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丝状真菌全局性调控因子LaeA的生物信息学分析
1
作者
刘惠怡
刘主
+3 位作者
陈庆泽
许喜佳
陈凯
康林芝
《现代农业科技》
2025年第7期145-149,共5页
通过应用生物信息学分析方法,对丝状真菌中的全局性调控因子LaeA进行结构与功能预测,旨在为揭示其在丝状真菌次级代谢过程中的作用提供科学依据。结果表明:丝状真菌全局性调控因子LaeA是亲水蛋白,无跨膜区且无信号肽;在氨基酸序列第250~...
通过应用生物信息学分析方法,对丝状真菌中的全局性调控因子LaeA进行结构与功能预测,旨在为揭示其在丝状真菌次级代谢过程中的作用提供科学依据。结果表明:丝状真菌全局性调控因子LaeA是亲水蛋白,无跨膜区且无信号肽;在氨基酸序列第250~275位之间可能存在卷曲结构;二级结构中,α-螺旋所占比例为29.84%,β-折叠占15.59%,β-转角占4.30%,无规则卷曲占50.27%;在第138~226位之间有1个结构域Methyltransf_25 domain;预测结果显示,该蛋白氨基酸序列不能够得到较为理想的蛋白质三维结构模型;LaeA蛋白具有翻译途径tRNA甲基化酶以及Ⅰ类SAM依赖性甲基转移酶的作用。
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关键词
丝状真菌
全局
性
调控
因子
laea
生物信息学
疏水性
结构域
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职称材料
真菌次级代谢的表观遗传调控研究
2
作者
谭思怡
陈冠先
+1 位作者
何磊
支庆庆
《广东农业科学》
2025年第5期31-44,共14页
真菌能合成结构多样、功能丰富的次级代谢物,在农业、医药、食品和工业等领域具有重要应用价值。然而,大量真菌次级代谢基因簇(Secondary Metabolite Biosynthetic Gene Cluster,SM-BGC)在常规培养条件下处于沉默状态,限制了其潜在产物...
真菌能合成结构多样、功能丰富的次级代谢物,在农业、医药、食品和工业等领域具有重要应用价值。然而,大量真菌次级代谢基因簇(Secondary Metabolite Biosynthetic Gene Cluster,SM-BGC)在常规培养条件下处于沉默状态,限制了其潜在产物的发现与利用。近年来,DNA甲基化、染色质重塑、非编码RNA及RNA修饰等表观遗传机制在真菌基因表达及次级代谢调控中的作用受到广泛关注。该文对真菌基因表达的主要表观遗传调控方式进行综述,重点探讨组蛋白乙酰化、甲基化修饰及全局调控因子LaeA在调节次级代谢产物合成中的重要作用。组蛋白修饰作为表观遗传调控中的核心环节,通过乙酰化、甲基化等多种修饰类型改变染色质结构,从而影响基因簇的激活或沉默。组蛋白乙酰化通常激活次级代谢基因簇表达,而组蛋白甲基化对次级代谢基因簇的调控效应高度依赖于特定甲基化位点及其催化酶的活性。全局调控因子LaeA作为丝状真菌中保守的S-腺苷甲硫氨酸(SAM)依赖型甲基转移酶,是调节多个次级代谢基因簇染色质状态的关键节点,其不仅通过改变染色质构象实现代谢调控,还与BrlA、CreA等转录因子协同调节代谢网络。同时,该文还探讨DNA甲基转移酶抑制剂和组蛋白去乙酰化酶抑制剂在激活沉默基因簇、调控真菌次级代谢物合成中的潜在应用,为真菌天然产物的开发及次级代谢调控的研究提供参考。
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关键词
真菌
次级代谢
表观遗传
非编码RNA
RNA修饰
全局调控因子laea
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职称材料
细菌全局性调控蛋白CsrA的结构与功能
被引量:
1
3
作者
郑丽平
赵振芳
冯永君
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2013年第8期711-718,共8页
碳存储调控因子A(carbon storage regulator,CsrA)是一种RNA结合蛋白,在细菌的碳代谢、生物被膜形成、运动性、病原菌毒力、群体感应、环二鸟苷酸信号合成、应激感应等多种生理过程中具有重要调节功能,是全局性调控蛋白.它通过与靶标mRN...
