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1株猪源动物联合乳杆菌S7全基因组测序及生物信息学分析
1
作者 刘辉 季海峰 +2 位作者 王四新 陈美霞 张董燕 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第1期25-38,共14页
[目的]旨在对1株具有较强耐酸耐胆盐特性的猪源动物联合乳杆菌S7进行全基因组测序及生物信息学分析。[方法]结合三代PacBio RSⅡ和二代Illumina HiSeq 2000测序技术对动物联合乳杆菌S7进行了全基因组测序,在此基础上使用GO、EggNOG、KEG... [目的]旨在对1株具有较强耐酸耐胆盐特性的猪源动物联合乳杆菌S7进行全基因组测序及生物信息学分析。[方法]结合三代PacBio RSⅡ和二代Illumina HiSeq 2000测序技术对动物联合乳杆菌S7进行了全基因组测序,在此基础上使用GO、EggNOG、KEGG、CAZy、VFDB和CARD等数据库注释功能基因,利用TYGS(Type Strain Genome Server)构建系统发育树,并与2株同源模式菌株进行了共线性分析。[结果]动物联合乳杆菌S7的基因组大小为2.03 Mb, GC含量为44.14%,共预测到1 993个编码基因,包含65个tRNA、19个rRNA、35个sRNA、29个持家基因、11个基因组岛、6个前噬菌体、4个CRISPR-Cas、8个插入序列和10个转座子;分别有1 521、1 567、1 185和60个基因在GO、EggNOG、KEGG和CAZy数据库中得到注释;在VFDB和CARD数据库中注释到181个毒力基因和110个耐药基因;另外有14个基因参与耐酸,2个基因参与耐胆盐,22个基因参与黏附和聚集;基因组中还包括与温度应激、氧化应激和细菌素合成等多种与益生功能相关的基因。系统发育树和共线性分析发现,该菌株与模式菌株Ligilactobacillus animalis P38的进化关系最近。[结论]动物联合乳杆菌S7基因组中具有与耐酸、耐胆盐、黏附和聚集、温度应激、氧化应激和细菌素等相关的功能基因,可为菌株在饲料添加剂中的科学应用提供理论依据。 展开更多
关键词 猪 动物联合乳杆菌 全基因组测序 基因注释
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耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌全基因组测序及黏菌素耐药分析
2
作者 储雯雯 刘周 +4 位作者 李昕 叶乃芳 龚真 曾晓娇 周强 《中国感染控制杂志》 北大核心 2025年第1期37-44,共8页
目的通过全基因组测序分析临床耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)的分子流行病学及黏菌素耐药基因,为临床诊疗提供参考。方法收集2021—2023年安徽省某三级甲等综合医院住院患者临床标本分离的57株CRKP,对所有菌株进行药敏试验。采用全基... 目的通过全基因组测序分析临床耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)的分子流行病学及黏菌素耐药基因,为临床诊疗提供参考。方法收集2021—2023年安徽省某三级甲等综合医院住院患者临床标本分离的57株CRKP,对所有菌株进行药敏试验。采用全基因测序技术分析CRKP菌株多位点序列分型、荚膜血清型、耐药基因和毒力基因,并对所有菌株序列进行单核苷酸多态性分析,采用聚合酶链式反应(PCR)方法扩增与黏菌素耐药相关基因。结果57株CRKP对除替加环素外的14种抗菌药物均为耐药。测序结果显示,93.0%(53/57)的CRKP携带bla KPC-2,ST11型CRKP菌株检出率最高(51/57,89.5%)。单核苷酸多态性聚类分析表明,57株CRKP分为11个克隆群,其中有4个克隆群均为ST11-KL64型CRKP。40株(70.2%)CRKP携带多种毒力基因。5株黏菌素耐药CRKP,其耐药机制是在mgr B基因70位点处插入一个ISKpn26元件。结论CRKP菌株以产KPC-2 ST11-KL64型为主要流行型,在重症监护病房有播散性流行。ISKpn26元件插入引起mgr B基因突变与该地区CRKP黏菌素耐药有关。 展开更多
关键词 耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌 全基因组测序 单核苷酸多态性分析 黏菌素 耐药 ISKpn26
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一株猪源肠出血性大肠杆菌O157:H7的全基因组测序及毒力和耐药基因分析
3
作者 周艳 万启旸 +3 位作者 朱树娇 张辉 包红朵 王冉 《广东农业科学》 2025年第2期58-70,共13页
