放养型和野生型柞蚕的核糖体基因转录间隔区Ⅱ(ITS-2)的克隆与序列比较

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作者 王振东 武松 +5 位作者 曲泽岚 齐永红 朱绪伟 李喜升 秦利 刘彦群 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期60-65,共6页

核糖体基因转录间隔区Ⅱ(ITS-2)在物种间甚至种内群体间均表现出较高的差异,被用于种内或近缘种的研究。测定了放养型和野生型柞蚕(Antheraea pernyi)的rDNA ITS-2全长序列(GenBank登录号:GU073314、GU073315),并分析了二者之间的遗传... 核糖体基因转录间隔区Ⅱ(ITS-2)在物种间甚至种内群体间均表现出较高的差异,被用于种内或近缘种的研究。测定了放养型和野生型柞蚕(Antheraea pernyi)的rDNA ITS-2全长序列(GenBank登录号:GU073314、GU073315),并分析了二者之间的遗传差异。放养型和野生型柞蚕的rDNA ITS-2全长分别为1 111、1 112 bp,2个序列的GC含量达到61%,相似性高达98%。序列比对后得到1 117 bp的对齐序列,共鉴定变异位点19个,其中转换位点8个,无颠换,有11处发生核苷酸的插入/缺失。基于K2P模型计算的2条rDNA ITS-2序列的遗传距离为0.007,这一数值与估算的鳞翅目昆虫rDNA ITS-2序列种内平均遗传距离(0.009)基本一致。 展开更多

关键词 柞蚕 放养型 野生型 核糖体基因转录间隔区ⅱ 遗传变异

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兔痒螨和水牛痒螨第二转录间隔区(ITS-2)基因序列分析 被引量：8

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作者 贾小勇 杨光友 +1 位作者 古小彬 赖松家 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第5期545-550,共6页

为了探讨水牛痒螨株和兔痒螨株的分类地位,采用PCR技术扩增了四川水牛痒螨株和四川兔痒螨株的第二内部转录间隔区(ITS-2)基因,并与GenBank中注册的5个国外痒螨株的同源基因进行了比较。序列分析发现:兔痒螨株和水牛痒螨株的序列长度分别... 为了探讨水牛痒螨株和兔痒螨株的分类地位,采用PCR技术扩增了四川水牛痒螨株和四川兔痒螨株的第二内部转录间隔区(ITS-2)基因,并与GenBank中注册的5个国外痒螨株的同源基因进行了比较。序列分析发现:兔痒螨株和水牛痒螨株的序列长度分别为277bp和281bp,两序列间存在多处转换、颠换和缺失。四川水牛痒螨株同四川兔痒螨株间及国外痒螨分离株间的ITS-2基因同源性较低(87.1%～88.0%);而四川兔痒螨株与国外痒螨分离株的同源性较高(95.5%～100.0%)。用痒螨ITS-2基因构建的MP,NJ,ME及UPGM树中,兔痒螨株和水牛痒螨株在不同的系统树中其位置比较固定,且两者相距均较远。根据痒螨ITS-2基因同源性分析和系统树构建结果以及其他已报道的相关证据,作者认为:兔痒螨株和水牛痒螨株可能为痒螨属Psoroptes中两个不同的种,兔痒螨分离株为马痒螨P.equi;而水牛痒螨株与来自兔、山羊、绵羊和黄牛等痒螨株亲缘关系较远,可能为痒螨属中的另一个独立有效种。 展开更多

关键词 痒螨 痒螨株 分类地位 兔 水牛 第二内部转录间隔区(ITS-2) 系统发育

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两种毛首线虫核糖体DNA内转录间隔Ⅱ(rDNA ITS2)序列研究 被引量：4

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作者 斯健 童新华 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第8期779-783,共5页

