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利用染色质免疫共沉淀技术确定转录因子RIN调控的靶基因 被引量:5
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作者 李玲 傅达奇 +3 位作者 朱毅 田慧琴 罗云波 朱本忠 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第12期166-170,共5页
以粉红期番茄果实为材料,用含不同浓度甲醛的缓冲液交联DNA和蛋白质,利用超声波将其染色质随机断裂成大小为200-1 000 bp的片段,用RIN蛋白的特异性抗体免疫沉淀与RIN蛋白结合的DNA片段,然后解交联和纯化DNA片段,最终用普通PCR试验和测... 以粉红期番茄果实为材料,用含不同浓度甲醛的缓冲液交联DNA和蛋白质,利用超声波将其染色质随机断裂成大小为200-1 000 bp的片段,用RIN蛋白的特异性抗体免疫沉淀与RIN蛋白结合的DNA片段,然后解交联和纯化DNA片段,最终用普通PCR试验和测序验证与转录因子RIN结合的DNA序列。结果表明,适用于番茄果实的最佳ChIP试验条件为:用1%甲醛溶液交联DNA和蛋白质的复合物;用20%功率,工作6 s,间隔10 s,脉冲3次超声破碎该复合物,可以得到适当大小的片段,用于后续的试验。普通PCR和测序验证结果证明转录因子RIN与LeACS2和LeACS4启动子区域的CArG box序列结合。 展开更多
关键词 染色质免疫共沉淀技术 转录因子RIN LeACS2基因 LeACS4基因 番茄果实
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基于水稻原生质体的染色质免疫共沉淀技术优化及应用 被引量:1
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作者 石佳 朱秀梅 +4 位作者 薛梦雨 余超 魏一鸣 杨凤环 陈华民 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第7期62-69,共8页
植物转录因子是植物体内调节基因表达的重要蛋白,参与多种生物学功能的调控。研究植物转录因子调控靶基因的常用方法为染色质免疫共沉淀法(chromatin immunoprecipitation,ChIP),但抗体特异性、遗传材料构建的耗时性等因素却大大限制了C... 植物转录因子是植物体内调节基因表达的重要蛋白,参与多种生物学功能的调控。研究植物转录因子调控靶基因的常用方法为染色质免疫共沉淀法(chromatin immunoprecipitation,ChIP),但抗体特异性、遗传材料构建的耗时性等因素却大大限制了ChIP技术的应用范围和效果。本文通过对水稻原生质体瞬时转化、甲醛固定、免疫沉淀核酸的超声波破碎等条件的优化,建立了基于水稻原生质体的染色质免疫共沉淀技术体系(chromatin immunoprecipitation system based on rice protoplasts,ChIP-RP);并通过本技术体系验证了水稻转录因子OsNF-YA4蛋白对靶基因序列的富集作用。本技术体系将减少制备特异性抗体或构建稳定遗传材料的局限,有利于水稻转录因子直接调控靶基因的快速筛选和验证,推动水稻转录因子调控功能的分子机制解析。 展开更多
关键词 水稻原生质体 染色质免疫共沉淀技术 转录因子 OsNF-YA4 ChIP-RP
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利用免疫共沉淀联合质谱技术筛选盐藻MAPK的互作蛋白 被引量:2
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作者 岳金荣 丛玉婷 +3 位作者 邢震宇 高相楠 王明芳 柴晓杰 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第6期1187-1195,共9页
为进一步探究杜氏盐藻促有丝分裂原活化蛋白激酶(DsMAPK)的功能,采用免疫共沉淀联合质谱技术筛选盐藻MAPK的互作蛋白。将pGS21a-MAPK质粒转入大肠杆菌BL21中表达MAPK蛋白并制备多克隆抗体;将培养至对数生长期的盐藻细胞进行盐胁迫处理,... 为进一步探究杜氏盐藻促有丝分裂原活化蛋白激酶(DsMAPK)的功能,采用免疫共沉淀联合质谱技术筛选盐藻MAPK的互作蛋白。将pGS21a-MAPK质粒转入大肠杆菌BL21中表达MAPK蛋白并制备多克隆抗体;将培养至对数生长期的盐藻细胞进行盐胁迫处理,然后提取盐藻总蛋白,并进行SDS-PAGE和Western blotting检测;以内源性靶蛋白为诱饵,将细胞总蛋白与MAPK抗体进行共孵育,将经蛋白A/G琼脂糖珠纯化的免疫共沉淀复合物进行质谱检测。结果表明,制备的多克隆抗体特异性良好;筛选出165种特有的差异蛋白。通过GO和KEGG分析发现,这些差异蛋白主要参与了新陈代谢、遗传信息的传递以及信号转导等生物学调控过程。蛋白质互作网络分析发现,直接与MAPK相互作用的蛋白有4种。本研究结果为深入研究杜氏盐藻响应盐胁迫的分子机制提供了参考。 展开更多
