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金荞麦内转录间隔区(ITS)的扩增及序列分析 被引量：20
1
作者 吴琦 曾子贤 +2 位作者 邵继荣 陈惠 唐宇 《草业学报》 CSCD 2007年第5期127-132,共6页
以2份金荞麦为材料，对其内转录间隔区ITS区序列进行PCR扩增，均获得长约700bp的特异性产物。测序结果表明，金荞麦1号样品包含ITS序列660bp，金荞麦2号样品包含ITS序列646bp，在Genebank中的登录号分别为DQ780602和DQ780600。对现有金... 以2份金荞麦为材料，对其内转录间隔区ITS区序列进行PCR扩增，均获得长约700bp的特异性产物。测序结果表明，金荞麦1号样品包含ITS序列660bp，金荞麦2号样品包含ITS序列646bp，在Genebank中的登录号分别为DQ780602和DQ780600。对现有金荞麦ITS的序列比对表明，其同源率为80．2％～93．1％，变异位点主要在ITS1，表现出较丰富的遗传多样性。采用邻接法构建了金荞麦的系统进化树。 展开更多
关键词 金荞麦 内转录间隔区(ITS)序列 PCR 序列分析
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产蛋间隔前期鸽卵泡转录组比较分析揭示卵泡发育相关基因 被引量：2
2
作者 陈静 吴薛蓓 +3 位作者 苗冬枝 张弛 郭振玉 王莹 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期3503-3515,共13页
旨在对产蛋间隔前期母鸽卵泡颗粒细胞(GC)层进行高通量测序,筛选出与鸽卵泡发育和选择相关的关键基因。本研究选择了80对12月龄产蛋规律、体重相近的白羽王鸽为研究对象,在产蛋间隔第1天(LI1)和第3天(LI3)分别选择3只母鸽,采集F1和SF1卵... 旨在对产蛋间隔前期母鸽卵泡颗粒细胞(GC)层进行高通量测序,筛选出与鸽卵泡发育和选择相关的关键基因。本研究选择了80对12月龄产蛋规律、体重相近的白羽王鸽为研究对象,在产蛋间隔第1天(LI1)和第3天(LI3)分别选择3只母鸽,采集F1和SF1卵泡GC层,并利用RNA-seq进行转录组分析,筛选L1F1/L1SF1、L3F1/L3SF1、L1F1/L3F1和L1SF1/L3SF1组,4组间差异表达基因(DEGs),对DEGs进行GO功能注释和KEGG通路富集分析,通过STRING数据库进行蛋白质互作(PPI)网络分析并使用Cytoscape软件进行可视化处理筛选关键基因,各组随机选择5个DEGs进行RT-qPCR验证转录组的可靠性。在4组比对中分别获得77、2736、5698和3864个DEGs。GO分析显示,4组DEGs都主要富集的GO条目为细胞过程、细胞解剖实体和连接。KEGG通路富集分析显示,L1F1/L1SF1组和L3F1/L3SF1组DEGs均显著富集在类固醇激素生物合成和卵巢类固醇合成等信号通路,L1F1/L3F1组和L1SF1/L3SF1组DEGs均显著富集在糖胺聚糖降解、突触囊泡周期和氧化磷酸化等信号通路。进一步地,进行PPI网络分析并筛选与卵泡发育和选择密切相关的DEGs。各组随机选择5个DEGs进行RT-qPCR验证,表达趋势与测序结果一致。本研究利用RNA-seq技术筛选到与鸽卵泡发育和选择相关的关键基因——EEF2、DDX5、PLK2、IGF 2R、LHCGR、HSD 3B1、CYP 19A1和StAR,为进一步探究鸽卵泡发育和选择的分子调控机制提供了理论依据。 展开更多
关键词 鸽 产蛋间隔 卵泡发育 转录组
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用内转录间隔区通用引物的聚合酶链反应快速测定念珠菌菌种 被引量：13
3
作者 王英 顾军 刘维达 《临床皮肤科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2003年第2期69-71,共3页