目的利用形态学鉴定方法结合rDNAITS2序列分析对取自重庆市动物园阿拉伯狒狒和松鼠猴的两种毛首线虫成虫进行分类学研究,分析其分类地位,并探讨毛首线虫属和其分子生物学分类体系可行性。方法先用形态学分类方法对两种毛首线虫定种,再... 目的利用形态学鉴定方法结合rDNAITS2序列分析对取自重庆市动物园阿拉伯狒狒和松鼠猴的两种毛首线虫成虫进行分类学研究,分析其分类地位,并探讨毛首线虫属和其分子生物学分类体系可行性。方法先用形态学分类方法对两种毛首线虫定种,再提取其DNA扩增ITS2片段,通过测序确认两种毛首线虫ITS2序列,结合其它6种已知毛首线虫ITS2序列信息计算8种毛首线虫同一性和同源性并构建毛首线虫属同源树及分子种系发生树,探讨构建毛首线虫属分子生物学分类体系的可行性。结果形态学鉴定表明两种毛首线虫分别为T.cynocephalus皮翼毛首线虫和T.rhinopiptherox-ella sp.nov川金丝猴新种毛首线虫,二者形态学差异明显。获取两种ITS2序列连同6种已知ITS2做同一性分析,显示差异均在48.2%～62.7%之间,分属不同虫种;8种毛首线虫中T.leporis和T.skrjabini同源性最高,为91%;T.arvicolae和T.muris次之,为87%;提自松鼠猴的毛首线虫和T.suis为61%。T.ovis与T.leporis和T.skrjabini组同源性为65%,而提自阿拉伯狒狒的毛首线虫与提自松鼠猴的毛首线虫和T.suis组,为39%;构建同源树及分子种系发生树。结论本研究表明ITS2同一性分析能够对8个虫种进行有效甄别,作为辅助手段有望解决形态学分类中的同种异名问题。ITS2作为单一基因序列能部分反映8种毛首线虫同源性及分子进化中的关系,有助于探讨毛首线虫属的分子生物学分类体系的构建。 展开更多

关键词 毛首线虫属 分类学 同源性 内转录间隔区ⅱ

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香蕉枯萎病菌4个生理小种核糖体DNA内转录间隔区的RFLP分析 被引量：1

4

作者 舒灿伟 曾蕊 +1 位作者 杨媚 周而勋 《华南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第3期52-56,共5页

【目的】明确香蕉枯萎病菌Fusarium oxysporum f.sp.cubense 4个生理小种的系统发育关系。【方法】利用PCR扩增该病菌4个生理小种的核糖体DNA内转录间隔区(Internal transcribed spacer,ITS),利用AIu I、Hpa II和Taq I 3种限制性内切酶... 【目的】明确香蕉枯萎病菌Fusarium oxysporum f.sp.cubense 4个生理小种的系统发育关系。【方法】利用PCR扩增该病菌4个生理小种的核糖体DNA内转录间隔区(Internal transcribed spacer,ITS),利用AIu I、Hpa II和Taq I 3种限制性内切酶对这些小种的ITS产物进行RFLP分析。【结果】PCR扩增结果表明:来自4个生理小种的8个菌株均可扩增得到568 bp的ITS单一片段,但这些生理小种间的片段没有明显的多态性;对这些生理小种ITS产物进行RFLP分析发现,不同生理小种之间的差异很小。【结论】PCR-RFLP技术不适用香蕉枯萎病菌生理小种的分析鉴定。 展开更多

关键词 香蕉枯萎病菌 生理小种 内部转录间隔区 聚合酶链式反应 限制性片段长度多态性

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内部核糖体进入位点(IRES)调控多种癌细胞系中尾型同源盒转录因子2的翻译 被引量：1

5

作者 高文青 李琪 +2 位作者 陈蕴 朱瑞宇 金坚 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第3期260-268,共9页

尾型同源盒转录因子2(caudal type homeobox transcription factor 2,CDX2)促进肠癌细胞增殖,并具有致瘤的潜能。然而,对于CDX2翻译水平的调控机制研究甚少。本研究基于转染及报告酶活性分析结果,首次证明CDX2 5'非翻译区(5'unt... 尾型同源盒转录因子2(caudal type homeobox transcription factor 2,CDX2)促进肠癌细胞增殖,并具有致瘤的潜能。然而,对于CDX2翻译水平的调控机制研究甚少。本研究基于转染及报告酶活性分析结果,首次证明CDX2 5'非翻译区(5'untranslated region,5'-UTR)存在内部核糖体进入位点(internal ribosome entry site,IRES),并通过IRES在HEK293细胞以及肝癌、肠癌和卵巢癌等肿瘤细胞株中介导翻译起始。IRES介导的翻译机制与经典的帽依赖翻译途径(cap-dependent translation)不同,在一些IRES反式作用因子(IRES trans-acting factors,ITAFs)的作用下,不需要帽状结构,IRES可以直接招募核糖体小亚基,起始翻译。同时,肿瘤细胞内IRES介导的翻译方式可能是引起蛋白质异常表达的原因之一。通过Western印迹检测CDX2在4种肿瘤细胞系中的表达,发现CDX2的IRES活性与其在肿瘤细胞中蛋白质表达量正相关,其活性在耐药型卵巢肿瘤细胞株中最高。此外,CDX2 IRES元件的5'端截短及报告酶活性分析证明,CDX2 5'-UTR的活性中心位于68~147碱基之间,而位于5'末端的67个碱基形成一个远端茎环,抑制全长IRES的活性。定点突变68~147活性区域的实验结果揭示,3个茎环结构域(68GCCGGC73,88GCCAG92和114CUCUG118)是IRES元件中不可或缺的部分。上述结果证明,CDX2 5'-UTR具有IRES活性,其活性依赖于二级茎环结构。因此,可以针对特殊的茎环结构域进行研究,使之成为肿瘤药物作用靶点。 展开更多