关键词 杜氏盐藻 MAPK 免疫共沉淀技术 质谱技术 生物信息学
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非交联染色质免疫共沉淀及其二代测序技术建库方法的优化
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作者 彭昂惠 李昭强 +2 位作者 张燕 冯德龙 郝冰涛 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期692-698,共7页
目的优化非交联染色质免疫共沉淀及其二代测序(Native ChIP-seq)技术,简化操作步骤,得到高质量ChIP-seq数据。方法裂解细胞,MNase切割DNA释放核小体,用组蛋白修饰的特异性抗体将组蛋白与DNA的复合物进行免疫共沉淀,蛋白酶K消化后进行DN... 目的优化非交联染色质免疫共沉淀及其二代测序(Native ChIP-seq)技术,简化操作步骤,得到高质量ChIP-seq数据。方法裂解细胞,MNase切割DNA释放核小体,用组蛋白修饰的特异性抗体将组蛋白与DNA的复合物进行免疫共沉淀,蛋白酶K消化后进行DNA纯化,染色质免疫共沉淀(ChIP)产物用Tn5转座酶建库与传统建库两种方法进行文库构建并测序。结果与传统建库方法相比,Tn5转座酶建库经过Tn5片段化后直接进行目的DNA的扩增,操作简单,更加省时,效率更高;IGV可视化信号分布峰图显示两种建库方式获得的富集峰基本相同;两种建库方法获得的测序数据中,Tn5转座酶建库比传统建库获得更多的富集峰;Tn5转座酶建库后结果显示重复性良好,信噪比达到50%以上。结论Tn5转座酶建库能提高建库效率并得到更好的数据质量,适用于组蛋白修饰的检测,为表观遗传研究提供更好的技术选择。 展开更多
关键词 染色质免疫共沉淀技术 二代测序技术 组蛋白修饰 传统建库 Tn5转座酶建库
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染色质免疫共沉淀法对猪链球菌反应调控因子CovR靶基因的筛选 被引量:2
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作者 郭静静 王玲 +7 位作者 杜骁杰 李敏 王晶 李先富 郑峰 胡丹 王长军 潘秀珍 《医学研究生学报》 CAS 北大核心 2013年第7期680-684,共5页
目的猪链球菌CovR是具有全局调控作用的负反应调控因子。文章采用染色质免疫共沉淀(chromatin immu-noprecipitation,ChIP)方法筛选转录调控因子CovR的靶基因,为进一步开展CovR调控机理研究提供条件。方法利用甲醛固定猪链球菌2型05ZYH3... 目的猪链球菌CovR是具有全局调控作用的负反应调控因子。文章采用染色质免疫共沉淀(chromatin immu-noprecipitation,ChIP)方法筛选转录调控因子CovR的靶基因,为进一步开展CovR调控机理研究提供条件。方法利用甲醛固定猪链球菌2型05ZYH33菌株活细胞,超声波破碎法将DNA随机断裂成100~500bp大小不同的片段,再利用CovR特异性单抗免疫沉淀该蛋白质-DNA片段解交联并分离纯化DNA。针对8个潜在的靶标基因启动子区设计引物,分别用设计的引物对免疫共沉淀的DNA样品进行PCR扩增,验证CovR与DNA的结合。结果最佳ChIP实验条件为1%甲醛交联DNA与蛋白质的复合物;功率80 W、工作10 s、间隔30 s、超声40次破碎该复合物,可得到100~500 bp大小不同的片段用于后续实验。PCR结果显示SSU1668基因和SSU1732基因启动子区扩增出阳性条带,另外6种基因的启动子区未扩增出阳性条带。结论 CovR抗体免疫沉淀得到的DNA片段中含有SSU1668基因和SSU1732基因启动子区,表明SSU1668基因和SSU1732基因是CovR的靶基因。 展开更多
关键词 猪链球菌2型 染色质免疫共沉淀技术 CovR 调控因子
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与新城疫病毒NP蛋白互作宿主细胞蛋白的筛选和鉴定
