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基于全基因组重测序技术对平菇白色变异菌株的鉴定及遗传变异研究: 1; 作者夏会楠郝刘斌 +3 位作者田雨李海康王春霞郑素月《江苏农业科学》北大核心 2024年第18期41-49,共9页; 以生产上收集的一个平菇白色变异菌株(Po50)、黑色出发菌株(Po51)和一个白色生产菌株(Po9)为材料,采用拮抗、酯酶同工酶和全基因组重测序方法对3个菌株进行鉴定。拮抗和酯酶同工酶结果表明,白色变异菌株和黑色出发菌株之间无明显拮抗和... 展开更多; 关键词平菇变异菌株全基因组重测序技术酯酶同工酶; 在线阅读下载PDF 职称材料

感染大片形吸虫水牛脊髓全基因组DNA的甲基化及其功能的分析被引量：4: 2; 作者钟舒红盛兆安 +7 位作者李军彭昊吴翠兰马春霞彭红艳黄维义施维潘艳《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期253-263,共11页; 为探究感染大片形吸虫后不同时间水牛脊髓全基因组DNA甲基化的类型、占比及其感染后差异甲基化区域(DMR)涉及的功能及信号通路,本研究将大片形吸虫囊蚴经口灌胃感染8~10月龄水牛,分别于感染后3 d(J01)、10 d(J02)、28 d(J03)、42 d(J04)... 展开更多; 关键词水牛大片形吸虫脊髓 DNA甲基化全基因组重亚硫酸盐测序技术差异甲基化区域; 在线阅读下载PDF 职称材料

基于表型和基因组信息评价北京油鸡保种群保种情况被引量：8: 3; 作者王海龙王巧 +7 位作者邢思远王杰李庆贺郑麦青崔焕先刘冉冉赵桂苹文杰《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第9期2406-2415,共10页; 旨在利用表型和基因组信息对北京油鸡随机交配保种群体近交系数、有效群体大小进行研究,评价北京油鸡保种群体保种情况。本研究以国家级北京油鸡保种场北京油鸡2019年随机交配保种群体40只鸡为研究对象,对表型记录进行整理,同时利用基因... 展开更多; 关键词北京油鸡资源保护近交系数全基因组重测序技术连续性纯合片段; 在线阅读下载PDF 职称材料

刺参基因组DNA甲基化水平及模式对温度变化的响应被引量：2: 4; 作者温争争左闪 +5 位作者陈梦周红学孙国华冯艳微王卫军杨建敏《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2021年第3期46-54,共9页; 本研究为了探讨刺参(Apostichopus japonicus)在不同温度胁迫下的DNA甲基化水平与甲基化模式变化,利用全基因组重亚硫酸盐测序技术(WGBS)和酶联免疫吸附法(ELISA)对刺参在3个温度下(20℃、26℃和32℃)的纵肌、呼吸树、消化道和体壁4个... 展开更多; 关键词刺参 DNA甲基化水平及模式休眠高温胁迫全基因组重亚硫酸盐测序技术酶联免疫吸附; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名基于全基因组重测序技术对平菇白色变异菌株的鉴定及遗传变异研究: 1; 作者夏会楠郝刘斌田雨李海康王春霞郑素月; 机构河北工程大学园林与生态工程学院; 出处《江苏农业科学》北大核心 2024年第18期41-49,共9页; 基金河北省现代农业产业技术体系食用菌创新团队建设专项资金(编号:HBCT2023090207) 河北省农业科技成果转化项目(编号:202360101010014)。; 文摘以生产上收集的一个平菇白色变异菌株(Po50)、黑色出发菌株(Po51)和一个白色生产菌株(Po9)为材料,采用拮抗、酯酶同工酶和全基因组重测序方法对3个菌株进行鉴定。拮抗和酯酶同工酶结果表明,白色变异菌株和黑色出发菌株之间无明显拮抗和酶谱差异,与生产平菇白色菌株差异较大;进一步通过全基因组重测序技术鉴定结果表明,3个菌株鉴定出大量的SNP(单核苷酸多态性位点)、InDel(插入缺失位点)、SV(结构变异位点)。平菇白色变异菌株Po50检测到SNP、InDel突变总数为1504391个,生产菌株Po9检测到SNP、InDel突变总数为1371818个,黑色出发菌株Po51检测到SNP、InDel突变总数为1501877个,通过生物信息手段分析白色变异菌株黑色出发菌株以及对照菌株Po9基因组间的结构差异,获得遗传变异图谱,可以对变异菌株进行快速精准鉴定。; 关键词平菇变异菌株全基因组重测序技术酯酶同工酶; 分类号 S646.140.1 [农业科学—蔬菜学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名感染大片形吸虫水牛脊髓全基因组DNA的甲基化及其功能的分析被引量：4: 2; 作者钟舒红盛兆安李军彭昊吴翠兰马春霞彭红艳黄维义施维潘艳; 机构广西壮族自治区兽医研究所广西大学动物科学技术学院; 出处《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期253-263,共11页; 基金广西重点研发计划(桂科AB16380106) 广西基本科研业务费专项(桂科专项17-3)。