简单重复序列区间(ISSR)引物反应条件优化与筛选 被引量：153

1

作者 余艳 陈海山 葛学军 《热带亚热带植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第1期15-19,共5页

以豆科沙冬青(Ammopiptanthusmongolicus)的基因组DNA制备ISSR-PCR模板。通过对聚合酶链式反应(PCR)体系中模板DNA浓度、Mg2+浓度、dNTP的用量、Taq酶的含量以及退火温度梯度进行试验,探讨筛选出清晰、多态性高、可重复性好的ISSR引物的... 以豆科沙冬青(Ammopiptanthusmongolicus)的基因组DNA制备ISSR-PCR模板。通过对聚合酶链式反应(PCR)体系中模板DNA浓度、Mg2+浓度、dNTP的用量、Taq酶的含量以及退火温度梯度进行试验,探讨筛选出清晰、多态性高、可重复性好的ISSR引物的PCR反应条件。用100个ISSR引物进行了PCR扩增,筛选出效果较好的15个引物,得到121个位点,其中43个多态位点,多态位点比例为36%。 展开更多

关键词 简单重复序列 基因组 豆科 issr 引物筛选 沙冬青

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甜槠种群遗传多样性的简单重复序列区间初步分析 被引量：4

2

作者 金则新 李钧敏 潘冠琼 《浙江大学学报（理学版）》 CAS CSCD 北大核心 2007年第6期672-678,共7页

应用简单重复序列区间（ISSR）分子标记方法对甜槠种群的遗传多样性和遗传分化进行了初步研究．从100个引物中筛选出12个用于正式扩增的ISSR引物，在9个种群179个个体中共检测到202个位点，其中198个是多态位点，多态位点百分率（P）为9... 应用简单重复序列区间（ISSR）分子标记方法对甜槠种群的遗传多样性和遗传分化进行了初步研究．从100个引物中筛选出12个用于正式扩增的ISSR引物，在9个种群179个个体中共检测到202个位点，其中198个是多态位点，多态位点百分率（P）为98．02％．各种群多态位点百分率在60．40％～70．30％，平均为65．29％．甜槠物种水平的Shannon信息指数（I）为0．5322、Nei指数（h）为0．3597．各种群J平均为0．3635、h平均为0．2468．AMOVA分子差异分析表明，65．96％的变异存在于种群内，34．04％的变异存在于种群间，种群间的基因分化系数（GST）为0．3138．甜槠种群间的基因流（Nm）为1．0933．9个种群的平均遗传距离为0．1849，遗传距离与地理距离呈显著正相关．利用UPGMA法对9个种群进行聚类，结果显示浙江省内的8个种群聚成一类，庐山种群单独成一类． 展开更多

关键词 甜槠 遗传多样性 遗传分化 简单重复序列区间(issr)

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福建不同水域水葫芦遗传多态性的ISSR分析 被引量：6

3

作者 林瑞余 孙红艳 +4 位作者 赵瑞宗 陈祥旭 苗利国 黄磊 林文雄 《福建农林大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2008年第2期175-179,共5页

在建立内部简单重复序列(ISSR)分析方法的基础上,以采自福建省主要河流和福州内河的12份水葫芦样本为材料,筛选出20个可扩增出清晰且具多态性片段的ISSR随机引物,通过PCR扩增,探讨其遗传多态性和亲缘关系.ISSR分析结果表明,从12份水葫... 在建立内部简单重复序列(ISSR)分析方法的基础上,以采自福建省主要河流和福州内河的12份水葫芦样本为材料,筛选出20个可扩增出清晰且具多态性片段的ISSR随机引物,通过PCR扩增,探讨其遗传多态性和亲缘关系.ISSR分析结果表明,从12份水葫芦样本中获得了150个DNA片段,其中75个片段呈现多态性,占总扩增片段的50.0%;Shannon信息指数均值(0.2739)和Nei′s基因多样性指数均值(0.1894)相对较小,但种群内的遗传多样性仍有一定的差异.聚类分析表明,当遗传距离为0.40时,供试的12份水葫芦样本分为3大类,第Ⅰ大类来自福建农林大学校内池塘,第Ⅱ类来自福州金山社区内河,而闽江、九龙江、木兰溪和晋江流域的聚为一类. 展开更多

