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日本血吸虫一个新钙结合蛋白全长编码区的克隆与功能预测 被引量:6
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作者 彭鸿娟 陈晓光 王珣章 《中国人兽共患病杂志》 CSCD 北大核心 2002年第2期47-49,共3页
目的 对用表达序列标签 (ExpressionSequenceTag ,EST)策略从日本血吸虫尾蚴cDNA文库中筛选出的新基因进行功能预测。方法 用NCBI站点的BLASTx及BLASTn程序对所获得的新基因序列进行同源性搜索 ;用NCBIBLAST站点的blasttwosequence程... 目的 对用表达序列标签 (ExpressionSequenceTag ,EST)策略从日本血吸虫尾蚴cDNA文库中筛选出的新基因进行功能预测。方法 用NCBI站点的BLASTx及BLASTn程序对所获得的新基因序列进行同源性搜索 ;用NCBIBLAST站点的blasttwosequence程序对同源性高的基因进行核苷酸及氨基酸水平的同源性比较 ;利用motifscaninaProteinsequence对cDNA序列所编码的蛋白质进行结构域搜索。结果 发现一个与曼氏血吸虫尾蚴期特异性 8kDa钙结合蛋白 (Sm8)基因高度同源的日本血吸虫新基因 ,cDNA序列与氨基酸水平的同一性均为 82 % ;蛋白结构域搜索结果显示 ,该cDAN序列所编码的蛋白质具有 2个EF手钙结合位点。结论 用EST策略筛选新基因是一个可行的方法 ,所筛到的日本血吸虫新基因编码一种钙结合蛋白 ,全长编码序列与Sm8基因高度同源 ,对该基因的期特异性及免疫保护性的探讨具有重要的意义。 展开更多
关键词 日本血吸虫 基因功能预测 钙结合蛋白 全长编码序列 免疫保护
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凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)Hsp70基因PCR扩增及序列分析 被引量:3
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作者 吴任 谢数涛 +1 位作者 张其中 许忠能 《暨南大学学报(自然科学与医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2005年第3期428-433,共6页
 目的:为获得凡纳滨对虾的热休克蛋白70(Hsp70)基因并分析其基因序列.方法:根据GenBank中斑节对虾(Penaeusmonodon)Hsp70基因的cDNA序列,设计引物,对经高盐法提取的凡纳滨对虾(Litopenaeusvannamei)基因组DNA,采用优化的降落PCR(TouchD...  目的:为获得凡纳滨对虾的热休克蛋白70(Hsp70)基因并分析其基因序列.方法:根据GenBank中斑节对虾(Penaeusmonodon)Hsp70基因的cDNA序列,设计引物,对经高盐法提取的凡纳滨对虾(Litopenaeusvannamei)基因组DNA,采用优化的降落PCR(TouchDownPCR)程序,扩增凡纳滨对虾Hsp70基因的全长序列.结果:PCR扩增得到一条长1983bp的目的DNA片段,回收纯化该片段并测定其核酸序列.用DNAman软件分析发现,该核酸序列中不含内含子,编码区全长为1959bp;经BLASTn和BLASTx软件分析发现,该编码区核苷酸序列与斑节对虾、罗氏沼虾(Macrobrachiumrosenbergii)的Hsp70基因序列的相似性分别为97%和62 2%.根据核苷酸序列所推导出的Hsp70氨基酸序列,其与斑节对虾、罗氏沼虾的相似性分别为99 9%和92 6%.结论:成功地从凡纳滨对虾基因组DNA中直接扩增出Hsp70基因的全长编码区序列. 展开更多
关键词 HSP70基因 全长编码序列 降落PCR 凡纳滨对虾
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日本对虾(Marsupenaeus japonicus)Hsp70基因cDNA的克隆与序列分析 被引量:1
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作者 张占会 张其中 《生态科学》 CSCD 2006年第5期440-444,共5页
根据中国明对虾(Fenneropenaeuschinensis)Hsp70的cDNA序列及日本对虾(Marsupenaeusjaponicus)Hsp70cDNA序列片段设计引物,用RT-PCR方法,从经热休克处理的日本对虾鳃总RNA中克隆到长1992bp的Hsp70cDNA序列,包括长1959bp的完整编码序列(C... 根据中国明对虾(Fenneropenaeuschinensis)Hsp70的cDNA序列及日本对虾(Marsupenaeusjaponicus)Hsp70cDNA序列片段设计引物,用RT-PCR方法,从经热休克处理的日本对虾鳃总RNA中克隆到长1992bp的Hsp70cDNA序列,包括长1959bp的完整编码序列(CDS)。根据编码序列推导出相应的652个氨基酸,与其他真核生物Hsp70家族成员进行同源性比较,发现与凡纳滨对虾(Litopenaeusvannamei)、斑节对虾(PinaeusmonodonFabricius)、中国明对虾(Penaeuschinesis)的相似度分别为99.5%、99.4%、99.4%,与日本沼虾(Macrobrachiumnipponense)和罗氏沼虾(M.rosenbergii)的相似度分别为93.7%和92.9%,与虹鳟(Oncorhynchusmykiss)、原鸡(Callusgallus)、家鼠(Musmusculus)和人(Homosapiens)的相似度为89.2%、85.4%、88.3%和88.3%,表现出较高的保守性。分析表明所得到的日本对虾Hsp70是一种Dnak亚家族类型的细胞质Hsp70,拥有完整的N端ATP酶结构域(约45kDa)、底物肽结合结构域(18kDa)及C端结构域(10kDa)。以上结果说明我们所得到的序列是一条包含完整CDS的Hsp70基因序列。 展开更多
关键词 HSP70基因 全长编码序列 同本对虾
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细胞角蛋白8真核表达载体的构建、表达及生物信息学分析
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作者 寻萌 赵四海 +5 位作者 曹春霞 薛欣 邵明明 李薇 徐琨 楚雍烈 《细胞与分子免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2011年第2期123-127,共5页
目的:构建人细胞角蛋白8(CK8)全长CDS序列真核表达载体,并转染人肝癌细胞SMMC7721,为研究CK8的生物学功能提供细胞模型。方法:RT-PCR扩增CK8全长CDS,克隆入pMD18-Tsimplevector质粒,鉴定正确后,亚克隆入质粒pEGFP-C1,构建真核表达载体pE... 目的:构建人细胞角蛋白8(CK8)全长CDS序列真核表达载体,并转染人肝癌细胞SMMC7721,为研究CK8的生物学功能提供细胞模型。方法:RT-PCR扩增CK8全长CDS,克隆入pMD18-Tsimplevector质粒,鉴定正确后,亚克隆入质粒pEGFP-C1,构建真核表达载体pEGFP-CK8。脂质体介导转染SMMC7721细胞,荧光显微镜、realtimePCR和Westernblot检测CK8的表达。生物信息学软件分析CK8理化特性、信号肽及功能位点等。结果:PCR、酶切和测序结果均证实重组质粒含有人CK8全长CDS序列,转染实验表明CK8在SMMC7721细胞中发生了高表达。结论:成功地构建了人CK8全长CDS真核表达载体,并使其在SMMC7721细胞中获得高表达,为研究CK8的生物学功能奠定了实验基础。 展开更多
关键词 细胞角蛋白8 全长编码序列 真核表达 生物信息学分析
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