目的:应用内转录间隔区(ITS)通用引物建立一种较为快速、简便的检测和鉴定念珠菌的聚合酶链反应(PCR)方法。方法:采用两对ITS通用引物ITS1、ITS4和ITS86、ITS4对7种(8株)念珠菌菌悬液进行PCR扩增。结果:两对引物3.5h内对7种念珠菌的菌... 目的:应用内转录间隔区(ITS)通用引物建立一种较为快速、简便的检测和鉴定念珠菌的聚合酶链反应(PCR)方法。方法:采用两对ITS通用引物ITS1、ITS4和ITS86、ITS4对7种(8株)念珠菌菌悬液进行PCR扩增。结果:两对引物3.5h内对7种念珠菌的菌悬液扩增出种特异的DNA条带,而第2对引物其种特异性更强。结论:采用ITS通用引物结合快速PCR检测法,可快速、简便、特异、敏感地检测出念珠菌,并能同时鉴定到种,这将在今后念珠菌病的早期诊断和治疗上有潜在的应用价值。 展开更多
关键词 内转录间隔区 念珠菌 聚合酶链反应 引物 微生物检验
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黑龙江野鲤核糖体内转录间隔区1(ITS-1)的克隆及二级结构的预测与分析 被引量：3
4
作者 钟立强 张成锋 +3 位作者 蔡生力 刘红 李冰 朱健 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2010年第4期778-783,共6页
黑龙江野鲤是中国北方重要的养殖鱼类,分析和了解其遗传结构对鲤鱼种质资源的保护和遗传性状的改良具有重要的意义。该研究对黑龙江野鲤(Cyprinus carpio haematopterus)核糖体内转录间隔区1(ITS-1)进行了克隆测序,并对ITS-1序列进行了... 黑龙江野鲤是中国北方重要的养殖鱼类,分析和了解其遗传结构对鲤鱼种质资源的保护和遗传性状的改良具有重要的意义。该研究对黑龙江野鲤(Cyprinus carpio haematopterus)核糖体内转录间隔区1(ITS-1)进行了克隆测序,并对ITS-1序列进行了分析。结果显示:所克隆的黑龙江野鲤ITS-1序列长度为365 bp,其中A、T、G、C 4种碱基的含量分别为21.4%、12.3%、34.0%和32.3%;与从GenBank中检索到的6种鲤科鱼类的ITS-1序列相比较,相似性较低,介于24.9%至59.5%之间;同时利用最小自由能原理预测7种鲤科鱼类ITS-1序列的二级结构,并分析了其结构特点。根据鲤鱼与其他6种鲤科鱼类的ITS-1序列的同源性构建NJ系统进化树,与根据该保守序列形成的发夹结构的相似性构建的进化树大致相同,所得的分类结果与传统的分类结果基本一致。因此,一、二级结构相结合将是研究物种分子系统学的重要手段。 展开更多
关键词 黑龙江野鲤 内转录间隔区1(ITS-1) 基因克隆 二级结构
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金焰笛鲷rDNA基因转录间隔区ITS-1序列分析 被引量：2
5
作者 徐田军 刘楚吾 +1 位作者 刘丽 吴勇 《南方水产》 CAS 2006年第5期61-64,共4页
以持异性引物扩增了金焰笛鲷(Lutjamts fulviflamma)的核糖体第一转录间隔区(ITS-1),扩增产物经克隆后测序,测得 ITS-1长度为566 bp。其中 A、T、G、C 4种碱基的含量分别为14.1%、16.1%、30.2%、39.6%,G+C(69.8%)含量明显高于 A+T 含量(... 以持异性引物扩增了金焰笛鲷(Lutjamts fulviflamma)的核糖体第一转录间隔区(ITS-1),扩增产物经克隆后测序,测得 ITS-1长度为566 bp。其中 A、T、G、C 4种碱基的含量分别为14.1%、16.1%、30.2%、39.6%,G+C(69.8%)含量明显高于 A+T 含量(30.2%)。将此引物在笛鲷属其他4种鱼类中扩增,发现该对引物有很好的通用性;比较发现在不同种中 ITS-1存在着较大的差异,适合将其应用于分子系统学和种质资源方面的研究。 展开更多
关键词 金焰笛鲷 内转录间隔区(ITS-1) 序列分析
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肾形肾状线虫个体间rDNA内转录间隔区的变异 被引量：2
