS2e,GATS3i和E2m;这些分子描述符描述了脂肪醇分子的结构、大小和连接信息;建立了五参数多元线性回归定量结构性质关系(QSPR)模型,模型的相关系数为0.9998,均方根误差仅为1.77 K,经Fisher检验、t-检验、方差膨胀因子检验、留一法交叉验证、留多法交叉验证以及外部测试集验证,所得QSPR模型稳健、可靠,能用于预测脂肪醇的临界温度。 展开更多

关键词 定量结构性质关系 分子描述符 临界温度 脂肪醇 逐步多元线性回归

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芳烃分子描述符的修正和沸点预测建模 被引量：1

3

作者 马香成 秦蔚 +1 位作者 陈清林 张冰剑 《化工学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第11期4306-4314,共9页

根据芳烃分子中碳原子所处化学环境的差异,修正分子描述符Randi?连接性指数中碳原子支化度参数δ_i,提出新的分子描述符Modran;通过对比分析表明描述符Modran对芳烃分子的化学结构具有更好的选择性。分析芳烃沸点的影响因素,采用最优子... 根据芳烃分子中碳原子所处化学环境的差异,修正分子描述符Randi?连接性指数中碳原子支化度参数δ_i,提出新的分子描述符Modran;通过对比分析表明描述符Modran对芳烃分子的化学结构具有更好的选择性。分析芳烃沸点的影响因素,采用最优子集选择法,发现Modran一阶和二阶支化度指数、分子极化率和芳环碳原子占比四个分子描述符参数的组合对芳烃沸点具有良好的预测能力,进而建立包含Modran等四分子描述符的线性组合模型和神经网络模型。与Marrero-Pardillo基团贡献法比较,四分子描述符的神经网络模型将芳烃沸点预测的平均绝对误差由12.26 K降低到4.56 K。 展开更多

关键词 分子描述符 芳烃 沸点预测 构效关系 神经网络

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基于集成机器学习和分子对接方法筛选新型的BTK抑制剂 被引量：1

4

作者 孙丽丽 汪子肖 +2 位作者 陈琴 孙耀 董海燕 《科学技术与工程》 北大核心 2024年第22期9445-9455,共11页

布鲁顿酪氨酸激酶(Brutons tyrosine kinase,BTK)在B细胞恶性肿瘤和自身免疫性疾病等多种生物学过程中发挥重要作用,因此,抑制BTK是治疗多种疾病的一种有效策略。为了开发一种基于机器学习的虚拟筛选方法,以识别潜在的BTK抑制剂。首先,... 布鲁顿酪氨酸激酶(Brutons tyrosine kinase,BTK)在B细胞恶性肿瘤和自身免疫性疾病等多种生物学过程中发挥重要作用,因此,抑制BTK是治疗多种疾病的一种有效策略。为了开发一种基于机器学习的虚拟筛选方法,以识别潜在的BTK抑制剂。首先,通过收集了一个由3499个活性BTK抑制剂和7927个非活性化合物组成的数据集,并使用3种分子描述符和6个机器学习算法构建了18个分类模型和2种集成分类模型。模型性能评估显示,基于直径为4的扩展连接指纹(extended-connectivity fingerprint with diameter 4,ECFP4)描述符和深度神经网络(deep neural network,DNN)、随机森林(random forest,RF)、支持向量机(support vector machine,SVM)算法构建的集成模型更加准确可靠。接着,利用最佳集成模型从ZINC数据库中的5×10^(6)个分子中筛选出93个潜在的新型的BTK抑制剂,通过分子对接进一步分析它们与BTK蛋白晶体的结合模式。最终筛选出6个具有高亲和力的BTK抑制剂,它们能与活性口袋中的关键的氨基酸残基Thr474、Glu475、Met477、Cys481和Asp539等形成稳定的氢键相互作用。预测的吸收、分布、代谢、排泄和毒性(absorption,distribution,metabolism,excretion and toxicity,ADMET)参数表明这些候选化合物具有良好的药代动力学参数和安全性。分子动力学模拟进一步说明了这些化合物能与BTK蛋白稳定结合,有望成为开发新型BTK抑制剂的先导化合物。 展开更多

关键词 机器学习 BTK抑制剂 虚拟筛选 分子对接 分子描述符

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从网络角度研究腰痹通胶囊整体调控腰椎间盘突出的分子作用机制 被引量：7