关键词 水葫芦 内部简单重复序列(issr) 遗传多态性

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正交设计优化果梅ISSR反应体系 被引量：44

4

作者 桂腾琴 孙敏 +1 位作者 乔爱民 王心燕 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第1期108-112,共5页

以果梅（Prunus mume Sieb．et Zucc．）品种鸳鸯梅为试材，采用改良的CTAB法提取果梅嫩叶DNA，利用正交设计L16（4^5）探讨Mg^2＋、dNTPs、引物、Taq DNA聚合酶及模板DNA用量对果梅ISSR—PCR反应的影响，正交试验的结果采用直观分析和... 以果梅（Prunus mume Sieb．et Zucc．）品种鸳鸯梅为试材，采用改良的CTAB法提取果梅嫩叶DNA，利用正交设计L16（4^5）探讨Mg^2＋、dNTPs、引物、Taq DNA聚合酶及模板DNA用量对果梅ISSR—PCR反应的影响，正交试验的结果采用直观分析和方差分析相结合。建立了果梅的ISSR—PCR优化反应体系，在20μL反应体系中含2μL 10×Buffer，2．5mmol·L^-2 Mg^2＋，0．2mmol·L^-1 dNTPs，0．32μmol·L^-1引物，20—80ng模板DNA，0．75U Taq DNA聚合酶。在此基础上探讨了引物UBC840的最适退火温度、最佳循环次数及延伸时间，引物UBC840的最适退火温度为50．6℃。应用该优化反应体系，用2个不同引物对19份果梅资源DNA进行ISSR—PCR扩增，结果显示优化的反应体系具有较高的稳定性。 展开更多

关键词 果梅 简单序列重复区间(issr) 正交设计 反应体系

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几种江蓠属海藻的ISSR标记分析 被引量：22

5

作者 孙雪 张学成 +4 位作者 茅云翔 刘金姐 隋正红 秦松 费修绠 《高技术通讯》 EI CAS CSCD 2003年第9期89-93,共5页

用ISSR标记对几种江蓠属海藻进行了遗传多样性的研究。所用的7种实验材料包括4株龙须菜(其中3株分别来自中国青岛、委内瑞拉和南非,及1株青岛产龙须菜的高温选育种)和细基江蓠繁枝变型、真江蓠、芋根江蓠。用9条ISSR引物进行筛选,有6条... 用ISSR标记对几种江蓠属海藻进行了遗传多样性的研究。所用的7种实验材料包括4株龙须菜(其中3株分别来自中国青岛、委内瑞拉和南非,及1株青岛产龙须菜的高温选育种)和细基江蓠繁枝变型、真江蓠、芋根江蓠。用9条ISSR引物进行筛选,有6条可扩增出清晰可辨条带。这6条引物在7种材料中共扩增出151条带,其中117条(77.48％)表现出多态性。根据Nei等的遗传相似性系数(S)对7种材料进行分析,结果显示青岛产龙须菜与其选育种的相似性最高(S为0.939)。在3株不同产地龙须菜中,青岛龙须菜与南非龙须菜的遗传距离最近(S为0.643),委内瑞拉龙须菜与前两者的S分别为0.167和0.192,因此初步推断委内瑞拉龙须菜不属于龙须菜种。包括龙须菜(产自青岛或南非)在内的4种江蓠间的相似性系数在0～0.143之间。 展开更多

关键词 江蓠属海藻 龙须菜 issr标记 遗传多样性 遗传相似性 简单串联重复序列 DNA

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果梅ISSR-PCR反应体系的建立和优化 被引量：15

6

作者 桂腾琴 乔爱民 +2 位作者 孙敏 王心燕 孙雪梅 《西南大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2007年第10期124-128,共5页

以果梅品种桃梅为试材，通过单因子试验分别研究了DNA模板浓度、引物浓度、Mg^2＋浓度、dNTPs浓度、退火温度及循环数等对果梅ISSR-PCR反应的影响．建立了果梅ISSR-PCR的最佳反应体系：20μL反应体系中含10×buffer2μL，2．5mmol／... 以果梅品种桃梅为试材，通过单因子试验分别研究了DNA模板浓度、引物浓度、Mg^2＋浓度、dNTPs浓度、退火温度及循环数等对果梅ISSR-PCR反应的影响．建立了果梅ISSR-PCR的最佳反应体系：20μL反应体系中含10×buffer2μL，2．5mmol／LMgCl2，0．2mmol／LdNTPs，0．32μmol／L引物，20～80ng模板DNA，1UTaq DNA聚合酶．利用优化的反应体系，对19个果梅品种进行体系稳定性检测，结果表明该反应体系的重复性和稳定性良好． 展开更多

