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表面等离子体共振生物分子相互作用分析的计量溯源方法研究
1
作者 李兰英 陶晴 刘刚 《计量学报》 北大核心 2025年第5期748-753,共6页
根据表面等离子体共振(surface plasma resonance, SPR)生物分子相互作用分析核心原理,提出了一种以折射率为理论基础并结合蔗糖标准物质的计量溯源方法。首先制备了蔗糖标准溶液,使用折光仪对其进行定值。然后将折射率值溯源至阿贝折... 根据表面等离子体共振(surface plasma resonance, SPR)生物分子相互作用分析核心原理,提出了一种以折射率为理论基础并结合蔗糖标准物质的计量溯源方法。首先制备了蔗糖标准溶液,使用折光仪对其进行定值。然后将折射率值溯源至阿贝折射仪标准块,从而建立折射率的校准依据,实现折射率重复性检测、折射率标准值1.330~1.400范围内的线性校准,以及分析仪相对基线噪声和相对基线漂移的分析。最后,利用梯度稀释的蔗糖纯度标准物质,完成了检测限的校准。首次建立了全面、科学和有效的SPR生物分子相互作用分析的计量溯源方法,可应用于基础生命科学研究和生物医药研制领域的相关仪器计量校准应用。 展开更多
关键词 生物计量学 生物分子相互作用 表面等离子体共振 折射率 蔗糖标准物质 校准 不确定度
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不同元素组成分子筛结构与有机结构导向剂主客体相互作用的高通量计算
2
作者 李霖 王晨 +1 位作者 王嘉泽 李莉 《高等学校化学学报》 北大核心 2025年第4期1-7,共7页
分子筛是一种具有规则孔道结构的无机微孔晶体材料,广泛应用于工业吸附分离和催化过程.本文从已知的260余种分子筛拓扑结构中选取了14种能够以纯硅、硅铝和磷酸铝形式合成的拓扑结构,通过高通量计算方法探究了有机结构导向剂(OSDA)对这... 分子筛是一种具有规则孔道结构的无机微孔晶体材料,广泛应用于工业吸附分离和催化过程.本文从已知的260余种分子筛拓扑结构中选取了14种能够以纯硅、硅铝和磷酸铝形式合成的拓扑结构,通过高通量计算方法探究了有机结构导向剂(OSDA)对这些不同元素组成的分子筛骨架的结构导向作用.研究结果表明,不同的OSDA对元素组成结构的导向作用有显著差异,某些OSDA倾向于导向纯硅或硅铝结构,而另一些则更倾向于导向纯磷酸铝结构.本文所得结果不仅有助于加深对OSDA在分子筛合成中作用机制的理解,还可为设计和合成具有特定元素组成的分子筛提供理论依据. 展开更多
关键词 分子筛 元素组成 有机结构导向剂 主客体相互作用
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淀粉-大分子复合物的制备方法、相互作用和功能特性 被引量：1
3
作者 赖海彬 高静 《食品科学》 北大核心 2025年第6期285-294,共10页
淀粉对生物大分子的包埋提高了其稳定性和生物利用度,而生物大分子又有助于改变淀粉自身的功能特性。因此,淀粉与大分子的有效结合在递送体系和功能食品等领域具有广泛的应用前景。然而,由于淀粉种类、大分子性质差异以及制备方式的不同... 淀粉对生物大分子的包埋提高了其稳定性和生物利用度,而生物大分子又有助于改变淀粉自身的功能特性。因此,淀粉与大分子的有效结合在递送体系和功能食品等领域具有广泛的应用前景。然而,由于淀粉种类、大分子性质差异以及制备方式的不同,导致各复合物在相互作用和功效等方面存在显著差异。本文综述淀粉-大分子复合物二元及三元体系的制备方法、相互作用以及功能特性,有助于深入理解新型淀粉基复合物的营养价值、感官特性以及特定功效,旨在拓宽其在功能性食品、生物技术和医药等领域的应用。 展开更多
关键词 淀粉 大分子 制备方法 相互作用 功能特性
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小分子与蛋白质相互作用研究的新方法-PELSA
4
作者 唐致恒 刘小云 《质谱学报》 北大核心 2025年第1期1-2,共2页