[目的]分析一株猪源肠出血性大肠杆菌O157:H7菌株EO157-1的全基因组信息及其毒力和耐药基因。[方法]基于Nanopore三代测序技术平台和Illumina二代测序技术平台对猪源肠出血性大肠杆菌O157:H7菌株EO157-1进行全基因组测序,利用Prokka软... [目的]分析一株猪源肠出血性大肠杆菌O157:H7菌株EO157-1的全基因组信息及其毒力和耐药基因。[方法]基于Nanopore三代测序技术平台和Illumina二代测序技术平台对猪源肠出血性大肠杆菌O157:H7菌株EO157-1进行全基因组测序,利用Prokka软件预测基因组序列信息,并通过UniProt、KEGG、KEGG Pathway、GO、Pfam、COG、TIGERfams、RefSeq和NR数据库进行基因预测和注释,再利用碳水化合物酶(CAZy)、病原与宿主互作(PHI)、毒力因子(VFDB)和耐药基因(CARD)数据库进行基因功能分析。[结果]肠出血性大肠杆菌O157:H7菌株EO157-1基因组大小为5404747 bp,GC含量为50.49%,该菌株含有3个质粒;共预测到5674个蛋白质编码基因,包含22个rRNA(7个23S rRNA、7个16S rRNA、8个5S rRNA)、1个tmRNA、102个tRNA基因和282个小RNA分子;预测出9个CRISPR序列、273个重复序列;KEGG、KEGG Pathway、NR、UniProt、GO、COG、Pfam、RefSeq和TIGERfams数据库分别注释到1712、1693、5265、5264、4029、4294、4688、5252和2741个基因;CAZy数据库注释筛选出100个基因,PHI数据库注释筛选出2354个基因,VFDB数据库注释筛选出的毒力基因主要包括菌毛、鞭毛、Ⅱ型分泌系统、Ⅲ型分泌系统、Ⅵ型分泌系统、紧密黏附素、铁转运系统、脂多糖、荚膜、侵袭素和外毒素;CARD数据库注释筛选出的耐药基因与多重耐药外排泵、大环内酯类抗生素、四环素、多粘菌素、杆菌肽、氨基糖苷类抗生素、肽类抗生素及甲硝唑相关。[结论]获得一株肠出血性大肠杆菌O157:H7菌株EO157-1全基因组序列,序列分析表明该菌株携带大量毒力基因与耐药基因。 展开更多
关键词 肠出血性大肠杆菌O157∶H7 食源性人兽共患病 全基因组测序 基因 功能注释
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药用植物全基因组测序研究及应用进展
4
作者 陈虞超 施文韬 +3 位作者 李莹 郭生虎 袁媛 杨建国 《宁夏农林科技》 2025年第1期31-44,50,共15页
我国药用植物资源丰富,应用历史悠久,是中医药事业发展的物质基础和人民生命健康的重要保障。全基因组测序(WGS)是揭示生物体基因组特征的主要研究手段,在药用植物研究中受到高度关注并被广泛应用,已成为促进该领域研究创新发展的关键... 我国药用植物资源丰富,应用历史悠久,是中医药事业发展的物质基础和人民生命健康的重要保障。全基因组测序(WGS)是揭示生物体基因组特征的主要研究手段,在药用植物研究中受到高度关注并被广泛应用,已成为促进该领域研究创新发展的关键驱动力之一。介绍了WGS基本原理及其测序技术更新迭代过程,按照时间顺序整理了2010—2023年完成的WGS药用植物种类,归纳出药用植物WGS发展历程;概述了WGS在揭示药用植物进化与驯化、有效成分合成的分子机制,以及其在药用植物种质资源鉴定、分子辅助育种等方面的应用现状,探讨了药用植物WGS研究及应用之中存在的主要问题,并对其未来研究方向进行了展望,以期为深入开展药用植物全基因组相关理论研究与实践应用提供一定借鉴。 展开更多
关键词 药用植物 全基因组测序 泛基因组 种质资源鉴定 分子辅助育种
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贝莱斯芽胞杆菌EEAM 10B对花生白绢病的防治效果及全基因组测序分析 被引量：1
5
作者 谢久凤 陈梦晓 +4 位作者 王勃 裴亚欣 张继冉 陈红歌 杨森 《中国生物防治学报》 北大核心 2025年第2期347-361,共15页
为了挖掘生物防治新的菌种资源,本文从黑水虻虫卵表面分离鉴定出一株贝莱斯芽胞杆菌,命名为Bacillus velezensis EEAM 10B(以下简称EEAM 10B),以花生白绢病为靶标菌株,探究其对花生白绢病原菌Sclerotium rolfsii的拮抗作用及防治机理。... 为了挖掘生物防治新的菌种资源,本文从黑水虻虫卵表面分离鉴定出一株贝莱斯芽胞杆菌,命名为Bacillus velezensis EEAM 10B(以下简称EEAM 10B),以花生白绢病为靶标菌株,探究其对花生白绢病原菌Sclerotium rolfsii的拮抗作用及防治机理。花生白绢病是由齐整小核菌Sclerotium rolfsii Sacc.侵染引起的一种危害严重的花生土传病害。