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基于GEO数据库的慢性自发性荨麻疹基因集富集及免疫细胞浸润分析
1
作者
韩露
周扬
+3 位作者
万月
管宁
方如男
李建红
《中国免疫学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第7期1405-1410,I0001,共7页
目的:基于基因表达数据库(GEO)对慢性自发性荨麻疹(CSU)表达谱芯片数据筛选差异表达基因并进行基因集富集分析(GSEA)和免疫细胞浸润分析,深入了解CSU的发病机制。方法:从GEO数据库中获取GSE72541芯片数据,利用R软件获取差异表达基因并...
目的:基于基因表达数据库(GEO)对慢性自发性荨麻疹(CSU)表达谱芯片数据筛选差异表达基因并进行基因集富集分析(GSEA)和免疫细胞浸润分析,深入了解CSU的发病机制。方法:从GEO数据库中获取GSE72541芯片数据,利用R软件获取差异表达基因并构建蛋白质相互作用(PPI)网络;利用GSEA软件进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析;利用ssGSEA方法对表达谱进行免疫细胞浸润分析。结果:与血小板活化及其功能密切相关的基因在CSU血清中上调,与Th1细胞趋化相关的基因在CSU血清中下调;与凝血级联反应、血管通透性的调节、免疫及炎症反应以及神经精神的调控等方面相关的生物过程及信号通路在CSU组上调;免疫细胞浸润分析显示活化的B细胞、未成熟B细胞、滤泡辅助性T细胞以及Th2细胞在CSU组显著下调。结论:血小板活化、凝血级联反应与Th1/Th2免疫细胞失衡在CSU的发病中有重要意义。
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关键词
慢性自发性荨麻疹
基因集富集分析
免疫细胞浸润
凝血级联反应
自身免疫
TH1/TH2细胞
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职称材料
妊娠期易栓症的胎盘病理
被引量：
6
2
作者
刘伯宁
《实用妇产科杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2009年第3期132-134,共3页
关键词
妊娠期间
易栓症
胎盘病理
妊娠不良结局
凝
血
功能障碍
凝血级联反应
血
栓形成倾向
危险因素
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职称材料
滋肾育胎丸防治早发性卵巢功能不全的转录组和生物信息学研究
被引量：
5
3
作者
党蕾
董盈盈
+5 位作者
张春波
宁娜
栗妍
苏碧茹
黄秋凌
王世宣
《世界中医药》
CAS
2023年第24期3500-3507,共8页
目的:通过转录组与生物信息学结合解析滋肾育胎丸防治早发性卵巢功能不全的关键机制。方法:滋肾育胎丸对早发性卵巢功能不全小鼠模型行预防给药,采用二代高通量测序技术对模型组和给药组小鼠卵巢组织行转录组测序,应用基因本体(GO)富集...
目的:通过转录组与生物信息学结合解析滋肾育胎丸防治早发性卵巢功能不全的关键机制。方法:滋肾育胎丸对早发性卵巢功能不全小鼠模型行预防给药,采用二代高通量测序技术对模型组和给药组小鼠卵巢组织行转录组测序,应用基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)行生物功能富集分析,通过蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)分析方法预测靶基因。采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术验证转录组预测靶基因结果的一致性。结果:给药组较模型组,雌激素、抗米勒管激素和卵巢系数升高,组织中不同发育阶段卵泡数目增加;转录组学结果显示,2组间差异表达基因共57个。GO富集分析发现,差异表达基因涉及调控补体和凝血级联反应等通路;KEGG富集分析发现,差异表达基因涉及胆固醇代谢和脂肪消化与吸收等信号通路。PPI与KEGG富集通路结果中重合基因有Apob、Fga、Plg、Fgb、Apoh,是潜在的靶基因;qRT-PCR验证发现,滋肾育胎丸明显升高Fga和Fgb mRNA表达,降低Apob、Plg、Apoh mRNA表达。结论:滋肾育胎丸可通过Fga、Plg、Fgb调控补体和凝血级联反应通路,Apob和Apoh调控胆固醇代谢和脂肪消化与吸收,进而发挥防治早发性卵巢功能不全作用。
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关键词
滋肾育胎丸
防治早发性卵巢功能不全
转录组学
生物信息学
中药
调控补体和
凝血级联反应
胆固醇代谢
脂肪消化与吸收
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职称材料
题名
基于GEO数据库的慢性自发性荨麻疹基因集富集及免疫细胞浸润分析
1
作者
韩露
周扬
万月
管宁
方如男
李建红
机构
北京中医药大学东直门医院
出处
《中国免疫学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第7期1405-1410,I0001,共7页
文摘
目的:基于基因表达数据库(GEO)对慢性自发性荨麻疹(CSU)表达谱芯片数据筛选差异表达基因并进行基因集富集分析(GSEA)和免疫细胞浸润分析,深入了解CSU的发病机制。方法:从GEO数据库中获取GSE72541芯片数据,利用R软件获取差异表达基因并构建蛋白质相互作用(PPI)网络;利用GSEA软件进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析;利用ssGSEA方法对表达谱进行免疫细胞浸润分析。结果:与血小板活化及其功能密切相关的基因在CSU血清中上调,与Th1细胞趋化相关的基因在CSU血清中下调;与凝血级联反应、血管通透性的调节、免疫及炎症反应以及神经精神的调控等方面相关的生物过程及信号通路在CSU组上调;免疫细胞浸润分析显示活化的B细胞、未成熟B细胞、滤泡辅助性T细胞以及Th2细胞在CSU组显著下调。结论:血小板活化、凝血级联反应与Th1/Th2免疫细胞失衡在CSU的发病中有重要意义。
