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基于结合自由能计算和激活实验探讨玉米肽激活乙醇脱氢酶机制
1
作者
邱智军
魏亚楠
龚明贵
《中国粮油学报》
北大核心
2025年第5期105-114,共10页
玉米肽具有显著的醒酒活性,大量实验表明,激活乙醇脱氢酶(ADH)是其发挥醒酒作用的重要途径。为了研究玉米肽激活ADH是否通过变构作用实现的,使用口袋特征(AlloSite)和盲对接(HPEPDOCK)2种预测方法识别到共同一致的ADH变构位点Site2;然...
玉米肽具有显著的醒酒活性,大量实验表明,激活乙醇脱氢酶(ADH)是其发挥醒酒作用的重要途径。为了研究玉米肽激活ADH是否通过变构作用实现的,使用口袋特征(AlloSite)和盲对接(HPEPDOCK)2种预测方法识别到共同一致的ADH变构位点Site2;然后采用分子对接(AutoDock Vina)和分子力学/广义波恩表面积(Uni-GBSA)方法计算玉米肽与变构位点Site2的结合自由能,在考虑结合自由能预测方法能力边界的前提下,分析得到玉米肽的结合自由能与其实验测定激活率之间具有较强相关性,反过来验证了变构位点预测以及玉米肽与ADH发生变构作用结果。另外,直观构效关系分析表明,玉米肽-ADH结合构象模式能够解释83%的激活活性差异案例,进一步肯定了结合自由能预测结果的可靠性及其分析结果的可信性。
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关键词
醒酒肽
变构作用
分子
对接
分子
力学/
广义
波恩
表面积
(
mm
/gbsa
)
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职称材料
基于丁酸钠的新型HDAC4抑制剂的设计与模拟
被引量：
1
2
作者
贾梦珠
韩迪
+2 位作者
路嘉瑞
高云龙
徐永涛
《化学研究与应用》
CAS
北大核心
2023年第7期1556-1564,共9页
组蛋白的乙酰化水平异常与多种癌症相关。研究表明,与组蛋白乙酰化水平调控相关的组蛋白去乙酰化酶4(Histone deacetylase 4,HDAC4)在鼻咽癌、胃癌、直肠癌等癌症患者体内的表达明显高于正常水平。本研究以对HDAC4具有一定活性的丁酸钠(...
组蛋白的乙酰化水平异常与多种癌症相关。研究表明,与组蛋白乙酰化水平调控相关的组蛋白去乙酰化酶4(Histone deacetylase 4,HDAC4)在鼻咽癌、胃癌、直肠癌等癌症患者体内的表达明显高于正常水平。本研究以对HDAC4具有一定活性的丁酸钠(Sodium Butyrate,NaBu)为结构基础,采用基于片段的药物设计方法(Fragment-based drug design,FBDD)设计出五个小分子化合物SBD1、SBD2、SBD3、SBD4和SBD5,进而综合利用分子对接、分子动力学模拟以及ADMET预测等分子模拟方法对这些化合物与HDAC4的作用模式进行了探索。结合自由能结果显示在丁酸钠的结构基础上适当延长linker并在尾部引入芳香环,可以有效增强此类抑制剂与HDAC4的结合强度。通过能量分解和氢键分析考察了新抑制剂与HDAC4之间的关键相互作用。此外,通过ADMET预测,所有新设计的丁酸钠衍生物均具有良好的类药性和药代动力学特性,可以作为潜在的HDAC4抑制剂。研究结论可以为新型HDAC4抑制剂的设计提供理论基础。
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关键词
组蛋白去乙酰化酶4抑制剂
基于片段的药物设计
分子
动
力学
模拟
分子
力学/
广义
波恩
模型
表面积
ADMET预测
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职称材料
题名
基于结合自由能计算和激活实验探讨玉米肽激活乙醇脱氢酶机制
1
作者
邱智军
魏亚楠
龚明贵
机构
河南科技大学食品与生物工程学院
河南省食品微生物工程技术研究中心
出处
《中国粮油学报》
北大核心
2025年第5期105-114,共10页
基金
国家自然科学基金面上项目(31870093)。
文摘