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作者 韩银 谢紫葳 +2 位作者 严舒可 徐飞 陈瑞爱 《畜牧兽医学报》 北大核心 2025年第8期3942-3957,共16页
新城疫是由新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)强毒株引起的一种急性接触性传染病,临床上常导致呼吸系统和消化系统的临床症状,NDV的广泛流行给家禽养殖业造成了巨大经济损失。NP(nucleocapsid)是NDV的一种核衣壳蛋白,在病毒复制... 新城疫是由新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)强毒株引起的一种急性接触性传染病,临床上常导致呼吸系统和消化系统的临床症状,NDV的广泛流行给家禽养殖业造成了巨大经济损失。NP(nucleocapsid)是NDV的一种核衣壳蛋白,在病毒复制、介导免疫应答和引发细胞自噬方面具有重要作用,其是否存在其他相互作用的宿主蛋白尚不清楚。为了筛选与NDV NP互作的宿主蛋白,初步探索互作宿主蛋白对NDV复制的影响,为NDV抗病药物新靶点的筛选提供理论基础。利用真核表达载体pXJ40成功构建了NDV NP的真核表达质粒,通过免疫共沉淀、质谱分析、GST-pull down以及激光共聚焦等技术筛选出能与NP相互作用的宿主蛋白,进一步在DF-1细胞中通过敲低、过表达等方法探究互作宿主蛋白对NDV复制的影响。质谱结果筛选到与NP发生相互作用的潜在蛋白211个,对差异蛋白进行富集分析揭示了其可能发挥的生物学功能和参与的生物学过程,进一步验证了热休克蛋白家族成员70(HSP70)与NP相互作用,并且这种互作是由HSP70的SBD结构域介导的;NDV感染能下调宿主细胞内HSP70的表达;过表达HSP70能在蛋白和转录水平显著抑制病毒复制;敲低内源性HSP70和HSP70抑制剂均能显著促进NDV复制。本研究筛选出NDV NP的互作宿主蛋白HSP70,并且验证了过表达HSP70能显著抑制NDV复制,作为NDV感染的负调控因子,为设计以HSP70为靶点的抗病毒药物提供了新思路。 展开更多
关键词 新城疫病毒 NP HSP70蛋白 免疫共沉淀技术
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低阻SnO_2微粉的制备及其气敏特性 被引量:6
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作者 全宝富 金丽妍 +2 位作者 全海英 戚金清 孙良彦 《功能材料》 EI CAS CSCD 北大核心 2000年第3期273-275,共3页
采用溶胶 -凝胶及共沉淀技术制备了低阻SnO2 微粉。利用XRD及SEM技术分析了SnO2 微粉的结构及形貌。利用这种低阻SnO2 制作的平面热线式气敏元件对H2 、NH3 具有较好的气敏特性。
关键词 低阻SnO2 气敏特性 溶胶-凝胶法 共沉淀技术
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蛋白质相互作用的研究方法 被引量:14
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作者 陈谋通 刘建军 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第1期50-54,68,共6页
随着基因组测序工程数量的增加,未知功能蛋白质测序工作也呈现指数式增长。生物学进程主要是由蛋白质执行和控制的,因此,阐明未知或已知蛋白质的生物学功能和从细胞水平上确定细胞机制,已成为蛋白质组学研究的主要目标。目前,随着酵母[1... 随着基因组测序工程数量的增加,未知功能蛋白质测序工作也呈现指数式增长。生物学进程主要是由蛋白质执行和控制的,因此,阐明未知或已知蛋白质的生物学功能和从细胞水平上确定细胞机制,已成为蛋白质组学研究的主要目标。目前,随着酵母[1]、果蝇[2]、线虫[3]相互作用图谱的相继完成,蛋白质相互作用研究方法也不断发展和完善。综述了当前研究蛋白质相互作用的主要技术方法,包括酵母双杂交技术,GSTpull-down技术,免疫共沉淀技术和串联亲和纯化技术等多种研究方法,分析了各种技术方法的优缺点以及各种方法的改进,在试验中可根据不同的要求和目的选择适宜的方法。 展开更多
关键词 蛋白质相互作用 酵母双杂交 免疫共沉淀技术 串联亲和纯化技术
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Reverse ChIP:研究DNA-蛋白质相互作用的新方法 被引量:3