6
作者 邓艳凤 徐红兵 +1 位作者 田忠玲 郑经武 《浙江大学学报（农业与生命科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期252-260,共9页
利用DNA序列分析技术对我国浙江、福建和重庆3个地区的肾形肾状线虫（Rotylenchulus reniformis,RN）种内群体及群体内个体间核糖体RNA基因（rDNA）内转录间隔区（internal transcribed spacer,ITS）序列进行PCR扩增及序列变异分析。结... 利用DNA序列分析技术对我国浙江、福建和重庆3个地区的肾形肾状线虫（Rotylenchulus reniformis,RN）种内群体及群体内个体间核糖体RNA基因（rDNA）内转录间隔区（internal transcribed spacer,ITS）序列进行PCR扩增及序列变异分析。结果显示不同的群体间均获得2种PCR产物,标记为变异类型Ⅰ（RN_VAR1）和变异类型Ⅱ（RN_VAR2）。基于每个群体内2条雌虫分别挑取各变异类型的5个克隆测序,共得到60个克隆序列。经序列比对分析,发现肾形肾状线虫rDNA基因2种类型的ITS区变异很大,其中变异类型Ⅰ序列长度为705-712bp,鸟嘌呤和胞嘧啶（guanine and cytosine content,GC）含量为45.1%-46.7%;变异类型Ⅱ序列长度为854-860bp,GC含量为48.4%-50.0%。2种类型的ITS相似度（包括5.8SRNA基因）仅为62.1%-65.6%,而各rDNA变异类型内部各个克隆序列也存在差异,变异类型Ⅰ内个体间相似度为89.9%-100%;变异类型Ⅱ内个体间相似度为91.4%-99.8%。系统进化分析表明2种变异序列明显分成2支,同时通过ITS序列分析无法将3个地方群体区分开来。经实时荧光定量PCR（quantitative real-time PCR,qPCR）检测发现RN_VAR1含量稍大于RN_VAR2,分别占保守18S基因的rDNA重复单位含量的56%和40%。同时,还发现肾形肾状线虫的2种rDNA-ITS变异类型与已报道的2种18SRNA基因变异类型相对应,表明肾形肾状线虫存在2种rDNA变异类型。 展开更多
关键词 肾形肾状线虫 RDNA 内转录间隔区 序列变异
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甘蔗近缘属种23S-4.5S-5S rDNA内转录间隔区序列分析 被引量：1
7
作者 吴杨 周会 李杨瑞 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第2期185-190,共6页
【目的】探讨叶绿体23S-4.5S-5S rDNA内转录间隔区序列在甘蔗近缘属种系统进化中的应用,为深入研究甘蔗近缘属种系统进化提供参考。【方法】以14个甘蔗近缘属种材料为研究对象,测序分析其23S-4.5S-5S rDNA内转录间隔区序列,并应用BLAST... 【目的】探讨叶绿体23S-4.5S-5S rDNA内转录间隔区序列在甘蔗近缘属种系统进化中的应用,为深入研究甘蔗近缘属种系统进化提供参考。【方法】以14个甘蔗近缘属种材料为研究对象,测序分析其23S-4.5S-5S rDNA内转录间隔区序列,并应用BLAST分析其在禾本科中的变异情况。【结果】23S-4.5S-5S rDNA内转录间隔区序列在14个甘蔗近缘属种材料间的同源性为100%,属于高度保守区域,但在禾本科各亚科间表现出一定的变异,且在各亚科中都存在其特异的变异位点。【结论】23S-4.5S-5S rDNA内转录间隔区序列在甘蔗近缘属种间属于高度保守的区域,不适合用于甘蔗近缘属种间系统进化的分析,但可为禾本科亚科系统进化的分析提供有用的信息。 展开更多
关键词 甘蔗近缘属种 23S-4 5S-5S RDNA 内转录间隔区序列 变异
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粗毛淫羊藿内转录间隔区序列扩增条件的优化 被引量：1
8