关键词 果梅 简单序列重复间区(issr) 反应体系优化 稳定性

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石蒜属植物种质资源ISSR-PCR反应体系的建立 被引量：14

7

作者 张雷凡 高燕会 +3 位作者 朱玉球 刘志高 童再康 黄华宏 《浙江林学院学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第2期156-161,共6页

为进一步开展石蒜属Lycoris植物种质资源遗传多样性研究,利用正交试验设计的方法,从Taq酶、Mg2+、模板DNA、dNTP和引物等5因素4水平,对石蒜属植物ISSR(intersimple sequence repeats)反应体系进行优化,确立了石蒜属植物ISSR的最佳反应体... 为进一步开展石蒜属Lycoris植物种质资源遗传多样性研究,利用正交试验设计的方法,从Taq酶、Mg2+、模板DNA、dNTP和引物等5因素4水平,对石蒜属植物ISSR(intersimple sequence repeats)反应体系进行优化,确立了石蒜属植物ISSR的最佳反应体系:在20μL反应体系中,含1×Buffer,模板DNA 50 ng,2.5 mmol.L-1氯化镁(MgCl2),0.15 mmol.L-1dNTP,25.05 nkatTaq聚合酶,0.5μmol.L-1引物。进一步进行梯度退火试验,确定最适宜退火温度为57℃。 展开更多

关键词 植物学 石蒜属 简单序列重复区间(issr) 正交设计 PCR聚合酶链反应体系

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11份山茶属植物亲缘关系的ISSR分析 被引量：18

8

作者 刘海龙 马锦林 +4 位作者 张日清 王东雪 覃子海 汪灵丹 叶航 《经济林研究》 北大核心 2012年第4期87-90,共4页

为给香花油茶分类地位的确认提供一定的参考,采用ISSR分子标记对11份山茶属植物的亲缘关系进行了研究,利用DPSv3.01进行聚类分析。结果表明:7个引物共扩增出77条带,其中有52条多态带,多态性比例为67.5%。根据ISSR聚类分析结果,在遗传距... 为给香花油茶分类地位的确认提供一定的参考,采用ISSR分子标记对11份山茶属植物的亲缘关系进行了研究,利用DPSv3.01进行聚类分析。结果表明:7个引物共扩增出77条带,其中有52条多态带,多态性比例为67.5%。根据ISSR聚类分析结果,在遗传距离为0.42时,11份山茶属植物可分为4类,第1类为5个普通油茶的无性系,即:湘林27、桂无5号、赣190、岑软2号和岑软24号;第2类为宛田红花油茶;第3类为陆川大果和博白大果油茶;第4类为香花油茶。根据研究结果可以推测香花油茶不属于普通油茶。 展开更多

关键词 山茶属 亲缘关系 简单重复序列区间(issr) 扩增多态性

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ISSR和ITS分子标记在黑龙江省野生黑木耳遗传多样性上的应用 被引量：22

9

作者 刘华晶 许修宏 +1 位作者 李春艳 黄晓梅 《东北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第8期94-100,共7页

利用ISSR和ITS标记对黑龙江省采集的33株野生黑木耳菌株和8个黑龙江省常见栽培菌株进行遗传多样性分析,利用PCR-ISSR体系,选出9个ISSR引物对菌株DNA进行扩增,通过聚类分析对遗传多样性进行分析。结果表明,9个ISSR引物扩增条带103条条带... 利用ISSR和ITS标记对黑龙江省采集的33株野生黑木耳菌株和8个黑龙江省常见栽培菌株进行遗传多样性分析,利用PCR-ISSR体系,选出9个ISSR引物对菌株DNA进行扩增,通过聚类分析对遗传多样性进行分析。结果表明,9个ISSR引物扩增条带103条条带,其中多态性条带95条,多态性比率为92.2%,平均每对引物扩增出条带11.4条,平均每对引物扩增出多态性条带10.6条,平均多态性比例为91.7%。多态性信息含量（PIC）变化在0.063~0.924之间。通过ITS序列对黑木耳菌株进行亲缘关系分析,利用软件ClustalX 1.83和MAGA 4.1进行系统发育分析分析。结果表明,黑木耳ITS1、5.8S、ITS2三个区信息为点比例达到52.1%,遗传位点丰富。两种标记方法均显示黑木耳野生菌株间遗传多样性优于栽培菌株。ISSR和ITS两种方法联合使用可得到较好结果。 展开更多

