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基于GEO数据库的热应激肉鸡脑组织共享差异表达基因的生物信息学分析
1
作者
张吉清
朱明霞
马秀亮
《饲料研究》
CAS
北大核心
2023年第1期100-104,共5页
试验旨在筛选与肉鸡热应激有关的重要脑组织共享差异表达基因(DEGs),探究其分子作用机理。从基因表达综合数据库(GEO)中获取热应激处理的鸡大脑和下丘脑两套基因芯片数据集,进行生物信息学数据二次挖掘。结果显示,筛选出与热应激有关的...
试验旨在筛选与肉鸡热应激有关的重要脑组织共享差异表达基因(DEGs),探究其分子作用机理。从基因表达综合数据库(GEO)中获取热应激处理的鸡大脑和下丘脑两套基因芯片数据集,进行生物信息学数据二次挖掘。结果显示,筛选出与热应激有关的重要脑组织共享DEGs共32个,其中显著表达上调基因27个,显著表达下调基因5个。通过基因本体论(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析,上述基因主要参与7个生物学过程和3个KEGG通路。利用STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白互作网络,有16个节点和102个蛋白质互作;筛选出前7位枢纽基因为GC、FGG、FGA、FGB、PLG、APOB和FABP1,均为差异表达上调基因。研究表明,共享DEGs可能与热应激过程中肉鸡不同组织或器官的损伤及发病有关。
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关键词
热应激
GEO数据库
脑组织
生物信息学
共享差异表达基因
肉鸡
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题名
基于GEO数据库的热应激肉鸡脑组织共享差异表达基因的生物信息学分析
1
作者
张吉清
朱明霞
马秀亮
机构
聊城大学农学院
出处
《饲料研究》
CAS
北大核心
2023年第1期100-104,共5页
基金
聊城大学畜牧学学科开放课题(项目编号:319312101-12)。
文摘
试验旨在筛选与肉鸡热应激有关的重要脑组织共享差异表达基因(DEGs),探究其分子作用机理。从基因表达综合数据库(GEO)中获取热应激处理的鸡大脑和下丘脑两套基因芯片数据集,进行生物信息学数据二次挖掘。结果显示,筛选出与热应激有关的重要脑组织共享DEGs共32个,其中显著表达上调基因27个,显著表达下调基因5个。通过基因本体论(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析,上述基因主要参与7个生物学过程和3个KEGG通路。利用STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白互作网络,有16个节点和102个蛋白质互作;筛选出前7位枢纽基因为GC、FGG、FGA、FGB、PLG、APOB和FABP1,均为差异表达上调基因。研究表明,共享DEGs可能与热应激过程中肉鸡不同组织或器官的损伤及发病有关。
关键词
热应激
GEO数据库
脑组织
生物信息学
共享差异表达基因
肉鸡
Keywords
heat stress
GEO database
brain tissue
bioinformatics
shared differentially expressed genes
broilers
分类号
S813.3 [农业科学—畜牧学]
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作者
出处
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被引量
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1
基于GEO数据库的热应激肉鸡脑组织共享差异表达基因的生物信息学分析
张吉清
朱明霞
马秀亮
《饲料研究》
CAS
北大核心
2023
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