关键词
慢性自发性荨麻疹
基因集富集分析
免疫细胞浸润
凝血级联反应
自身免疫
TH1/TH2细胞
Keywords
Chronic spontaneous urticaria
Gene set enrichment analysis
Immune cell infiltration
Coagulation cascade reaction
Autoimmunity
Th1/Th2 cells
分类号
R758.24 [医药卫生—皮肤病学与性病学]
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职称材料
题名
妊娠期易栓症的胎盘病理
被引量：
6
2
作者
刘伯宁
机构
上海交通大学附属第六人民医院
出处
《实用妇产科杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2009年第3期132-134,共3页
关键词
妊娠期间
易栓症
胎盘病理
妊娠不良结局
凝
血
功能障碍
凝血级联反应
血
栓形成倾向
危险因素
分类号
R151.2 [医药卫生—营养与食品卫生学]
R726.818 [医药卫生—儿科]
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职称材料
题名
滋肾育胎丸防治早发性卵巢功能不全的转录组和生物信息学研究
被引量：
5
3
作者
党蕾
董盈盈
张春波
宁娜
栗妍
苏碧茹
黄秋凌
王世宣
机构
华中科技大学同济医学院附属同济医院
广州医药集团有限公司博士后科研工作站
广州白云山中一药业有限公司
出处
《世界中医药》
CAS
2023年第24期3500-3507,共8页
基金
国家自然科学基金项目(82002768)
广东省名优中成药二次开发项目(20174002)。
文摘
目的:通过转录组与生物信息学结合解析滋肾育胎丸防治早发性卵巢功能不全的关键机制。方法:滋肾育胎丸对早发性卵巢功能不全小鼠模型行预防给药,采用二代高通量测序技术对模型组和给药组小鼠卵巢组织行转录组测序,应用基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)行生物功能富集分析,通过蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)分析方法预测靶基因。采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术验证转录组预测靶基因结果的一致性。结果:给药组较模型组,雌激素、抗米勒管激素和卵巢系数升高,组织中不同发育阶段卵泡数目增加;转录组学结果显示,2组间差异表达基因共57个。GO富集分析发现,差异表达基因涉及调控补体和凝血级联反应等通路;KEGG富集分析发现,差异表达基因涉及胆固醇代谢和脂肪消化与吸收等信号通路。PPI与KEGG富集通路结果中重合基因有Apob、Fga、Plg、Fgb、Apoh,是潜在的靶基因;qRT-PCR验证发现,滋肾育胎丸明显升高Fga和Fgb mRNA表达,降低Apob、Plg、Apoh mRNA表达。结论:滋肾育胎丸可通过Fga、Plg、Fgb调控补体和凝血级联反应通路,Apob和Apoh调控胆固醇代谢和脂肪消化与吸收,进而发挥防治早发性卵巢功能不全作用。
关键词
滋肾育胎丸
防治早发性卵巢功能不全
转录组学
生物信息学
中药
调控补体和
凝血级联反应
胆固醇代谢
脂肪消化与吸收
Keywords
Zishen Yutai Pills
Prevention and treatment of premature ovarian insufficiency
Transcriptome
Bioinformatics
Traditional Chinese medicine
Regulation of complement and coagulation cascade reaction
Cholesterol metabolism
Fat digestion and absorption
分类号
R271.9 [医药卫生—中西医结合]
R711.15 [医药卫生—妇产科学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于GEO数据库的慢性自发性荨麻疹基因集富集及免疫细胞浸润分析
韩露
周扬
万月
管宁
方如男
李建红
《中国免疫学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2024
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
妊娠期易栓症的胎盘病理
刘伯宁
《实用妇产科杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2009
6
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
滋肾育胎丸防治早发性卵巢功能不全的转录组和生物信息学研究
党蕾
董盈盈
张春波
宁娜
栗妍
苏碧茹
黄秋凌
王世宣
《世界中医药》
CAS
2023
5
在线阅读
下载PDF
职称材料
已选择
0
条
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引用分析
参考文献
引证文献
统计分析
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