小分子-蛋白质相互作用在生命活动中发挥着重要作用,广泛参与几乎所有的生物学过程。蛋白质与小分子配体(如药物、代谢物、金属离子和核酸等)的结合能够调控蛋白质的结构、功能及其生物学活性。因此,研究蛋白质-小分子相互作用对于药物... 小分子-蛋白质相互作用在生命活动中发挥着重要作用,广泛参与几乎所有的生物学过程。蛋白质与小分子配体(如药物、代谢物、金属离子和核酸等)的结合能够调控蛋白质的结构、功能及其生物学活性。因此,研究蛋白质-小分子相互作用对于药物开发、生物分子功能解析及疾病机制研究都具有重要意义。然而,与蛋白质-蛋白质互作相比,研究小分子-蛋白质互作的有效工具则明显不足。例如,如何规模化筛选小分子的蛋白靶标并实现其精准鉴定至今仍是一项非常有挑战性的任务。 展开更多
关键词 蛋白质相互作用 蛋白质互作 广泛参与 生物分子 功能解析 分子相互作用 药物开发 有效工具
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上层大气层气固相互作用的分子动力学研究
5
作者 陶瑞灵 王智慧 《力学学报》 北大核心 2025年第1期65-78,共14页
海拔100~300 km的上层大气层内,主要成分之一的原子氧化学活性高,容易在超低轨飞行器表面材料上发生吸附和侵蚀现象,显著改变壁面的物理化学状态和气固相互作用特征,进而影响飞行器的气动性能.由于时空尺度差异和成本限制,目前的地面试... 海拔100~300 km的上层大气层内,主要成分之一的原子氧化学活性高,容易在超低轨飞行器表面材料上发生吸附和侵蚀现象,显著改变壁面的物理化学状态和气固相互作用特征,进而影响飞行器的气动性能.由于时空尺度差异和成本限制,目前的地面试验手段和模拟方法很难复现上层大气层真实空间环境的气固相互作用过程.针对这一难题,文章设计了一种分子动力学等效模拟方案,让气体分子在短时间内高频入射材料表面,来反映真实环境中长时间低频率的气固相互作用过程,从而研究上层大气层不同海拔高度的空间环境中,原子氧在典型航天材料壁面的吸附/侵蚀状态演化过程以及动量适应系数的变化规律.研究表明,在满足一定等效原则时,这种模拟方案能够合理地反映相关的真实物理图像,展示了洁净壁面从少量吸附到大量吸附原子氧,再到原子氧侵蚀壁面表层结构形成松散氧化物的3阶段演化过程,同时也给出了高速入射的气体分子在相应壁面状态下的动量适应特征.另外,本文也研究了上层大气层另一主要组分N_(2)的存在对原子氧吸附、侵蚀和适应过程的影响.这一研究可加深人们对上层大气层气固相互作用过程的认识,并为新一代飞行器的气动设计提供参考. 展开更多
关键词 上层大气层 气固相互作用 分子动力学 适应系数 超低轨 大气阻力
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光谱法联合分子对接研究邻苯二甲酸二乙酯与卵白蛋白的相互作用
6
作者 付晨 黄群 《食品与机械》 北大核心 2025年第7期1-8,共8页
[目的]运用多光谱分析和分子对接技术探究邻苯二甲酸二乙酯(DEP)与卵白蛋白(OVA)的相互作用机理。[方法]利用Stern-Volmer方程,研究DEP对OVA的荧光猝灭机理及两者之间的结合常数与结合位点数,并通过热力学参数确定二者相互作用的主要作... [目的]运用多光谱分析和分子对接技术探究邻苯二甲酸二乙酯(DEP)与卵白蛋白(OVA)的相互作用机理。[方法]利用Stern-Volmer方程,研究DEP对OVA的荧光猝灭机理及两者之间的结合常数与结合位点数,并通过热力学参数确定二者相互作用的主要作用力类型,根据F?rster非辐射能量转移理论,得出二者之间的能量转移效率和结合距离。利用分子对接考察了DEP与OVA之间的相互作用力。[结果]DEP可静态猝灭OVA内源荧光。25~45℃时,结合常数(K)由2.631×10^(8) L/mol降至1.072×10^(8) L/mol,DEP与OVA之间有1~2个主要结合位点。热力学分析表明,二者通过静电作用自发结合。荧光共振能量转移参数(J=1.316×10^(-13) cm^(3)·L/mol,R_(0)=3.665 nm,E=0.735,r=3.091 nm)证实其强结合。紫外—可见光谱分析表明,DEP与OVA结合形成基态复合物。分子对接模拟显示,DEP与OVA通过氢键、范德华力及疏水作用结合,形成的复合物结构稳定。[结论]DEP可静态猝灭OVA内源荧光,二者通过静电作用自发形成1~2个结合位点的稳定基态复合物,结合距离为3.091 nm,能量转移效率为0.735。复合物结构稳定性主要由氢键、范德华力及疏水作用维持。 展开更多
