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基于电负性均衡理论快速计算多肽分子中原子电荷的新方法(英文)
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作者 欧阳永中 花书贵 邓金连 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2019年第1期58-68,共11页
原子电荷在深入理解和模拟蛋白质的化学行为中发挥了重要的作用。通过校正电负性均衡方法(EEM)可快速计算大分子中原子电荷的分布情况。为进一步提高电负性均衡方法的准确性,本文根据Bader提出的分子区域片段中原子电荷高度转移理论,提... 原子电荷在深入理解和模拟蛋白质的化学行为中发挥了重要的作用。通过校正电负性均衡方法(EEM)可快速计算大分子中原子电荷的分布情况。为进一步提高电负性均衡方法的准确性,本文根据Bader提出的分子区域片段中原子电荷高度转移理论,提出了一种校正电负性均衡理论的新方法,专门用于快速、准确计算生物大分子多肽或蛋白质中分子中原子电荷(AIM)。在EEM参数优化过程中,本方法不仅包括了不同原子间的连接性和价键的杂化属性,还考虑了分子片段或基团的区域化学环境因素对校正的影响。本研究对变量优化方法进行了深入讨论,微分进化算法被证明对目标函数有较好地表现。本方法计算的AIM电荷,与密度泛函理论的计算结果进行了比较。结果表明,与原来的EEM模型相比较,本方法计算的AIM电荷的精确度得到了大幅提高,为具有重复分子片段或基团的生物大分子体系(如多肽或蛋白质等)的原子电荷的快速计算提供了一种更为准确的方法,同时也为EEM的校正提供了一种新的思路。 展开更多
关键词 原子电荷 电负性均衡方法 分子中的原子电荷 分子片段转移 化学环境
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N-(邻氯苯基)苯甲酰胺在CuX(X=I,Br)催化下的分子内O-芳基化反应机理 被引量:6
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作者 蔡皖飞 汪晓慧 +1 位作者 李来才 田安民 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2009年第10期2101-2106,共6页
采用密度泛函理论(DFT)中的B3LYP方法,在6-31+G*基组水平上研究了N-(邻氯苯基)苯甲酰胺在CuX(X=I,Br)催化下发生分子内O-芳基化的反应机理.优化了反应过程中的反应物、中间体、过渡态和产物,通过能量和振动分析证实了中间体和过渡态的... 采用密度泛函理论(DFT)中的B3LYP方法,在6-31+G*基组水平上研究了N-(邻氯苯基)苯甲酰胺在CuX(X=I,Br)催化下发生分子内O-芳基化的反应机理.优化了反应过程中的反应物、中间体、过渡态和产物,通过能量和振动分析证实了中间体和过渡态的真实性.并且在相同基组水平上应用自然键轨道(NBO)理论和分子中的原子(AIM)理论分析了这些化合物的成键特征和轨道间的相互作用.比较了两种不同铜盐催化剂的催化活性,计算结果表明两种催化剂的反应路径和反应的控制步骤完全相同,在CuBr催化下标题化合物控制步骤的活化能比在CuI催化下的低,证明了CuBr的催化活性要比CuI的高一些,与实验结果一致. 展开更多
关键词 反应机理 CuX 活化能 分子中的原子理论 自然键轨道理论
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锂取代乙烯酮与水分子之间相互作用的从头算 被引量:1
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作者 何青林 刘思齐 +1 位作者 王艳红 于健康 《东北师大学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期102-105,共4页
在MP2/6-311++G**水平上,研究了5种复合物的几何结构型和成键特征,对能量、自然键轨道和分子中的原子进行了分析.结果表明:当锂取代3位置时,锂的电子性质突出,体系的偶极矩增加,锂的离子性质增强,通过体系共轭作用,增加了端基氧的电负性... 在MP2/6-311++G**水平上,研究了5种复合物的几何结构型和成键特征,对能量、自然键轨道和分子中的原子进行了分析.结果表明:当锂取代3位置时,锂的电子性质突出,体系的偶极矩增加,锂的离子性质增强,通过体系共轭作用,增加了端基氧的电负性,氧的电负性质增强使得氧的给电子能力增强;当锂取代1和2位置时,锂与双键形成π-Li键或者锂与氧形成六元环结构.光谱分析表明:锂取代3位置时,红外光谱发生红移;当锂取代1和2位置时,由于锂的离子性很强,光谱发生蓝移. 展开更多
