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核糖体DNA内转录间隔区序列在植物系统学研究中的应用 被引量:5
1
作者 沙伟 赵子峰 《生物学教学》 北大核心 2007年第6期4-5,共2页
本文介绍了植物核糖体DNA内转录间隔区序列的分布组成、特点以及在植物系统学中的应用现状。
关键词 核糖体dna 内转录间隔序列 植物系统与进化
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金鱼核糖体转录间隔区(ITS-1)的克隆和序列分析 被引量:4
2
作者 牟希东 白俊杰 +1 位作者 汪学杰 罗建仁 《淡水渔业》 CSCD 北大核心 2008年第1期74-76,43,共4页
对金鱼(Carassius auratus)核糖体转录间隔区(ITS-1)进行了克隆测序,并对ITS-1序列进行了分析。结果显示,克隆的金鱼ITS-1区序列长度为294bp,其中A、T、G、C4种碱基的含量分别为17.0%、14.6%、33.0%、35.4%;与从GenBan... 对金鱼(Carassius auratus)核糖体转录间隔区(ITS-1)进行了克隆测序,并对ITS-1序列进行了分析。结果显示,克隆的金鱼ITS-1区序列长度为294bp,其中A、T、G、C4种碱基的含量分别为17.0%、14.6%、33.0%、35.4%;与从GenBank中检索到的12种鱼的核糖体DNA序列比较显示,其与12种鱼的ITS-1序列同源性较低,在26.0%~61.6%之间;根据金鱼与其他12种鱼的ITS-1序列的同源性构建进化树,所得的分类结果与传统的分类结果基本一致。 展开更多
关键词 金鱼(Carassius auratus) 核糖体 转录间隔1(ITS-1) 基因克隆 基因序列
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放养型和野生型柞蚕的核糖体基因转录间隔区Ⅱ(ITS-2)的克隆与序列比较
3
作者 王振东 武松 +5 位作者 曲泽岚 齐永红 朱绪伟 李喜升 秦利 刘彦群 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期60-65,共6页
核糖体基因转录间隔区Ⅱ(ITS-2)在物种间甚至种内群体间均表现出较高的差异,被用于种内或近缘种的研究。测定了放养型和野生型柞蚕(Antheraea pernyi)的rDNA ITS-2全长序列(GenBank登录号:GU073314、GU073315),并分析了二者之间的遗传... 核糖体基因转录间隔区Ⅱ(ITS-2)在物种间甚至种内群体间均表现出较高的差异,被用于种内或近缘种的研究。测定了放养型和野生型柞蚕(Antheraea pernyi)的rDNA ITS-2全长序列(GenBank登录号:GU073314、GU073315),并分析了二者之间的遗传差异。放养型和野生型柞蚕的rDNA ITS-2全长分别为1 111、1 112 bp,2个序列的GC含量达到61%,相似性高达98%。序列比对后得到1 117 bp的对齐序列,共鉴定变异位点19个,其中转换位点8个,无颠换,有11处发生核苷酸的插入/缺失。基于K2P模型计算的2条rDNA ITS-2序列的遗传距离为0.007,这一数值与估算的鳞翅目昆虫rDNA ITS-2序列种内平均遗传距离(0.009)基本一致。 展开更多
关键词 柞蚕 放养型 野生型 核糖体基因转录间隔 遗传变异
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我国人源蛔虫和猪源蛔虫核糖体第一内转录间隔区的扩增克隆及序列分析 被引量:5
4
作者 靳元春 李芬 +2 位作者 刘进辉 刘梦婷 吴昌义 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2018年第5期6-9,共4页