关键词 荧光光谱 紫外吸收光谱 邻苯二甲酸二乙酯 卵白蛋白 相互作用 分子对接
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褐煤与水微观相互作用的分子机制:多尺度分子模拟 被引量：1
7
作者 吴玉花 李荣花 +6 位作者 张茜 高红凤 朱美霖 刘彩珠 吴建波 张慧 白红存 《洁净煤技术》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期48-60,共13页
煤与水的表面相互作用是洁净煤技术领域的重要科学问题之一。然而,褐煤与水的相互作用是一个复杂的物理化学过程,其微观机制在原子尺度和电子结构方面仍不明确。尤其缺乏褐煤中不同官能团与水之间相互作用能量、稳定性结构特征、相互作... 煤与水的表面相互作用是洁净煤技术领域的重要科学问题之一。然而,褐煤与水的相互作用是一个复杂的物理化学过程,其微观机制在原子尺度和电子结构方面仍不明确。尤其缺乏褐煤中不同官能团与水之间相互作用能量、稳定性结构特征、相互作用本质的系统考察。基于多尺度分子模拟研究了褐煤与水微观相互作用的分子机制。基于量子化学计算重点考察典型褐煤模型结构中不同官能团与单分子水的相互作用,获得水分子在褐煤不同位点吸附的局域极小构象,以及稳定吸附构象的几何结构特征。基于独立梯度模型的直观绘景阐释了褐煤与水分子之间的相互作用形式主要为范德华作用和氢键。借助能量分解分析方法定量描述并确定了静电作用是稳定煤-水相互作用的最主要因素。此外,还基于分子动力学模拟揭示了不同数量褐煤分子与大量水分子相互作用的组装行为和演化特征,阐明了褐煤分子结构在大量水中的团聚现象。分子动力学模拟结果同样印证了褐煤和水分子主要以静电作用结合。 展开更多
关键词 煤结构 表面相互作用 非共价相互作用 分子模拟 密度泛函理论
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基于光谱法及分子对接技术的猪血红蛋白与儿茶素相互作用研究 被引量：3
8
作者 刘丽莉 陈卉 +3 位作者 郭净芳 张潇丹 苏克楠 于影 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期1117-1124,共8页
为增强猪血红蛋白(PHb)结构的稳定性,提高其应用价值,将天然抗氧化剂儿茶素(C)与PHb进行互作,以期稳定PHb的结构。采用紫外可见光谱、荧光光谱、傅里叶红外光谱和扫描电镜研究C与PHb的相互作用,并通过分子模拟对接技术表征儿茶素-猪血... 为增强猪血红蛋白(PHb)结构的稳定性,提高其应用价值,将天然抗氧化剂儿茶素(C)与PHb进行互作,以期稳定PHb的结构。采用紫外可见光谱、荧光光谱、傅里叶红外光谱和扫描电镜研究C与PHb的相互作用,并通过分子模拟对接技术表征儿茶素-猪血红蛋白复合物(C-PHb)的形貌和结构。结果表明,添加C前后,PHb的紫外吸收光谱发生明显变化;荧光光谱结果表明,C能有效猝灭PHb内源荧光且为自由发生的静态猝灭,猝灭常数(Kq)为7.5×10^(10)L·mol^(-1)·s^(-1),作用力主要为范德华力、氢键和疏水作用力。同时,相较于PHb,C-PHb的蛋白质二级结构发生改变,表现为β-折叠含量增高,α-螺旋、β-转角和无规卷曲含量降低。此外,分子对接模型进一步验证了C可与PHb进行相互作用。综上,C可与PHb互作以稳定其结构。本研究可为制备具有抗氧化性质的PHb复合物提供理论支持和可行性依据。 展开更多
关键词 猪血红蛋白 儿茶素 相互作用 光谱法 分子对接
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槲皮素与卵白蛋白的相互作用机理及功能特性分析
9
作者 陈卉 刘丽莉 +4 位作者 程伟伟 丁玥 徐宝成 肖枫 贺家亮 《食品工业科技》 北大核心 2025年第12期60-69,共10页