关键词 自然键轨道理论 分子中的原子理论 量子化学
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通过价层电子密度分析展现分子电子结构(英文) 被引量:3
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作者 卢天 陈沁雪 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2018年第5期503-513,共11页
迄今已有众多实空间函数被提出用来揭示化学上感兴趣的分子电子结构特征,例如化学键、孤对电子和多中心电子共轭。在这些分析方法中,电子定域化函数(ELF)、电子密度的拉普拉斯(▽~2p)和变形密度(rdef)被广泛用于实际研究。众所周知,分... 迄今已有众多实空间函数被提出用来揭示化学上感兴趣的分子电子结构特征,例如化学键、孤对电子和多中心电子共轭。在这些分析方法中,电子定域化函数(ELF)、电子密度的拉普拉斯(▽~2p)和变形密度(rdef)被广泛用于实际研究。众所周知,分析分子的总电子密度无法像以上提及的方法那样展现出与分子电子结构有关的丰富的信息。但是,在本文中,通过数个实例以及通过与ELF、▽~2p和rdef的对比,我们指出若只关注价层电子密度分布,分子电子结构特征也是可能被探究的。我们发现对大多数情况,对非常简单的价层电子密度的分析也可以给出与ELF、▽~2p和rdef分析类似的信息,并且这种分析具有计算复杂度更低的额外优点。我们希望本文的工作可以使得化学家们关注长期被忽视的价层电子密度所具有的重要价值。也值得注意的是,价层电子密度分析并非完全没有缺点,当这种方法无法提供丰富信息的时候,研究者仍需借助于其它类型的分析手段。 展开更多
关键词 电子密度 波函数分析 化学键 电子定域化函数 分子中的原子 密度泛函理论 电子密度的拉普拉斯 变形密度
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N-烷基乙二胺-双(三氟甲基磺酰)亚胺型质子化离子液体的分子间氢键作用 被引量:1
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作者 张欣辰 徐宇 花儿 《石河子大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2020年第5期540-547,共8页
本文研究选用密度泛函理论中M06-2X及6-311G(d,p)基组,对由N-烷基乙二胺阳离子[HAlkyl]+(hexyl,octyl、2-ethylhexyl及EtHex)与双(三氟甲基磺酰)亚胺阴离子[TFSA]-形成的[HHex][TFSA]、[HOct][TFSA]及[HEtHex][TFSA]型质子化离子液体(Pr... 本文研究选用密度泛函理论中M06-2X及6-311G(d,p)基组,对由N-烷基乙二胺阳离子[HAlkyl]+(hexyl,octyl、2-ethylhexyl及EtHex)与双(三氟甲基磺酰)亚胺阴离子[TFSA]-形成的[HHex][TFSA]、[HOct][TFSA]及[HEtHex][TFSA]型质子化离子液体(Protic ionic liquids,PILs)的分子间氢键相互作用进行理论研究,通过几何优化和分子振动频率分析得到其5种较稳定构型[HAlkyl][TFSA]S1~S5,结果表明:该类PILs的基组重叠误差(basis set superposition error,BSSE)校正后的分子间相互作用能ΔE int BSSE在-88.8^-108.9 kcal/mol范围内;由于阴阳离子间形成了较强的N—H…N或N—H…O型氢键,[HAlkyl]+阳离子中参与氢键的N—H键长延长,红外谱图显示N—H伸缩振动发生了红移,且红移值显著。通过自然键轨道理论分析可知,其稳定化能主要来源于阴离子[TFSA]-中N、O原子的孤对电子与阳离子[HAlkyl]+中N—H反键轨道之间的相互作用,即LP(N/O)→σ*(N—H)。采用分子中原子理论计算二阶微扰能E(2)值、电子密度ρc值及拉普拉斯值2ρc的结果表明,[HAlkyl]+中碳链的长短、支链的引入对[HAlkyl][TFSA]分子间氢键作用的强弱有较大的影响,并且在伯胺质子化构型(S1~S3)中形成的氢键相互作用比仲胺质子化构型(S4、S5)较强。 展开更多