碳存储调控因子A(carbon storage regulator,CsrA)是一种RNA结合蛋白,在细菌的碳代谢、生物被膜形成、运动性、病原菌毒力、群体感应、环二鸟苷酸信号合成、应激感应等多种生理过程中具有重要调节功能,是全局性调控蛋白.它通过与靶标mRNA的特异结合,抑制其翻译或增强其稳定性来调控下游基因的表达,属于转录后调控因子的范畴.CsrA蛋白的表达与活性受碳存储调控(Csr)系统本身多个自主调节回路的精密控制:一些小的非编码RNA(snmRNAs,如CsrB/C)作为拮抗因子与CsrA二聚体结合并抑制其活性;而这些snmRNAs在体内又可在CsrD的辅助下被核糖核酸内切酶E和多核苷酸磷酸化酶降解,释放CsrA的活性.当前,对于Csr系统的调节作用、调控通路与机制的研究是细菌学研究的热点,本文综述了该蛋白及Csr系统的结构、功能和作用机制的最新研究进展.
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关键词
碳存储
调控
因子
A
全局
性
调控
因子
非编码小RNA
转录后调节
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职称材料
黄曲霉野生型及LaeA缺陷型菌株胞外差异蛋白鉴定
被引量:
2
4
作者
雷阳
吕扬勇
+3 位作者
张帅兵
陈菲
吕昂
胡元森
《南方农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第11期1827-1831,共5页
【目的】分析黄曲霉野生型产毒株及LaeA缺陷型无毒株在以小麦、玉米为培养基质中生长时的胞外差异蛋白,为进一步明确LaeA因子在黄曲霉产毒调控中的作用提供基础数据。【方法】将小麦及玉米籽粒粉碎后灭菌并加水配制成培养黄曲霉菌的基质...
【目的】分析黄曲霉野生型产毒株及LaeA缺陷型无毒株在以小麦、玉米为培养基质中生长时的胞外差异蛋白,为进一步明确LaeA因子在黄曲霉产毒调控中的作用提供基础数据。【方法】将小麦及玉米籽粒粉碎后灭菌并加水配制成培养黄曲霉菌的基质,在产毒株(黄曲霉CA14野生型)及无毒株(LaeA缺陷型)培养0、48和72 h时取样,采用SDS-PAGE分别分析黄曲霉毒素B1(AFB1)及胞外差异蛋白,并采用液质联用四极杆飞行时间质谱技术[LC-MS-MS(Q-TOF)]对获得的胞外差异蛋白进行鉴定。【结果】黄曲霉野生型及LaeA缺陷型菌株均能将小麦和玉米基质中的小分子蛋白迅速转化,随着培养时间延长,LaeA缺陷型菌株的胞外蛋白较野生型菌株略少,不产生黄曲霉毒素。产毒株及无毒株胞外差异蛋白条带共有7个,主要为淀粉酶A、碱性蛋白酶、木聚糖酶F3和亮氨酸氨基肽酶A等生理酶类。【结论】黄曲霉产毒株与无毒株的胞外差异蛋白为生理酶类蛋白,该类酶蛋白主要与营养摄入有关,且影响黄曲霉菌丝的生长。
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关键词
黄曲霉
胞外蛋白
小麦和玉米
调控
因子
laea
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职称材料
微生物合成2,3-丁二醇的代谢工程
被引量:
10
5
作者
童颖佳
邬文嘉
+3 位作者
彭辉
刘陆罡
黄和
纪晓俊
《化工学报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2016年第7期2656-2671,共16页
2,3-丁二醇(2,3-BD)是一种重要的微生物代谢产物,广泛应用于食品、医药、化工等多个领域。微生物合成2,3-BD的效率不高一直制约着其生物制造工业化进程,应用代谢工程的理论和方法优化微生物的代谢途径有望解决这一问题。本文全面总结了...