为了解天然抑菌剂黄酮类多酚槲皮素(quercetin,Q)与卵白蛋白(ovalbumin,OVA)相互作用的结合机制以及结构与抑菌活性的变化。本文采用多光谱法及分子对接技术研究Q与OVA的相互作用机制,利用差示扫描量热仪和扫描电镜表征Q与OVA相互作用... 为了解天然抑菌剂黄酮类多酚槲皮素(quercetin,Q)与卵白蛋白(ovalbumin,OVA)相互作用的结合机制以及结构与抑菌活性的变化。本文采用多光谱法及分子对接技术研究Q与OVA的相互作用机制,利用差示扫描量热仪和扫描电镜表征Q与OVA相互作用前后的热力学性质及形貌结构的改变,并通过抑菌圈和抑菌率测定槲皮素-卵白蛋白复合物(quercetin-ovalbumin complex,Q-OVA)的抑菌能力。结果表明,Q能有效猝灭OVA的内源荧光,其猝灭类型为静态猝灭;两者发生相互作用可形成结合位点为1的稳定复合物,该相互作用过程为自发反应,氢键和范德华力为主要分子间作用力;加入Q后OVA二级结构中β-折叠和α-螺旋含量增高,β-转角和无规卷曲含量降低,分子间氢键增加,OVA分子延伸;分子对接结果说明Q与OVA的结合位点位于OVA的大疏水腔内,Q可以与OVA上的LYS386、THR280和ASN391形成氢键,与PHE276等残基之间存在范德华力,与LEU279发生疏水作用;Q与OVA复合之后,蛋白质热稳定性下降,微观结构从表面光滑的球形结构变成平整致密的片状结构;相较于OVA,复合物的溶解性下降,而表面疏水性以及浊度上升,抗氧化性增强,对金黄色葡萄球菌和大肠杆菌也表现出更为优异的抑菌效果。以上结果证明Q与OVA能够进行相互作用形成表现出良好抑菌作用的复合物。该研究可为制备具有优良抑菌作用的黄酮-蛋白复合物及其在食品加工过程中应用提供理论指导。 展开更多
关键词 卵白蛋白 槲皮素 相互作用 光谱分析 分子对接 抑菌活性
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细菌漆酶降解多环芳烃的结合模式与相互作用分析
10
作者 张力雯 卓桂英 +6 位作者 王方略 曹诗语 刘思怡 吴雅雯 张东晨 徐敬尧 吴学凤 《化学与生物工程》 北大核心 2025年第6期21-27,共7页
以来源于枯草芽孢杆菌的漆酶(Lac)为研究对象,探究了细菌漆酶降解低阶煤多环芳烃(PAH)的分子机制;采用分子对接模拟Lac与PAH结构模型的结合模式,基于能量打分最高原则,选取最佳结合构象进行相互作用分析,并提出了可能的降解机理。结合... 以来源于枯草芽孢杆菌的漆酶(Lac)为研究对象,探究了细菌漆酶降解低阶煤多环芳烃(PAH)的分子机制;采用分子对接模拟Lac与PAH结构模型的结合模式,基于能量打分最高原则,选取最佳结合构象进行相互作用分析,并提出了可能的降解机理。结合模式分析结果表明,Lac与萘的结合更接近于Lac活性口袋的中心位置,Lac-萘复合物的负的总能量打分值最大、结合自由能最负,表明Lac与萘的亲和力最大、结合最稳定,因此,萘是Lac的最适底物。相互作用分析结果表明,萘的芳香环与Lac残基Arg487的烷基侧链形成2个疏水相互作用,与残基Asp507的羧基阴离子形成1个静电相互作用,且萘的空间位阻较小,表明Lac与萘结合最稳定的主要原因是疏水相互作用、静电相互作用和空间位阻效应。Lac降解萘的可能机理为:Lac的T1 Cu^(2+)攻击萘的2个芳香环位点,抢夺1个电子形成2种阳离子自由基而引发芳香环裂解,同时T1 Cu^(2+)将电子传递到Lac的三核中心,在此将O2还原成H2O,达到降解的目的。 展开更多
关键词 细菌漆酶 多环芳烃(PAH) 结合模式 相互作用 分子对接
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聚氨酯与稀释沥青相互作用的分子动力学模拟
11
作者 佘兆宇 刘林林 +2 位作者 晏应 李靖 盛云霓 《化工新型材料》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期181-185,189,共6页