作者 李牡丹 石旭 关萍 《贵州农业科学》 CAS 北大核心 2009年第8期22-24,共3页
用CTAB法提取粗毛淫羊藿叶片DNA,进行内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)序列PCR扩增试验,通过单因子试验研究了退火温度、Mg2+浓度、TapDNA聚合酶浓度、dNTP浓度对ITS-PCR反应的影响,并通过各因子的组合研究,建立了适宜于... 用CTAB法提取粗毛淫羊藿叶片DNA,进行内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)序列PCR扩增试验,通过单因子试验研究了退火温度、Mg2+浓度、TapDNA聚合酶浓度、dNTP浓度对ITS-PCR反应的影响,并通过各因子的组合研究,建立了适宜于粗毛淫羊藿ITS分析的扩增体系:25μL体系中2.5μL 10×buffer、1μL模板DNA、1.0 mmol/LMgCl2、1.5 mmol/L dNTP、1.25 UTaq酶、0.4μmol/L ITS 4、ITS 5。PCR反应程序为95℃5 min;94℃30 s,52℃45 s,72℃1 min,共35个循环;72℃7 min。粗毛淫羊藿ITS扩增条件的优化,可以为淫羊藿属遗传多样性的研究及分子鉴定奠定基础。 展开更多
关键词 淫羊藿 内转录间隔区(ITS) 聚合酶链反应(PCR) 扩增条件 优化
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一株赤潮甲藻转录单元内间隔区(ITS)和5.8S rDNA序列的克隆 被引量：6
9
作者 张宝玉 王广策 +4 位作者 张炎 吕颂辉 齐雨藻 邹景忠 曾呈奎 《海洋科学》 CAS CSCD 北大核心 2004年第12期49-53,共5页
为解决分子生物学方法中因纯化的新鲜材料不足而限制实验进展的情况,采用改进的克隆方法将目的DNA片断保存在菌株中。首先应用改进的DNA提取方法从赤潮甲藻塔玛亚历山大藻(Alexandriumtamarense)中提取总核酸,以提取的DNA为模板,优化PC... 为解决分子生物学方法中因纯化的新鲜材料不足而限制实验进展的情况,采用改进的克隆方法将目的DNA片断保存在菌株中。首先应用改进的DNA提取方法从赤潮甲藻塔玛亚历山大藻(Alexandriumtamarense)中提取总核酸,以提取的DNA为模板,优化PCR扩增条件,获得转录单元内间隔区(ITS)片段。将获得的ITS片段经SalI和PstI双酶切后与同样经过双酶切后的质粒载体pBluscriptSK+连接,转化受体菌XL1-Blue,克隆该DNA片段。该克隆方法简单易行,克隆效率完全可以满足一般实验要求。该克隆技术的应用为随时获得目的DNA提供一条途径。 展开更多
关键词 赤潮 塔玛亚历山大藻(Alexandrium tamatense) 转录单元内间隔区(ITS) 5.8S PCR 克隆
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兔痒螨和水牛痒螨第二转录间隔区(ITS-2)基因序列分析 被引量：8
10
作者 贾小勇 杨光友 +1 位作者 古小彬 赖松家 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第5期545-550,共6页
为了探讨水牛痒螨株和兔痒螨株的分类地位,采用PCR技术扩增了四川水牛痒螨株和四川兔痒螨株的第二内部转录间隔区(ITS-2)基因,并与GenBank中注册的5个国外痒螨株的同源基因进行了比较。序列分析发现:兔痒螨株和水牛痒螨株的序列长度分别... 为了探讨水牛痒螨株和兔痒螨株的分类地位,采用PCR技术扩增了四川水牛痒螨株和四川兔痒螨株的第二内部转录间隔区(ITS-2)基因,并与GenBank中注册的5个国外痒螨株的同源基因进行了比较。序列分析发现:兔痒螨株和水牛痒螨株的序列长度分别为277bp和281bp,两序列间存在多处转换、颠换和缺失。四川水牛痒螨株同四川兔痒螨株间及国外痒螨分离株间的ITS-2基因同源性较低(87.1%～88.0%);而四川兔痒螨株与国外痒螨分离株的同源性较高(95.5%～100.0%)。用痒螨ITS-2基因构建的MP,NJ,ME及UPGM树中,兔痒螨株和水牛痒螨株在不同的系统树中其位置比较固定,且两者相距均较远。根据痒螨ITS-2基因同源性分析和系统树构建结果以及其他已报道的相关证据,作者认为:兔痒螨株和水牛痒螨株可能为痒螨属Psoroptes中两个不同的种,兔痒螨分离株为马痒螨P.equi;而水牛痒螨株与来自兔、山羊、绵羊和黄牛等痒螨株亲缘关系较远,可能为痒螨属中的另一个独立有效种。 展开更多