本研究旨为研究人蛔虫和猪蛔虫核糖体第一内转录间隔区(ITS-1 r DNA)的遗传变异,应用聚合酶链式反应(PCR)对人蛔虫和猪蛔虫分离株ITS-1 r DNA序列进行扩增、克隆、测序,将获得的序列用Clustal X 1.83程序进行比对分析,再用Phy ML 3.0程... 本研究旨为研究人蛔虫和猪蛔虫核糖体第一内转录间隔区(ITS-1 r DNA)的遗传变异,应用聚合酶链式反应(PCR)对人蛔虫和猪蛔虫分离株ITS-1 r DNA序列进行扩增、克隆、测序,将获得的序列用Clustal X 1.83程序进行比对分析,再用Phy ML 3.0程序中的最大似然树法(ML)绘制种系进化树。本结果显示,人蛔虫和猪蛔虫的ITS-1 r DNA序列长度分别为447~448 bp和447~451 bp;人蛔虫和猪蛔虫ITS-1 r DNA序列的差异性为0.4%~1.6%。种系发育树表明,人蛔虫和猪蛔虫分离株位于两个不同分支。本研究结果支持人蛔虫和猪蛔虫可能为同一个种不同基因型的结论。 展开更多
关键词 人蛔虫 猪蛔虫 核糖体dna 第一内转录间隔(ITS-1 rdna) 序列分析
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植物核基因组核糖体基因间隔区序列的结构特点及其在系统发育研究中的应用 被引量:13
5
作者 王川易 郭宝林 《武汉植物学研究》 CSCD 北大核心 2008年第4期417-423,共7页
目前,在植物系统发育研究中应用较多的核基因组的核糖体DNA基因间隔区序列主要有5S rDNA基因间隔区、内转录间隔区ITS和基因间间隔区IGS。虽然这些间隔区序列在长度、结构等方面各不相同,但都具有进化速率较快的特点,在植物属及属下分... 目前,在植物系统发育研究中应用较多的核基因组的核糖体DNA基因间隔区序列主要有5S rDNA基因间隔区、内转录间隔区ITS和基因间间隔区IGS。虽然这些间隔区序列在长度、结构等方面各不相同,但都具有进化速率较快的特点,在植物属及属下分类水平的系统发育关系研究中非常有用。本文重点就核基因组的5S rDNA基因间隔区以及IGS在植物中的特点以及各自在植物系统发育研究中的应用进行了综述。 展开更多
关键词 核基因组核糖体dna 5S rdna基因间隔 IGS 系统发育
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棉花疫病菌和辣椒疫病菌核糖体基因ITS区域的克隆和序列分析 被引量:16
6
作者 王源超 丁国云 +1 位作者 马志超 李德葆 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2000年第3期33-36,共4页
采用真菌核糖体基因转录间隔区域 (ITS)通用引物 ,PCR扩增棉花疫病菌、辣椒疫病菌核糖体基因的ITS1和ITS2 ,并对PCR产物进行了克隆和序列比较。结果表明 :棉花疫病菌的ITS1和ITS2分别由 2 0 6和 45 3个碱基组成 ,而辣椒疫病菌则分别由 ... 采用真菌核糖体基因转录间隔区域 (ITS)通用引物 ,PCR扩增棉花疫病菌、辣椒疫病菌核糖体基因的ITS1和ITS2 ,并对PCR产物进行了克隆和序列比较。结果表明 :棉花疫病菌的ITS1和ITS2分别由 2 0 6和 45 3个碱基组成 ,而辣椒疫病菌则分别由 174和 432个碱基组成。棉花疫病菌两个菌株之间ITS1和ITS2的同源性均高达 10 0 % ,而棉花疫病菌和辣椒疫病菌ITS1同源性为 70 9% ,其中中间区域 5 2~ 178bp在两种间变异丰富 ,同源性只有 5 4 3% ;ITS2在两种疫霉菌间的同源性为 70 9% 。 展开更多
关键词 棉花疫病菌 辣椒疫病菌 核糖体基因转录间隔