为从分子尺度深入了解聚氨酯与稀释沥青的相互作用,采用Materials Studio软件,分别构建沥青、聚氨酯、聚氨酯-稀释沥青共混模型,并验证模型准确性。基于分子动力学模拟,开展温度和聚氨酯掺量对稀释沥青内聚能密度、溶解度参数、相互作... 为从分子尺度深入了解聚氨酯与稀释沥青的相互作用,采用Materials Studio软件,分别构建沥青、聚氨酯、聚氨酯-稀释沥青共混模型,并验证模型准确性。基于分子动力学模拟,开展温度和聚氨酯掺量对稀释沥青内聚能密度、溶解度参数、相互作用能、力学性能的影响研究。结果表明:建立的沥青和聚氨酯分子模型较合理,能够表征沥青和聚氨酯真实特性;随着温度的升高,稀释沥青和稀释沥青-聚氨酯共混体系的内聚能密度均呈下降趋势;在[-10℃,100℃]范围内,聚氨酯添加物能够降低稀释沥青的内聚能密度,不同温度下降低幅度平均为15%;在60℃时,稀释沥青与聚氨酯的溶解度参数δ差值最小,各总相互作用能和范德华势能最大,体系最稳定;聚氨酯能够提高稀释沥青的力学参数,并且力学参数与聚氨酯的掺量呈正相关关系。研究对树脂改性冷补沥青混合料具有参考价值。 展开更多
关键词 冷补料 聚氨酯 稀释沥青 分子动力学 相互作用
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基于分子动力学模拟的木材细胞壁与水分相互作用研究进展 被引量：2
12
作者 徐佳佳 李京予 +1 位作者 张润华 马尔妮 《高分子材料科学与工程》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第8期165-173,共9页
木材是一种典型的天然高分子材料,在分子尺度上解读水分对木材微纳结构的影响,是木材中水分研究的重难点。文中概述了分子动力学模拟的一般过程,重点介绍了近年来分子动力学模拟在木材-水分的研究领域中,对细胞壁化学组分纤维素、半纤... 木材是一种典型的天然高分子材料,在分子尺度上解读水分对木材微纳结构的影响,是木材中水分研究的重难点。文中概述了分子动力学模拟的一般过程,重点介绍了近年来分子动力学模拟在木材-水分的研究领域中,对细胞壁化学组分纤维素、半纤维素、木质素与水分相互作用以及细胞壁各组分之间的界面与水分相互作用等方面的最新研究进展,最后提出了相关的现存问题,并就未来的发展方向进行展望,以期为深入揭示木材与水分的相互作用提供参考。 展开更多
关键词 木材 细胞壁 水分 相互作用 分子动力学模拟
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基于分子模拟技术的不同聚合度多酚与氧化三甲胺脱甲基酶的相互作用机制研究 被引量：1
13
作者 曾祥权 曹瑞 +3 位作者 余美宏 赵劲灵 程洁仪 李健 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期85-94,I0004-I0006,共13页
内源性甲醛是影响海产品品质和安全的常见因素,而氧化三甲胺脱甲基酶(trimethylamineN-oxide demethylase,TMAOase)被证明在内源性甲醛的生成过程中具有重要作用,因此抑制TMAOase的活性可以有效控制海产品内源性甲醛的产生。以往研究表... 内源性甲醛是影响海产品品质和安全的常见因素,而氧化三甲胺脱甲基酶(trimethylamineN-oxide demethylase,TMAOase)被证明在内源性甲醛的生成过程中具有重要作用,因此抑制TMAOase的活性可以有效控制海产品内源性甲醛的产生。以往研究表明,植物多酚可以显著抑制TMAOase的活性,但关于二者的相互作用研究主要通过抑制动力学和光谱学分析证明它们之间的非共价相互作用,鲜有团队尝试利用分子模拟技术阐明两者间的关键结合位点和构效关系。因此,该研究采用分子对接及分子动力学模拟研究不同聚合度多酚与TMAOase之间的相互作用,并分析复合物的结合稳定性及对TMAOase结构的影响。分子对接结果表明4种不同聚合度的多酚均能与TMAOase形成复合物,其主要通过疏水相互作用和氢键结合,其中原花青素B2与酶的结合能力最强,其可通过疏水性氨基酸His-89、Phe-169、Gly-195、Gly-198、Gly-243和Phe-244以及氢键作用位点Thr-199和Asn-438与TMAOase结合。分子动力学模拟显示4种多酚均能增加TMAOase的表面疏水性并降低其分子内氢键数量,但并未使二级结构发生明显变化。原花青素B2对TMAOase的抑制作用为非竞争性抑制,与酶形成的复合物稳定性最好,且范德华力作为主要相互作用力也参与了复合物的形成和稳定。该研究在分子水平上解析了不同聚合度多酚与TMAOase之间的相互作用机制,为未来TMAOase抑制剂的筛选提供了新思路。 展开更多
