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白花泡桐丛枝病发生过程中全基因组DNA甲基化差异分析 被引量:7
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作者 赵振利 张靖曼 +2 位作者 郑秋莉 杨海波 范国强 《河南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期400-407,共8页
为探究泡桐丛枝病(Paulownia witches’broom,PaWB)的表观遗传机制,以白花泡桐健康苗(PF)和丛枝病苗(PFI)为材料,采用全基因组甲基化测序(WGBS)技术对白花泡桐丛枝病发生过程中全基因组DNA甲基化进行系统研究。结果表明,白花泡桐体内的... 为探究泡桐丛枝病(Paulownia witches’broom,PaWB)的表观遗传机制,以白花泡桐健康苗(PF)和丛枝病苗(PFI)为材料,采用全基因组甲基化测序(WGBS)技术对白花泡桐丛枝病发生过程中全基因组DNA甲基化进行系统研究。结果表明,白花泡桐体内的DNA甲基化主要有mCG、mCHH和mCHG 3种类型;白花泡桐被植原体侵染后,C位点发生甲基化的比率下降,且发病后CHH的甲基化比率降低而CG和CHG的甲基化比率升高。此外,DNA甲基化主要发生在CG序列;差异甲基化区域(DMR)鉴定研究中共检测到了109334个DMR,其中白花泡桐患病后高甲基化DMR和低甲基化DMR分别有37408个和71926个;通过DNA甲基化和转录组的差异表达基因关联分析,找到了6个与PaWB发生相关的差异甲基化基因(DMG),功能分别涉及到植物防御反应、光合作用、植物病原互作、植物激素信号转导等生物学过程。 展开更多
关键词 白花泡桐 泡桐丛枝病 全基因组甲基化测序 DNA甲基
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玻璃化冷冻牛GV卵母细胞全基因组甲基化模式初探 被引量:1
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作者 张培培 王晶晶 +8 位作者 郝海生 杜卫华 庞云渭 权国波 赵善江 邹惠影 郝彤 朱化彬 赵学明 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期1030-1039,共10页
旨在研究玻璃化冷冻对牛GV期卵母细胞全基因组甲基化的影响。本研究收集新鲜、玻璃化冷冻的牛GV卵母细胞,采用单细胞全基因组甲基化测序(ScWGBS)技术对新鲜、玻璃化法冷冻牛GV卵母细胞的全基因组甲基化水平进行检测,旨在揭示两者DNA甲... 旨在研究玻璃化冷冻对牛GV期卵母细胞全基因组甲基化的影响。本研究收集新鲜、玻璃化冷冻的牛GV卵母细胞,采用单细胞全基因组甲基化测序(ScWGBS)技术对新鲜、玻璃化法冷冻牛GV卵母细胞的全基因组甲基化水平进行检测,旨在揭示两者DNA甲基化模式的差异。结果表明,玻璃化冷冻不会对牛GV卵母细胞的全基因甲基化水平造成显著影响。基于基因本体(GO)和信号通路(KEGG)对140个差异甲基化区域(DMRs)进行分析,发现DMRs主要参与细胞发育、细胞骨架组织等功能,主要富集在PI3K-Akt信号通路、GnRH信号通路等,并筛选出与卵母细胞成熟(TSC2)、细胞骨架(NUDC)、细胞活力(MAFK)等相关的基因。上述结果,可为提高GV卵母细胞玻璃化冷冻效率奠定信息基础和研究方向。 展开更多
关键词 玻璃冷冻 GV卵母细胞 单细胞全基因组甲基化测序 DMR
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大鼠BMSCs与ADSCs全基因组DNA甲基化差异分析 被引量:1
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作者 陈旭涛 万卓 +2 位作者 韦梦影 杨国栋 宋应亮 《实用口腔医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期170-175,共6页
目的:探讨BMSCs和ADSCs全基因组甲基化模式。方法:提取大鼠原代培养的BMSCs和ADSCs基因组,使用高通量测序技术检测BMSCs与ADSCs甲基化谱,筛选DNA甲基化差异基因,并对检测结果进行GO分析和Pathway分析。结果:基因组甲基化测序共检测到差... 目的:探讨BMSCs和ADSCs全基因组甲基化模式。方法:提取大鼠原代培养的BMSCs和ADSCs基因组,使用高通量测序技术检测BMSCs与ADSCs甲基化谱,筛选DNA甲基化差异基因,并对检测结果进行GO分析和Pathway分析。结果:基因组甲基化测序共检测到差异性甲基化区域112 545个,共富集到4 603条GO条目,其中610条GO条目具有显著差异(P<0.05)。通过Pathway分析可以富集到322条通路,其中有98条通路显著富集(P<0.05)。结论:BMSCs与ADSCs基因组存在大量甲基化差异位点,这些甲基化差异位点可能在BMSCs与ADSCs分化与免疫表型的差异有关。 展开更多
关键词 全基因组甲基化测序 骨髓间充质干细胞 脂肪间充质干细胞
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