通过拮抗试验发现菌株EEAM 10B发酵菌液、上清液和挥发性物质均能抑制花生白绢病原菌的生长,且发酵菌液抑制效果优于上清液和挥发性物质。通过盆栽试验探究EEAM 10B菌株对花生白绢病的防治效果及植株促生作用,结果显示,菌液处理过的花生幼苗病情指数明显降低,并且对幼苗生长有一定促进作用;在接种病原菌前2 d以喷洒EEAM 10B菌株发酵液的处理方式对花生白绢病的防治效果最佳,可达65.80%。对EEAM 10B菌株进行全基因组测序,结果显示EEAM 10B基因组大小为3929786 bp,测序深度为1089.2,GC含量为46.5%。通过功能基因注释、代谢系统和致病系统分析发掘EEAM 10B存在一些与真菌细胞壁降解相关的酶,次级代谢产物基因簇中存在抑制病原菌活性的物质、以及促进植物生长和拮抗植物病原菌的相关基因,推测这些基因可能在EEAM 10B抑制花生白绢病过程中存在至关重要的作用。综上所述,EEAM 10B菌株具备作为生防菌的潜能,为新型抗菌剂的研发提供参考。 展开更多
关键词 花生白绢病 贝莱斯芽胞杆菌 抑菌 生物防治 全基因组测序
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赛鸽源大肠杆菌耐药性检测及多重耐药菌株的全基因组测序分析 被引量：1
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作者 石金川 孙淼 +6 位作者 孟令浩 王永强 耿超 齐朝鲁蒙 陈亨利 王梓 刘锴 《畜牧兽医学报》 北大核心 2025年第5期2372-2382,共11页
赛鸽养殖中,普遍存在抗生素滥用现象,造成耐药菌株增加,多重耐药性加剧。本研究旨在了解通辽市赛鸽源大肠杆菌耐药性及耐药基因流行情况,为赛鸽源大肠杆菌病临床治疗提供参考。使用大肠杆菌鉴别培养基,16S rRNA测序等方法对通辽地区送... 赛鸽养殖中,普遍存在抗生素滥用现象,造成耐药菌株增加,多重耐药性加剧。本研究旨在了解通辽市赛鸽源大肠杆菌耐药性及耐药基因流行情况,为赛鸽源大肠杆菌病临床治疗提供参考。使用大肠杆菌鉴别培养基,16S rRNA测序等方法对通辽地区送检腹泻赛鸽粪便病原菌进行分离纯化。通过药敏试验及耐药基因的PCR检测了解分离菌株的耐药性及耐药基因分布情况。对两株耐药性较强的大肠杆菌进行全基因组测序分析。结果显示:分离得到8株赛鸽源大肠杆菌,均为多重耐药菌株,其中卡那霉素和链霉素耐药率均为100%,全部菌株对头孢哌酮/舒巴坦敏感。E-ge1,E-ge2耐药性严重,对两株菌进行全基因组测序分析,获得完整基因组序列,两株菌基因组长度分别为4680817 bp与4691799 bp,分别编码4888与5070个基因,两菌株均携带3个质粒。E-ge1共携带81个耐药基因,E-ge2携带74个耐药基因。通辽地区赛鸽源大肠杆菌耐药形势严峻,菌株携带大量耐药基因,应优化用药策略,控制耐药性的加剧和耐药基因的传播。 展开更多
关键词 赛鸽 大肠杆菌 耐药性 耐药基因 全基因组测序
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葡萄牙栖盐田菌LLJ914的全基因组测序和比较基因组分析
7
作者 李娟娟 刘子涵 +3 位作者 王雅楠 刘莉君 张晓华 于敏 《中国海洋大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2025年第1期51-65,共15页
栖盐田菌属细菌因具有较强渗透压耐受能力而备受关注。然而,目前对其适应高盐或其他海洋极端环境的机制尚未探明。为揭示分离自冲绳海槽热液区的葡萄牙栖盐田菌(Salinicola lusitanus)LLJ914与其同属菌株之间的遗传特征及代谢潜力的差异... 栖盐田菌属细菌因具有较强渗透压耐受能力而备受关注。然而,目前对其适应高盐或其他海洋极端环境的机制尚未探明。为揭示分离自冲绳海槽热液区的葡萄牙栖盐田菌(Salinicola lusitanus)LLJ914与其同属菌株之间的遗传特征及代谢潜力的差异,探究其在极端海洋生境下的适应机制。通过全基因组测序获得葡萄牙栖盐田菌LLJ914全基因组序列,选取同属其他菌株的基因组进行比较基因组学分析,探究栖盐田菌属各菌株及不同环境来源的葡萄牙栖盐田菌代谢潜力的差异。菌株LLJ914基因组大小为4781556 bp,GC含量为64.0%,共编码4229个蛋白,69个tRNA,12个rRNA。通过构建系统发育树,并进行平均核苷酸和平均氨基酸一致性分析,发现该菌株与马齿苋(Halimione portulacoides)内共生的葡萄牙栖盐田菌CR50^(T)亲缘关系最近。通过功能基因注释分析,发现葡萄牙栖盐田菌具有抵抗各种重金属的相关基因和利用甲基膦酸产生甲烷的phn基因簇;相比于植物内共生菌CR50^(T),菌株LLJ914基因组中包含更多与氨基酸和碳水化合物的运输代谢、能量生产和转换以及转录相关的功能基因。此外,菌株LLJ914基因组中还包含特有的与重金属抵抗、免疫防御及有氧呼吸相关的基因,这可能与其适应复杂极端的深海热液环境有关。本研究揭示了葡萄牙栖盐田菌LLJ914适应深海热液环境的遗传特征及代谢潜力,为更好地认识热液微生物的生态功能提供了参考。 展开更多