关键词 尾型同源盒转录因子2 5'非编码区 内部核糖体进入位点

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库布齐沙漠生物结皮蓝藻和绿藻物种多样性及分子生物学鉴定

6

作者 刘悦 徐杰 +4 位作者 杜玲 何玉萍 刘雪锋 尹强 孟元发 《生态环境学报》 北大核心 2025年第3期421-431,共11页

人工培育生物结皮技术是荒漠化防治的一项新技术,优良藻种选育为构建人工生物结皮的关键。采集库布齐沙漠生物结皮蓝藻门、绿藻门的物种进行形态鉴定,采用计数法统计不同植被、不同季节生物结皮蓝藻和绿藻物种的丰富度及优势藻组成,运... 人工培育生物结皮技术是荒漠化防治的一项新技术,优良藻种选育为构建人工生物结皮的关键。采集库布齐沙漠生物结皮蓝藻门、绿藻门的物种进行形态鉴定,采用计数法统计不同植被、不同季节生物结皮蓝藻和绿藻物种的丰富度及优势藻组成,运用分子生物学方法验证20个纯化藻株的系统发育位置,为库布齐沙漠人工构建生物结皮优良藻种的筛选提供理论基础。结果显示,1)库布齐沙漠生物结皮共有蓝、绿藻14科27属78种,其中蓝藻5科10属40种,绿藻9科17属38种,不同植被和季节生物结皮藻类物种丰富度存在显著差异。人工修复植被藻类物种丰富度显著高于自然发育植被,围封植被藻类物种丰富度显著低于未围封植被,冬季藻类物种丰富度显著低于春、夏、秋季。2)库布齐沙漠生物结皮优势藻在属水平上基本相似,蓝藻主要为鞘丝藻属(Lyngbya)、颤藻属(Oscillatoria)、微鞘藻属(Microcolus)等,绿藻为小球藻属(Chlorella)、衣藻属(Chlamydomonas)、栅藻属(Scenedesmus)等。其中,蓝藻栖藓鞘丝藻(Lyngbya mucicola)、柔细颤藻(Oscillatoria subtilissima)、具鞘微鞘藻(Microcolus vaginatus)、微鞘藻(Microcolus sp.)和绿藻小球藻(Chlorella vulgaris)、马拉蒙衣藻(Chlamydomonas maramuresensis)、爪哇栅藻(Scenedesmus javaensis)和扁盘栅藻(Scenedesmus platydiscus)为库布齐沙漠优势藻。3)对20个纯化藻株进行了形态特征描述和核糖体内部转录间隔区(ITS)测序,并基于检测数据构建了2株蓝藻和18株绿藻系统发育树,验证了其系统发育的位置。 展开更多

关键词 库布齐沙漠 生物结皮 优势藻 形态 核糖体内部转录间隔区(ITS)

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基于ITS2序列的藁本与常见混伪品的分子鉴定 被引量：14

7

作者 高婷 姚辉 陈士林 《世界科学技术-中医药现代化》 2011年第2期418-423,共6页

本文对药材藁本及其常见混伪品的rDNA ITS2进行了PCR扩增、测序，并运用MEGA软件对该区进行序列分析，比较了ITS2碱基序列的差异及其规律，同时为药材藁本及混伪品的指纹图谱鉴别提供分子标记。结果显示辽藁本的种内差异较小，而与其主... 本文对药材藁本及其常见混伪品的rDNA ITS2进行了PCR扩增、测序，并运用MEGA软件对该区进行序列分析，比较了ITS2碱基序列的差异及其规律，同时为药材藁本及混伪品的指纹图谱鉴别提供分子标记。结果显示辽藁本的种内差异较小，而与其主要混伪品间存在较大的变异，差异性范围为5．7％～35．3％。根据ITS2序列特征构建的系统树，药材藁本的样品紧密的聚在一起，和其混伪品可以明确区分，支持率为100％。此外，ITS2的二级结构可作为鉴定药材藁本及混伪品种的一个方法，具有一定的系统学及分类学意义。本研究表明rDNA ITS2序列分析可作为药材藁本与混伪品的一种有效的分子鉴定方法，具有重要的应用价值。 展开更多