5

作者 范震宇 张新庄 +5 位作者 柯志鹏 吉顺莉 曹亮 王团结 王振中 萧伟 《中成药》 CAS CSCD 北大核心 2018年第2期275-283,共9页

目的研究腰痹通胶囊(三七、川芎、延胡索,等)治疗腰椎间盘突出的分子作用机制。方法采用文献挖掘、分子对接以及分子-靶蛋白网络特征分析的方法研究腰痹通胶囊中化合物群与靶蛋白的相互作用。结果分子对接发现腰痹通胶囊中有46个活性成... 目的研究腰痹通胶囊(三七、川芎、延胡索,等)治疗腰椎间盘突出的分子作用机制。方法采用文献挖掘、分子对接以及分子-靶蛋白网络特征分析的方法研究腰痹通胶囊中化合物群与靶蛋白的相互作用。结果分子对接发现腰痹通胶囊中有46个活性成分,且大部分具有良好的口服生物利用度和较高的中枢神经暴露量,进一步网络分析发现,其中coptisine、diligustilide、corypalmine、chuanxiongterpene等11个化合物为其主要活性成分,可通过与p38、CGRP、MMPs、TNFα等19个靶蛋白作用,抑制过度性炎症反应和椎间盘内毛细血管浸入,降低神经对刺激的敏感性,调控椎间盘内胶原、蛋白聚糖的代谢平衡,从而缓解疼痛,改善腰椎间盘突出。结论通过网络分析明确了腰痹通胶囊调控腰椎间盘突出的分子作用机制,诠释了其科学内涵,有助于推动后续药效物质基础研究和分子机制实验研究。 展开更多

关键词 疼痛 中药 网络药理学 分子描述符 分子对接

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OLED发光材料的理论计算与分子设计 被引量：5

6

作者 刘美惠 彭谦 《发光学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2023年第1期115-128,共14页

数次有机发光二极管(OLED)器件效率的突破均源于有机电致发光新机制的发现和有机发光材料的创新。理论探究有机分子激发态的形成和衰变过程可以加深理解发光的微观机理,促进发光材料分子的研发。本文简要介绍了热振动关联函数(TVCF)的... 数次有机发光二极管(OLED)器件效率的突破均源于有机电致发光新机制的发现和有机发光材料的创新。理论探究有机分子激发态的形成和衰变过程可以加深理解发光的微观机理,促进发光材料分子的研发。本文简要介绍了热振动关联函数(TVCF)的速率理论,及其在荧光、磷光和热激活延迟小分子材料中的应用。针对这三类小分子材料,我们揭示了其发光机理,建立了分子结构与性质之间的关系,提出了表征效率的描述符,并理论设计了优良的OLED发光分子。 展开更多

关键词 OLED发光材料 分子描述符 热振动关联函数 激发态衰减速率常数 发光量子效率

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ML-QSPR方法预测煤基液体的燃料性能 被引量：1

7

作者 李文英 王香玲 +2 位作者 范欢欢 范鸿霞 冯杰 《煤炭学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第2期1098-1110,共13页

煤基液体混合物如煤焦油、煤直接液化油的分子结构描述和性质预测是开发煤基液体产品高值化工艺和技术的重要基础。由于煤基液体主要由C、H、O、N、S元素构成数量庞杂、芳环结构各异的混合物,因此,使用Python中的RDKit工具包,利用简化... 煤基液体混合物如煤焦油、煤直接液化油的分子结构描述和性质预测是开发煤基液体产品高值化工艺和技术的重要基础。由于煤基液体主要由C、H、O、N、S元素构成数量庞杂、芳环结构各异的混合物,因此,使用Python中的RDKit工具包,利用简化分子线性输入规范(Simplified Molecular Input Line Entry System,SMILES)语言构建煤基液体中物质分子描述符,描述符包含样品元素信息、环数与环结构信息、原子数及分子量信息等共计115个分子描述符。对比人工信息提取方法,将所构建的分子描述符能够体现煤基液体分子结构碎片、分子量及原子个数信息等作为机器学习的特征输入变量,用于建立预测煤基液体的燃料性能的分子机器学习-定量结构性质关系方法 (ML-QSPR),实现对燃料低位热值(LHV)、液体密度(ρ)、闪点(FP)、十六烷值(CN)4个关键燃料性能参数的快速预测。模型验证分析表明LHV、ρ、FP模型的R^(2)分别为0.996、0.988、0.987;CN预测中加入混合物数据进行预测,R^(2)=0.959。与已公开报道的预测LHV、ρ、FP、CN性质方法对比,笔者提出ML-QSPR方法在预测4个关键燃料性能参数准确度方面有提升,在获取结果速度方面有显著优势。利用ML-QSPR模型预测得到的煤基液体制特种燃料性能参数数据库中的信息,分析增加不同族组分物质的碳原子数量时4个燃料性能参数的演变趋势,发现LHV、ρ、FP、CN四个燃料性能参数均受碳数(n)影响显著。由于LHV主要由n决定,不同族组分物质的LHV差距小;而不同族组分物质的ρ、FP和CN性质差距明显。此外,本研究训练好的模型可用于预测新的分子,为新型燃料分子设计提供参考;ML-QSPR方法作为迁移学习模型可在今后用于煤基液体其他场景相关理化性质的分析。 展开更多