关键词 痒螨 痒螨株 分类地位 兔 水牛 第二内部转录间隔区(ITS-2) 系统发育
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福木假尾孢菌Pseudocercospora elaeodendri的转录间隔区序列分析 被引量：5
11
作者 谢婉凤 郭文硕 +1 位作者 冯丽贞 黄秀萍 《福建林学院学报》 CSCD 北大核心 2010年第4期293-296,共4页
PCR扩增福木假尾孢菌的转录间隔区序列(ITS)并测序,获得的基因序列长度为581bp,相似性分析发现其与假尾孢属不同种之间的ITS序列相似度极高。进一步对相似度高的不同种、属菌的ITS序列采用Neighbor-joining法构建系统进化树。遗传距离... PCR扩增福木假尾孢菌的转录间隔区序列(ITS)并测序,获得的基因序列长度为581bp,相似性分析发现其与假尾孢属不同种之间的ITS序列相似度极高。进一步对相似度高的不同种、属菌的ITS序列采用Neighbor-joining法构建系统进化树。遗传距离分析结果发现,试验菌株仅与同源性为100%的未知种名的假尾孢菌聚为一类。比较不同种的ITS碱基序列,结果表明,试验菌株与其它种之间的差异碱基分布于ITS1和ITS2区域,说明ITS能够体现假尾孢属的种间变异。 展开更多
关键词 福木假尾孢 转录间隔区 系统发育 分子鉴定
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16SrRNA基因与16S-23SrRNA转录单元内间隔区序列分析及其在节旋藻和螺旋藻分类鉴定中的应用 被引量：7
12
作者 茅云翔 杨官品 +1 位作者 张宝红 张学成 《高技术通讯》 EI CAS CSCD 2001年第6期12-18,共7页
测定了节旋藻属 3个品系和螺旋藻属 1个品系的全长 1 6SrRNA基因和 1 6S 2 3SrRNA转录单元内间隔区序列 (ITS) ,分析了已知的节旋藻、螺旋藻和相关品系的相应序列的同源性 ,构建了系统发生树 ,并评价了这两段DNA序列在节旋藻、螺旋藻种... 测定了节旋藻属 3个品系和螺旋藻属 1个品系的全长 1 6SrRNA基因和 1 6S 2 3SrRNA转录单元内间隔区序列 (ITS) ,分析了已知的节旋藻、螺旋藻和相关品系的相应序列的同源性 ,构建了系统发生树 ,并评价了这两段DNA序列在节旋藻、螺旋藻种属分类和种质鉴定中的意义。结果表明 :( 1 ) 1 6SrRNA基因序列和ITS序列均可用于节旋藻属和螺旋藻属的属间分类 ,以两序列为基础的系统学分析结果一致 ;( 2 )ITS序列变异程度高于 1 6SrDNA序列 ,适用于节旋藻和螺旋藻属内品系或种质鉴定 ;( 3)节旋藻属可明确界定 ,1 6SrRNA基因序列相似性大于 98% ,ITS序列相似性大于 88% ;( 4 )螺旋藻属某些品系间 1 6SrDNA序列和ITS序列相似性较低 ,与不同属间的序列相似性程度为同一水平。 展开更多
关键词 16SRRNA基因 16S-23SrRNA转录单元内间隔区 聚类分析 节旋藻属 螺旋藻属 鉴定 养殖 形态学分类
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金鱼核糖体转录间隔区(ITS-1)的克隆和序列分析 被引量：4
13
作者 牟希东 白俊杰 +1 位作者 汪学杰 罗建仁 《淡水渔业》 CSCD 北大核心 2008年第1期74-76,43,共4页
