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一份水稻寡分蘖近等基因系的构建及全基因组差异表达分析
被引量：
1
1
作者
邓其明
王颖姮
+2 位作者
王世全
李双成
李平
《中国水稻科学》
CAS
CSCD
北大核心
2008年第1期15-22,共8页
利用水稻寡分蘖突变体G069与广亲和材料02428杂交和连续回交,建立了寡分蘖基因在02428基因组背景下的近等基因系02428-ft1.在分蘖始期对其分蘖节位的石蜡切片观察表明,寡分蘖基因抑制了水稻侧芽的发生。利用含有59712个预测基因或已知...
利用水稻寡分蘖突变体G069与广亲和材料02428杂交和连续回交,建立了寡分蘖基因在02428基因组背景下的近等基因系02428-ft1.在分蘖始期对其分蘖节位的石蜡切片观察表明,寡分蘖基因抑制了水稻侧芽的发生。利用含有59712个预测基因或已知基因的表达特征序列的基因芯片进行全基因组表达谱分析,结果表明共有136个cDNA克隆的表达在近等基因系02428-ft1中发生了变化,其中27个被激活,30个沉默,受到了寡分蘖基因的明显调控。功能分析表明,这些受寡分蘖基因调控的基因功能分布较为广泛,包括转录因子、激酶、功能蛋白和调节蛋白等,为水稻分蘖调控机制的研究提供了相关信息。
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关键词
寡分蘖
水稻
近等
基因
系
基因
芯片
全基因组表达分析
功能注释
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职称材料
茶树OSCA基因家族的鉴定及表达分析
2
作者
刘丹丹
吴琼
+2 位作者
焦小雨
孙明慧
王文杰
《热带作物学报》
CSCD
北大核心
2024年第1期10-22,共13页
钙通透性阳离子通道蛋白(OSCA)在植物调节高渗胁迫中发挥着重要作用。为了解OSCA基因家族在茶树响应干旱胁迫中的作用,本研究基于茶树全基因组数据对OSCA基因家族进行鉴定,分析CsOSCAs基因和蛋白结构以及启动子顺式作用元件,并对CsOSCA...
钙通透性阳离子通道蛋白(OSCA)在植物调节高渗胁迫中发挥着重要作用。为了解OSCA基因家族在茶树响应干旱胁迫中的作用,本研究基于茶树全基因组数据对OSCA基因家族进行鉴定,分析CsOSCAs基因和蛋白结构以及启动子顺式作用元件,并对CsOSCAs在茶树不同组织、不同抗旱性品种间和干旱胁迫下的表达模式进行分析。结果表明:茶树基因组包含12个OSCA基因家族成员,分别命名为CsOSCA1~CsOSCA12;CsOSCAs基因编码的氨基酸序列长度为667~831 bp,蛋白分子量在76630.55~93563.99 kDa之间,等电点在6.15~9.33之间,含有9~12个跨膜结构域,均含有特征保守结构域DUF221,根据系统进化关系可以分为4个亚族;10个CsOSCAs基因定位于茶树7条染色体上,2个CsOSCAs基因定位于未锚定染色体的contig上;CsOSCAs基因编码的蛋白二级结构含有32%~38%的跨膜结构和60%~68%的α-螺旋;CsOSCAs基因具有组织表达特异性,CsOSCA2、CsOSCA3、CsOSCA11、CsOSCA12基因在干旱敏感的品种CN98中的表达量显著高于其他2个耐旱品种,9个基因响应PEG胁迫,其中CsOSCA2、CsOSCA3、CSOSCA5、CsOSCA8、CsOSCA10和CsOSCA12受干旱胁迫强烈诱导;进一步分析启动子顺式作用元件显示,6个基因含有干旱诱导响应元件,11个基因含有脱落酸响应元件。由此推测茶树OSCA基因家族在茶树响应干旱胁迫中发挥着重要的作用,此研究为茶树OSCA基因功能分析与茶树抗逆性研究提供参考。
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关键词
茶树
OSCA
基因
家族
Ca^(2+)通道
全基因组表达分析
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职称材料
题名
一份水稻寡分蘖近等基因系的构建及全基因组差异表达分析
被引量：
1
1
作者
邓其明
王颖姮
王世全
李双成
李平
机构
四川农业大学水稻研究所
出处
《中国水稻科学》
CAS
CSCD
北大核心