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西瓜炭疽菌核糖体基因ITS区段的克隆及序列分析 被引量:12
7
作者 唐建辉 王伟 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2007年第9期2566-2568,2658,共4页
采用真菌核糖体基因转录间隔区域(ITS)通用引物,PCR扩增4个来自不同地方的西瓜炭疽病菌核糖体基因的ITS1和ITS2,并对PCR产物进行了克隆和序列分析。结果表明:西瓜炭疽病菌的ITS全长481 bp,其中ITS1长163 bp,5.8 S长153 bp,ITS2长165 bp... 采用真菌核糖体基因转录间隔区域(ITS)通用引物,PCR扩增4个来自不同地方的西瓜炭疽病菌核糖体基因的ITS1和ITS2,并对PCR产物进行了克隆和序列分析。结果表明:西瓜炭疽病菌的ITS全长481 bp,其中ITS1长163 bp,5.8 S长153 bp,ITS2长165 bp,各碱基A、T、G、C的个数分别为1101、061、181、47,GC含量为55.1%。用Mega3软件对此4个序列以及GeneBank中登录的炭疽属其他24个种的ITS1和ITS2聚类分析,结果显示:Colletotrichum属可以分为13个聚类组,各聚类组间存在着一定的遗传多样性,其中Colletotrichum orbicu-lare、Colletotrichum lindemuthiana在ITS1I、TS2上都聚为一组,这就为用ITS作为靶序列来设计特异性引物将Colletotrichum orbiculare、Colletotrichum lindemuthiana与其他种分开提供了分子依据。 展开更多
关键词 COLLETOTRICHUM orbiculare 核糖体基因转录间隔 聚类组
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新疆黑白轮枝菌与大丽轮枝菌核糖体基因ITS区的克隆和序列分析 被引量:6
8
作者 马慧宁 陈文霞 张莉 《石河子大学学报(自然科学版)》 CAS 2007年第3期265-268,共4页
采用真菌核糖体基因内转录间隔区域(ITS)通用引物ITS1和ITS4扩增黑白轮枝菌与大丽轮枝菌核糖体基因的ITS,并对PCR产物进行了克隆和序列比较。实验结果表明,黑白轮枝菌和大丽轮枝菌的ITS区都由541个碱基组成;供试的2个黑白轮枝菌菌株的IT... 采用真菌核糖体基因内转录间隔区域(ITS)通用引物ITS1和ITS4扩增黑白轮枝菌与大丽轮枝菌核糖体基因的ITS,并对PCR产物进行了克隆和序列比较。实验结果表明,黑白轮枝菌和大丽轮枝菌的ITS区都由541个碱基组成;供试的2个黑白轮枝菌菌株的ITS碱基序列同源性为100%,供试的2个大丽轮枝菌的ITS碱基序列同源性为99.82%,有1个碱基的差别。黑白轮枝菌和大丽轮枝菌核糖体ITS碱基序列同源性为99.40%,供试的黑白轮枝菌与供试的大丽轮枝菌至少有6个碱基的差别,且差异所在区域较集中。 展开更多
关键词 黑白轮枝菌 大丽轮枝菌 核糖体基因内转录间隔
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黄瓜黑星病菌核糖体基因ITS区段的克隆及序列分析 被引量:2
9
作者 高永洋 高观朋 +1 位作者 王倩倩 王伟 《河南农业科学》 CSCD 北大核心 2009年第8期78-83,共6页