关键词 葡萄牙栖盐田菌 极端环境 热液区 冲绳海槽 全基因组测序 比较基因组分析
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鸽圆环病毒全基因组测序及遗传进化分析
8
作者 王仲浩 田野 +5 位作者 袁小远 李桂明 陈书民 刘明超 王传文 孟凯 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第11期5414-5421,共8页
【目的】了解华东部分地区流行的鸽圆环病毒(Pigeon circovirus,PiCV)基因组特征及遗传变异规律。【方法】无菌采集58只病死鸽的肺脏、脾脏、肝脏组织,利用PCR扩增进行病原检测。对PiCV阳性样本通过PCR扩增病毒基因组全长并进行TA克隆... 【目的】了解华东部分地区流行的鸽圆环病毒(Pigeon circovirus,PiCV)基因组特征及遗传变异规律。【方法】无菌采集58只病死鸽的肺脏、脾脏、肝脏组织,利用PCR扩增进行病原检测。对PiCV阳性样本通过PCR扩增病毒基因组全长并进行TA克隆。阳性质粒测序结果通过DNAStar和Mega 11.0软件进行全基因组序列拼接以及核苷酸、氨基酸序列比对,并构建系统进化树。利用RDP 5.42和Simplot 3.5.2软件对分离株进行重组分析并鉴定。【结果】PCR检测结果显示,58只病死鸽中检出30只PiCV阳性,且其他病毒未检出。测序结果显示,成功获得5株PiCV全基因组序列,分别命名为SD02、SD040、JS091、AH056和AH529,序列长度分别为2037、2034、2039、2039和2041 bp。相似性比对结果显示,5株PiCV分离株与国内外参考株核苷酸序列相似性为83.2%~100%,与国内的分离株亲缘关系更近。遗传进化分析结果显示,5株PiCV分离株属于不同亚型,分离株SD040、SD02、JZ091、AH056、AH529分别属于B、A、C、G和H亚型。氨基酸序列分析表明,5株PiCV分离株与标准株jz1相比,Cap蛋白氨基酸出现不同程度的突变、替换和缺失,Rep蛋白存在3个氨基酸位点缺失和1个氨基酸位点突变。重组分析表明,5株PiCV分离株有2个重组事件被鉴定,其中分离株AH056是由GX6株和JS2株重组产生,重组断点位于161 bp处。【结论】本研究分离获得5株不同亚型PiCV全基因组序列。病毒重组及关键蛋白突变为其多样性和复杂性的重要成因。本研究丰富了对PiCV基因组特征及遗传演化规律的认识,为华东地区PiCV的防控提供了重要参考依据。 展开更多
关键词 鸽圆环病毒 全基因组测序 遗传进化分析
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基于全基因组测序的枯草芽孢杆菌ZJ20体外安全性评价
9
作者 郭晶 黄美雪 +4 位作者 郭霖丰 冯婉丽 贾艳艳 廖成水 余祖华 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第8期3987-3998,共12页
[目的]枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis,B.subtilis) ZJ20是一株具有降解黄曲霉毒素B_(1)(aflatoxin B_(1),AFB_(1))的菌株。试验旨在评价枯草芽孢杆菌枯草芽孢杆菌ZJ20的体外安全性,以期为该菌株在降解饲料和食品中AFB_(1)的应用提供... [目的]枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis,B.subtilis) ZJ20是一株具有降解黄曲霉毒素B_(1)(aflatoxin B_(1),AFB_(1))的菌株。试验旨在评价枯草芽孢杆菌枯草芽孢杆菌ZJ20的体外安全性,以期为该菌株在降解饲料和食品中AFB_(1)的应用提供依据。[方法]对枯草芽孢杆菌ZJ20的全基因组序列中的毒力基因、耐药基因以及生物被膜形成相关基因等进行预测,根据基因分析结果对药物敏感性及生物被膜形成能力进行验证,并对枯草芽孢杆菌ZJ20的表面疏水性、自聚力、共聚力进行检测。以鸡肝癌细胞(leghorn male hepatoma,LMH)为模型,将枯草芽孢杆菌ZJ20无细胞上清液(CFS)按照不同剂量作用于LMH细胞,检测其对LMH细胞活力、凋亡因子(Caspase-3、Caspase-9、BAX、Bcl-2)和炎症相关细胞因子(IL-1β、IL-6、TNF-α、IFN-γ)表达水平的影响,以评价枯草芽孢杆菌ZJ20的潜在细胞毒性。