关键词 煤焦油 煤直接液化油 煤结构 煤组成成分 分子描述符

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基于机器学习的PPCPs固-液分配系数预测

8

作者 张子衡 王美娥 +1 位作者 马万凯 陈卫平 《生态毒理学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期82-96,共15页

近年来药品和个人护理产品(PPCPs)作为新兴污染物越来越受到重视,研究PPCPs在固相环境介质中的固-液分配系数(K_(d))对于了解PPCPs的归趋和评价其环境风险至关重要,然而基于线性分配的传统方法不确定性较高。本研究收集了24种常见PPCPs... 近年来药品和个人护理产品(PPCPs)作为新兴污染物越来越受到重视,研究PPCPs在固相环境介质中的固-液分配系数(K_(d))对于了解PPCPs的归趋和评价其环境风险至关重要,然而基于线性分配的传统方法不确定性较高。本研究收集了24种常见PPCPs的吸附批量实验数据,包括K_(d)、土壤性质、实验参数和化合物分子描述符,构建数据集,并采用机器学习构建K_(d)的预测模型。结果表明,随机森林(RF)和极端梯度提升(XGBoost)2种回归模型的预测效果相似且优于支持向量回归(SVR);SHAP分析揭示了辛醇-水分配系数(log K_(OW))、物质的量折射率(MR)、物质的量质量(MW)、固-液比(RATIO)、有机碳含量(OC)对K_(d)影响最显著;利用文献报道的广州市溪流河12种PPCPs和42种沉积物样本的实测数据进行应用域分析和模型验证,结果显示,除了红霉素和罗红霉素,本研究构建的模型能很好地预测其余PPCPs的K_(d)值。同时,研究发现,对于在弱酸性和弱碱性条件下溶解性会发生显著增加的化合物,如环丙沙星、氧氟沙星、磺胺二甲嘧啶等,在弱酸性和弱碱性的实际环境中应用本研究所构建的方法会低估实际K_(d)值。 展开更多

关键词 批量吸附 环境风险评估 分子描述符 随机森林 有机碳吸附系数

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基于网络药理学研究大川芎方治疗偏头痛的作用机制 被引量：11

9

作者 袁荣高 顾明华 古江勇 《南京中医药大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第6期571-576,共6页

目的研究大川芎方治疗偏头痛的分子作用机制。方法结合文献挖掘、分子对接和网络分析研究大川芎方中化合物群与偏头痛相关靶蛋白的相互作用。结果分子对接发现大川芎中有38个活性成分,且大部分具有较好的口服生物利用度和良好的脑内暴露... 目的研究大川芎方治疗偏头痛的分子作用机制。方法结合文献挖掘、分子对接和网络分析研究大川芎方中化合物群与偏头痛相关靶蛋白的相互作用。结果分子对接发现大川芎中有38个活性成分,且大部分具有较好的口服生物利用度和良好的脑内暴露量,进一步网络分析发现senkyunolide M,riligustilide,levistolide A,chuanxiongterpene等16个化合物为其主要活性成分,可通过与CGRP、p38、TNF-α、iGluR5、NOS等18个靶蛋白作用,抑制神经源性炎症和神经递质的产生,降低源自三叉神经的感受器对伤害性信息的超敏化,并对抗皮层扩布性抑制,从而发挥治疗偏头痛的作用。结论通过网络分析明确了大川芎方治疗偏头痛的分子作用机制,诠释了其科学内涵,有助于推动后续相应制剂的药效物质基础研究和分子机制实验研究。 展开更多