关键词 氧化三甲胺脱甲基酶(TMAOase) 多酚 相互作用机制 分子对接 分子动力学
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盐酸安非他酮多晶型分子间相互作用分析研究 被引量：1
14
作者 张亚安 潘雅典 +3 位作者 林玉婷 朱咏娟 刘媛媛 孙柏旺 《化学研究与应用》 CAS 北大核心 2024年第10期100-108,共9页
以多晶型药物盐酸安非他酮为模型药物,探讨晶体结构和分子间相互作用对稳定性影响。对四种晶型从分子构象、分子间氢键等进行了详细比较;利用CrystalExplorer软件中Hirshfeld表面和能量框架模块,从理论上系统地分析了四种晶型中分子间... 以多晶型药物盐酸安非他酮为模型药物,探讨晶体结构和分子间相互作用对稳定性影响。对四种晶型从分子构象、分子间氢键等进行了详细比较;利用CrystalExplorer软件中Hirshfeld表面和能量框架模块,从理论上系统地分析了四种晶型中分子间作用方式和作用能的大小。结果显示室温下最稳定的晶型KUMCAX01具有更稳定的分子构象,更高的堆积指数,Cl…H、O…H等较强分子间作用力贡献比例更大,与周围离子总相互作用能更高,为深刻理解多晶型药物晶体构造差异对稳定性的影响提供一定理论依据。 展开更多
关键词 盐酸安非他酮 多晶型 晶体结构 Hirshfeld表面分析 分子间相互作用能
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光谱法结合分子对接技术研究柠檬苦素与牛血清白蛋白的相互作用 被引量：4
15
作者 梁鑫富 董庆亮 《食品工业科技》 CAS 北大核心 2024年第21期37-44,共8页
为研究柠檬苦素(Limonin,LM)与牛血清白蛋白(Bovine serum albumin,BSA)相互作用,本文采用紫外光谱法、荧光光谱法及分子对接技术研究LM与BSA的相互作用机制。结果表明:LM能有效淬灭BSA的内源荧光,其淬灭类型为静态淬灭;两者发生相互作... 为研究柠檬苦素(Limonin,LM)与牛血清白蛋白(Bovine serum albumin,BSA)相互作用,本文采用紫外光谱法、荧光光谱法及分子对接技术研究LM与BSA的相互作用机制。结果表明:LM能有效淬灭BSA的内源荧光,其淬灭类型为静态淬灭;两者发生相互作用可形成1个结合位点,分子间作用力主要为氢键和范德华力,该相互作用过程为自发反应;紫外光谱及同步荧光光谱表明,LM与BSA发生相互作用后,可以增加BSA上酪氨酸(Tyr)、色氨酸(Trp)残基微环境的疏水性;通过竞争位点实验及分子对接,发现LM与BSA的结合位点在siteⅠ附近,LM可以与BSA上的Trp-213形成氢键,与Tyr-340/451等残基之间存在范德华力。 展开更多
关键词 柠檬苦素 牛血清白蛋白 相互作用 荧光光谱 分子对接
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Kindlin与β整合素的相互作用的分子动力学模拟
16
作者 罗仙雯 方颖 +1 位作者 吴建华 李趣欢 《医用生物力学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第S01期415-415,共1页