2008年第1期15-22,共8页
基金
国家863计划重大专项资助项目(2002AA2Z1002)
四川省科技攻关计划资助项目(05NG002-19)
文摘
利用水稻寡分蘖突变体G069与广亲和材料02428杂交和连续回交,建立了寡分蘖基因在02428基因组背景下的近等基因系02428-ft1.在分蘖始期对其分蘖节位的石蜡切片观察表明,寡分蘖基因抑制了水稻侧芽的发生。利用含有59712个预测基因或已知基因的表达特征序列的基因芯片进行全基因组表达谱分析,结果表明共有136个cDNA克隆的表达在近等基因系02428-ft1中发生了变化,其中27个被激活,30个沉默,受到了寡分蘖基因的明显调控。功能分析表明,这些受寡分蘖基因调控的基因功能分布较为广泛,包括转录因子、激酶、功能蛋白和调节蛋白等,为水稻分蘖调控机制的研究提供了相关信息。
关键词
寡分蘖
水稻
近等
基因
系
基因
芯片
全基因组表达分析
功能注释
Keywords
few-tillering
rice
near isogenic line
gene chip
genome-wide expression analysis
function annotation
分类号
S511 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
茶树OSCA基因家族的鉴定及表达分析
2
作者
刘丹丹
吴琼
焦小雨
孙明慧
王文杰
机构
安徽省农业科学院茶叶研究所
出处
《热带作物学报》
CSCD
北大核心
2024年第1期10-22,共13页
基金
安徽省重大专项(No.202003a06020021)
安徽省茶叶产业技术体系项目(No.AHCYJSTX─11)。
文摘
钙通透性阳离子通道蛋白(OSCA)在植物调节高渗胁迫中发挥着重要作用。为了解OSCA基因家族在茶树响应干旱胁迫中的作用,本研究基于茶树全基因组数据对OSCA基因家族进行鉴定,分析CsOSCAs基因和蛋白结构以及启动子顺式作用元件,并对CsOSCAs在茶树不同组织、不同抗旱性品种间和干旱胁迫下的表达模式进行分析。结果表明:茶树基因组包含12个OSCA基因家族成员,分别命名为CsOSCA1~CsOSCA12;CsOSCAs基因编码的氨基酸序列长度为667~831 bp,蛋白分子量在76630.55~93563.99 kDa之间,等电点在6.15~9.33之间,含有9~12个跨膜结构域,均含有特征保守结构域DUF221,根据系统进化关系可以分为4个亚族;10个CsOSCAs基因定位于茶树7条染色体上,2个CsOSCAs基因定位于未锚定染色体的contig上;CsOSCAs基因编码的蛋白二级结构含有32%~38%的跨膜结构和60%~68%的α-螺旋;CsOSCAs基因具有组织表达特异性,CsOSCA2、CsOSCA3、CsOSCA11、CsOSCA12基因在干旱敏感的品种CN98中的表达量显著高于其他2个耐旱品种,9个基因响应PEG胁迫,其中CsOSCA2、CsOSCA3、CSOSCA5、CsOSCA8、CsOSCA10和CsOSCA12受干旱胁迫强烈诱导;进一步分析启动子顺式作用元件显示,6个基因含有干旱诱导响应元件,11个基因含有脱落酸响应元件。由此推测茶树OSCA基因家族在茶树响应干旱胁迫中发挥着重要的作用,此研究为茶树OSCA基因功能分析与茶树抗逆性研究提供参考。
关键词
茶树
OSCA
基因
家族
Ca^(2+)通道
全基因组表达分析
Keywords
Camellia sinensis
OSCA gene family
Ca^(2+)channel
genome-wide expression analysis
分类号
S31 [农业科学—作物栽培与耕作技术]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
一份水稻寡分蘖近等基因系的构建及全基因组差异表达分析
邓其明
王颖姮
王世全
李双成
李平
《中国水稻科学》
CAS
CSCD
北大核心
2008
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
茶树OSCA基因家族的鉴定及表达分析
刘丹丹
吴琼
焦小雨
孙明慧
王文杰
《热带作物学报》
CSCD
北大核心
2024
0
在线阅读
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