[结果]枯草芽孢杆菌ZJ20基因组中被注释的毒力因子编码基因有26个,多与免疫逃避、防御作用相关,无肠毒素编码基因;具有11个抗生素耐药基因,药敏试验结果显示,枯草芽孢杆菌ZJ20对多种抗生素均敏感;预测到14个生物被膜调控基因,菌株在24 h时生物被膜形成能力达到最高值;表面疏水率为47.842%,自聚率为59.334%;与鼠伤寒沙门菌ATCC 14028的共聚率为60.905%,与大肠杆菌CVCC 1527的共聚率为47.309%。细胞活力检测结果表明,枯草芽孢杆菌ZJ20 CFS添加量为1%且与LMH细胞作用36 h时,细胞活力上升至107.34%。凋亡和炎症相关的细胞因子测定结果显示,随着剂量的增加,与对照组相比,Caspase-3表达显著上调(P<0.05),Caspase-9、BAX/Bcl-2比值无显著变化(P>0.05);IL-6、IL-1β、TNF-α和IFN-γ表达均显著下调(P<0.05)。[结论]通过全基因组序列分析及其对LMH细胞活力、凋亡因子和炎症相关细胞因子表达水平影响的检测表明枯草芽孢杆菌ZJ20具有一定的安全性,为其开发为功能性益生菌的应用安全性提供了参考。 展开更多
关键词 全基因组测序 枯草芽孢杆菌 安全性 耐药 毒力
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去甲基甲基萘醌菌LLJ775的全基因组测序和比较基因组学分析
10
作者 孙凯 尹福 +3 位作者 刘莉君 王双 张晓华 于敏 《中国海洋大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第5期70-86,共17页
为了探究在冲绳海槽热液区中分离得到的一株新型去甲基甲基萘醌菌(Demequina sp.)LLJ775在海洋极端环境下的代谢机制与次级代谢产物合成能力,本研究对该菌株及同属参考菌株进行了比较基因组学分析。首先采用全基因组测序得到去甲基甲基... 为了探究在冲绳海槽热液区中分离得到的一株新型去甲基甲基萘醌菌(Demequina sp.)LLJ775在海洋极端环境下的代谢机制与次级代谢产物合成能力,本研究对该菌株及同属参考菌株进行了比较基因组学分析。首先采用全基因组测序得到去甲基甲基萘醌菌LLJ775基因组完成图,通过系统发育学分析确定其进化地位,以对基因组进行功能注释分析与比较基因组学分析,从而探究该菌株的代谢特征和遗传潜力。去甲基甲基萘醌菌LLJ775基因组大小为2822402 bp,GC含量69.3%,共编码2738个基因。通过16S rRNA基因及单拷贝核心基因的系统发育分析发现,该菌株与同属菌株相似度较低(最高为98.41%),初步判断为该属的新种。功能注释分析发现,其复制、重组和修复相关基因占比高于同属菌株;乙醛酸支路代谢通路、亚硝酸盐还原途径和ABC型铁转运蛋白等编码基因的存在增强了该菌株对热液极端环境的适应性。此外,该菌株中还注释到碳酸酐酶、β-葡萄糖苷酶、异淀粉酶和透明质酸合酶等碳水化合物活性酶,以及番茄红素合成相关基因簇和其他次级代谢产物合成基因,说明该菌株具有极高的潜在应用价值。本研究通过全基因组测序及比较基因组学分析,揭示了新型去甲基甲基萘醌菌LLJ775的代谢潜力,为深入了解其对热液环境的适应机制提供了参考,也为发掘其应用前景提供了理论依据。 展开更多
关键词 冲绳海槽 深海热液区 去甲基甲基萘醌菌LLJ775 全基因组测序 比较基因组学分析
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基于全基因组测序的ICU环境中肺炎克雷伯菌耐药及分子特征分析
11
作者 杨博雯 王远萍 +5 位作者 徐依盈 王闻卿 许统圣 袁灵月 赵冰 王筱 《中国感染控制杂志》 北大核心 2025年第9期1229-1236,共8页
目的 了解医疗机构综合重症监护病房(ICU)环境中肺炎克雷伯菌(KP)、高毒力肺炎克雷伯菌(hvKP)、耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)及高毒耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(hv-CRKP/CR-hvKP)的分布特征,为ICU环境评估与医院感染防控提供参考。方法... 目的 了解医疗机构综合重症监护病房(ICU)环境中肺炎克雷伯菌(KP)、高毒力肺炎克雷伯菌(hvKP)、耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)及高毒耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(hv-CRKP/CR-hvKP)的分布特征,为ICU环境评估与医院感染防控提供参考。方法 2019、2023年共采集上海市医疗机构综合ICU 3 336份环境标本,分离菌株后进行药敏试验和全基因组测序。