目的Kindlin是激活整合素的重要胞内适配蛋白,是黏附斑的主要成分。Kindlin-2与β整合素胞质尾部远端的特异性结合通过Kindlin-2的特定口袋与β整合素的TTV基序结合,该口袋的相关突变会引起kindlin-2黏附斑定位的缺失,并影响整合素的激... 目的Kindlin是激活整合素的重要胞内适配蛋白,是黏附斑的主要成分。Kindlin-2与β整合素胞质尾部远端的特异性结合通过Kindlin-2的特定口袋与β整合素的TTV基序结合,该口袋的相关突变会引起kindlin-2黏附斑定位的缺失,并影响整合素的激活,因此探索kindlin-2与β整合素突变后的结合机制,可为靶向Kindlin-2蛋白治疗的相关药物设计提供理论基础。方法通过选取kindlin-2与β1整合素的共晶体以及对接结构,借助分子动力学模拟手段,在原子水平上揭示野生型与TTV突变及疾病相关突变对kindlin与β整合素结合机制的影响。结果与野生型体系相比,突变体系存在不稳定性。关键的氢键相互作用减少,使kindlin与β整合素的相互作用减弱,解离概率增加。在受到力的拉伸下,突变体复合物解离的时间变短,解离力变小,复合物机械强度降低。结论Kindlin相关突变后会影响复合物的稳定性,增加复合物的解离概率,影响kindlin与整合素的结合,从而导致整合素激活受损、黏附斑定位缺失以及相关疾病的产生。 展开更多
关键词 β整合素 Β1整合素 远端的 氢键相互作用 共晶体 结合机制 分子动力学模拟 野生型
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配位化学中的C-H…π非键弱相互作用 被引量：15
17
作者 郭辉瑞 陶朱 +1 位作者 祝黔江 薛赛凤 《无机化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2002年第5期435-441,共7页
随着超分子化学研究的深入和发展,C-H…π非键弱相互作用越来越多地在晶体工程学、分子识别、主客体化学、自组装超分子体系以及生物大分子与配体相互作用等领域中被关注。本文综述了在配位化学中的C-H…π非键弱相互作用,它不仅存在于... 随着超分子化学研究的深入和发展,C-H…π非键弱相互作用越来越多地在晶体工程学、分子识别、主客体化学、自组装超分子体系以及生物大分子与配体相互作用等领域中被关注。本文综述了在配位化学中的C-H…π非键弱相互作用,它不仅存在于配合物分子内,亦可在配合物分子间观察到,并对利用配合物体系进行C-H…π非键弱相互作用体系研究提出一些设想。 展开更多
关键词 超分子化学 配位化学 配合物 分子内c-h…π相互作用 分子间c-h…π相互作用
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环氧虫啶与人血清白蛋白的相互作用 被引量：3
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作者 刘晓娟 邓培渊 +1 位作者 范春丽 田云芳 《农药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期160-167,共8页
新烟碱类杀虫剂环氧虫啶对非靶标生物具有潜在危害,但对其毒理机理、其在人体内的运输机制等方面缺乏研究。本研究运用荧光光谱法、分子对接、分子动力学、结合自由能计算和丙氨酸扫描等方法,研究了环氧虫啶与人血清白蛋白(HSA)的结合... 新烟碱类杀虫剂环氧虫啶对非靶标生物具有潜在危害,但对其毒理机理、其在人体内的运输机制等方面缺乏研究。本研究运用荧光光谱法、分子对接、分子动力学、结合自由能计算和丙氨酸扫描等方法,研究了环氧虫啶与人血清白蛋白(HSA)的结合模式。结果表明:1)环氧虫啶能有效猝灭HSA荧光,不同温度下环氧虫啶与HSA的结合常数在0.76×10^(5)~1.57×10^(5)L/mol之间,具有较强的结合能力;2)环氧虫啶结合在HSA的IIA疏水腔内,有1个结合位点;3)结合自由能分析和热力学参数计算显示,环氧虫啶和HSA结合的主要作用力是范德华力和氢键作用;4)分子动力学模拟结果显示,二者结合自由能为-25.90 kJ/mol,形成了相对稳定的复合物;5)丙氨酸突变扫描结果显示,氨基酸残基Gln459是环氧虫啶与HSA结合的关键氨基酸。该研究结果可为阐明环氧虫啶在人体内的毒性机理提供理论依据。 展开更多
关键词 环氧虫啶 人血清白蛋白 相互作用 荧光猝灭 分子对接 分子动力学
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基于网络药理学、分子对接和分子动力学探讨犀角地黄汤治疗糖尿病足溃疡的作用机制