关键词 疼痛 网络分析 分子描述符 分子对接 中药

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基于支持向量学习机方法的抗真菌药物活性预测 被引量：3

10

作者 李泽荣 陈仕伟 +2 位作者 谈宁馨 陈宇综 李象远 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2005年第8期1527-1531,共5页

为了预测分子的抗真菌活性,计算了表征分子的电子、拓扑、几何结构和分子形状等特征的67个分子描述符,并用于支持向量学习机对分子抗真菌活性分类模型的建立和活性预测.分别用留一法和五重交叉法对模型进行了验证.在五重交叉验证中,根... 为了预测分子的抗真菌活性,计算了表征分子的电子、拓扑、几何结构和分子形状等特征的67个分子描述符,并用于支持向量学习机对分子抗真菌活性分类模型的建立和活性预测.分别用留一法和五重交叉法对模型进行了验证.在五重交叉验证中,根据分子三维结构的相似性,首先把所研究的94个分子分成若干类,再分别从每一类中随机选择若干个分子组成若干个训练集,剩余的分子构成相应的测试集.结果表明,用上述两种验证方法得到的结果相近,且所建立的模型具有较高的预测性,交叉验证的预测正确率达到84.0%. 展开更多

关键词 支持向量学习机 抗真菌活性 分子描述符 留一法 五重交叉法

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基于改进的CoMFA方法研究新生霉素抑制剂的定量构效关系 被引量：6

11

作者 张小轶 侯琤斐 +2 位作者 邱木子 杜晓艳 王存新 《北京工业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第12期1865-1871,共7页

为了改善药物开发过程中由于候选分子类药性差而导致药物开发失败的现状,通过克服比较分子场分析(CoMFA)自身描述符的局限性,对70个新生霉素小分子进行大量的描述符计算,每个小分子得到6 122个描述符,并对所得描述符进行筛选,将最终获得... 为了改善药物开发过程中由于候选分子类药性差而导致药物开发失败的现状,通过克服比较分子场分析(CoMFA)自身描述符的局限性,对70个新生霉素小分子进行大量的描述符计算,每个小分子得到6 122个描述符,并对所得描述符进行筛选,将最终获得的4个关键描述符引入标准CoMFA模型中,以获得有助于判断目标小分子是否具有类药性的改进的CoMFA模型.结果显示,所得最优模型是同时添加了POS_05_-O-和极性可及面积(polar surface area,PSA)两个描述符的.通过对该改进的CoMFA模型进行统计分析,发现该模型的Q^2、R_(ncv)~2和R_(pre)~2均比标准CoMFA模型提高.所得模型的等高线图为分子改造提供了建议,并验证了模型的可靠性.分析POS_05_-O-和PSA描述符在70个小分子中的分布,发现有20个小分子既含有POS_05_-O-描述符,且PSA在90~110,占高活性分子的91%,表明这2个描述符的确有利于提高小分子活性,同时也有利于分子的口服生物利用度. 展开更多

关键词 分子描述符 COMFA HSP90 新生霉素 肺癌

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基于深度学习的口服生物利用度分类研究 被引量：2

12

作者 史新宇 禹龙 +3 位作者 田生伟 叶飞跃 钱进 高双印 《计算机科学》 CSCD 北大核心 2016年第4期260-263,共4页

针对采用传统方法测量口服生物利用度(OB)代价昂贵、花费周期长,而现有的一些机器学习方法对其预测精度较低的问题,提出了一种基于栈式自编码(SAE)神经网络的口服生物利用度分类方法,利用经筛选过的分子特征结合栈式自编码模型对生物利... 针对采用传统方法测量口服生物利用度(OB)代价昂贵、花费周期长,而现有的一些机器学习方法对其预测精度较低的问题,提出了一种基于栈式自编码(SAE)神经网络的口服生物利用度分类方法,利用经筛选过的分子特征结合栈式自编码模型对生物利用度进行分类。实验表明,与浅层机器学习模型支持向量机(SVM)以及人工神经网络(ANN)相比,深度网络对化合物分子的特征有更本质的学习,采用经筛选过的2D和3D分子特征组合对人体口服生物利用度的分类效果较好,其平均预测精度为83%,灵敏度(SE)为94%,特异性(SP)为49%。 展开更多