2,3-丁二醇(2,3-BD)是一种重要的微生物代谢产物,广泛应用于食品、医药、化工等多个领域。微生物合成2,3-BD的效率不高一直制约着其生物制造工业化进程,应用代谢工程的理论和方法优化微生物的代谢途径有望解决这一问题。本文全面总结了近年来微生物合成2,3-BD研究过程中的菌株改造和构建技术,包括过表达合成途径中的关键酶编码基因、敲除旁路代谢途径关键酶编码基因、应用辅因子工程手段对天然菌株代谢网络进行重新设计和合理改造,以及利用合成生物学技术在模式菌株中构建全新的代谢途径,实现2,3-BD的高效生物合成。最后,本文对未来的研究方向进行了展望,提出了进一步利用先进的合成生物学方法构建高效细胞工厂的指导性建议。
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关键词
2
3-丁二醇
代谢
生化工程
辅
因子
调控
全局
转录
调控
合成生物学
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职称材料
紫色红曲霉Mp-21 MpMcrA基因的克隆与生物信息学分析
被引量:
1
6
作者
潘妍妍
王嘉琦
+1 位作者
杨孙玉悦
蒋冬花
《微生物学杂志》
CAS
CSCD
2023年第3期11-18,共8页
McrA为最近在构巢曲霉(Aspergillus nidulans)中发现的全局调控因子,具有调控丝状真菌生长发育和次级代谢的作用,利用生物信息学分析方法找到并克隆紫色红曲霉(Monascus purpureus)中mcrA基因,将其命名为MpMcrA。分析MpMcrA蛋白质理化...
McrA为最近在构巢曲霉(Aspergillus nidulans)中发现的全局调控因子,具有调控丝状真菌生长发育和次级代谢的作用,利用生物信息学分析方法找到并克隆紫色红曲霉(Monascus purpureus)中mcrA基因,将其命名为MpMcrA。分析MpMcrA蛋白质理化性质、亲疏水性、亚细胞定位、信号肽、跨膜区域及磷酸化位点、转录因子结合位点以及蛋白质二级结构。利用ProtParam、ProtScale、PSORTII、SignalP4.1等生物信息学软件对MpMcrA进行系统分析。结果表明,MpMcrA基因长1356 bp,其中含有3个外显子,2个内含子,编码410个氨基酸,与构巢曲霉序列比对蛋白相似性高达64%。预测结果显示,MpMcrA属于亲水蛋白,位于细胞核可能性大,不存在跨膜区域,不属于膜蛋白;不存在剪切位点,不属于分泌蛋白;基因含有54个潜在的磷酸化位点;可能存在5个转录因子结合位点;蛋白结构大部分为无规则卷曲,整体结构较松散。对MpMcrA基因进行了生物信息学分析,得到了基因特征和分析结果。初步确定MpMcrA基因为构巢曲霉同源mcrA基因,在红曲霉中未见有报道。
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关键词
紫色红曲霉
全局
调控
因子
生长发育
次级代谢
生物信息学
MpMcrA基因
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职称材料
可变剪接网络连结细胞周期控制与凋亡
7
作者
吴思涵
《中国病理生理杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第A10期1912-1912,共1页
关键词
可变剪接
细胞周期
剪接体
CASPASE
人类细胞
剪接调节
因子
全局
调控
AURORA
SPLICING
RNA
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职称材料
题名
丝状真菌全局性调控因子LaeA的生物信息学分析
1
作者
刘惠怡
刘主
陈庆泽
许喜佳
陈凯
康林芝
机构
韶关学院生物与农业学院
韶关学院食品学院
韶关市星河生物科技有限公司
出处
《现代农业科技》
2025年第7期145-149,共5页
基金
广东省韶关学院大学生创新创业训练计划项目(S202210576063)
广东省韶关学院科研重点项目(SZ2018KJ07)
+1 种基金
广东省普通高校青年创新人才类项目(2021KQNCX086)
广东省教育厅普通高校重点项目(2022ZDZX2058)。
文摘