关键词 藁本 混伪品 核糖体DNA第二内转录间隔区(rDNA its2)

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斑玉蕈菌株的IGS2序列和RAPD分析 被引量：1

8

作者 潘越 陈辉 +3 位作者 冯志勇 陈明杰 汪虹 张津京 《食品工业科技》 CAS CSCD 北大核心 2013年第22期165-168,173,共5页

采用转录单位间隔区2（IGS2）和随机扩增多态性DNA（RAPD）技术分析了斑玉蕈不同菌株的遗传差异。结果显示，20个不同斑玉蕈菌株的IGS2序列大小不一致，长度在1150—1203bp之间，序列相似度约在95％以上。在100个随机引物中筛选出11个... 采用转录单位间隔区2（IGS2）和随机扩增多态性DNA（RAPD）技术分析了斑玉蕈不同菌株的遗传差异。结果显示，20个不同斑玉蕈菌株的IGS2序列大小不一致，长度在1150—1203bp之间，序列相似度约在95％以上。在100个随机引物中筛选出11个能够扩增出稳定带型且菌株之间带型差异明显的RAPD引物，共扩增出142条条带，特异性条带134条，多态性比例较高，表明RAPD技术对斑玉蕈菌株的扩增具有丰富的多态性，能够在DNA水平上鉴别不同菌株是否存在差异。 展开更多

关键词 斑玉蕈 转录单位间隔区2(IGS2) 随机扩增多态性DNA(RAPD)

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蓝氏贾第鞭毛虫C2株rRNA基因ITS1-5.8SrDNA-ITS2序列测定与分析 被引量：2

9

作者 温少芳 卢思奇 王凤云 《首都医科大学学报》 CAS 2005年第6期769-770,共2页

关键词 蓝氏贾第鞭毛虫 RRNA基因 ITS1-5.8SrDNA-its2 序列测定 内转录间隔区

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我国东南海域2个新记录拟菱形藻物种及其产毒特征

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作者 黄春秀 董焕嫦 李扬 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2017年第4期767-776,共10页

为丰富我国拟菱形藻属的物种多样性,并澄清其产毒特征,本文从我国东南海域分离和建立了拟菱形藻的单克隆培养株系,结合光学显微镜下的群体特征和透射电镜下的超微形态特征,还有基于核糖体转录间隔区的分子系统学数据,以及基于ITS2转录RN... 为丰富我国拟菱形藻属的物种多样性,并澄清其产毒特征,本文从我国东南海域分离和建立了拟菱形藻的单克隆培养株系,结合光学显微镜下的群体特征和透射电镜下的超微形态特征,还有基于核糖体转录间隔区的分子系统学数据,以及基于ITS2转录RNA的二级结构分析,鉴定到我国拟菱形藻属的2个新记录种:镰刀拟菱形藻(P.sabit Teng,Lim,Lim&Leaw)和中鼓拟菱形藻(P.inflatula(Hasle)Hasle)。镰刀拟菱形藻的典型形态特征是壳面呈现镰刀状,点条纹由两排孔纹组成,与并基拟菱形藻(P.decipiens)的系统学关系最为接近,ITS2-RNA有2个补偿碱基差异。中鼓拟菱形藻主要形态特征是壳面呈直线形,点条纹由单排孔纹组成,孔纹内部以上下两分区为主,与格氏拟菱形藻(P.granii)和亚弧线拟菱形藻(P.subcurvata)的亲缘关系接近,ITS2-RNA二级结构分别有4个补偿碱基差异。另外,利用高效液相色谱-质谱联用法对培养藻株的产毒特征进行了分析,未检测到多莫酸。本文为我国拟菱形藻属的物种多样性做了必要的补充,还可为拟菱形藻的毒理研究提供基础数据。 展开更多

关键词 镰刀拟菱形藻 中鼓拟菱形藻 物种多样性 形态 核糖体转录间隔区 its2-RNA二级结构 多莫酸

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用ITS2鉴定芥辣类调味品中山葵、辣根和芥末组分 被引量：1