对金鱼（Carassius auratus）核糖体转录间隔区（ITS-1）进行了克隆测序，并对ITS-1序列进行了分析。结果显示，克隆的金鱼ITS-1区序列长度为294bp，其中A、T、G、C4种碱基的含量分别为17．0％、14．6％、33．0％、35．4％；与从GenBan... 对金鱼（Carassius auratus）核糖体转录间隔区（ITS-1）进行了克隆测序，并对ITS-1序列进行了分析。结果显示，克隆的金鱼ITS-1区序列长度为294bp，其中A、T、G、C4种碱基的含量分别为17．0％、14．6％、33．0％、35．4％；与从GenBank中检索到的12种鱼的核糖体DNA序列比较显示，其与12种鱼的ITS-1序列同源性较低，在26．0％～61．6％之间；根据金鱼与其他12种鱼的ITS-1序列的同源性构建进化树，所得的分类结果与传统的分类结果基本一致。 展开更多
关键词 金鱼(Carassius auratus) 核糖体 转录间隔区1(ITS-1) 基因克隆 基因序列
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核糖体DNA内转录间隔区序列在植物系统学研究中的应用 被引量：5
14
作者 沙伟 赵子峰 《生物学教学》 北大核心 2007年第6期4-5,共2页
本文介绍了植物核糖体DNA内转录间隔区序列的分布组成、特点以及在植物系统学中的应用现状。
关键词 核糖体DNA 内转录间隔区序列 植物系统与进化
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rRNA基因内转录间隔区测序分析在中草药鉴定中的应用 被引量：2
15
作者 姬可平 李啸红 +1 位作者 李应东 刘丽莎 《中医药学刊》 2002年第5期629-630,共2页
目的 :研究rRNA基因内转录间隔区 (internaltranscribdedspacer ,ITS)PCR扩增及碱基测序分析对中草药进行鉴定的方法 ,并探讨该方法的科学性及其应用价值。方法 :应用PCR—碱基测序法对所提取的植物性中药材DNA中的rRNA基因内转录间隔... 目的 :研究rRNA基因内转录间隔区 (internaltranscribdedspacer ,ITS)PCR扩增及碱基测序分析对中草药进行鉴定的方法 ,并探讨该方法的科学性及其应用价值。方法 :应用PCR—碱基测序法对所提取的植物性中药材DNA中的rRNA基因内转录间隔区进行PCR扩增和序列测定 ,以获得不同植物性中药材rRNA基因内转录间隔区扩增产物电泳图谱和碱基序列 ,以此作为中药材的分子鉴定标记。结果 :不同中草药rRNA基因内转录间隔区电泳条带 ,碱基序列组成 ,长度各不相同。结论 :不同植物性中药材rRNA基因内转录间隔区可作为分子生物学水平鉴定中草药的靶基因之一。 展开更多
关键词 RRNA基因 内转录间隔区 碱基测序 中草药 鉴定
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香蕉枯萎病菌4个生理小种核糖体DNA内转录间隔区的RFLP分析 被引量：1
16
作者 舒灿伟 曾蕊 +1 位作者 杨媚 周而勋 《华南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第3期52-56,共5页
【目的】明确香蕉枯萎病菌Fusarium oxysporum f.sp.cubense 4个生理小种的系统发育关系。【方法】利用PCR扩增该病菌4个生理小种的核糖体DNA内转录间隔区(Internal transcribed spacer,ITS),利用AIu I、Hpa II和Taq I 3种限制性内切酶... 【目的】明确香蕉枯萎病菌Fusarium oxysporum f.sp.cubense 4个生理小种的系统发育关系。【方法】利用PCR扩增该病菌4个生理小种的核糖体DNA内转录间隔区(Internal transcribed spacer,ITS),利用AIu I、Hpa II和Taq I 3种限制性内切酶对这些小种的ITS产物进行RFLP分析。【结果】PCR扩增结果表明:来自4个生理小种的8个菌株均可扩增得到568 bp的ITS单一片段,但这些生理小种间的片段没有明显的多态性;对这些生理小种ITS产物进行RFLP分析发现,不同生理小种之间的差异很小。【结论】PCR-RFLP技术不适用香蕉枯萎病菌生理小种的分析鉴定。 展开更多