通过应用生物信息学分析方法,对丝状真菌中的全局性调控因子LaeA进行结构与功能预测,旨在为揭示其在丝状真菌次级代谢过程中的作用提供科学依据。结果表明:丝状真菌全局性调控因子LaeA是亲水蛋白,无跨膜区且无信号肽;在氨基酸序列第250~275位之间可能存在卷曲结构;二级结构中,α-螺旋所占比例为29.84%,β-折叠占15.59%,β-转角占4.30%,无规则卷曲占50.27%;在第138~226位之间有1个结构域Methyltransf_25 domain;预测结果显示,该蛋白氨基酸序列不能够得到较为理想的蛋白质三维结构模型;LaeA蛋白具有翻译途径tRNA甲基化酶以及Ⅰ类SAM依赖性甲基转移酶的作用。
关键词
丝状真菌
全局
性
调控
因子
laea
生物信息学
疏水性
结构域
Keywords
filamentous fungus
global regulatory factor
laea
bioinformatics
hydrophobicity
domain
分类号
S476 [农业科学—农业昆虫与害虫防治]
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职称材料
题名
真菌次级代谢的表观遗传调控研究
2
作者
谭思怡
陈冠先
何磊
支庆庆
机构
仲恺农业工程学院农业与生物学院
广东科贸职业技术学院食品生物学院
出处
《广东农业科学》
2025年第5期31-44,共14页
基金
国家自然科学基金(31801038)
广东省基础与应用基础研究基金(2020A1515010243)。
文摘
真菌能合成结构多样、功能丰富的次级代谢物,在农业、医药、食品和工业等领域具有重要应用价值。然而,大量真菌次级代谢基因簇(Secondary Metabolite Biosynthetic Gene Cluster,SM-BGC)在常规培养条件下处于沉默状态,限制了其潜在产物的发现与利用。近年来,DNA甲基化、染色质重塑、非编码RNA及RNA修饰等表观遗传机制在真菌基因表达及次级代谢调控中的作用受到广泛关注。该文对真菌基因表达的主要表观遗传调控方式进行综述,重点探讨组蛋白乙酰化、甲基化修饰及全局调控因子LaeA在调节次级代谢产物合成中的重要作用。组蛋白修饰作为表观遗传调控中的核心环节,通过乙酰化、甲基化等多种修饰类型改变染色质结构,从而影响基因簇的激活或沉默。组蛋白乙酰化通常激活次级代谢基因簇表达,而组蛋白甲基化对次级代谢基因簇的调控效应高度依赖于特定甲基化位点及其催化酶的活性。全局调控因子LaeA作为丝状真菌中保守的S-腺苷甲硫氨酸(SAM)依赖型甲基转移酶,是调节多个次级代谢基因簇染色质状态的关键节点,其不仅通过改变染色质构象实现代谢调控,还与BrlA、CreA等转录因子协同调节代谢网络。同时,该文还探讨DNA甲基转移酶抑制剂和组蛋白去乙酰化酶抑制剂在激活沉默基因簇、调控真菌次级代谢物合成中的潜在应用,为真菌天然产物的开发及次级代谢调控的研究提供参考。
关键词
真菌
次级代谢
表观遗传
非编码RNA
RNA修饰
全局调控因子laea
Keywords
fungi
secondary metabolism
epigenetics
non-coding RNA
RNA modification
laea
分类号
S18 [农业科学—农业基础科学]
Q93 [生物学—微生物学]
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职称材料
题名
细菌全局性调控蛋白CsrA的结构与功能
被引量:
1
3
作者
郑丽平
赵振芳
冯永君
机构
北京理工大学生命科学学院
出处
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2013年第8期711-718,共8页
基金
国家自然科学基金资助项目(No.31170035
No.31271636)~~
文摘
碳存储调控因子A(carbon storage regulator,CsrA)是一种RNA结合蛋白,在细菌的碳代谢、生物被膜形成、运动性、病原菌毒力、群体感应、环二鸟苷酸信号合成、应激感应等多种生理过程中具有重要调节功能,是全局性调控蛋白.它通过与靶标mRNA的特异结合,抑制其翻译或增强其稳定性来调控下游基因的表达,属于转录后调控因子的范畴.CsrA蛋白的表达与活性受碳存储调控(Csr)系统本身多个自主调节回路的精密控制:一些小的非编码RNA(snmRNAs,如CsrB/C)作为拮抗因子与CsrA二聚体结合并抑制其活性;而这些snmRNAs在体内又可在CsrD的辅助下被核糖核酸内切酶E和多核苷酸磷酸化酶降解,释放CsrA的活性.当前,对于Csr系统的调节作用、调控通路与机制的研究是细菌学研究的热点,本文综述了该蛋白及Csr系统的结构、功能和作用机制的最新研究进展.