关键词 黑木耳 简单重复序列间扩增多态性(issr) 内转录间隔区(ITS) 遗传多样性

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17份蔷薇属植物的亲缘关系的形态学和ISSR分析 被引量：9

10

作者 杨帆 曾丽 +5 位作者 叶康 赵子刚 张嫔 龚霄雯 尹勤 孙强 《植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2011年第2期193-198,共6页

利用ISSR分子标记结合形态学指标对17份蔷薇属植物进行亲缘关系研究,采用NTSYS2.1进行聚类分析。结果表明:13个引物共扩增出479条带,其中有221条多态带,多态性比例为46.1%;根据形态学聚类分析,在相似系数为0.12时17份蔷薇属植物可分为三... 利用ISSR分子标记结合形态学指标对17份蔷薇属植物进行亲缘关系研究,采用NTSYS2.1进行聚类分析。结果表明:13个引物共扩增出479条带,其中有221条多态带,多态性比例为46.1%;根据形态学聚类分析,在相似系数为0.12时17份蔷薇属植物可分为三类,第一类包括‘宝岛玫瑰’、‘索菲之常花种’、‘凯拉伯爵夫人’、‘索菲的玫瑰’、‘藤神奇’、‘大富贵’、‘美人鱼’、‘金瓯泛绿’、‘金粉莲’和‘一季粉’;第二类包括‘绿萼’、‘湖中月’、‘羽士妆’、‘杨基歌’、‘四面镜’和‘匍匐红’;‘法国变色蔷薇’为第三类。根据ISSR聚类分析,在相似系数为0.66时可分为四类,第一类为‘宝岛玫瑰’;第二类为‘绿萼’、‘匍匐红’、‘凯拉伯爵夫人’、‘美人鱼’、‘四面镜’、‘湖中月’和‘羽士妆’;第三类为‘索菲的玫瑰’和‘杨基歌’;第四类为‘法国变色蔷薇’、‘金瓯泛绿’、‘藤神奇’、‘索菲之常花种’、‘一季粉’、‘大富贵’和‘金粉莲’。形态学聚类与ISSR聚类结果基本一致。 展开更多

关键词 蔷薇属 亲缘关系 简单重复序列区间扩增多态性(issr)

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尖孢镰刀菌胡麻专化型(Fusarium oxysporum f.sp.lini)ISSR标记聚类分析 被引量：10

11

作者 苑琳 刘姗姗 +3 位作者 路福平 李子钦 张辉 陈佩文 《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第2期193-200,共8页

结合形态学特征和分子生物学方法对我国尖孢镰刀菌胡麻专化型菌株进行鉴定、聚类分析和遗传变异分析。结合传统分类方法和ITS序列分析,确定6省区96株菌株为尖孢镰刀菌。采用ISSR(简单重复序列区间)分子标记技术对这96株菌株进行分析,12... 结合形态学特征和分子生物学方法对我国尖孢镰刀菌胡麻专化型菌株进行鉴定、聚类分析和遗传变异分析。结合传统分类方法和ITS序列分析,确定6省区96株菌株为尖孢镰刀菌。采用ISSR(简单重复序列区间)分子标记技术对这96株菌株进行分析,12条引物共扩增出800个条带,多态率条带数为797条,多态率为99.62%;在相似性系数为0.88处,96株供试菌株被分为5个类群。聚类结果表明,胡麻枯萎病菌种内存在明显的多态性,且ISSR类群与地理来源存在相关性。 展开更多

关键词 尖孢镰刀菌胡麻专化型 issr(简单重复序列区间) 聚类分析 ITS

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菜心ISSR-PCR反应体系的优化 被引量：10

12

作者 孙雪梅 乔爱民 +1 位作者 孙敏 桂腾琴 《西南大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2007年第10期129-133,共5页

