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力场/溶剂水模型对EGFRvⅢ抗原-MR1(scFv)抗体复合物的MM-PBSA计算精度的影响与实验验证
1
作者
任家毅
杨志伟
+8 位作者
郑念珏
李军旗
杨春龙
林淑健
杨冰
黄俊卿
廖化新
袁晓辉
欧仕益
《高等学校化学学报》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2017年第11期2070-2076,共7页
以表皮生长因子Ⅲ型突变体(EGFRvⅢ)抗原多肽与其抗体(MR1)及其人源化突变体的复合物结构为出发点,采用分子动力学中的6种常用力场及3种常用溶剂水模型,分别对上述抗原-抗体复合物进行100ns的分子动力学模拟与分子力学和连续介质模型计...
以表皮生长因子Ⅲ型突变体(EGFRvⅢ)抗原多肽与其抗体(MR1)及其人源化突变体的复合物结构为出发点,采用分子动力学中的6种常用力场及3种常用溶剂水模型,分别对上述抗原-抗体复合物进行100ns的分子动力学模拟与分子力学和连续介质模型计算自由能(MM-PBSA),并在实验上利用等温滴定量热(ITC)仪测定了抗原和抗体相互作用的热力学参数.通过在结构变化、能量变化及野生型与突变体比较等几个方面进行综合分析,给出了最佳的计算模型.对不同力场及水模型计算精度等相关问题进行了探讨.
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关键词
单链抗体
分子
动力
学
模拟
分子力学和连续介质模型的自由能计算
等温滴定量热
均方根偏差
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职称材料
定标粒子理论在离子溶剂化自由能计算中的应用
被引量：
1
2
作者
杨家振
刘瑞麟
《高等学校化学学报》
SCIE
EI
CAS
1984年第6期853-856,共4页
本文根据定标粒子溶液理论计算了KCl、KBr、NaCl、NaBr、CsCl和CsBr在DMSO、DMF、MeOH、(CH_(3))_(2)CO、MeCN、EtOH和H2O中的溶剂化自由能,涉及的离子-溶剂间静电相互作用能,用“一层连续介质模型”所给出的公式计算,结果与实验符合很好。
关键词
溶剂化
自由能
离子溶剂化
定标粒子理论
连续介质
模型
溶液理论
自由能
计算
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职称材料
二恶英物质的结构性质分析
被引量：
3
3
作者
李欣
王郁萍
《哈尔滨工业大学学报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2004年第4期513-514,519,共3页
利用商业化的分子模拟软件,在分子力学计算的基础上,对二恶英分子的最稳定构型、最高占据轨道、电荷密度分布图和溶剂可及表面等进行了研究,并给出了二恶英的VRML分子模型,计算出分子的物理化学性质.对二恶英分子物质结构性质的分析将...
利用商业化的分子模拟软件,在分子力学计算的基础上,对二恶英分子的最稳定构型、最高占据轨道、电荷密度分布图和溶剂可及表面等进行了研究,并给出了二恶英的VRML分子模型,计算出分子的物理化学性质.对二恶英分子物质结构性质的分析将有助于从理论上寻找控制与治理二恶英污染的技术手段和方法.