关键词
碳存储
调控
因子
A
全局
性
调控
因子
非编码小RNA
转录后调节
Keywords
carbon storage regulator A (CsrA)
global regulatory protein
small non-messenger RNA(snmRNA)
transcriptional regulatory
分类号
Q74 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
黄曲霉野生型及LaeA缺陷型菌株胞外差异蛋白鉴定
被引量:
2
4
作者
雷阳
吕扬勇
张帅兵
陈菲
吕昂
胡元森
机构
河南工业大学生物工程学院
出处
《南方农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第11期1827-1831,共5页
基金
国家自然科学基金项目(31371850)
国家自然科学基金青年基金项目(31501575)
+1 种基金
河南省属高校基本科研业务费专项项目(2015QNJH06)
河南省教育厅自然科学研究项目(16A180025)
文摘
【目的】分析黄曲霉野生型产毒株及LaeA缺陷型无毒株在以小麦、玉米为培养基质中生长时的胞外差异蛋白,为进一步明确LaeA因子在黄曲霉产毒调控中的作用提供基础数据。【方法】将小麦及玉米籽粒粉碎后灭菌并加水配制成培养黄曲霉菌的基质,在产毒株(黄曲霉CA14野生型)及无毒株(LaeA缺陷型)培养0、48和72 h时取样,采用SDS-PAGE分别分析黄曲霉毒素B1(AFB1)及胞外差异蛋白,并采用液质联用四极杆飞行时间质谱技术[LC-MS-MS(Q-TOF)]对获得的胞外差异蛋白进行鉴定。【结果】黄曲霉野生型及LaeA缺陷型菌株均能将小麦和玉米基质中的小分子蛋白迅速转化,随着培养时间延长,LaeA缺陷型菌株的胞外蛋白较野生型菌株略少,不产生黄曲霉毒素。产毒株及无毒株胞外差异蛋白条带共有7个,主要为淀粉酶A、碱性蛋白酶、木聚糖酶F3和亮氨酸氨基肽酶A等生理酶类。【结论】黄曲霉产毒株与无毒株的胞外差异蛋白为生理酶类蛋白,该类酶蛋白主要与营养摄入有关,且影响黄曲霉菌丝的生长。
关键词
黄曲霉
胞外蛋白
小麦和玉米
调控
因子
laea
Keywords
wAspergillus tlavus
extracellular protein
wheat and corn
regulatory factor
laea
分类号
S182 [农业科学—农业基础科学]
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职称材料
题名
微生物合成2,3-丁二醇的代谢工程
被引量:
10
5
作者
童颖佳
邬文嘉
彭辉
刘陆罡
黄和
纪晓俊
机构
南京工业大学生物与制药工程学院
出处
《化工学报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2016年第7期2656-2671,共16页
基金
国家重点基础研究发展计划项目(2011CBA00800)
国家自然科学基金项目(21376002,21476111)
+1 种基金
国家高技术研究发展计划项目(2011AA02A207)
江苏高校优势学科建设工程资助项目
文摘
2,3-丁二醇(2,3-BD)是一种重要的微生物代谢产物,广泛应用于食品、医药、化工等多个领域。微生物合成2,3-BD的效率不高一直制约着其生物制造工业化进程,应用代谢工程的理论和方法优化微生物的代谢途径有望解决这一问题。本文全面总结了近年来微生物合成2,3-BD研究过程中的菌株改造和构建技术,包括过表达合成途径中的关键酶编码基因、敲除旁路代谢途径关键酶编码基因、应用辅因子工程手段对天然菌株代谢网络进行重新设计和合理改造,以及利用合成生物学技术在模式菌株中构建全新的代谢途径,实现2,3-BD的高效生物合成。最后,本文对未来的研究方向进行了展望,提出了进一步利用先进的合成生物学方法构建高效细胞工厂的指导性建议。
关键词
2
3-丁二醇
代谢
生化工程
辅
因子
调控
全局
转录
调控
合成生物学
Keywords
2
3-butanediol
metabolism
biochemical engineering
cofactors regulation
global transcription machinery engineering
synthetic biology
分类号
O622.3 [理学—有机化学]
TQ923 [轻工技术与工程—发酵工程]
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职称材料
题名
紫色红曲霉Mp-21 MpMcrA基因的克隆与生物信息学分析
被引量:
1
6
作者
潘妍妍
王嘉琦
杨孙玉悦
蒋冬花
机构
浙江师范大学化学与生命科学学院
出处
《微生物学杂志》
CAS
CSCD