以菜心（Brassica campestris L．ssp．Chinensis Var．utilis Tssen．et Lee．）为材料，对影响ISSR-PCR扩增结果的因素如Mg^2＋、Taq DNA聚合酶、dNTPs、Primer、模版DNA的浓度及引物退火温度、延伸时间和循环次数进行了探讨，确立了... 以菜心（Brassica campestris L．ssp．Chinensis Var．utilis Tssen．et Lee．）为材料，对影响ISSR-PCR扩增结果的因素如Mg^2＋、Taq DNA聚合酶、dNTPs、Primer、模版DNA的浓度及引物退火温度、延伸时间和循环次数进行了探讨，确立了适合菜心ISSR-PCR分析的最佳反应体系和PCR扩增参数：在25pL反应体系中含10×buffer 2．5μL，2．0mmol／LMg^2＋，0．5U Taq DNA聚合酶，0．2mmol／LdNTPs，0．5μmol／L引物，30ng模板DNA．PCR扩增程序：94℃预变性3min；94℃变性1min，49．7～56℃退火（退火温度随引物不同而定）1min，72℃延伸45s，40个循环；72℃延伸5min． 展开更多

关键词 菜心 简单序列重复间区(issr) 反应体系

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山核桃SRAP体系的建立及与RAPD和ISSR标记的比较 被引量：12

13

作者 李元春 沈林 曾燕如 《浙江农林大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期505-512,共8页

以山核桃Carya cathayensis基因组DNA为模板,对聚合酶链式反应(PCR)体系各组分进行了梯度实验,优化出条带清晰、重复性好的相关序列扩增多态性聚合酶链式反应(SRAP-PCR)扩增体系,并筛选了引物。该体系(25.00μL)为:1×缓冲液0.20 mm... 以山核桃Carya cathayensis基因组DNA为模板,对聚合酶链式反应(PCR)体系各组分进行了梯度实验,优化出条带清晰、重复性好的相关序列扩增多态性聚合酶链式反应(SRAP-PCR)扩增体系,并筛选了引物。该体系(25.00μL)为:1×缓冲液0.20 mmol.L-1,脱氧核糖核苷酸(dNTPs),0.20μmol.L-1引物,2.00 mmol.L-1镁离子(Mg2+),33.34 nkat Taq DNA聚合酶,0.80 mg.L-1基因组DNA(以上均为终浓度)。反应条件为94℃预变性5 min;94℃变性30 s,35℃退火30 s,72℃延伸2 min,5个循环;94℃变性30 s,50℃退火30 s,72℃延伸2 min,30个循环;72℃延伸8 min,4℃保存,反应时间比其他体系缩短了一半。从100对引物中筛选出了适用于山核桃的引物15对。在山核桃中,随机扩增多态性DNA(RAPD),简单序列重复区间(ISSR),SRAP等3种标记,以SRAP标记每对引物扩增的位点数及每对引物扩增的多态性位点数为多,但SRAP多态性引物的比例、多态性位点比例居于另2种标记之间。在山核桃研究中可以考虑使用SRAP及RAPD标记。 展开更多

关键词 经济林学 山核桃 相关序列扩增多态性(SRAP) 随机扩增多态性DNA(RAPD) 简单序列重复区间(issr)

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皱边石杉内生真菌ISSR-PCR反应条件的优化 被引量：3

14

作者 史云峰 禹利君 +3 位作者 刘仲华 黄璜 胥锦桦 朱楠楠 《湖南农业大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2012年第4期398-403,共6页

以从皱边石杉中分离纯化出的99株内生真菌DNA为材料,优选出10条ISSR引物(UBC842、UBC848、UBC850、UBC856、UBC861、UBC864、UBC868、UBC873、UBC880、UBC887)的最适退火温度,并对其进行ISSR–PCR反应体系单因素试验及正交试验优化,建... 以从皱边石杉中分离纯化出的99株内生真菌DNA为材料,优选出10条ISSR引物(UBC842、UBC848、UBC850、UBC856、UBC861、UBC864、UBC868、UBC873、UBC880、UBC887)的最适退火温度,并对其进行ISSR–PCR反应体系单因素试验及正交试验优化,建立皱边石杉内生真菌ISSR–PCR的优化反应体系,即25μL反应体系中,10×PCR Buffer(Mg2+浓度为2.0 mmol/L)2.5μL,dNTPs(10 mmol/L)0.6μL,引物(10 pmol/μL)2.0μL,Taq E(1 U/μL)1.5μL,DNA模板(10 ng/μL)3μL,无菌ddH2O 15.4μL。以UBC873引物对99株内生真菌基因组DNA进行PCR扩增,初步获知皱边石杉内生真菌资源的遗传多样性非常丰富。 展开更多