为了探讨枝孢霉属的系统发育情况,采用真菌核糖体基因转录间隔区域(ITS)通用引物,PCR扩增3株来自不同地方的黄瓜黑星病菌核糖体基因的ITS序列,并对PCR产物进行测序和序列分析。结果表明:3株黄瓜黑星病菌之间同源性为100%,ITS全长463bp,... 为了探讨枝孢霉属的系统发育情况,采用真菌核糖体基因转录间隔区域(ITS)通用引物,PCR扩增3株来自不同地方的黄瓜黑星病菌核糖体基因的ITS序列,并对PCR产物进行测序和序列分析。结果表明:3株黄瓜黑星病菌之间同源性为100%,ITS全长463bp,其中ITS1长154bp,5.8S rDNA长159bp,ITS2长150bp,各碱基的个数分别为G 119个、C 118个、A 120个、T 106个,GC含量为51.2%。利用MEGA4软件中的NJ法和ME法,对3个样品序列以及GenBank中登陆的枝孢霉属其他25个种构建ITS聚类分析树状图,NJ法和ME法构建的结果基本相同,枝孢霉属可以分为5个聚类组,所测的3个样品和Cladosporium cucumerinum在一个聚类组中。 展开更多
关键词 黄瓜黑星病菌 核糖体基因转录间隔 聚类组
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栽培稻种内核糖体基因的ITS序列比较研究 被引量:4
10
作者 戴小军 梁满中 陈良碧 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第11期1874-1878,共5页
以普通野生稻(O.rufipogon)为外类群,对栽培稻(O.sativa)籼亚种(O.sativassp.indicn)和粳亚种(O.sativassp.japonica)18个材料的核糖体基因(rDNA)内转录间隔区(intemal transcribed spacers,ITS)全序列进行比较分... 以普通野生稻(O.rufipogon)为外类群,对栽培稻(O.sativa)籼亚种(O.sativassp.indicn)和粳亚种(O.sativassp.japonica)18个材料的核糖体基因(rDNA)内转录间隔区(intemal transcribed spacers,ITS)全序列进行比较分析。供试材料中有籼亚种品种(系)9个,粳亚种品种(系)6个,爪哇稻2个和陆稻1个。结果发现,栽培稻种内总变异位点23个,占总碱基数的5.41%;8个信息位点,占总碱基数的1.82%。籼亚种ITS全序列的长度为425~430bp,G+C含量为74.25%~75.59%;粳亚种ITS序列总长度为425bp,G+C含量为74.25%~75.59%。以ITS全序列构建的系统树能将栽培稻区分为籼、粳2个亚种群,爪哇稻与籼稻有较近的亲缘关系,这对研究栽培稻的演化有+定的指导意义。 展开更多
关键词 栽培稻 核糖体 内转录间隔 系统树
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甄氏外瓶霉的核糖体基因分型研究
11
作者 李东明 李若瑜 +3 位作者 王晓红 万喆 马圣清 王端礼 《北京大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期167-171,共5页
目的:应用核糖体基因(rDNA)序列对甄氏外瓶霉进行分型研究。方法:试验菌株包括甄氏外瓶霉及其变种 20株(模式株、标准株、临床及自然分离株),丛梗孢外瓶霉 8株,威尼克外瓶霉 1株 (标准株及临床和环境分离株),疣状瓶霉 1株。煮沸冷冻法提... 目的:应用核糖体基因(rDNA)序列对甄氏外瓶霉进行分型研究。方法:试验菌株包括甄氏外瓶霉及其变种 20株(模式株、标准株、临床及自然分离株),丛梗孢外瓶霉 8株,威尼克外瓶霉 1株 (标准株及临床和环境分离株),疣状瓶霉 1株。煮沸冷冻法提取DNA,常规PCR扩增核糖体基因及其转录间隔区,应用DNA多序列分析等方法进行研究。结果:甄氏外瓶霉核糖体基因及其转录间隔区变异较大,DNA序列分析显示,不同来源、不同致病性的甄氏外瓶霉可分为 7型,个别菌种与其他甄氏外瓶霉的遗传距离较大。结论:甄氏外瓶霉核糖体基因及其转录间隔区序列变异较大,个别菌株的归属有待于进一步研究。 展开更多
关键词 甄氏外瓶霉 核糖体基因 分型研究 dna序列分析 PCR扩增 间隔 遗传距离 序列变异 标准株 分离株 冷冻法 转录 致病性 步研究 菌株 临床