结果 KP检出率为1.59%(53株),其中hvKP、CRKP、hv-CRKP/CR-hvKP分别占总检出数的37.74%(20/53)、52.83%(28/53)、24.53%(13/53)。hvKP主要为ST11-KL64、ST11-KL25,CRKP主要为ST15-KL19、ST11-KL25,hv-CRKP/CR-hvKP主要为ST11-KL25、ST11-KL64。主要携带的耐药基因有fosA、oqxAB、tet(A)、bla_(TEM-1B)、bla_(KPC-2)、qnrS11等。所有菌株均携带毒力基因fimH、iutA、entA、entB、entC、entD、entE、entF,仅1株检出rmpA基因。结论 医疗机构综合ICU环境中KP污染广泛,以ST11和ST15为优势,呈多态性分布。CRKP和hvKP占比较高,且多重耐药情况严峻。KP存在耐药与毒力共进化的情形,提示综合ICU环境污染对患者具有感染和致病危害,临床需加强重视并警惕暴发风险。 展开更多
关键词 ICU环境 肺炎克雷伯菌 全基因组测序 耐药表型 基因型
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一株产酯异常威克汉姆酵母逆境胁迫耐受性与全基因组测序分析
12
作者 王育捷 王德维 +5 位作者 龚韬 刘双燕 李银凤 赵燕 刘晓柱 张学文 《中国酿造》 北大核心 2025年第5期32-39,共8页
该研究以一株产酯异常威克汉姆酵母(Wickerhamomyces anomalus)C11为研究对象,利用平板生长法对其逆境胁迫耐受性进行研究。采用Illumina二代测序技术对异常威克汉姆酵母C11的全基因组进行测序,采用直系同源蛋白簇(COG)、基因本体论(GO... 该研究以一株产酯异常威克汉姆酵母(Wickerhamomyces anomalus)C11为研究对象,利用平板生长法对其逆境胁迫耐受性进行研究。采用Illumina二代测序技术对异常威克汉姆酵母C11的全基因组进行测序,采用直系同源蛋白簇(COG)、基因本体论(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)以及碳水化合物活性酶(CAZy)数据库对其功能基因进行注释分析,并基于病原体与宿主的相互作用(PHI)数据库对其致病性进行分析。结果表明,异常威克汉姆酵母C11具有较好的环境耐受性,可耐受100 g/L氯化钠、25 mmol/L过氧化氢、500 mmol/L甘露醇、pH 3.0~10.0、16℃低温、37℃高温以及40 mmol/L铅的胁迫处理。异常威克汉姆酵母C11基因组全长11.48 Mbp,GC含量为34.42%,编码4 249个基因。异常威克汉姆酵母C11基因组从COG、GO和KEGG数据库中分别注释到1 641、3 346和3 145个功能基因。此外,异常威克汉姆酵母C11基因组中含有32个糖苷水解酶相关基因,39个糖基转移酶相关基因,这些功能基因可能与其产酯能力和逆境耐受性相关。毒力基因预测结果鉴定出毒性减弱基因676个,致病力无影响基因391个,致病力丧失基因134个,致死性基因84个,毒力增强(超毒力)基因39个,进一步证实了异常威克汉姆酵母C11毒性较小,安全性较高。 展开更多
关键词 异常威克汉姆酵母 逆境胁迫 全基因组测序 基因功能注释
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植物乳植杆菌HQ-3全基因组测序及潜在益生功能挖掘
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作者 张秀琼 张雨薇 +3 位作者 付玥 邓佳伟 刘书亮 胡欣洁 《食品与发酵工业》 北大核心 2025年第17期33-39,共7页
植物乳植杆菌(Lactiplantibacillus plantarum)HQ-3是从豆豉中分离得到的乳酸菌,并在体外验证了其部分潜在益生特性。该研究采用高通量测序技术对HQ-3进行全基因组测序,并通过基因组分析挖掘其潜在益生功能特性。HQ-3基因组全长为342262... 植物乳植杆菌(Lactiplantibacillus plantarum)HQ-3是从豆豉中分离得到的乳酸菌,并在体外验证了其部分潜在益生特性。该研究采用高通量测序技术对HQ-3进行全基因组测序,并通过基因组分析挖掘其潜在益生功能特性。HQ-3基因组全长为3422620 bp,GC含量为44.41%,基因组含有5个质粒,共预测编码基因3283个。在GO、KEGG、COG、CAZy、CARD 5个数据库中注释得到的基因数量分别为3968、3238、2888、128、2个。基因组信息分析表明HQ-3基因组含有的胆盐水解酶基因、耐酸基因、黏附基因、细菌素基因、糖类转运相关基因、热休克蛋白相关基因、冷休克蛋白相关基因数量分别为4、9、1、6、20、8、3个。综上,HQ-3基因组测序和其潜在益生特性分析为HQ-3的益生功能开发提供了理论指导。 展开更多
关键词 植物乳植杆菌 全基因组测序 潜在益生功能