11

作者 陈雪贞 李兆雯 +1 位作者 吴新 芦春斌 《食品与生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第9期94-100,共7页

日式饮食中的芥辣类调味品主要以同属十字花科的山葵(Eutrema wasabi)、辣根(Armoracia rusticana)、芥末(mustard)做原料加工而成。利用核糖体DNA内部转录间隔区Ⅱ(Internal transcribed spacer 2,ITS2)技术快速、准确地鉴定出山葵、... 日式饮食中的芥辣类调味品主要以同属十字花科的山葵(Eutrema wasabi)、辣根(Armoracia rusticana)、芥末(mustard)做原料加工而成。利用核糖体DNA内部转录间隔区Ⅱ(Internal transcribed spacer 2,ITS2)技术快速、准确地鉴定出山葵、芥末和辣根,为该技术应用于芥辣类产品质量检测提供参考。以3种植物材料(山葵、辣根、白芥末)为实验材料,提取基因组DNA,通过引物ITS2S2进行PCR扩增得到ITS2片段,测序结果通过生物信息学分析进行物种鉴定。MEGA7.0(Molecular evolutionary genetics analysis)分析ITS2序列结果表明,山葵、白芥末和辣根K2P(Kimura 2-parameter)遗传距离在0.088~0.171,均大于0.01,种间变异位点有36个,初步推断利用ITS2序列能将山葵、白芥末和辣根3物种区分开来。另外,GenBank中获得山葵以及近亲西北山嵛菜、辣根、芥末的ITS2序列,MEGA7.0进行种间序列分析,计算K2P,并用邻接法(Neighbor-joining,NJ)构建进化树,山葵与近亲西北山嵛菜聚为一支,棕芥末与白芥末、黑芥末聚为一大支,而辣根单独为一支。通过分析ITS2序列,发现山葵与近亲西北山嵛菜、辣根、芥末的种间K2P遗传距离在0.030~0.105,均大于0.01。研究表明,利用ITS2技术可以鉴别山葵、辣根和芥末等近缘物种,此技术可以用于芥辣类调味品特定原料成分鉴定及定量,为食品质量控制和食品安全提供科学依据。 展开更多

关键词 山葵 辣根 芥末 内部转录间隔区ⅱ(its2) 物种鉴定

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ITS2序列作为青风藤DNA条形码的研究

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作者 周池 饶力群 杨华 《湖南农业科学》 2016年第5期1-4,共4页

采用DNA试剂盒法提取采自不同地区的青风藤及其类似植物的基因组DNA,设计通用ITS2引物进行PCR扩增和测序,运用生物信息学软件对序列进行分析,从而对青风藤及其类似植物进行分子鉴定。结果表明：产地为陕西、贵州、湖北的青风藤样品序列... 采用DNA试剂盒法提取采自不同地区的青风藤及其类似植物的基因组DNA,设计通用ITS2引物进行PCR扩增和测序,运用生物信息学软件对序列进行分析,从而对青风藤及其类似植物进行分子鉴定。结果表明：产地为陕西、贵州、湖北的青风藤样品序列长度分别为380~437、429~436、434~438 bp,GC含量在54.2%~55.7%,平均GC含量约为55%。青风藤及其类似植物的ITS2序列存在较大差异,且平均K2P遗传距离明显大于青风藤的种内平均K2P遗传距离。这说明内转录间隔区2（ITS2）作为DNA条形码可准确地鉴别青风藤与其他类似植物,为中药材的鉴别提供了新途径。 展开更多

关键词 青风藤 内转录间隔区2(its2) DNA条形码 中药材 鉴别

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阪崎肠杆菌实时荧光双重TaqMan PCR快速检测体系的建立 被引量：10

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作者 孟双 李娟 +2 位作者 王艳 白雪梅 叶长芸 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第10期857-860,共4页