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西北部分地区猪蛔虫rDNAITS基因序列测定及遗传变异分析
12
作者 邹勇 吴飞 +5 位作者 郭雅旭 耿晓蕊 张文慧 王玉霞 李希来 林青 《动物医学进展》 北大核心 2016年第6期35-39,共5页
为了摸清西北部分地区猪蛔虫内转录间隔区(ITS)的遗传变异特点,扩增了猪蛔虫ITS基因,进行测序,依据GenBank公布的ITS序列将测序结果截为ITS1、5.8S及ITS2三段,分析比对各段序列的差异性。结果显示,所有样品ITS序列长约1 000bp,其中ITS1... 为了摸清西北部分地区猪蛔虫内转录间隔区(ITS)的遗传变异特点,扩增了猪蛔虫ITS基因,进行测序,依据GenBank公布的ITS序列将测序结果截为ITS1、5.8S及ITS2三段,分析比对各段序列的差异性。结果显示,所有样品ITS序列长约1 000bp,其中ITS1、5.8S和ITS2的长度分别为450bp^453bp、159bp、272bp,种内差异分别为0~0.2%、0、0。基于ITS1的种系发育分析表明,23个猪蛔虫样品均位于同一分支,而与贝蛔属蛔虫分属两个不同分支。ITS1序列不能作为区分西北不同地区猪蛔虫的种内分子标记,但可以作为区分蛔属蛔虫与贝蛔属蛔虫的种间分子标记,研究结果为猪蛔虫的鉴定和分子流行病学调查提供了基础资料。 展开更多
关键词 猪蛔虫 核糖体dna 转录间隔 序列测定 遗传变异
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不同产区碎米荠nrDNA ITS序列分析及亲缘关系鉴定 被引量:5
13
作者 向极钎 李锡香 +3 位作者 王萌 殷红清 帅超群 朱云芬 《湖北农业科学》 北大核心 2014年第19期4737-4740,共4页
堇叶碎米荠、壶瓶碎米荠与恩施碎米荠存在命名混乱的现象,从植株外部形态来看难以区分。为研究其亲缘关系,分别从4个有代表性的地点采集不同的居群,进行核糖体基因(nr DNA)的内转录间隔区(ITS)序列比较分析,并构建其系统发育树。结... 堇叶碎米荠、壶瓶碎米荠与恩施碎米荠存在命名混乱的现象,从植株外部形态来看难以区分。为研究其亲缘关系,分别从4个有代表性的地点采集不同的居群,进行核糖体基因(nr DNA)的内转录间隔区(ITS)序列比较分析,并构建其系统发育树。结果表明,所有4份材料ITS序列全长均为709 bp,其中来自宜昌长阳和五峰的材料碱基序列完全一致,与来自恩施和壶瓶的序列相比,分别有两个碱基位点不同,4个群体的碎米荠(Cardamine hirsuta L.)可以聚为一支,居群之间的遗传距离很近,为0-0.003,这种差异未超过一个种范围内的变异,初步证明4个不同产地的碎米荠为同一个种,归为堇叶碎米荠。 展开更多
关键词 碎米荠(Cardamine hirsuta L.) 核糖体nr dna 内转录间隔(ITS) 序列分析
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鹅蛔虫ITS rDNA的分子特征及种类分析 被引量:5
14
作者 李欣 田守龙 +5 位作者 何柳芬 刘百强 贾佳 任邵娜 蒲文珺 张浩吉 《动物医学进展》 北大核心 2017年第4期19-23,共5页
