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HIV-1蛋白酶的质子化状态
被引量：
1
1
作者
洪正平
王秀娥
《原子与分子物理学报》
CAS
CSCD
北大核心
2011年第3期577-580,共4页
将分子动力学模拟和分子力学-泊松/波耳兹曼方法相结合,研究在HIV蛋白酶和抑制剂ABT-538的复合物中的不同质子化位置.结果表明:不同的质子化状态对蛋白酶的温度因子、蛋白酶和抑制剂的结合自由能及氢键都有很大影响.用分子力学-泊松/波...
将分子动力学模拟和分子力学-泊松/波耳兹曼方法相结合,研究在HIV蛋白酶和抑制剂ABT-538的复合物中的不同质子化位置.结果表明:不同的质子化状态对蛋白酶的温度因子、蛋白酶和抑制剂的结合自由能及氢键都有很大影响.用分子力学-泊松/波耳兹曼方法计算显示:在B链中,25号天冬氨酸OD1氧原子被质子化的结合自由能最强,计算得到的温度因子和实验值比较吻合.另外,由氢键分析看出:在此质子化状态中,药物和蛋白酶、药物和W301水分子、W301水分子和蛋白酶形成的氢键在整个动力学模拟过程中最稳定.
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关键词
质子化
分子
动力
学
分子力学-泊松/波耳兹曼表面积方法
HIV蛋白酶
氢键
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职称材料
题名
HIV-1蛋白酶的质子化状态
被引量：
1
1
作者
洪正平
王秀娥
机构
山东师范大学物理与电子科学学院
北京工商大学机械工程学院
出处
《原子与分子物理学报》
CAS
CSCD
北大核心
2011年第3期577-580,共4页
基金
国家自然科学基金(11074152)
文摘
将分子动力学模拟和分子力学-泊松/波耳兹曼方法相结合,研究在HIV蛋白酶和抑制剂ABT-538的复合物中的不同质子化位置.结果表明:不同的质子化状态对蛋白酶的温度因子、蛋白酶和抑制剂的结合自由能及氢键都有很大影响.用分子力学-泊松/波耳兹曼方法计算显示:在B链中,25号天冬氨酸OD1氧原子被质子化的结合自由能最强,计算得到的温度因子和实验值比较吻合.另外,由氢键分析看出:在此质子化状态中,药物和蛋白酶、药物和W301水分子、W301水分子和蛋白酶形成的氢键在整个动力学模拟过程中最稳定.
关键词
质子化
分子
动力
学
分子力学-泊松/波耳兹曼表面积方法
HIV蛋白酶
氢键
Keywords
protonation, molecular dynamics, MM
-
PBSA, HIV protease, hydrogen bond
分类号
O561 [理学—原子与分子物理]
O641 [理学—物理化学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
HIV-1蛋白酶的质子化状态
洪正平
王秀娥
《原子与分子物理学报》
CAS
CSCD
北大核心
2011
1
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