关键词 口服生物利用度 深度学习 分子描述符 栈式自编码 softmax回归

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基于机器学习方法的丙型肝炎病毒非结构蛋白5B聚合酶抑制剂活性预测(英文) 被引量：5

13

作者 吕巍 薛英 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2011年第6期1407-1416,共10页

在丙型肝炎病毒(HCV)的基因复制和蛋白质成熟的过程中,非结构蛋白5B(NS5B)作为RNA依赖的RNA聚合酶起到了重要的作用.抑制NS5B聚合酶可以阻止丙型肝炎病毒的RNA复制,因此成为一种治疗丙型肝炎的有效方法.通过计算机方法进行虚拟筛选和预... 在丙型肝炎病毒(HCV)的基因复制和蛋白质成熟的过程中,非结构蛋白5B(NS5B)作为RNA依赖的RNA聚合酶起到了重要的作用.抑制NS5B聚合酶可以阻止丙型肝炎病毒的RNA复制,因此成为一种治疗丙型肝炎的有效方法.通过计算机方法进行虚拟筛选和预测NS5B聚合酶抑制剂已经变得越来越重要.本文主要采用机器学习方法(支持向量机(SVM)、k-最近相邻法(k-NN)和C4.5决策树(C4.5DT))对已知的丙型肝炎病毒NS5B蛋白酶抑制剂与非抑制剂建立分类预测模型.1248个结构多样性化合物(552个NS5B抑制剂与696个非NS5B抑制剂)被用于测试分类预测系统,并用递归变量消除法选择与NS5B抑制剂相关的性质描述符以提高预测精度.独立验证集的总预测精度为84.1%-85.0%,NS5B抑制剂的预测精度为81.4%-91.7%,非NS5B抑制剂的预测精度为78.2%-87.2%.其中支持向量机给出最好的NS5B抑制剂预测精度(91.7%);C4.5决策树给出最好的非NS5B抑制剂预测精度(87.2%);k-最近相邻法给出最好的总预测精度(85.0%).研究表明机器学习方法可以有效预测未知数据集中潜在的NS5B抑制剂,并有助于发现与其相关的分子描述符. 展开更多

关键词 机器学习方法 分子描述符 递归变量消除法 支持向量机 丙型肝炎病毒

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基于机器学习方法的激素敏感脂肪酶抑制剂活性预测(英文) 被引量：4

14

作者 吕巍 薛英 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2010年第2期471-477,共7页

脂肪组织中,激素敏感脂肪酶(HSL)被认为是调节脂肪酸代谢的关键限速酶.HSL在糖尿病的发病过程中起重要作用,抑制HSL活性有助于糖尿病的治疗,因此探索新颖的HSL抑制剂成为当前研究的热门.在激素敏感脂肪酶的作用机制和三维结构缺乏的情况... 脂肪组织中,激素敏感脂肪酶(HSL)被认为是调节脂肪酸代谢的关键限速酶.HSL在糖尿病的发病过程中起重要作用,抑制HSL活性有助于糖尿病的治疗,因此探索新颖的HSL抑制剂成为当前研究的热门.在激素敏感脂肪酶的作用机制和三维结构缺乏的情况下,需要发展预测HSL抑制剂的方法.本文采用几种机器学习方法(支持向量机(SVM)、k-最近相邻法(k-NN)和C4.5决策树(C4.5DT))对已知的HSL抑制剂与非抑制剂建立分类预测模型.252个结构多样性化合物(123个HSL抑制剂与129个HSL非抑制剂)被用于测试分类预测系统,并用递归变量消除法选择与HSL抑制剂相关的性质描述符以提高预测精度.本研究对独立验证集的总预测精度为75.0%-80.0%,HSL抑制剂的预测精度为85.7%-90.5%,非HSL抑制剂的预测精度为63.2%-68.4%.支持向量机方法给出最好的总预测精度(80.0%).本研究表明支持向量机等机器学习方法可以有效预测未知数据集中潜在的HSL抑制剂,并有助于发现与其相关的分子描述符. 展开更多