为探究从广东省清远的鹅体内采集的蛔虫(Ascaridia anseris)的种类,对临床采集的鹅蛔虫样品,在形态观察的基础上,用保守引物NC5和NC2扩增鹅蛔虫的ITS rDNA基因片段,将扩增产物经克隆测序后,获得大小为1 009bp的鹅蛔虫ITS rDNA基因序列(G... 为探究从广东省清远的鹅体内采集的蛔虫(Ascaridia anseris)的种类,对临床采集的鹅蛔虫样品,在形态观察的基础上,用保守引物NC5和NC2扩增鹅蛔虫的ITS rDNA基因片段,将扩增产物经克隆测序后,获得大小为1 009bp的鹅蛔虫ITS rDNA基因序列(GenBank登录号为KC905082)。序列比对和系统进化分析表明,鹅蛔虫5.8SrRNA基因与GenBank收录的鸡蛔虫(登录号为AJ001508)同源性为96%,而与不同地理株的鸽蛔虫的同源性在91%~96%之间;禽蛔科的鸡蛔虫、鸽蛔虫和鹅蛔虫同一进化分支,鹅蛔虫、鸡蛔虫和鸽蛔虫处于各自的独立进化分支。上述证明,鹅蛔虫是不同于鸽蛔虫的一个独立有效种,在系统发生关系上与鸡蛔虫更亲近。 展开更多
关键词 鹅蛔虫 内转录间隔区核糖体dna 聚合酶链反应 序列分析
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基于rDNA ITS序列的何首乌PCR-RFLP分子鉴别 被引量:7
15
作者 郑传进 赵树进 +1 位作者 赵振华 呙军 《华南理工大学学报(自然科学版)》 EI CAS CSCD 北大核心 2009年第6期74-78,83,共6页
对何首乌及其常见混淆品的核糖体DNA内转录间隔区(rDNAITS)序列进行了测序分析.结果表明:何首乌与其混淆品毛脉蓼、翼蓼及耳叶牛皮消ITSI区的差异率分别为6.91%、18.10%和42.20%,ITS2区的差异率分别为10.00%、19.40%和43... 对何首乌及其常见混淆品的核糖体DNA内转录间隔区(rDNAITS)序列进行了测序分析.结果表明:何首乌与其混淆品毛脉蓼、翼蓼及耳叶牛皮消ITSI区的差异率分别为6.91%、18.10%和42.20%,ITS2区的差异率分别为10.00%、19.40%和43.90%;而何首乌种内各居群间ITS1和ITS2区的差异率分别为0.00%~2.13%和0.00%~1.03%.基于何首乌及其混淆品的rDNAITS序列的差异,找出一个位于ITS2间隔区的何首乌特征性M6I酶切位点,用M6I酶对何首乌rDNAITS序列扩增产物酶切后得到含约531bp和109bp的两片段的聚合酶链反应一限制性片段长度多态性(PCR—RFLP)图谱,而其混淆品的rDNAITS序列扩增产物不能被NsbI酶切,故图谱呈单一条带.利用建立的PCR.RFLP方法可以很好地区分何首乌及其混淆品. 展开更多
关键词 何首乌 分子鉴别 核糖体dna内转录间隔 PCR—RFLP
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高良姜及其混淆品rDNA ITS序列的分析与鉴别 被引量:8
16
作者 庞启华 严萍 赵树进 《华南理工大学学报(自然科学版)》 EI CAS CSCD 北大核心 2009年第6期63-68,共6页
用聚合酶链式反应(PCR)直接测序法测定和分析不同产地野生和农家品种的高良姜及其3种混淆品(山姜、华山姜和大高良姜)的核糖体DNA内转录间隔区(rDNAITS)序列,为高良姜种质资源研究和真伪鉴别提供分子数据.ITS序列分析结果表明:高良姜种... 用聚合酶链式反应(PCR)直接测序法测定和分析不同产地野生和农家品种的高良姜及其3种混淆品(山姜、华山姜和大高良姜)的核糖体DNA内转录间隔区(rDNAITS)序列,为高良姜种质资源研究和真伪鉴别提供分子数据.ITS序列分析结果表明:高良姜种内序列同源性达100%,测序结果中发现杂合位点,且广西样品杂合位点的两个碱基所占的比例与其它地方样品的不同.高良姜及其混淆品经测序、比对、排序得到的812 bp序列中有61个变异位点,60个是信息位点,同源性达96.32%,其中ITS1和ITS2区中的11个位点在高良姜及其混淆品中差别明显,可以鉴别高良姜及其混淆品.同时发现,基于DNA序列的高良姜及其混淆品的系统分类结果与形态学的分类结果不完全一致,有待进一步研究探讨. 展开更多
关键词 高良姜 混淆品 核糖体dna内转录间隔 序列分析 鉴别
