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猪肺表面活性蛋白A的DNA全序列克隆与生物信息学分析 被引量:2
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作者 乔莉娟 王立贤 +1 位作者 苏振环 颜华 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第4期393-398,共6页
猪肺表面活性蛋白A(Porcine surfactant proteinA,SP-A)是猪肺泡表面活性蛋白中含量最多、最先被发现具有炎症免疫调节功能的表面活性蛋白。本研究利用比较基因组学方法,设计了6对引物进行PCR扩增,克隆测序后进行拼接,获得了长为4... 猪肺表面活性蛋白A(Porcine surfactant proteinA,SP-A)是猪肺泡表面活性蛋白中含量最多、最先被发现具有炎症免疫调节功能的表面活性蛋白。本研究利用比较基因组学方法,设计了6对引物进行PCR扩增,克隆测序后进行拼接,获得了长为4037bp猪SP-A基因的全序列(gi:DQ985806)。经生物信息学分析,此序列包含了猪SP-A基因启动子区,含有1个747bp的完整开放阅读框,编码248个氨基酸;预测猪SP-A蛋白理论分子量约为26.37ku,蛋白的等电点为5.20;在1~20位氨基酸可能是信号肽序列;在大约1~20、120~135、145~160位氨基酸存在疏水性区域;跨膜结构分析表明此蛋白所有氨基酸都位于膜表面;并且发现猪SP-A蛋白同人SP-A蛋白一样也含有保守的碳水化合物识别区、胶原样区域和茎区。本结果为进一步对SP-A与猪呼吸道疾病相关性的研究奠定了基础。 展开更多
关键词 SP-A基因 全序列克隆 生物信息学分析
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白花泡桐羟基肉桂酰辅酶A还原酶mRNA全序列克隆及序列分析 被引量:2
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作者 陈占宽 杨艳坤 +3 位作者 叶金山 李荣幸 刘志刚 王军军 《西北林学院学报》 CSCD 北大核心 2011年第4期99-103,共5页
经过对其他物种CCR mRNA序列的对比分析后,设计保守区兼并引物,首先用RT-PCR方法得到229 bp CCR mRNA部分序列,之后通过RACE(Rapid Amplification of cDNA Ends)方法,成功克隆得到包括5'UTR和3'UTR在内的CCR全部mRNA序列,并进... 经过对其他物种CCR mRNA序列的对比分析后,设计保守区兼并引物,首先用RT-PCR方法得到229 bp CCR mRNA部分序列,之后通过RACE(Rapid Amplification of cDNA Ends)方法,成功克隆得到包括5'UTR和3'UTR在内的CCR全部mRNA序列,并进行了分析,所得CCRmRNA全序列共1 243个碱基,CDS共999个碱基(103-1 101),编码氨基酸332,和其他多个物种的CCR序列比对结果显示相似度均在80%以上。此序列成功克隆之前,尚未见到白花泡桐木质素代谢关键酶基因的报道,这对丰富白花泡桐基因资源、有针对性的进行白花泡桐品质或材质改良有巨大的意义。 展开更多
关键词 白花泡桐 木质素代谢 羟基肉桂酰辅酶A还原酶 全序列克隆 材质改良
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白花泡桐尿苷二磷酸葡萄糖焦磷酸化酶mRNA全序列克隆及序列分析 被引量:2
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作者 熊治国 刘志刚 +6 位作者 李建祥 裴海朝 高福玲 秦采风 陈占宽 叶金山 付晓 《河南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第3期263-267,共5页
尿苷二磷酸葡萄糖焦磷酸化酶(UDP-Glucose Pyrophosphorylase UGPase)是白花泡桐(Paulownia fortunei(Seem.)Hemsl.)纤维素特异途径的关键酶.在经过对其他物种UGP mRNA序列的对比分析后,设计保守区简并引物,首先用RT-PCR方法得到413 bp ... 尿苷二磷酸葡萄糖焦磷酸化酶(UDP-Glucose Pyrophosphorylase UGPase)是白花泡桐(Paulownia fortunei(Seem.)Hemsl.)纤维素特异途径的关键酶.在经过对其他物种UGP mRNA序列的对比分析后,设计保守区简并引物,首先用RT-PCR方法得到413 bp UGP mRNA部分序列,之后通过RACE方法,成功克隆得到包括5’UTR和3’UTR在内的UGP全部mRNA序列,并进行了分析,所得UGP mRNA全序列共1 694个碱基,CDS共1 428个碱基(112-1539),编码氨基酸475,和其他多个物种的UGP序列比对结果显示相似度均在80%以上. 展开更多
关键词 白花泡桐 纤维素代谢 尿苷二磷酸葡萄糖焦磷酸化酶 全序列克隆
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母猪VEGF基因mRNA全序列的克隆与分析 被引量:2
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作者 陈来华 王立贤 +3 位作者 王立刚 季跃光 颜华 张龙超 《中国畜牧兽医》 CAS 2008年第6期47-51,共5页
本研究运用多种分子生物学方法对母猪胎盘VEGF mRNA全序列进行克隆和分析,结果发现:母猪胎盘VEGFmRNA全长约3500 bp,其完整的cDNA编码190个氨基酸,通过同源性比较预测了VEGF基因的DNA序列全长约为16kb。VEGF基因编码的氨基酸序列与人... 本研究运用多种分子生物学方法对母猪胎盘VEGF mRNA全序列进行克隆和分析,结果发现:母猪胎盘VEGFmRNA全长约3500 bp,其完整的cDNA编码190个氨基酸,通过同源性比较预测了VEGF基因的DNA序列全长约为16kb。VEGF基因编码的氨基酸序列与人、小鼠和恒河猴的同源性分别为78.82%、79.44%和96.34%。经生物信息学分析,预测VEGF蛋白理论分子量为22.33 kD,其等电点为7.89;大约在1-20,40-45,50-60,65-80,100-105位之间的氨基酸存在疏水性区域,用TMHMM2.0分析猪VEGF的跨膜结构发现此蛋白所有氨基酸都位于膜表面,证实了VEGF是一种表面蛋白。用signalP 3.0分析发现在1-27位氨基酸可能为信号肽(P=0.999),且可能在26和27位氨基酸之间发生切割(P=0.956)。对VEGF核苷酸序列和氨基酸序列、蛋白质结构和功能的分析,进一步证实本研究得到了VEGF基因mRNA的全序列,为VEGF基因与母猪繁殖性能的关联性研究提供依据。 展开更多
关键词 VEGF基因 全序列克隆 生物信息学分析
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