; 文摘为探究感染大片形吸虫后不同时间水牛脊髓全基因组DNA甲基化的类型、占比及其感染后差异甲基化区域(DMR)涉及的功能及信号通路,本研究将大片形吸虫囊蚴经口灌胃感染8~10月龄水牛,分别于感染后3 d(J01)、10 d(J02)、28 d(J03)、42 d(J04)、70 d(J05)和98 d(J06)采集水牛脊髓,利用全基因组重亚硫酸盐测序技术(WGBS)对基因组DNA的甲基化测序,测序数据经过滤筛选后,采用Bismark软件分析各组水牛脊髓基因组DNA甲基化的类型及其占比(某种类型甲基化序列在该组全部可用测序序列中的占比以及该组某种C类型甲基化的数量在全部C类型甲基化中的占比),并采用weight methylation level对各组水牛脊髓基因组DNA 7个功能区域的甲基化进行聚类分析。WGBS测序结果经过滤后显示,平均每组测序长度为100.29 Gp,Q20%(质量值≥20的碱基占总碱基数的百分比)和Q30%分别达到95%和85%以上,6组样品亚硫酸盐(BS)转化率均大于99%,表明WGBS测序结果准确可靠;各组样品DNA甲基化类型和占比的分析及统计结果显示,J01~J06组基因组分别包含CG、CHG、CHH 3种类型的甲基化(mCG、m CH及m CHH),且以m CG类型占比最多(63.1%~71.7%,80.11%~85.73%),m CHH类型(0.9%~1.2%,11.27%~15.18%)及m CHG类型均较少(1.0%~1.2%,3.00%~4.84%);聚类分析结果显示,上述3种类型的甲基化主要分布在水牛脊髓基因组第1内含子和内部内含子。上述结果表明,感染大片形吸虫后水牛脊髓基因组DNA甲基化类型以m CG为主,且第1内含子和内部内含子的甲基化可能影响该两个区域相关基因的正常表达。利用R软件包分析各组水牛脊髓基因组之间是否存在DMR,并采用基于模型的亚硫酸氢盐测序数据分析(MOABS)筛选并统计各组之间的DMR及DMR的数量;采用DAVID软件分析各组DMR在其相应基因组中的分布;采用R语言对各组的DMR进行GO功能注释和KEEG富集分析。DMR的筛选及统计结果显示,各基因组间均存在DMR,且各组间均以CG类型DMR数量的差异最大。其中,J06与J01(7134个)、J06与J02(7174个)、J06与J03(6743个)、J04与J03组(11611个)之间DMR数量的差异最大,且96.42%~99.04%的DMR分布在基因组基因间区,0.96%~3.59%的DMR分布在基因组启动子区。DMR的GO功能分析显示,各组间CG类型DMR的GO功能注释结果基本相似,主要富集在细胞进程、生物调节、代谢过程、结合及催化活性等生物学过程;KEGG分析结果显示,各组间尤其是在感染后期(J06组和J04组)DMR主要富集在癌症及PI3K-Akt等信号通路中。上述结果表明,在大片吸虫慢性感染的过程中,尤其在感染中后期对水牛脊髓基因组基因间区相关基因的表达有影响,且甲基化的DNA可能主要通过以上两个信号通路影响相关基因的表达,进而影响水牛脊髓的各种生物学功能,最终引起水牛中枢神经系统疾病。这在一定程度阐释了寄生在肝脏的片形吸虫影响宿主中枢神经系统的机制。本研究为深入探究大片形吸虫感染对水牛神经系统的影响机制奠定了实验基础。; 关键词水牛大片形吸虫脊髓 DNA甲基化全基因组重亚硫酸盐测序技术差异甲基化区域; Keywords Bubalus bubalis Fasciola gigantic spinal cord DNA methylation WGBS DMR; 分类号 S852.73 [农业科学—基础兽医学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名基于表型和基因组信息评价北京油鸡保种群保种情况被引量：8: 3; 作者王海龙王巧邢思远王杰李庆贺郑麦青崔焕先刘冉冉赵桂苹文杰; 机构中国农业科学院北京畜牧兽医研究所动物营养学国家重点实验室; 出处《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第9期2406-2415,共10页; 基金中国农业科学院北京畜牧兽医研究所中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金(2020-YWF-YB-01) 国家肉鸡产业技术体系(CARS-42)。; 文摘旨在利用表型和基因组信息对北京油鸡随机交配保种群体近交系数、有效群体大小进行研究,评价北京油鸡保种群体保种情况。本研究以国家级北京油鸡保种场北京油鸡2019年随机交配保种群体40只鸡为研究对象,对表型记录进行整理,同时利用基因组SNP信息,使用PLINK软件分别计算基于ROH的近交系数(FROH)、基于纯合基因型的近交系数(FHOM)、基于联合配子之间相关性的近交系数(FUNI);使用GCTA和R软件计算基于基因组关系G矩阵的近交系数(FGRM);使用SNeP软件估计北京油鸡历史世代的有效群体大小;使用NeEstimator软件估计基于连锁不平衡方法的当前世代的有效群体大小;使用R软件的PerformanceAnalytics包对FROH、FHOM、FGRM和FUNI等不同算法所得近交系数进行相关性分析,评价北京油鸡的保种情况。