关键词 质子化离子液体 密度泛函理论 分子间氢键作用 自然键轨道理论 分子中的原子理论
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1-乙基-3-甲基咪唑阳离子与天冬酰胺阴离子的相互作用 被引量:8
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作者 吴阳 张甜甜 于宁 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2009年第8期1689-1696,共8页
利用密度泛函理论B3LYP方法,在6-311+G(d,p)水平上,对1-乙基-3-甲基咪唑阳离子[Emim]+与天冬酰胺阴离子[Asn]-形成的氨基酸离子液体气态阴阳离子对([Emim][Asn])进行理论研究.通过几何结构优化和频率分析得到势能面上的五个稳定构型.[Em... 利用密度泛函理论B3LYP方法,在6-311+G(d,p)水平上,对1-乙基-3-甲基咪唑阳离子[Emim]+与天冬酰胺阴离子[Asn]-形成的氨基酸离子液体气态阴阳离子对([Emim][Asn])进行理论研究.通过几何结构优化和频率分析得到势能面上的五个稳定构型.[Emim]+和[Asn]-之间能够形成较强的氢键相互作用,零点能校正后的能量在-373.96至-326.28kJ·mol-1之间.其稳定化能主要来源于[Asn]-中羰基O的孤对电子lp(O)与[Emim]+中C—H反键轨道σ*(C—H)之间的相互作用:lp(O)→σ*(C—H).红外光谱特征和自然布居分析(NPA)计算表明咪唑阳离子中参与形成氢键的C—H键振动的红移值、阴阳离子间的电荷转移与氢键相互作用能成正比关系.分子中的原子(AIM)理论分析得到[Emim]+和[Asn]-之间的氢键相互作用以静电作用为主.通过计算结果初步探讨影响氨基酸离子液体玻璃化温度Tg的结构因素. 展开更多
关键词 自然布居分析 氨基酸离子液体 密度泛函理论 分子间氢键 相互作用能 红外光谱 分子中的原子理论
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密度泛函理论研究Pu+O_2反应机理及键的特点 被引量:2
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作者 罗文浪 王青青 +4 位作者 曾小荟 黄安民 石立君 袁波 高涛 《原子与分子物理学报》 北大核心 2017年第2期219-224,共6页
通过建立Pu与O_2反应的理论模型,采用密度泛函理论(DFT)系统研究了钚原子与氧气分子的微观反应机理.优化了反应势能面上各驻点的几何结构,并用频率分析方法和内禀反应坐标(IRC)方法验证了过渡态,得到了该反应的反应势能曲线和微观反应路... 通过建立Pu与O_2反应的理论模型,采用密度泛函理论(DFT)系统研究了钚原子与氧气分子的微观反应机理.优化了反应势能面上各驻点的几何结构,并用频率分析方法和内禀反应坐标(IRC)方法验证了过渡态,得到了该反应的反应势能曲线和微观反应路径.此外,用分子中的原子理论(AIM)和电子定域函数(ELF)理论方法探究了反应过程中各原子间化学键的演化特点.结果表明,这一反应体系有两条不同的反应路径,反应产物分别是PuO_2和Pu O+O;能量分析表明,生成PuO_2的反应更容易发生. 展开更多
关键词 反应机理 键的本质 密度泛函理论 分子中的原子理论 电子定域函数
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小镍团簇Ni_n(n=2~6)电子结构和拓扑分析
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作者 唐典勇 胡建平 +1 位作者 伏秦超 张元勤 《化学研究与应用》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期322-326,共5页