关键词 皱边石杉 内生真菌 内部简单重复序列 正交试验

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ISSR分子标记及其在树木遗传育种研究中的应用 被引量：31

15

作者 杨玉玲 马祥庆 张木清 《亚热带农业研究》 2006年第1期18-24,共7页

在比较ISSR和其它分子标记的原理和特点的基础上,综述了ISSR分子标记在树木遗传多样性研究、亲缘关系及系谱分析、优良种质和品种鉴定及遗传连锁图谱的构建等领域的研究进展,指出了目前ISSR分子标记在树木遗传改良和辅助育种等研究领域... 在比较ISSR和其它分子标记的原理和特点的基础上,综述了ISSR分子标记在树木遗传多样性研究、亲缘关系及系谱分析、优良种质和品种鉴定及遗传连锁图谱的构建等领域的研究进展,指出了目前ISSR分子标记在树木遗传改良和辅助育种等研究领域存在的问题,并提出今后的研究方向。 展开更多

关键词 简单序列重复间区(issr) 分子标记 树木遗传育种

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条斑紫菜(Pyropia yezoensis)10个选育系的ISSR分析 被引量：4

16

作者 陈淑吟 陆勤勤 +2 位作者 张美如 胡传明 许广平 《天津农业科学》 CAS 2012年第5期19-23,共5页

利用ISSR分子标记进行条斑紫菜(Pyropia yezoensis)10个选育品系的种质鉴定研究。结果表明,具条带特异性且表达稳定清晰的ISSR引物共14个,其扩增多态性片段约占97.1%,这些引物可用作区分这些品系的分子标记,同时利用引物826扩增的特异... 利用ISSR分子标记进行条斑紫菜(Pyropia yezoensis)10个选育品系的种质鉴定研究。结果表明,具条带特异性且表达稳定清晰的ISSR引物共14个,其扩增多态性片段约占97.1%,这些引物可用作区分这些品系的分子标记,同时利用引物826扩增的特异性位点建立了这些选育品系的ISSR遗传识别码。 展开更多

关键词 条斑紫菜 内部简单序列重复 种质鉴定

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黑木耳总DNA提取及PCR-ISSR引物筛选 被引量：4

17

作者 曾晓丽 汪思迪 程水明 《湖北农业科学》 北大核心 2009年第12期2926-2928,共3页

以14个黑木耳[Auricularia auricula(L.ex Hook)Underw]菌株为试材,对黑木耳总DNA提取方法和ISSR-PCR扩增反应条件及引物进行了筛选。结果表明,改进的SDS抽提法可以在较短时间内提取到高纯度的DNA产物;并筛选出了可产生遗传多样性的15... 以14个黑木耳[Auricularia auricula(L.ex Hook)Underw]菌株为试材,对黑木耳总DNA提取方法和ISSR-PCR扩增反应条件及引物进行了筛选。结果表明,改进的SDS抽提法可以在较短时间内提取到高纯度的DNA产物;并筛选出了可产生遗传多样性的15条引物,其中引物ISSR11、ISSR12、ISSR14扩增结果的稳定性好、多态性强。经凝胶电泳比较,引物ISSR14可作为黑木耳PCR–ISSR反应的适宜引物。 展开更多

关键词 黑木耳 内部简单重复序列分子标记 DNA提取 引物筛选

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基于ISSR分子标记的黄花倒水莲遗传多样性分析 被引量：5

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作者 苏秀丽 梁惠凌 +2 位作者 刘宝玉 黄夕洋 唐辉 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2022年第3期605-610,共6页