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淡色库蚊rDNA-ITS2基因的克隆分析 被引量:7
17
作者 耿艺介 高世同 +3 位作者 黄达娜 庾蕾 宋红改 张仁利 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第9期887-890,共4页
目的克隆并鉴定淡色库蚊核糖体DNA第二内转录间隔区(rDNA-ITS2)基因并应用于现场孽生蚊媒的种属鉴定,从而为孽生现场的蚊媒预警提供分子生物学依据。方法设计淡色库蚊诊断性引物分别对淡色库蚊实验室标准株及从现场采集的蚊虫的rDNA-ITS... 目的克隆并鉴定淡色库蚊核糖体DNA第二内转录间隔区(rDNA-ITS2)基因并应用于现场孽生蚊媒的种属鉴定,从而为孽生现场的蚊媒预警提供分子生物学依据。方法设计淡色库蚊诊断性引物分别对淡色库蚊实验室标准株及从现场采集的蚊虫的rDNA-ITS2序列进行PCR扩增,PCR产物纯化后连接到pGEM-Teasy载体上并转化到DH5α菌中,然后对其进行DNA序列测定及分析。结果成功克隆了淡色库蚊的rDNA-ITS2基因。序列分析结果表明,实验中所克隆到的淡色库蚊的rDNA-ITS2序列与GenBank所登录的淡色库蚊的rDNA-ITS2序列同源性均为98%以上,同时发现孽生现场存在淡色库蚊。结论rDNA-ITS2序列在淡色库蚊中具有种属特异性,可为孽生现场的蚊媒预警提供分子生物学依据。 展开更多
关键词 淡色库蚊 核糖体dna 内转录第二间隔 聚合酶链反应
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基于rDNA-ITS序列的天门冬拟茎点霉与相似种的系统发育关系 被引量:5
18
作者 卢松茂 陈振东 +2 位作者 林秀香 郑少缘 余智城 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2015年第1期62-67,共6页
芦笋茎枯病由天门冬拟茎点霉(Phomopsis asparagi)引起,为明确P.asparagi与寄生在其他蔬菜、水果和经济林木等植物上的拟茎点霉不同种之间的系统发育关系,对分离至福建漳州的P.asparagi菌株及从Gen Bank下载的相关菌株的35条ITS序列进... 芦笋茎枯病由天门冬拟茎点霉(Phomopsis asparagi)引起,为明确P.asparagi与寄生在其他蔬菜、水果和经济林木等植物上的拟茎点霉不同种之间的系统发育关系,对分离至福建漳州的P.asparagi菌株及从Gen Bank下载的相关菌株的35条ITS序列进行多序列比对分析,并用Neighbor-Joining法构建系统发育树。系统发育分析结果显示:35个菌株被划分为Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ组群;P.asparagi与葡萄拟茎点霉(P.viticola)、叶下朱生拟茎点霉(P.phyllanthicola)、杨桃拟茎点霉(P.averrhoae)、大豆茎溃疡病菌(Diaporthe phaseolorum)聚在I组群的A亚群,它们的系统学关系最近;大豆拟茎点霉(P.longicolla)、大豆间座壳菌(Diaporthe sojae)、褐纹拟茎点霉(P.vexans)、光叶子花拟茎点霉(P.glabrae)、柑橘间座壳菌(Diaporthe citri)、黄瓜间座壳菌(Diaporthe sclerotioides)聚在Ⅱ组群,它们与P.asparagi的系统学关系较远;昏暗拟茎点霉(P.obscurans)单独聚在最远的分支上(Ⅲ组群),其与P.asparagi的系统学关系最远。 展开更多
关键词 天门冬拟茎点霉 拟茎点霉属 核糖体dna内转录间隔 分子系统学