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动物双歧杆菌B4株的全基因组测序及其益生特性分析 被引量：1
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作者 丁瑞培 刘承忠 +6 位作者 史灿灿 张慧玉 代宜萍 穆如雪 李子龙 何茂章 李卓君 《安徽医科大学学报》 北大核心 2025年第2期255-265,共11页
目的分析由健康人粪便中新分离出的一株动物双歧杆菌B4株的全基因组信息,并探究其益生特性。方法采用体外实验方法对动物双歧杆菌B4的耐药性、溶血性、耐胃酸特性以及生化特性进行评估,并利用二代+三代测序技术对该菌进行全基因组测序... 目的分析由健康人粪便中新分离出的一株动物双歧杆菌B4株的全基因组信息,并探究其益生特性。方法采用体外实验方法对动物双歧杆菌B4的耐药性、溶血性、耐胃酸特性以及生化特性进行评估,并利用二代+三代测序技术对该菌进行全基因组测序以及基因功能注释。结果经全基因组测序后显示该动物双歧杆菌B4株基因组大小为1944146 bp,GC含量为60.49%,不含质粒,总基因数为1642个。体外实验分析结果显示,该动物双歧杆菌B4株具有良好的益生特性,包括非溶血性和耐胃酸的特性。同时基因组结果显示,该动物双歧杆菌B4株不具有毒素、致病相关基因,耐药基因少且传播能力不高,具有很高的安全性。通过KEGG、COG、GO等基因注释显示其含有很多生物活性酶,如β-半乳糖苷酶、L-乳酸脱氢酶等益生基因。结论该动物双歧杆菌B4株具有良好的益生特性,在基因层面上展示了优良的安全性,具有益生特性的基因序列。 展开更多
关键词 动物双歧杆菌 分离培养 全基因组测序 基因组分析 益生菌 益生基因
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金耳T-1的生物学特性及全基因组测序分析
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作者 田爽 毕宇 +4 位作者 郭燕 吴皓琼 叶阳 刘佳宁 朱加楠 《湖北农业科学》 2025年第8期152-159,共8页
以金耳(Naematelia aurantialba)T-1孢子为试验材料,对金耳的生物学特性进行探究并对其进行全基因组测序及分析。结果表明,T-1的最佳碳源为蔗糖,最佳氮源为蛋白胨,最佳无机盐为氯化钾,最适宜pH为7,最佳接种量为10^(8)个细胞/mL;基因组... 以金耳(Naematelia aurantialba)T-1孢子为试验材料,对金耳的生物学特性进行探究并对其进行全基因组测序及分析。结果表明,T-1的最佳碳源为蔗糖,最佳氮源为蛋白胨,最佳无机盐为氯化钾,最适宜pH为7,最佳接种量为10^(8)个细胞/mL;基因组碱基测序质量为35~40,测序质量较好;碱基的AT、GC含量较为均一,测序结果正常;利用K-mer频率分析出T-1基因组大小为26 612 159 bp;对测序数据拼接后显示N50较高,GC含量为56.45%;使用Circos软件对基因组进行展示表明,T-1基因组全长为18180 385 bp,GC含量为56.46%,基因组共被分为10个contig;系统发育树显示T-1与金耳菌株聚类关系最近;GO功能分类显示被注释到3大类别中,其中参与生物学过程的基因最多;与KEGG数据库比对后,共4 096个基因被注释到五大类代谢途径,其中参与代谢途径的基因最多。 展开更多
关键词 金耳(Naematelia aurantialba) 生物学特性 全基因组测序 功能预测 通路富集分析
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1株贝莱斯芽孢杆菌G02全基因组测序分析
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作者 余梦博 马浩天 +5 位作者 李杨 潘瑞雪 龙赟而 赵一宁 马驿 周淑贞 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第5期1977-1986,共10页
【目的】对贝莱斯芽孢杆菌(Bacillus velezensis)G02进行全基因组序列分析,挖掘其抑菌和抗菌特性相关基因,以期详细解析其基因组信息。【方法】采用二代测序技术,通过Illumina NovaSeq 6000平台对贝莱斯芽孢杆菌G02进行全基因测序,通过... 【目的】对贝莱斯芽孢杆菌(Bacillus velezensis)G02进行全基因组序列分析,挖掘其抑菌和抗菌特性相关基因,以期详细解析其基因组信息。【方法】采用二代测序技术,通过Illumina NovaSeq 6000平台对贝莱斯芽孢杆菌G02进行全基因测序,通过基因组装、基因组全长、功能注释及次级代谢产物预测分析其基因组特征。【结果】全基因组测序结果显示,贝莱斯芽孢杆菌G02基因组全长为3891653 bp,共有3749个蛋白质编码基因,GC含量为46%;基因组序列由12个contigs组成,存在92个非编码RNA,包括8个5S rRNA、2个16S rRNA、1个23S rRNA、80个tRNA和1个tmRNA。功能注释结果显示,GO数据库中注释到9个与抗氧化活性相关的基因;KEGG数据库注释到31条通路,其中参与细菌素合成和免疫相关通路的基因有ko00253、ko00261、ko00521等。通过antiSMASH在线软件预测,共注释到12个次级代谢产物合成基因簇。【结论】贝莱斯芽孢杆菌G02是潜在的产抑菌活性物质的菌株,研究结果为探究贝莱斯芽孢杆菌G02的抑菌机理提供了基础。 展开更多