结果显示,1979—2019年以来,北京油鸡保种群体凤冠、胫羽、五趾等典型的外貌特征明显且百分比稳定;保种群有效群体大小从98世代前的595逐渐降至13世代前的176;2019年北京油鸡随机交配保种群体FROH为0.0798,与FGRM显著相关(P<0.01),且相关系数为0.45;除此之外,FHOM与FGRM,FHOM与FUNI以及FGRM与FUNI之间也存在较高的线性相关。北京油鸡1979—2019年以来近交系数增长缓慢,国家级北京油鸡保种场随机交配保种群体的保种工作是十分有效的。基于目前情况,本研究建议每年随机选取一定数量的北京油鸡随机交配保种群体的个体,进行全基因组二代重测序检测,有利于对保种状况进行动态监控,以便随时调整保种工作方案。; 关键词北京油鸡资源保护近交系数全基因组重测序技术连续性纯合片段; Keywords Beijing You chicken resource protection inbreeding coefficient genome resequencing technology ROH; 分类号 S831.2 [农业科学—畜牧学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名刺参基因组DNA甲基化水平及模式对温度变化的响应被引量：2: 4; 作者温争争左闪陈梦周红学孙国华冯艳微王卫军杨建敏; 机构上海海洋大学水产科学国家级实验教学示范中心上海海洋大学上海水产养殖工程技术研究中心鲁东大学农学院山东省农业农村厅烟台海育海洋科技有限公司; 出处《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2021年第3期46-54,共9页; 基金国家重点研发计划课题(2018YFD0901602) 山东省现代农业产业技术体系(SDAIT-22-02) +1 种基金泰山产业领军人才(tscy20190114) 国家自然科学基金项目(31602144)共同资助。; 文摘本研究为了探讨刺参(Apostichopus japonicus)在不同温度胁迫下的DNA甲基化水平与甲基化模式变化,利用全基因组重亚硫酸盐测序技术(WGBS)和酶联免疫吸附法(ELISA)对刺参在3个温度下(20℃、26℃和32℃)的纵肌、呼吸树、消化道和体壁4个组织进行分析。WGBS测序结果显示,在消化道组织中,20℃、26℃和32℃温度组全基因组总甲基化水平分别为(1.70±0.01)%、(1.79±0.11)%和(1.59±0.04)%,26℃组处于休眠状态,刺参消化道基因组甲基化水平升高,而32℃组高温胁迫下,甲基化水平下降;在总甲基化位点中,CG类型是主要的甲基化修饰(96%以上),CHH和CHG位点占比较低;30%甲基化水平的甲基化位点中,CHG和CHH为本类型甲基化的最高点,且显著高于CG类型。ELISA检测结果显示,3种不同温度下,刺参呼吸树和消化道组织的甲基化水平范围为2.68%~3.29%,均高于纵肌和体壁组织;温度变化后,刺参呼吸树和消化道组织的总甲基化水平均有显著变化,而纵肌和体壁的总甲基化水平基本不变,表明DNA甲基化可能参与刺参的高温胁迫调控机制。刺参应对温度变化过程中DNA甲基化水平的研究,从表观遗传学视角解析温度升高对刺参不同组织的影响,可为丰富刺参甲基化研究内容和无脊椎动物的甲基化发生规律提供参考。; 关键词刺参 DNA甲基化水平及模式休眠高温胁迫全基因组重亚硫酸盐测序技术酶联免疫吸附; Keywords Apostichopus japonicus DNA methylation and mode Dormancy High temperature stress Whole genome bisulfite sequencing Enzyme linked immunosorbent assay; 分类号 S968.9 [农业科学—水产养殖]; 在线阅读下载PDF 职称材料

	题名	作者	出处	发文年	被引量	操作
1	基于全基因组重测序技术对平菇白色变异菌株的鉴定及遗传变异研究	夏会楠郝刘斌田雨李海康王春霞郑素月	《江苏农业科学》北大核心	2024	0	在线阅读下载PDF 职称材料
2	感染大片形吸虫水牛脊髓全基因组DNA的甲基化及其功能的分析	钟舒红盛兆安李军彭昊吴翠兰马春霞彭红艳黄维义施维潘艳	《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心	2023	4	在线阅读下载PDF 职称材料
3	基于表型和基因组信息评价北京油鸡保种群保种情况	王海龙王巧邢思远王杰李庆贺郑麦青崔焕先刘冉冉赵桂苹文杰	《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心	2021	8	在线阅读下载PDF 职称材料
4	刺参基因组DNA甲基化水平及模式对温度变化的响应	温争争左闪陈梦周红学孙国华冯艳微王卫军杨建敏	《渔业科学进展》 CSCD 北大核心	2021	2	在线阅读下载PDF 职称材料