关键词 支持向量机激 素敏感脂肪酶 机器学习方法 分子描述符 递归变量消除法

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机器学习方法用于选择性环氧化酶-2抑制剂活性预测模型的建立 被引量：2

15

作者 王正国 饶含兵 李泽荣 《化学研究与应用》 CAS CSCD 北大核心 2006年第11期1317-1321,共5页

与传统的非甾体类消炎药相比,选择性环氧化酶-2抑制剂具有无胃肠道粘膜损伤,溃疡和肾功能障碍等严重的副作用,设计选择性环氧化酶-2抑制剂具有重要意义。本文用支持矢量学习机和神经网络两种机器学习方法建立选择性环氧化酶-2抑制剂的... 与传统的非甾体类消炎药相比,选择性环氧化酶-2抑制剂具有无胃肠道粘膜损伤,溃疡和肾功能障碍等严重的副作用,设计选择性环氧化酶-2抑制剂具有重要意义。本文用支持矢量学习机和神经网络两种机器学习方法建立选择性环氧化酶-2抑制剂的活性预测模型,以期为选择性环氧化酶-2抑制剂药物的合成提供先导化合物。我们将467个环氧化酶-2抑制剂用Kennard-Stone方法分为训练集,验证集和独立测试集,对每一抑制剂分子我们计算了463个包含组成描述符和拓扑描述符的分子描述符来表征其分子结构,并通过F-Score方法选取最重要的分子描述符用于分类模型的建立。结果表明,SVM方法通过变量筛选后具有很好的预测能力,其预测正确率达到93.30%。 展开更多

关键词 环氧化酶-2抑制剂 分子描述符 机器学习方法

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支持向量机在构建白介素-1β转化酶抑制剂药效团模型中的应用 被引量：4

16

作者 杨晔 张燕玲 乔延江 《世界科学技术-中医药现代化》 2009年第6期783-788,共6页

以24个作用于人体外围血单核细胞药理模型的白介素-1β转化酶抑制剂作为研究对象,计算了其表征分子的拓扑、电子、几何结构等物理化学性质的1209个分子描述符,用CfsSubsetEval评价方法和BestFirst-D1-N5搜索方法筛选描述符,用Kennard-St... 以24个作用于人体外围血单核细胞药理模型的白介素-1β转化酶抑制剂作为研究对象,计算了其表征分子的拓扑、电子、几何结构等物理化学性质的1209个分子描述符,用CfsSubsetEval评价方法和BestFirst-D1-N5搜索方法筛选描述符,用Kennard-Stone方法选择训练集和测试集。分别采用支持向量机、决策树、贝叶斯网络、人工神经网络等机器学习方法建立分类预测模型并使用Catalyst/HipHop系统建立药效团模型。结果表明支持向量机优于其他分类模型,正、负样本的预测正确率均达到100%。最优药效团模型具有5个特征:2个疏水基团、2个脂性氢键受体、1个氢键给体;以此药效团进行中药数据库筛选得到384个候选白介素-1β转化酶抑制剂。利用支持向量机建立的分类预测模型对候选化合物的活性进行了预测,其中高活性化合物占96.6%,表明白介素-1β转化酶抑制剂药效团模型较准确地反映了高活性化合物的公共特征。该模型的建立有助于从中草药筛选新型白介素-1β转化酶抑制剂。 展开更多

关键词 白介素-1β转化酶抑制剂 分子描述符 支持向量机 药效团HipHop

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基于QSPR研究绿原酸类化合物与血清白蛋白的结合

17

作者 高静 张燕玲 乔延江 《世界科学技术-中医药现代化》 北大核心 2012年第4期1773-1778,共6页

本文选取32个小分子化学成分和9个天然产物化学成分为训练集，利用Dragon软件计算分子描述符，应用WEKA软件中CfsSubsetEval评价方法和BestFirst—D1-N5搜索方法进一步筛选描述符，利用LinearRegression方法建立了分子结构与其血清蛋白... 本文选取32个小分子化学成分和9个天然产物化学成分为训练集，利用Dragon软件计算分子描述符，应用WEKA软件中CfsSubsetEval评价方法和BestFirst—D1-N5搜索方法进一步筛选描述符，利用LinearRegression方法建立了分子结构与其血清蛋白结合常数值logK的定量结构一性质相关性模型（相关系数为0．9557）。应用该模型对10个绿原酸类化合物的logK进行预测，结果显示绿原酸的logK预测值为4．51，与文献报道的logK值在4～7范围内基本相符。研究结果为进一步探讨绿原酸与血清蛋白的结合情况提供指导，为研究药物与血清蛋白的结合提供思路。 展开更多