关键词 香蕉枯萎病菌 生理小种 内部转录间隔区 聚合酶链式反应 限制性片段长度多态性
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两株水牛伊氏锥虫内转录间隔区基因序列的测定与系统进化关系
17
作者 石云良 李健 +6 位作者 黄维义 张为宇 张居作 付强 张晓溪 黄文忠 何国声 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第11期910-913,共4页
为研究从水牛分离到的伊氏锥虫广西株和湖北株的分类学地位,对2株伊氏锥虫的核糖体基因内转录间隔区(ITS1-5.8S-ITS2)基因进行了克隆和测序分析。用CLUSTALX1.83软件多重比对分析了序列差异,应用MEGA4.0软件绘制系统进化树。结果表明,这... 为研究从水牛分离到的伊氏锥虫广西株和湖北株的分类学地位,对2株伊氏锥虫的核糖体基因内转录间隔区(ITS1-5.8S-ITS2)基因进行了克隆和测序分析。用CLUSTALX1.83软件多重比对分析了序列差异,应用MEGA4.0软件绘制系统进化树。结果表明,这2株水牛伊氏锥虫的ITS1-5.8S-ITS2rRNA基因扩增产物分别为1102bp和1095bp,序列存在多态性,其中广西株的ITS-1序列长为340bp,ITS-2序列长为582bp,湖北株的ITS-1序列长为339bp,ITS-2序列长为587bp。系统进化分析显示,这2株伊氏锥虫分布在同一大枝的不同亚群中。 展开更多
关键词 水牛 伊氏锥虫 内转录间隔区(ITS) 序列分析 系统进化分析
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放养型和野生型柞蚕的核糖体基因转录间隔区Ⅱ(ITS-2)的克隆与序列比较
18
作者 王振东 武松 +5 位作者 曲泽岚 齐永红 朱绪伟 李喜升 秦利 刘彦群 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期60-65,共6页
核糖体基因转录间隔区Ⅱ(ITS-2)在物种间甚至种内群体间均表现出较高的差异,被用于种内或近缘种的研究。测定了放养型和野生型柞蚕(Antheraea pernyi)的rDNA ITS-2全长序列(GenBank登录号:GU073314、GU073315),并分析了二者之间的遗传... 核糖体基因转录间隔区Ⅱ(ITS-2)在物种间甚至种内群体间均表现出较高的差异,被用于种内或近缘种的研究。测定了放养型和野生型柞蚕(Antheraea pernyi)的rDNA ITS-2全长序列(GenBank登录号:GU073314、GU073315),并分析了二者之间的遗传差异。放养型和野生型柞蚕的rDNA ITS-2全长分别为1 111、1 112 bp,2个序列的GC含量达到61%,相似性高达98%。序列比对后得到1 117 bp的对齐序列,共鉴定变异位点19个,其中转换位点8个,无颠换,有11处发生核苷酸的插入/缺失。基于K2P模型计算的2条rDNA ITS-2序列的遗传距离为0.007,这一数值与估算的鳞翅目昆虫rDNA ITS-2序列种内平均遗传距离(0.009)基本一致。 展开更多
关键词 柞蚕 放养型 野生型 核糖体基因转录间隔区Ⅱ 遗传变异
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转录因子SOX4调控Beclin1介导的自噬对小细胞肺癌细胞行为的影响
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作者 韩忠诚 马丽丽 +1 位作者 苏莹 柳江 《安徽医科大学学报》 北大核心 2025年第4期684-691,共8页