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真菌rDNA的特点及在外生菌根菌鉴定中的应用 被引量:58
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作者 林晓民 李振岐 王少先 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期120-125,共6页
核糖体DNA(rDNA)是真菌基因组中的一类中度或高度重复序列,每一重复单位包括高度保守、中度保守和不保守三类区段,在真菌的系统发育分析和分类鉴定中,rDNA是很重要的靶序列。本文主要评述了真菌rDNA的结构特点及应用,特别是内转录间隔区... 核糖体DNA(rDNA)是真菌基因组中的一类中度或高度重复序列,每一重复单位包括高度保守、中度保守和不保守三类区段,在真菌的系统发育分析和分类鉴定中,rDNA是很重要的靶序列。本文主要评述了真菌rDNA的结构特点及应用,特别是内转录间隔区(ITS)在外生菌根菌鉴定上的应用,并对一些名词概念进行了讨论。 展开更多
关键词 外生菌根菌 Rdna 真菌 应用 定中 高度重复序列 系统发育分析 内转录间隔 结构特点 基因组 核糖体 靶序列
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库布齐沙漠生物结皮蓝藻和绿藻物种多样性及分子生物学鉴定
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作者 刘悦 徐杰 +4 位作者 杜玲 何玉萍 刘雪锋 尹强 孟元发 《生态环境学报》 北大核心 2025年第3期421-431,共11页
人工培育生物结皮技术是荒漠化防治的一项新技术,优良藻种选育为构建人工生物结皮的关键。采集库布齐沙漠生物结皮蓝藻门、绿藻门的物种进行形态鉴定,采用计数法统计不同植被、不同季节生物结皮蓝藻和绿藻物种的丰富度及优势藻组成,运... 人工培育生物结皮技术是荒漠化防治的一项新技术,优良藻种选育为构建人工生物结皮的关键。采集库布齐沙漠生物结皮蓝藻门、绿藻门的物种进行形态鉴定,采用计数法统计不同植被、不同季节生物结皮蓝藻和绿藻物种的丰富度及优势藻组成,运用分子生物学方法验证20个纯化藻株的系统发育位置,为库布齐沙漠人工构建生物结皮优良藻种的筛选提供理论基础。结果显示,1)库布齐沙漠生物结皮共有蓝、绿藻14科27属78种,其中蓝藻5科10属40种,绿藻9科17属38种,不同植被和季节生物结皮藻类物种丰富度存在显著差异。人工修复植被藻类物种丰富度显著高于自然发育植被,围封植被藻类物种丰富度显著低于未围封植被,冬季藻类物种丰富度显著低于春、夏、秋季。2)库布齐沙漠生物结皮优势藻在属水平上基本相似,蓝藻主要为鞘丝藻属(Lyngbya)、颤藻属(Oscillatoria)、微鞘藻属(Microcolus)等,绿藻为小球藻属(Chlorella)、衣藻属(Chlamydomonas)、栅藻属(Scenedesmus)等。其中,蓝藻栖藓鞘丝藻(Lyngbya mucicola)、柔细颤藻(Oscillatoria subtilissima)、具鞘微鞘藻(Microcolus vaginatus)、微鞘藻(Microcolus sp.)和绿藻小球藻(Chlorella vulgaris)、马拉蒙衣藻(Chlamydomonas maramuresensis)、爪哇栅藻(Scenedesmus javaensis)和扁盘栅藻(Scenedesmus platydiscus)为库布齐沙漠优势藻。3)对20个纯化藻株进行了形态特征描述和核糖体内部转录间隔区(ITS)测序,并基于检测数据构建了2株蓝藻和18株绿藻系统发育树,验证了其系统发育的位置。 展开更多
关键词 库布齐沙漠 生物结皮 优势藻 形态 核糖体内部转录间隔(ITS)
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