关键词 分子描述符 线性回归模型 绿原酸 血清白蛋白

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基于支持向量学习机方法的人体小肠吸收药物活性的预测 被引量：4

18

作者 陈仕伟 李泽荣 +1 位作者 李程 李象远 《化学研究与应用》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期176-179,共4页

为了预测分子在人体小肠中的吸收,本文计算了表征分子的电子、拓扑、几何结构、分子形状等特征的10 2个分子描述符,用遗传算法变量选择方法使描述符减少到4 7个。体系共包含了2 30个化合物分子,6 9个不能被吸收(HIA ) ,16 1个可以被吸收... 为了预测分子在人体小肠中的吸收,本文计算了表征分子的电子、拓扑、几何结构、分子形状等特征的10 2个分子描述符,用遗传算法变量选择方法使描述符减少到4 7个。体系共包含了2 30个化合物分子,6 9个不能被吸收(HIA ) ,16 1个可以被吸收(HIA + )。对建立的SVM模型,用5重交叉验证和独立测试集进行验证,预测正确率分别达到79 1%和77 1% ,结果具有较好的一致性。在模型验证中,通过聚类分析方法组合训练集和测试集,保证了模型的稳定性。 展开更多

关键词 人体小肠吸收(HIA) 支持矢量学习机(SVM) 分子描述符 聚类分析 遗传算法(GA)

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机器学习方法用于二氢叶酸还原酶抑制剂的活性预测 被引量：3

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作者 陈晓梅 饶含兵 +1 位作者 黄文丽 李泽荣 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2007年第11期2171-2178,共8页

分别采用支持向量学习机、人工神经网络、调节性逻辑回归和K-最临近等机器学习方法对761个二氢叶酸还原酶抑制剂建立了其活性分类预测模型.采用组成描述符和拓扑描述符表征抑制剂的分子结构及物理化学性质,使用Kennard-Stone方法进行训... 分别采用支持向量学习机、人工神经网络、调节性逻辑回归和K-最临近等机器学习方法对761个二氢叶酸还原酶抑制剂建立了其活性分类预测模型.采用组成描述符和拓扑描述符表征抑制剂的分子结构及物理化学性质,使用Kennard-Stone方法进行训练集的设计,并用Metropolis Monte Carlo模拟退火方法作变量选择.结果表明,支持向量学习机优于其它机器学习方法,所得到的最优模型具有较好的预测结果,其预测正确率为91.62%.说明通过合适的训练集设计及变量选择,支持向量学习机方法可以很好地用于二氢叶酸还原酶抑制剂的活性分类预测. 展开更多

关键词 二氢叶酸还原酶抑制剂 支持向量学习机 分子描述符

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海桐皮汤治疗骨性关节炎的化学空间及多靶点效应分析 被引量：24

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作者 郑春松 叶蕻芝 +1 位作者 刘献祥 徐筱杰 《中国临床药理学与治疗学》 CAS CSCD 2009年第1期67-71,共5页

目的:从化学空间角度探讨海桐皮汤治疗骨性关节炎的多靶点作用。方法:运用计算机方法对海桐皮汤中分子组成的数据库及药物分子/类药分子数据库进行化学空间分析,对一些特征描述符的分布进行了描述,同时采用主成分分析方法将多维化学空... 目的:从化学空间角度探讨海桐皮汤治疗骨性关节炎的多靶点作用。方法:运用计算机方法对海桐皮汤中分子组成的数据库及药物分子/类药分子数据库进行化学空间分析,对一些特征描述符的分布进行了描述,同时采用主成分分析方法将多维化学空间映射到二维空间以得到更直观的图像。结果:海桐皮汤中分子有良好的多样性,既有类药性质,也是天然产物化合物的一个特殊的子集。结论:本方法直观地揭示了复方海桐皮汤的多靶点效应,对于解释复方的协同效应有重要意义。 展开更多

关键词 海桐皮汤 多样性 化学空间 分子描述符 协同

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