目的建立针对阪崎肠杆菌的高灵敏、高特异的实时荧光双重TaqMan聚合酶链式反应(PCR)快速检测体系。方法根据阪崎肠杆菌基因组16SrRNA～23SrRNA的内部转录间隔区(ITS)基因和外膜蛋白A(OmpA)基因的特异性序列设计引物及TaqMan探针,利用高... 目的建立针对阪崎肠杆菌的高灵敏、高特异的实时荧光双重TaqMan聚合酶链式反应(PCR)快速检测体系。方法根据阪崎肠杆菌基因组16SrRNA～23SrRNA的内部转录间隔区(ITS)基因和外膜蛋白A(OmpA)基因的特异性序列设计引物及TaqMan探针,利用高通量实时荧光PCR检测平台探讨该检测体系的灵敏度;用50种其他肠道致病菌及院内感染中常见的致病菌评价该检测体系的特异性。结果实时荧光双重TaqMan PCR快速检测体系对阪崎肠杆菌重组质粒的检测灵敏度为1×102拷贝/反应体系;对阪崎肠杆菌基因组的检测灵敏度为4×10-1pg/反应体系;该检测体系在检测50种其他肠道致病菌及院内感染中常见的致病菌时未出现特异性扩增,整个反应在2h内完成。结论本研究建立的实时荧光双重TaqMan PCR检测体系可作为阪崎肠杆菌灵敏、特异、快速的检测方法,并同时检测阪崎肠杆菌的致病力。 展开更多

关键词 阪崎肠杆菌 实时荧光TaqMan PCR 外膜蛋白A 内部转录间隔区

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巢式PCR检测琯溪蜜柚黑斑病病原菌 被引量：6

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作者 郑域茹 罗金水 +4 位作者 张汉荣 卢松茂 林智明 王宏毅 李美桂 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2013年第2期358-361,共4页

利用特异性引物从琯溪蜜柚黑斑病菌基因组DNA中扩增出一条分子量为487 bp的特异性条带,准确地与疮痂病、炭疽病和黄斑病菌等蜜柚常发性真菌病害区分开。采用巢式PCR对该引物的检测灵敏度进行测定,结果显示,对于黑斑病菌基因组DNA,巢式PC... 利用特异性引物从琯溪蜜柚黑斑病菌基因组DNA中扩增出一条分子量为487 bp的特异性条带,准确地与疮痂病、炭疽病和黄斑病菌等蜜柚常发性真菌病害区分开。采用巢式PCR对该引物的检测灵敏度进行测定,结果显示,对于黑斑病菌基因组DNA,巢式PCR的检测灵敏度为100 fg/μL,灵敏度比常规PCR至少提高100倍;对于发病组织,巢式PCR可从病斑组织含量为100μg的DNA样品中检测到黑斑病菌。采用巢式PCR检测技术,可从蜜柚的黑斑病显症组织和未显症组织特异性地检测到病原菌,且检出率分别为96.67%和90%。 展开更多

关键词 琯溪蜜柚 黑斑病 内部转录间隔区 巢式PCR 检测

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真菌性角膜炎致病菌种属的PCR鉴定 被引量：8

15

作者 安娜 王亚妮 +3 位作者 刘先宁 朱娟莉 朱秀萍 吴洁 《眼科新进展》 CAS 北大核心 2010年第11期1017-1020,共4页

目的通过对核糖体18S rRNA基因内部转录间隔区（internal transcribed spacer,ITS）序列的PCR鉴定,建立快速、准确地鉴定真菌性角膜炎致病真菌种属的方法。方法采用眼科常见5种致病菌标准菌株;镜检确诊真菌阳性的角膜炎临床标本29例,其... 目的通过对核糖体18S rRNA基因内部转录间隔区（internal transcribed spacer,ITS）序列的PCR鉴定,建立快速、准确地鉴定真菌性角膜炎致病真菌种属的方法。方法采用眼科常见5种致病菌标准菌株;镜检确诊真菌阳性的角膜炎临床标本29例,其中真菌培养阳性15例,真菌培养阴性14例。所有标本均采用液氮研磨结合小玻璃珠振荡法破碎真菌细胞壁,提取真菌基因组DNA,并以此为模板PCR扩增其18S rRNA基因ITS保守区序列,进行基因测序后在基因库中查询致病菌的种属,与镜检结果比对。结果禾谷镰刀菌、尖孢镰刀菌、燕麦镰刀菌、烟曲霉、白色念珠菌等5种标准菌株培养物和29例临床真菌样本（包括15例真菌阳性培养物和14例真菌培养阴性的角膜病变组织样本）,各5mg样品中提取的DNA样品的浓度在1.7~22.5mg·mL-1。PCR扩增后5种标准菌株均有目的条带,15例真菌阳性培养物也均有目的条带,14例真菌培养阴性的角膜病变组织样本有2例有目的条带,其余12例没有目的条带。标准菌株的PCR鉴定阳性率100%,镜检确诊真菌阳性的临床样本PCR阳性率58.6%,高于真菌培养法鉴定的阳性率51.7%。PCR产物进行基因测序后在基因库中查出了致病菌的种属,检索结果与镜检结果完全一致。结论通过核糖体18S rRNA基因ITS序列PCR鉴定真菌性角膜炎致病菌的方法特异性强,灵敏度较传统的培养加镜检法更高。若能改进从角膜病变组织中提取真菌基因组DNA的方法,其灵敏度还能进一步提高。 展开更多