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作者 郑炜 马琳 +3 位作者 刘佳 张瑞华 赵杰 魏伟 《天津师范大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第4期14-22,共9页
为了解犀角地黄汤(RHRD)治疗糖尿病足溃疡(DFU)的分子机制,应用网络药理学和分子动力学模拟方法,通过TCMSP数据库、BATMAN-TCM和文献检索搜索犀角地黄汤中药成分的活性成分及其靶点,然后从GeneCards、CTD、OMIM、TTD和DrugBank数据库中... 为了解犀角地黄汤(RHRD)治疗糖尿病足溃疡(DFU)的分子机制,应用网络药理学和分子动力学模拟方法,通过TCMSP数据库、BATMAN-TCM和文献检索搜索犀角地黄汤中药成分的活性成分及其靶点,然后从GeneCards、CTD、OMIM、TTD和DrugBank数据库中检索DFU的疾病靶点.分析药物靶点和疾病靶点的交叉靶点,使用Cytoscape 3.7.1软件构建成分-靶点(CT)网络,在String平台上构建治疗靶点的蛋白质相互作用(PPI)网络,并对关键基因进行筛选.在DAVID数据库中进行GO和KEGG富集分析.用AutoDock进行分子对接以预测RHRD有效成分与核心靶点的结合,随后用Gromacs进行分子动力学模拟,观察靶蛋白中的相互作用和构象变化.以HaCaT细胞为实验材料,通过MTT实验和细胞划痕实验检测高糖条件下RHRD对HaCaT细胞的保护作用.结果显示:(1)共筛选出32种活性成分、419个药物靶点、14036个疾病靶点和384个治疗靶点;(2)通过CT网络和PPI网络分析获得了核心活性成分(槲皮素、山柰酚、梓醇、黄芩素)和核心靶点(TP53、AKT1、HSP90AA1、STAT3、MAPK1),主要涉及脂质与动脉粥样硬化、Th17细胞分化通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路和MAPK信号通路等;(3)分子对接结果表明,RHRD有效成分与核心靶点之间存在很强的结合亲和力,分子动力学模拟证实了RHRD有效成分与这些靶点的稳定结合;(4)MTT实验结果显示RHRD可以保护HaCaT细胞免受高糖诱导的细胞损伤,细胞划痕实验结果显示RHRD能够显著诱导伤口愈合. 展开更多
关键词 犀角地黄汤 糖尿病足溃疡 网络药理学 分子动力学模拟 蛋白质相互作用
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基于光谱技术的多糖与蛋白质相互作用研究
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作者 牛付阁 廖华斌 +5 位作者 顾斐娜 高一 李哲 曹晏任 周娱 潘伟春 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期2174-2182,共9页
为揭示大分子拥挤剂葡聚糖-70(dextran-70)对蛋白质构象和微环境的影响,利用紫外光谱、荧光光谱、同步荧光、荧光量子产率及微流变等技术手段,研究葡聚糖-70添加后溶菌酶(Lys)、牛血清白蛋白(BSA)、β-乳球蛋白(BLG)微观构象的变化。结... 为揭示大分子拥挤剂葡聚糖-70(dextran-70)对蛋白质构象和微环境的影响,利用紫外光谱、荧光光谱、同步荧光、荧光量子产率及微流变等技术手段,研究葡聚糖-70添加后溶菌酶(Lys)、牛血清白蛋白(BSA)、β-乳球蛋白(BLG)微观构象的变化。结果表明,添加葡聚糖-70会改变蛋白,尤其是BLG蛋白的三级结构;葡聚糖-70引起蛋白质氨基酸微环境的变化,使蛋白质更趋向于疏水环境;荧光光谱显示,葡聚糖-70会导致蛋白质内源性荧光的猝灭,同时色氨酸和酪氨酸残基移向更加疏水的环境;葡聚糖-70对蛋白质量子产率的影响较小,对Lys的影响更为明显;微流变结果显示,随着葡聚糖-70浓度的增加,混合体系的复数模量和复数粘度增加、蛋白质分子运动速度减慢,可能是蛋白质与葡聚糖-70之间的相互作用所致。本研究结果可为蛋白质和多糖类食品体系的结构设计提供技术支持。 展开更多
关键词 蛋白质 多糖 大分子拥挤试剂 相互作用
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