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高效自动化HD-Marker文库构建流程的建立及评估
1
作者
杨志辉
吕佳
+5 位作者
刘平平
张天琦
黄晓文
倪萍
包振民
王师
《中国海洋大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第5期66-75,共10页
针对HD-Marker (High-throughput, sequencing-based GoldenGate approach)技术应用于育种研究时面临的短时间内快速完成大批量样品基因分型的挑战,本研究基于自动化移液工作站建立了HD-Marker文库自动化构建体系并评估了此方法在文库...
针对HD-Marker (High-throughput, sequencing-based GoldenGate approach)技术应用于育种研究时面临的短时间内快速完成大批量样品基因分型的挑战,本研究基于自动化移液工作站建立了HD-Marker文库自动化构建体系并评估了此方法在文库构建中的可靠性。本研究基于自动化移液工作站建立了HD-Marker文库自动化构建流程,并评估了此方法在文库构建中的可靠性。结果表明扩增产物具有较高均匀性,浓度范围在23.1~38.7 ng/μL之间;90.63%的文库可获得清晰文库条带;文库位点捕获效率均在97%以上,分型位点比例能达到100%,与标准WGS文库数据相比,位点分型准确性也在97%~100%之间。此自动化文库构建流程可并行处理96个样品的文库制备,整体运行时间仅为人工操作的1/7。本研究首次实现了标准化的自动化HD-Marker基因分型文库制备,为大规模育种群体的基因分型效率的提高提供依据,并为全基因组选择育种的实施提供了具有实用价值的高效率技术平台。
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关键词
自动化移液工作站
HD-Marker
文库构建
基因
分型
全基因组选择育种
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职称材料
题名
高效自动化HD-Marker文库构建流程的建立及评估
1
作者
杨志辉
吕佳
刘平平
张天琦
黄晓文
倪萍
包振民
王师
机构
中国海洋大学海洋生命学院
青岛海洋科学与技术试点国家实验室
青岛海洋科学与技术试点国家实验室
中国海洋大学三亚海洋研究院
出处
《中国海洋大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第5期66-75,共10页
基金
中央高校基本科研业务费专项(202064008)
三亚崖州湾科技城管理局项目(SKJC-2020-02-009)资助
文摘
针对HD-Marker (High-throughput, sequencing-based GoldenGate approach)技术应用于育种研究时面临的短时间内快速完成大批量样品基因分型的挑战,本研究基于自动化移液工作站建立了HD-Marker文库自动化构建体系并评估了此方法在文库构建中的可靠性。本研究基于自动化移液工作站建立了HD-Marker文库自动化构建流程,并评估了此方法在文库构建中的可靠性。结果表明扩增产物具有较高均匀性,浓度范围在23.1~38.7 ng/μL之间;90.63%的文库可获得清晰文库条带;文库位点捕获效率均在97%以上,分型位点比例能达到100%,与标准WGS文库数据相比,位点分型准确性也在97%~100%之间。此自动化文库构建流程可并行处理96个样品的文库制备,整体运行时间仅为人工操作的1/7。本研究首次实现了标准化的自动化HD-Marker基因分型文库制备,为大规模育种群体的基因分型效率的提高提供依据,并为全基因组选择育种的实施提供了具有实用价值的高效率技术平台。
关键词
自动化移液工作站
HD-Marker
文库构建
基因
分型
全基因组选择育种
Keywords
automatic liquid handling workstation
HD-Marker
library construction
genotyping
genomic selection
分类号
Q-31 [生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
高效自动化HD-Marker文库构建流程的建立及评估
杨志辉
吕佳
刘平平
张天琦
黄晓文
倪萍
包振民
王师
《中国海洋大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2022
0
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