在UBP86/TZVP水平上计算了小镍团簇(Nin,n=2~6)的稳定基态结构并用自然键轨道(NBO)和分子中的原子量子理论(QTAIM)分析了这些团簇的电子结构。计算结果表明,Ni团簇基态结构具有较高自旋多重度。QTAIM分析表明镍团簇中Ni-Ni键均为金属... 在UBP86/TZVP水平上计算了小镍团簇(Nin,n=2~6)的稳定基态结构并用自然键轨道(NBO)和分子中的原子量子理论(QTAIM)分析了这些团簇的电子结构。计算结果表明,Ni团簇基态结构具有较高自旋多重度。QTAIM分析表明镍团簇中Ni-Ni键均为金属键。除Ni2团簇中Ni-Ni键为纯粹的σ键外,其他团簇中Ni-Ni键具有部分π键特征。提出了采用团簇的原子平均离域化指数(δ)来表示团簇的相对稳定性,平均离域化指数与团簇的平均结合能具有较好线性关系。 展开更多
关键词 镍团簇 电子结构 自然键轨道分析 分子中的原子量子理论
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极长与极短的铜铜距离-吡唑环三核亚铜配合物亲铜作用本质及发光调控 被引量:1
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作者 郑霁 邢立锐 李丹 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2017年第11期2133-2140,共8页
本文结合近年来亲金属作用研究领域的进展,针对本课题组在环三核亚铜配合物方面的最新研究成果,讨论了两个铜(I)–铜(I)作用相差悬殊的体系。一是通过构筑具有环三核单元的三棱柱笼状配合物,确认在正堆积模式下即使环三核单元之间亲铜... 本文结合近年来亲金属作用研究领域的进展,针对本课题组在环三核亚铜配合物方面的最新研究成果,讨论了两个铜(I)–铜(I)作用相差悬殊的体系。一是通过构筑具有环三核单元的三棱柱笼状配合物,确认在正堆积模式下即使环三核单元之间亲铜作用极弱依然可以在磷光发射态中产生强亲铜作用,且通过配体的预留配位点与Cu_2I_2簇连结从而得到自校准大范围发光温度计;二是通过与亲铜作用正交的Br―Br卤键,实现环三核亚铜配合物前所未有的极短铜(I)–铜(I)距离,通过各种电子结构分析方法研究其本质。结果表明即使当铜(I)–铜(I)距离很接近铜的范德华半径和时,其本质依然为闭壳层作用,而Br―Br作用总为闭壳层作用,且该体系中最强的Br―Br作用很好地体现出一个Br原子的σ穴和另一个Br原子的负静电势区域的匹配性。 展开更多
关键词 亲铜作用 正堆积 磷光发射态 卤键 约化密度梯度 分子中的原子的量子理论
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双层三明治四聚吡咯铀配合物的结构设计和稳定性理论计算
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作者 田琳飞 张春华 +3 位作者 曲宁 毕艳婷 张红星 潘清江 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2018年第4期749-757,共9页
为探索四聚吡咯配体和低价铀离子相互作用,以实验合成单层三明治结构配合物PcU~ⅥPc(Pc=酞菁)为基础,设计双层三明治型PzU^mPzU^mPz(m=Ⅲ,Ⅳ,Pz=氮杂卟啉),采用相对论密度泛函理论考察了其几何结构、异构体相对稳定性以及成键和轨道性质... 为探索四聚吡咯配体和低价铀离子相互作用,以实验合成单层三明治结构配合物PcU~ⅥPc(Pc=酞菁)为基础,设计双层三明治型PzU^mPzU^mPz(m=Ⅲ,Ⅳ,Pz=氮杂卟啉),采用相对论密度泛函理论考察了其几何结构、异构体相对稳定性以及成键和轨道性质.得到se(staggered-eclipsed)和es(eclipsed-staggered)2种类型稳定空间异构体,并进一步优化其所有可能的电子自旋态异构体.计算结果表明,这些低价铀配合物均具有五重态基态.分子中的原子量子理论(quantum theory of atoms in molecule,QTAIM)在U—N键临界点处的电子/能量密度拓扑分析显示U—N键为弱极性共价键.四价配合物拥有4个U(5f)性质高能占据轨道,与2个U4+的5f单电子数相一致;而三价配合物有很大配体参与作用.2个铀原子和中间Pz配体质心近似成线性,这与配合物具有稳定的σ(U—U)成键轨道密切相关. 展开更多
关键词 三明治型四聚吡咯低价铀配合物 异构体稳定性 分子中的原子量子理论(QTAIM) 电子结构 相对论密度泛函理论
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