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关键词
二恶英物质
结构性质分析
分子力
学
计算
VRML
分子
模型
最高占据轨道
电荷密度分布图
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职称材料
题名
力场/溶剂水模型对EGFRvⅢ抗原-MR1(scFv)抗体复合物的MM-PBSA计算精度的影响与实验验证
1
作者
任家毅
杨志伟
郑念珏
李军旗
杨春龙
林淑健
杨冰
黄俊卿
廖化新
袁晓辉
欧仕益
机构
暨南大学中医学院
西安交通大学理学院
暨南大学生物医药研究院
广州中医药大学顺德医院
广东省生物工程药物重点实验室
基因工程药物国家工程研究中心
暨南大学食品科学与工程系
出处
《高等学校化学学报》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2017年第11期2070-2076,共7页
基金
国家自然科学基金(批准号:31400795)
广东省引进创新创业团队专项(批准号:2013Y113)
+2 种基金
广州市珠江科技新星专项(批准号:201506010097)
广东省计算科学重点实验室开放基金(批准号:2016004)
广东省生物工程药物重点实验室运行经费(批准号:2014B030301050)资助~~
文摘
以表皮生长因子Ⅲ型突变体(EGFRvⅢ)抗原多肽与其抗体(MR1)及其人源化突变体的复合物结构为出发点,采用分子动力学中的6种常用力场及3种常用溶剂水模型,分别对上述抗原-抗体复合物进行100ns的分子动力学模拟与分子力学和连续介质模型计算自由能(MM-PBSA),并在实验上利用等温滴定量热(ITC)仪测定了抗原和抗体相互作用的热力学参数.通过在结构变化、能量变化及野生型与突变体比较等几个方面进行综合分析,给出了最佳的计算模型.对不同力场及水模型计算精度等相关问题进行了探讨.
关键词
单链抗体
分子
动力
学
模拟
分子力学和连续介质模型的自由能计算
等温滴定量热
均方根偏差
Keywords
Single-chain variable fragment （ scFv ）
Molecular dynamics （ MD ） simulation
Molecularmechanics/Poisson-Boltzmann surface area（MM-PBSA）
Isothermal titration calorimetry （ITC）
Root mean square deviation （RMSD）
分类号
O641 [理学—物理化学]
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职称材料
题名
定标粒子理论在离子溶剂化自由能计算中的应用
被引量：
1
2
作者
杨家振
刘瑞麟
机构
北京大学化学系北京大学化学系
辽宁大学
出处
《高等学校化学学报》
SCIE
EI
CAS
1984年第6期853-856,共4页
文摘
本文根据定标粒子溶液理论计算了KCl、KBr、NaCl、NaBr、CsCl和CsBr在DMSO、DMF、MeOH、(CH_(3))_(2)CO、MeCN、EtOH和H2O中的溶剂化自由能,涉及的离子-溶剂间静电相互作用能,用“一层连续介质模型”所给出的公式计算,结果与实验符合很好。
关键词
溶剂化
自由能
离子溶剂化
定标粒子理论
连续介质
模型
溶液理论
自由能
计算
分类号
O64 [理学—物理化学]
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职称材料
题名
二恶英物质的结构性质分析
被引量：
3
3
作者
李欣
王郁萍
机构
哈尔滨工业大学应用化学系
出处
《哈尔滨工业大学学报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2004年第4期513-514,519,共3页
文摘
利用商业化的分子模拟软件,在分子力学计算的基础上,对二恶英分子的最稳定构型、最高占据轨道、电荷密度分布图和溶剂可及表面等进行了研究,并给出了二恶英的VRML分子模型,计算出分子的物理化学性质.对二恶英分子物质结构性质的分析将有助于从理论上寻找控制与治理二恶英污染的技术手段和方法.
关键词
二恶英物质
结构性质分析
分子力
学
计算
VRML
分子
模型
最高占据轨道
电荷密度分布图
Keywords
Calculations
Computer software
Molecular dynamics
Molecular structure
Toxic materials
分类号
O625.1 [理学—有机化学]
O621.2 [理学—有机化学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
力场/溶剂水模型对EGFRvⅢ抗原-MR1(scFv)抗体复合物的MM-PBSA计算精度的影响与实验验证
任家毅
杨志伟
郑念珏
李军旗
杨春龙
林淑健
杨冰
黄俊卿
廖化新
袁晓辉
欧仕益
《高等学校化学学报》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2017
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
定标粒子理论在离子溶剂化自由能计算中的应用
杨家振
刘瑞麟
《高等学校化学学报》
SCIE
EI
CAS
1984
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
二恶英物质的结构性质分析
李欣
王郁萍
《哈尔滨工业大学学报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2004
3
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职称材料
已选择
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