玉米肽具有显著的醒酒活性,大量实验表明,激活乙醇脱氢酶(ADH)是其发挥醒酒作用的重要途径。为了研究玉米肽激活ADH是否通过变构作用实现的,使用口袋特征(AlloSite)和盲对接(HPEPDOCK)2种预测方法识别到共同一致的ADH变构位点Site2;然后采用分子对接(AutoDock Vina)和分子力学/广义波恩表面积(Uni-GBSA)方法计算玉米肽与变构位点Site2的结合自由能,在考虑结合自由能预测方法能力边界的前提下,分析得到玉米肽的结合自由能与其实验测定激活率之间具有较强相关性,反过来验证了变构位点预测以及玉米肽与ADH发生变构作用结果。另外,直观构效关系分析表明,玉米肽-ADH结合构象模式能够解释83%的激活活性差异案例,进一步肯定了结合自由能预测结果的可靠性及其分析结果的可信性。
关键词
醒酒肽
变构作用
分子
对接
分子
力学/
广义
波恩
表面积
(
mm
/gbsa
)
Keywords
sobering peptide
allostery
molecular docking
molecular mechanics/generalized born surface area(
mm
/gbsa
)
分类号
TS213.4 [轻工技术与工程—粮食、油脂及植物蛋白工程]
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职称材料
题名
基于丁酸钠的新型HDAC4抑制剂的设计与模拟
被引量：
1
2
作者
贾梦珠
韩迪
路嘉瑞
高云龙
徐永涛
机构
新乡医学院医学工程学院
河南省临床与生物医学大数据融合技术工程实验室
河南省神经信息分析与药物智能设计国际联合实验室
出处
《化学研究与应用》
CAS
北大核心
2023年第7期1556-1564,共9页
基金
国家自然科学基金(21603180)资助
河南省高校科技创新人才(22HASTIT050)资助
河南省科技攻关项目(202102310875)资助。
文摘
组蛋白的乙酰化水平异常与多种癌症相关。研究表明,与组蛋白乙酰化水平调控相关的组蛋白去乙酰化酶4(Histone deacetylase 4,HDAC4)在鼻咽癌、胃癌、直肠癌等癌症患者体内的表达明显高于正常水平。本研究以对HDAC4具有一定活性的丁酸钠(Sodium Butyrate,NaBu)为结构基础,采用基于片段的药物设计方法(Fragment-based drug design,FBDD)设计出五个小分子化合物SBD1、SBD2、SBD3、SBD4和SBD5,进而综合利用分子对接、分子动力学模拟以及ADMET预测等分子模拟方法对这些化合物与HDAC4的作用模式进行了探索。结合自由能结果显示在丁酸钠的结构基础上适当延长linker并在尾部引入芳香环,可以有效增强此类抑制剂与HDAC4的结合强度。通过能量分解和氢键分析考察了新抑制剂与HDAC4之间的关键相互作用。此外,通过ADMET预测,所有新设计的丁酸钠衍生物均具有良好的类药性和药代动力学特性,可以作为潜在的HDAC4抑制剂。研究结论可以为新型HDAC4抑制剂的设计提供理论基础。
关键词
组蛋白去乙酰化酶4抑制剂
基于片段的药物设计
分子
动
力学
模拟
分子
力学/
广义
波恩
模型
表面积
ADMET预测
Keywords
HDAC4 inhibitor
fragment-based drug design
molecular dynamics simulation
mm
/gbsa
ADMET prediction
分类号
O641 [理学—物理化学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于结合自由能计算和激活实验探讨玉米肽激活乙醇脱氢酶机制
邱智军
魏亚楠
龚明贵
《中国粮油学报》
北大核心
2025
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
基于丁酸钠的新型HDAC4抑制剂的设计与模拟
贾梦珠
韩迪
路嘉瑞
高云龙
徐永涛
《化学研究与应用》
CAS
北大核心
2023
1
在线阅读
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职称材料
已选择
0
条
导出题录
引用分析
参考文献
引证文献
统计分析
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