2023年第3期11-18,共8页
基金
国家自然科学基金项目(31570013)。
文摘
McrA为最近在构巢曲霉(Aspergillus nidulans)中发现的全局调控因子,具有调控丝状真菌生长发育和次级代谢的作用,利用生物信息学分析方法找到并克隆紫色红曲霉(Monascus purpureus)中mcrA基因,将其命名为MpMcrA。分析MpMcrA蛋白质理化性质、亲疏水性、亚细胞定位、信号肽、跨膜区域及磷酸化位点、转录因子结合位点以及蛋白质二级结构。利用ProtParam、ProtScale、PSORTII、SignalP4.1等生物信息学软件对MpMcrA进行系统分析。结果表明,MpMcrA基因长1356 bp,其中含有3个外显子,2个内含子,编码410个氨基酸,与构巢曲霉序列比对蛋白相似性高达64%。预测结果显示,MpMcrA属于亲水蛋白,位于细胞核可能性大,不存在跨膜区域,不属于膜蛋白;不存在剪切位点,不属于分泌蛋白;基因含有54个潜在的磷酸化位点;可能存在5个转录因子结合位点;蛋白结构大部分为无规则卷曲,整体结构较松散。对MpMcrA基因进行了生物信息学分析,得到了基因特征和分析结果。初步确定MpMcrA基因为构巢曲霉同源mcrA基因,在红曲霉中未见有报道。
关键词
紫色红曲霉
全局
调控
因子
生长发育
次级代谢
生物信息学
MpMcrA基因
Keywords
Monascus purpureus
general regulatory factor
growth and development
secondary metabolism
function prediction
MpMcrA gene
分类号
Q933 [生物学—微生物学]
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职称材料
题名
可变剪接网络连结细胞周期控制与凋亡
7
作者
吴思涵
出处
《中国病理生理杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第A10期1912-1912,共1页
关键词
可变剪接
细胞周期
剪接体
CASPASE
人类细胞
剪接调节
因子
全局
调控
AURORA
SPLICING
RNA
分类号
R363 [医药卫生—病理学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
丝状真菌全局性调控因子LaeA的生物信息学分析
刘惠怡
刘主
陈庆泽
许喜佳
陈凯
康林芝
《现代农业科技》
2025
0
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职称材料
2
真菌次级代谢的表观遗传调控研究
谭思怡
陈冠先
何磊
支庆庆
《广东农业科学》
2025
0
在线阅读
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职称材料
3
细菌全局性调控蛋白CsrA的结构与功能
郑丽平
赵振芳
冯永君
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2013
1
在线阅读
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职称材料
4
黄曲霉野生型及LaeA缺陷型菌株胞外差异蛋白鉴定
雷阳
吕扬勇
张帅兵
陈菲
吕昂
胡元森
《南方农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2016
2
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职称材料
5
微生物合成2,3-丁二醇的代谢工程
童颖佳
邬文嘉
彭辉
刘陆罡
黄和
纪晓俊
《化工学报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2016
10
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职称材料
6
紫色红曲霉Mp-21 MpMcrA基因的克隆与生物信息学分析
潘妍妍
王嘉琦
杨孙玉悦
蒋冬花
《微生物学杂志》
CAS
CSCD
2023
1
在线阅读
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职称材料
7
可变剪接网络连结细胞周期控制与凋亡
吴思涵
《中国病理生理杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2010
0
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职称材料
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