目的探究性别决定区Y框转录因子4(SOX4)调控自噬对小细胞肺癌(SCLC)细胞的影响及机制。方法小干扰RNA(siRNA)介导敲低人SCLC细胞系NCI-H446细胞中的SOX4。RT-qPCR和Western blot检测转染siRNA后NCI-H446细胞中SOX4的表达。细胞实验分为... 目的探究性别决定区Y框转录因子4(SOX4)调控自噬对小细胞肺癌(SCLC)细胞的影响及机制。方法小干扰RNA(siRNA)介导敲低人SCLC细胞系NCI-H446细胞中的SOX4。RT-qPCR和Western blot检测转染siRNA后NCI-H446细胞中SOX4的表达。细胞实验分为对照组、si-SOX4组、si-SOX4+oe-Beclin1组、oe-Beclin1组。Western blot检测各分组细胞中微管相关蛋白1轻链3(LC3)-II/LC3-Ⅰ的表达之比、Beclin1及p62的表达。荧光素酶报告基因实验和染色质免疫共沉淀PCR(ChIP-PCR)实验检测SOX4对Beclin1的转录调控作用。CCK-8法检测各分组细胞增殖能力。流式细胞术检测各分组细胞凋亡率。Transwell实验检测分组细胞迁移与侵袭能力。结果与对照组或si-NC组比较,si-SOX4组NCI-H446细胞中SOX4 mRNA和蛋白表达下调(P<0.05),LC3-Ⅱ/LC3-Ⅰ蛋白表达比率和Beclin1蛋白表达下降(P<0.05),p62蛋白表达升高(P<0.05)。si-SOX4组的Beclin1 WT相对荧光素酶活性低于si-NC组(P<0.05);Anti-SOX4组中Beclin1启动子相对富集程度高于Anti-IgG组(P<0.05)。与对照组比较,si-SOX4组NCI-H446细胞增殖活性降低、细胞凋亡率增加、迁移数目和侵袭数目也减少(P<0.05);与si-SOX4组比较,si-SOX4+oe-Beclin1组NCI-H446细胞中LC3-Ⅱ/LC3-Ⅰ蛋白表达比率和Beclin1蛋白表达升高、p62蛋白表达下降,同时NCI-H446细胞增殖活性升高、细胞凋亡率减少、迁移数目和侵袭数目也增加(P<0.05)。结论下调SOX4通过抑制Beclin1表达来抑制自噬,降低NCI-H446细胞增殖活性,抑制细胞迁移与侵袭。 展开更多
关键词 小细胞肺癌 性别决定区Y框转录因子4 自噬 增殖 迁移 侵袭
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16S-23S rDNA内转录间隔区序列寡核苷酸探针鉴定分支杆菌菌种的研究 被引量：9
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作者 李国利 庄玉辉 +3 位作者 赵铭 王国冶 陈保文 沈小兵 《中国防痨杂志》 CAS 北大核心 2002年第z1期12-16,共5页
目的 研究以16S-23S rDNA 内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)序列为靶基因设计分支杆菌菌种寡核苷酸探针,应用PCR-反向杂交技术快速鉴定分支杆菌菌种。方法 应用PCR-反向杂交技术检测26种36株分支杆菌标准株,24株分支杆菌... 目的 研究以16S-23S rDNA 内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)序列为靶基因设计分支杆菌菌种寡核苷酸探针,应用PCR-反向杂交技术快速鉴定分支杆菌菌种。方法 应用PCR-反向杂交技术检测26种36株分支杆菌标准株,24株分支杆菌临床分离株。结果 分支杆菌标准株和临床分离株经PCR扩增,依菌种不同可见一条约340bp-450bp范围DNA片段。探针特异性试验表明,21种寡核苷酸探针除草分支杆菌探针。MPH与微黄分支杆菌亦杂交外,其余探针均为特异的。5株结核分支杆菌临床分离株鉴定为结核分支杆菌复合群,19株非结核分支杆菌临床分离株鉴定至种水平。结论 16S-23S rDNA ITS PCR-反向杂交鉴定分支杆菌菌种简便、快速、准确,具有较高应用价值。 展开更多
关键词 分支杆菌 鉴定 16S-23S rDNA内转录间隔区 寡核苷酸探针 聚合酶链反应-反向杂交
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