关键词 真菌性角膜炎 PCR 内部转录间隔区

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两株野生侧耳属菌株鉴定及生物学特性研究 被引量：7

16

作者 黎倩 黄忠乾 +2 位作者 李伟 李玉 何晓兰 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2016年第5期1209-1213,共5页

本文对采自吉林省不同寄主植物的两株野生侧耳属菌株1和菌株2进行鉴定和生物学特性研究,基于形态学和分子生物学鉴定结果表明,这2个野生菌株均为肺形侧耳(Pleurotus pulmonarius)。通过选取不同碳源、氮源以及p H对2株菌株进行培养,最... 本文对采自吉林省不同寄主植物的两株野生侧耳属菌株1和菌株2进行鉴定和生物学特性研究,基于形态学和分子生物学鉴定结果表明,这2个野生菌株均为肺形侧耳(Pleurotus pulmonarius)。通过选取不同碳源、氮源以及p H对2株菌株进行培养,最终结果表明菌株1菌丝最适生长条件为蔗糖、硝酸钾、p H 6;菌株2菌丝的最适生长条件为蔗糖、硫酸铵、p H 7。 展开更多

关键词 肺形侧耳 内部转录间隔区 形态特征

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一种引起成年桑树根部腐烂的病害及致病菌分离与初步鉴定 被引量：7

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作者 方水琴 吴福安 +6 位作者 陈明胜 陶恒平 梁垚 姜星 程嘉翎 韩红发 张洁花 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第5期785-791,共7页

对山西省运城市投产桑园内桑树发生根部腐烂、枝叶萎凋枯死病害的病原菌进行分离鉴定,为病害的有效控制提供理论依据。从桑树发病植株根部分离到一株病原菌(暂命名为TY.GF1),将该病原菌接种到健康桑树根部,其致病症状与桑根腐病的症状... 对山西省运城市投产桑园内桑树发生根部腐烂、枝叶萎凋枯死病害的病原菌进行分离鉴定,为病害的有效控制提供理论依据。从桑树发病植株根部分离到一株病原菌(暂命名为TY.GF1),将该病原菌接种到健康桑树根部,其致病症状与桑根腐病的症状相似。该病原菌在PDA培养基上的培养性状及孢子形态特征与米根霉(Rhizopus oryzae)相似。通过病原菌TY.GF1的核糖体18S rDNA及内部转录间隔区(ITS)序列PCR扩增和测序,分别获得长度为1 805、627 bp的序列片段。基于18S rDNA及ITS序列构建的进化树显示,与TY.GF1菌株亲缘关系最近的为米根霉和淀粉霉(Amylomyces rouxii)。结合病原菌致病性特点及形态特征与18S rDNA、ITS序列分析结果,初步鉴定这种新发生的桑树病害为桑根腐病,其病原菌可能为米根霉。 展开更多

关键词 桑树病害 桑根腐病 米根霉 致病性 18SrDNA 内部转录间隔区 系统进化

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红瑞木溃疡病病原菌的鉴定 被引量：12

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作者 罗卿权 徐颖 刘美 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2012年第4期115-117,123,共4页

为了明确近年来引起上海辰山植物园红瑞木上枝干溃疡病的病原菌种类,首先对病原菌分离并依据柯赫氏法则进行了致病性测定和病原菌验证,然后进行了形态学特征观察、rDNA-ITS序列分析和系统发育树构建。病原菌形态学特征与葡萄座腔菌(Botr... 为了明确近年来引起上海辰山植物园红瑞木上枝干溃疡病的病原菌种类,首先对病原菌分离并依据柯赫氏法则进行了致病性测定和病原菌验证,然后进行了形态学特征观察、rDNA-ITS序列分析和系统发育树构建。病原菌形态学特征与葡萄座腔菌(Botryosphaeria dothidea)一致,其rDNA-ITS序列(已提交GenBank,登录号:JN638454)与GenBank中葡萄座腔菌相似性达到99%,在系统发育树上与葡萄座腔菌处于同一分支。将辰山植物园红瑞木枝干溃疡病的病原菌鉴定为葡萄座腔菌(B.dothidea)。 展开更多