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作者 赵明明 齐锦生 栗彦宁 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第5期407-410,共4页
反向染色质免疫共沉淀技术(reverse chromatin immunoprecipitation assay,Reverse ChIP)是一种在体内状态下分析DNA-蛋白质相互作用的新方法.它用特异的核酸探针捕获靶DNA片段及与其相结合的蛋白质,蛋白质用质谱仪检测,以达到确定靶DN... 反向染色质免疫共沉淀技术(reverse chromatin immunoprecipitation assay,Reverse ChIP)是一种在体内状态下分析DNA-蛋白质相互作用的新方法.它用特异的核酸探针捕获靶DNA片段及与其相结合的蛋白质,蛋白质用质谱仪检测,以达到确定靶DNA位点全部相关蛋白质的目的.其可对靶DNA位点相关蛋白质进行全面、系统地鉴定,特别是寻找已知DNA元件相应的调节蛋白.在发现、鉴定靶DNA位点相关蛋白质和研究DNA-蛋白质相互作用中有重要应用价值. 展开更多
关键词 反向染色质免疫共沉淀技术(Reverse ChIP) DNA-蛋白质相互作用 靶DNA位点相关蛋白质
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沙棘H3K9乙酰化修饰全基因组分析 被引量:2
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作者 高国日 张彤 +1 位作者 陈道国 何彩云 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第2期242-248,共7页
为了绘制沙棘H3K9乙酰化修饰图谱,确定H3K9乙酰化修饰所调控的基因,该实验通过Western blot验证抗体与组蛋白的结合能力和ChIP-seq验证抗体富集效率,获得全基因组范围内沙棘H3K9乙酰化修饰图谱和调控基因。实验结果表明,H3K9ac抗体与复... 为了绘制沙棘H3K9乙酰化修饰图谱,确定H3K9乙酰化修饰所调控的基因,该实验通过Western blot验证抗体与组蛋白的结合能力和ChIP-seq验证抗体富集效率,获得全基因组范围内沙棘H3K9乙酰化修饰图谱和调控基因。实验结果表明,H3K9ac抗体与复合物具有较强的结合能力。对富集到的DNA片段进行高通量测序,分别获得2.2×10~7和3.6×10~7条原始序列;唯一比对序列广泛分布于沙棘基因组中,并且在结构基因中的两端具有明显的富集。对富集区进行峰的预测结果显示,共预测出1 011个峰;对峰所处部位基因进行功能预测结果发现,H3K9ac对于沙棘细胞代谢和信号转导基因的表达具有重要调控作用。沙棘片段化DNA的富集以及高通量测序结果证明,抗体能够用于研究沙棘的组蛋白修饰类型,并且绘制了沙棘第一张H3K9乙酰化修饰遗传图谱草图,鉴定出沙棘H3K9乙酰化修饰所调控的基因,为今后研究组蛋白修饰对沙棘基因表达的调控方式奠定了基础。 展开更多
关键词 沙棘 H3K9ac 蛋白质印迹法 染色质免疫共沉淀技术
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一种节能灯用电子粉及其电子粉浆料和制备方法
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《无机盐工业》 CAS 北大核心 2009年第6期59-59,共1页
本发明公开了一种超长寿命大功率节能灯用电子粉浆料。所述电子粉浆料采用共沉淀技术,通过用碳酸盐和硝酸盐的共沉淀反应,生成共晶的碳酸盐晶体;以这个晶体作为电子粉的主要材料,通过添加溶剂、黏结剂、电子发射材料,配制成胶体溶... 本发明公开了一种超长寿命大功率节能灯用电子粉浆料。所述电子粉浆料采用共沉淀技术,通过用碳酸盐和硝酸盐的共沉淀反应,生成共晶的碳酸盐晶体;以这个晶体作为电子粉的主要材料,通过添加溶剂、黏结剂、电子发射材料,配制成胶体溶液,作为超长寿命大功率节能灯用的电子粉浆料,提供电子发射所需的物质。本发明解决了大功率节能灯使用过程中电子粉易溅射、不耐轰击、寿命短的问题,提高了电子粉的耐轰击的能力;大幅延长了大功率节能灯的使用寿命,寿命可提高500%以上。 展开更多
关键词 大功率节能灯 电子粉 浆料 制备方法 灯用 电子发射材料 超长寿命 共沉淀技术
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