旨在揭示黄花倒水莲资源的遗传多样性,分析其遗传差异,为黄花倒水莲的良种选育提供理论基础。以荷包山桂花居群为外类群,利用简单重复序列间扩增(Inter simple sequence repeat,ISSR)分子标记对来源于10个地区的黄花倒水莲自然居群进行... 旨在揭示黄花倒水莲资源的遗传多样性,分析其遗传差异,为黄花倒水莲的良种选育提供理论基础。以荷包山桂花居群为外类群,利用简单重复序列间扩增(Inter simple sequence repeat,ISSR)分子标记对来源于10个地区的黄花倒水莲自然居群进行遗传多样性和亲缘关系分析。结果显示,用11条引物共扩增得到132条条带,其中91条为多态性条带(PPB),多态性条带比例为68.94%。在物种水平上,黄花倒水莲10个居群的Nei’s基因多样性指数(H)、Shannon多样性指数(I)分别为0.1637、0.2501,表现出较高的遗传多样性,而在居群水平上,H、I的均值分别为0.0634、0.0988,表现出偏低的遗传多样性。Nei’s遗传多样性和分子方差分析(AMOVA)结果表明,黄花倒水莲的遗传变异主要发生在居群间,遗传分化程度较高(基因分化系数=0.6109,基因流=0.3185)。遗传一致度及聚类分析结果显示,黄花倒水莲各居群间的亲缘关系较近(遗传距离为0.032~0.182),与荷包山桂花居群的亲缘关系较远(遗传距离为0.428~0.536),在遗传一致度为0.630处可以将黄花倒水莲与荷包山桂花区分开,在遗传一致度为0.867处可以将10个黄花倒水莲居群分为3类。由于黄花倒水莲居群水平上的遗传多样性水平较低,今后应对黄花倒水莲野生资源进行合理利用与保护。 展开更多

关键词 黄花倒水莲 简单重复序列间扩增(issr)分子标记 遗传多样性分析 遗传分化

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ISSR标记技术辅助形态学的红曲菌株分类鉴定 被引量：6

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作者 朱丽萍 陈福生 +2 位作者 杨强 陈申习 邵彦春 《中国酿造》 CAS 北大核心 2020年第8期175-181,共7页

以市售红曲产品中分离的17株红曲菌株和8株标准菌株为主要材料,根据它们的菌落形态和显微形态特征进行分类,25株菌株归为6类。同时,运用内部简单重复序列(ISSR)标记分类法进行聚类分析,在相似性水平为0.9时,25株菌株聚为5类。综合形态... 以市售红曲产品中分离的17株红曲菌株和8株标准菌株为主要材料,根据它们的菌落形态和显微形态特征进行分类,25株菌株归为6类。同时,运用内部简单重复序列(ISSR)标记分类法进行聚类分析,在相似性水平为0.9时,25株菌株聚为5类。综合形态学分类鉴定法和ISSR标记分类法结果,25株红曲菌株被聚为3大类,分别是红色红曲菌(Monascus ruber)、紫色红曲菌(Monascus purpureus)和血红红曲菌(Monascus sanguineus)。结果表明,传统形态学分类方法结合ISSR标记分类法能为红曲菌株的分类鉴定提供综合参考信息。也可为了解市售红曲相关发酵产品生产菌株的分类与特征、进一步发掘和保护红曲菌株资源提供参考。 展开更多

关键词 红曲菌 形态 内部简单重复序列 分类鉴定

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褐苞薯蓣ISSR-PCR反应体系的建立与优化 被引量：2

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作者 高慧新 封毅 +3 位作者 王孝勋 吴燕春 戴忠华 田慧 《江苏农业科学》 2018年第19期43-45,共3页

通过单因素考察结合正交试验的方法,基于反应体系中Taq DNA聚合酶量、DNA模板用量、dNTPs浓度、引物浓度、Mg^(2+)浓度等因素对简单重复序列间扩增(ISSR)反应体系进行优化。结果表明,褐苞薯蓣ISSR-PCR的20μL最佳反应体系为Taq DNA聚合... 通过单因素考察结合正交试验的方法,基于反应体系中Taq DNA聚合酶量、DNA模板用量、dNTPs浓度、引物浓度、Mg^(2+)浓度等因素对简单重复序列间扩增(ISSR)反应体系进行优化。结果表明,褐苞薯蓣ISSR-PCR的20μL最佳反应体系为Taq DNA聚合酶1. 875 U,DNA模板量52. 5 ng,d NTPs浓度0. 25 mmol/L,引物浓度0. 437 5μmol/L,Mg^(2+)浓度1. 5 mmol/L,10×Taq Buffer 2. 0μL,其余用dd H_2O补齐。 展开更多

关键词 褐苞薯蓣 简单重复序列间扩增(issr) 单因素试验 正交设计

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