关键词 红瑞木 枝干溃疡 葡萄座腔菌 rDNA内部转录间隔区

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福氏拟菱形藻(Pseudo-nitzschia fukuyoi)——中国产毒拟菱形藻的新记录 被引量：6

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作者 黄春秀 董焕嫦 +2 位作者 吴海燕 谭志军 李扬 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2017年第5期1014-1021,共8页

为了提高对我国海域拟菱形藻属(Pseudo-nitzschia)物种多样性的认识,并明确其是否能够产生多莫酸(domoic acid,DA)。本文从中国沿海分离和建立了拟菱形藻的单克隆培养株系,结合光学显微镜下的群体特征、透射电镜下的超微形态学特征、基... 为了提高对我国海域拟菱形藻属(Pseudo-nitzschia)物种多样性的认识,并明确其是否能够产生多莫酸(domoic acid,DA)。本文从中国沿海分离和建立了拟菱形藻的单克隆培养株系,结合光学显微镜下的群体特征、透射电镜下的超微形态学特征、基于核糖体转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)的分子系统学数据,以及基于ITS2转录RNA的二级结构分析,鉴定到我国拟菱形藻属的1个新记录种:福氏拟菱形藻(P.fukuyoi Lim,Teng,Leaw&Lim)。本文对其形态学特征进行描述,与相似物种进行了对比分析;对其ITS2-RNA序列进行了分析;利用高效液相色谱-串联质谱联用法(liquid chromatography tandem mass spectrometry,LC-MS/MS)对培养藻株的产毒特征进行了分析,多个株系中均检测到DA,单细胞产毒水平为0.02—0.23pg,这是我国报道的第二种产毒拟菱形藻。利用卤虫(Artemia salina)和褶皱臂尾轮虫(Brachionus plicatilis)对福氏拟菱形藻的产毒水平进行了诱导,发现浮游动物能够提高福氏拟菱形藻的DA含量,增强幅度在4.7—28.5倍之间。本文提高了对我国拟菱形藻属物种多样性的认识,明确了福氏拟菱形藻的产毒特征和水平,为后续深入研究提供了基础数据。 展开更多

关键词 福氏拟菱形藻 物种多样性 形态学特征 核糖体转录间隔区 its2-RNA二级结构 多莫酸

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ITS结合RPS0两步PCR快速鉴定临床5种假丝酵母菌 被引量：2

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作者 吴金燕 张蕾蕾 +4 位作者 易国辉 刘飞 周利民 王华民 郭虹 《海南医学院学报》 CAS 2012年第3期292-296,共5页

目的:建立快速准确鉴定常见假丝酵母菌种类的基因检测技术。方法:提取假丝酵母菌基因组DNA;第一步PCR用通用引物扩增ITS基因;第二步三重PCR用种特异性引物扩增RPS0基因;分别对已知及未知样本检测、验证。结果:ITS基因扩增,光滑假丝酵母... 目的:建立快速准确鉴定常见假丝酵母菌种类的基因检测技术。方法:提取假丝酵母菌基因组DNA;第一步PCR用通用引物扩增ITS基因;第二步三重PCR用种特异性引物扩增RPS0基因;分别对已知及未知样本检测、验证。结果:ITS基因扩增,光滑假丝酵母菌(Cg)和克柔假丝酵母菌(Ck)分别得到与预期结果吻合的881bp和419bp的PCR产物;白假丝酵母菌(Ca)、热带假丝酵母菌(Ct)和近平滑假丝酵母菌(Cp)的ITS扩增片段均略大于500bp;RPS0三重PCR对Ca、Ct和Cp DNA扩增,分别得到约310bp、147bp及110bp的片段,与预期结果相符;30株已知假丝酵母菌两步PCR检测结果,种类符合率为100%;43株未知样本两步PCR鉴定结果,经RPS0扩增产物序列测定,符合率亦为100%。结论:建立了ITS通用基因结合RPS0种特异基因鉴定5种常见假丝酵母菌种类的两步PCR技术,该技术简单、快速、准确及廉价;对双重感染患者更有鉴别优势,有临床应用价值。 展开更多

关键词 假丝酵母菌 PCR鉴定 内部转录间隔区 核糖体蛋白家族

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