目的:运用网络药理学和分子对接技术分析运脾泻肺化痰汤治疗支气管哮喘(简称哮喘)的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)、S...目的:运用网络药理学和分子对接技术分析运脾泻肺化痰汤治疗支气管哮喘(简称哮喘)的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)、Swiss Target Prediction数据库,检索运脾泻肺化痰汤各中药的有效活性成分及潜在靶点。通过人类基因数据库(the human gene database,GeneCards)、在线人类孟德尔遗传数据库(online mendelian inheritance in man,OMIM)、Drugbank、药物靶标数据库(therapeutic targetdatabase,TTD)、PharmGKB数据库检索“Bronchial asthma”和“Bronchial asthma in children”关键词,获得哮喘的相关靶基因,并与药物有效成分的靶点相映射得到共同靶点。利用Cytoscape 3.8.2构建运脾泻肺化痰汤-活性有效成分-作用靶点-生物学功能网络图,借助STRING数据库构建蛋白互作网络(protein-protein interactions,PPI)。通过Metascape数据库对靶点进行京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析。结果:运脾泻肺化痰汤与哮喘相关基因取交集后得到288个共同靶点。通过STRING数据库分析得出288个靶点可以发生相互作用,产生了1803条代表蛋白之间相互作用的边,平均自由度为12.5,平均介数为<1.0e-16。推测出运脾泻肺化痰汤治疗哮喘的核心靶点是STAT3、MAPK1、MAPK3、SRC。KEGG通路富集分析结果表明显著富集的通路有176条,其中PI3K/Akt、MAPK、Th17/IL17、TNF、JAK/STAT信号通路等11条可能是运脾泻肺化痰汤治疗哮喘的核心信号通路。分子对接结果表明,运脾泻肺化痰汤中的活性成分与关键靶点具有较高的结合能力。结论:运脾泻肺化痰汤最有可能通过调控PI3K/Akt信号通路治疗哮喘。展开更多
目的:运用网络药理学和分子对接方法探讨苓甘五味姜辛汤治疗支气管哮喘的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)筛选苓甘五味...目的:运用网络药理学和分子对接方法探讨苓甘五味姜辛汤治疗支气管哮喘的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)筛选苓甘五味姜辛汤中5种中药活性成分及靶点;利用人类基因数据库(the human gene database,GeneCards)、在线人类孟德尔遗传数据库(online mendelian inheritance in man,OMIM)以及DisGeNeT、Drugbank数据库筛选支气管哮喘的相关靶点,取药物与疾病交集靶点,制作韦恩图;利用STRING 11.5分析交集靶点蛋白-蛋白互作(protein-protein interactions,PPI)关系,并通过Cytoscape 3.8.2构建PPI网络,应用MCODE插件进行蛋白质功能聚类分析;运用Metascape进行基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析;通过Cytoscape 3.8.2构建“药物活性成分-靶点-通路”网络;利用Analyze Network分析得到药物核心成分与核心靶点,并采用AutoDock vina进行核心成分与关键靶点的分子对接验证。结果:共筛选得到苓甘五味姜辛汤126个活性成分,对应169个靶点,支气管哮喘相关靶点3484个,取交集后得到共同靶点112个;网络拓扑分析获得MAPKs、AKT1、RELA、JUN、PRKCA、BCL2等13个关键靶点,得到山柰酚、常春藤苷配基、β-谷甾醇、柚皮素等7个核心成分;KEGG通路富集分析显示主要涉及AGE-RAGE、IL-17、PI3K/AKT、cAMP、雌激素、Ca2+、HIF-1等信号通路。分子对接结果显示主要活性成分与关键靶点均有较强结合性。结论:苓甘五味姜辛汤通过多成分、多靶点、多通路治疗支气管哮喘,其作用机制可能与MAPKs、AKT1、RELA、JUN、PRKCA、BCL2等靶点调控AGE-RAGE、IL-17、PI3K/AKT、cAMP、雌激素、Ca2+、HIF-1等信号通路有关。展开更多
文摘目的:运用网络药理学和分子对接技术分析运脾泻肺化痰汤治疗支气管哮喘(简称哮喘)的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)、Swiss Target Prediction数据库,检索运脾泻肺化痰汤各中药的有效活性成分及潜在靶点。通过人类基因数据库(the human gene database,GeneCards)、在线人类孟德尔遗传数据库(online mendelian inheritance in man,OMIM)、Drugbank、药物靶标数据库(therapeutic targetdatabase,TTD)、PharmGKB数据库检索“Bronchial asthma”和“Bronchial asthma in children”关键词,获得哮喘的相关靶基因,并与药物有效成分的靶点相映射得到共同靶点。利用Cytoscape 3.8.2构建运脾泻肺化痰汤-活性有效成分-作用靶点-生物学功能网络图,借助STRING数据库构建蛋白互作网络(protein-protein interactions,PPI)。通过Metascape数据库对靶点进行京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析。结果:运脾泻肺化痰汤与哮喘相关基因取交集后得到288个共同靶点。通过STRING数据库分析得出288个靶点可以发生相互作用,产生了1803条代表蛋白之间相互作用的边,平均自由度为12.5,平均介数为<1.0e-16。推测出运脾泻肺化痰汤治疗哮喘的核心靶点是STAT3、MAPK1、MAPK3、SRC。KEGG通路富集分析结果表明显著富集的通路有176条,其中PI3K/Akt、MAPK、Th17/IL17、TNF、JAK/STAT信号通路等11条可能是运脾泻肺化痰汤治疗哮喘的核心信号通路。分子对接结果表明,运脾泻肺化痰汤中的活性成分与关键靶点具有较高的结合能力。结论:运脾泻肺化痰汤最有可能通过调控PI3K/Akt信号通路治疗哮喘。
文摘目的:运用网络药理学和分子对接方法探讨苓甘五味姜辛汤治疗支气管哮喘的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)筛选苓甘五味姜辛汤中5种中药活性成分及靶点;利用人类基因数据库(the human gene database,GeneCards)、在线人类孟德尔遗传数据库(online mendelian inheritance in man,OMIM)以及DisGeNeT、Drugbank数据库筛选支气管哮喘的相关靶点,取药物与疾病交集靶点,制作韦恩图;利用STRING 11.5分析交集靶点蛋白-蛋白互作(protein-protein interactions,PPI)关系,并通过Cytoscape 3.8.2构建PPI网络,应用MCODE插件进行蛋白质功能聚类分析;运用Metascape进行基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析;通过Cytoscape 3.8.2构建“药物活性成分-靶点-通路”网络;利用Analyze Network分析得到药物核心成分与核心靶点,并采用AutoDock vina进行核心成分与关键靶点的分子对接验证。结果:共筛选得到苓甘五味姜辛汤126个活性成分,对应169个靶点,支气管哮喘相关靶点3484个,取交集后得到共同靶点112个;网络拓扑分析获得MAPKs、AKT1、RELA、JUN、PRKCA、BCL2等13个关键靶点,得到山柰酚、常春藤苷配基、β-谷甾醇、柚皮素等7个核心成分;KEGG通路富集分析显示主要涉及AGE-RAGE、IL-17、PI3K/AKT、cAMP、雌激素、Ca2+、HIF-1等信号通路。分子对接结果显示主要活性成分与关键靶点均有较强结合性。结论:苓甘五味姜辛汤通过多成分、多靶点、多通路治疗支气管哮喘,其作用机制可能与MAPKs、AKT1、RELA、JUN、PRKCA、BCL2等靶点调控AGE-RAGE、IL-17、PI3K/AKT、cAMP、雌激素、Ca2+、HIF-1等信号通路有关。