关键词 芽孢杆菌 全基因组测序 次级代谢产物 功能注释
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1株羊源产气荚膜梭菌的全基因组测序分析
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作者 孙道忠 李婷 +1 位作者 徐景峨 杨莉 《贵州畜牧兽医》 2025年第3期18-22,共5页
为探究产气荚膜梭菌GZ-3菌株的基因组特征及诱导羊肠毒血症的致病机制,采用PacBio RSⅡ平台结合Illumina HiSeq4000测序技术对其进行全基因组测序,通过比较基因组学分析毒力因子、耐药基因及系统进化关系。结果:GZ-3菌株的基因组由1条... 为探究产气荚膜梭菌GZ-3菌株的基因组特征及诱导羊肠毒血症的致病机制,采用PacBio RSⅡ平台结合Illumina HiSeq4000测序技术对其进行全基因组测序,通过比较基因组学分析毒力因子、耐药基因及系统进化关系。结果:GZ-3菌株的基因组由1条长度为3559163 bp的染色体(GC含量28.3%)和4个质粒(pGZ-3_p1~p4)构成,共编码3556个基因,包含α毒素(plc)、β2毒素(cpb2)等12种毒力因子;系统进化分析显示,GZ-3与D型菌株1718G、D3、G5、G10聚为一簇,毒素分型为A型。结论:GZ-3菌株与甘肃省山羊中分离的D型菌株1718G、D3及绵羊中分离的D型菌株G5、G10具有较高的同源性,并携带多种毒力基因。 展开更多
关键词 山羊 产气荚膜梭菌 全基因组测序 羊肠毒血症
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一株产细菌素植物乳杆菌MX1的全基因组测序分析
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作者 华文静 李文洁 +3 位作者 刘咪咪 苏惠 李国江 董文龙 《家畜生态学报》 北大核心 2025年第1期44-49,共6页
该研究旨在对一株产抗奶牛乳房炎主要病原菌细菌素植物乳杆菌MX1全基因组序列进行分析,进一步挖掘该菌的功能特性基因,为开发奶牛乳房炎新型替抗产品提供理论基础。采用三代高通量测序技术对MX1进行全基因组测序,利用生物信息学软件对... 该研究旨在对一株产抗奶牛乳房炎主要病原菌细菌素植物乳杆菌MX1全基因组序列进行分析,进一步挖掘该菌的功能特性基因,为开发奶牛乳房炎新型替抗产品提供理论基础。采用三代高通量测序技术对MX1进行全基因组测序,利用生物信息学软件对基因组的序列进行组装及其基因预测与功能注释分析,并深入探究细菌素合成基因簇的信息。共预测到3024个编码基因,编码基因总长度为2759157 bp。MX1含有可协助细菌素运输的ABC转运蛋白基因以及6种细菌素(PlantaricinK、PlantaricinJ、PlantaricinN、PlantaricinA、PlantaricinF、PlantaricinE),表明该菌能合成并分泌细菌素,保证了菌株的抑菌特性。MX1全基因组测序及分析为开发植物乳杆菌MX1作为抗生素替代品应用于奶牛乳房炎的防治方面提供了重要的参考依据。 展开更多
关键词 植物乳杆菌 细菌素 基因簇 全基因组测序 奶牛乳房炎
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基于全基因组测序技术分析扬州市黄金海岸沙门氏菌病原学特征
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作者 徐娅雯 王艳 +3 位作者 许蓉蓉 陆荣荣 英航宁 周乐 《中国人兽共患病学报》 北大核心 2025年第6期597-602,共6页
目的分析扬州市黄金海岸沙门氏菌分离株的病原学及基因组特征。方法对2017—2023年扬州地区食源性疾病监测和健康人群体检中分离的黄金海岸沙门氏菌进行复核鉴定、抗生素敏感性实验和全基因组测序,结合CRISPR分型与单核苷酸多态性系统... 目的分析扬州市黄金海岸沙门氏菌分离株的病原学及基因组特征。方法对2017—2023年扬州地区食源性疾病监测和健康人群体检中分离的黄金海岸沙门氏菌进行复核鉴定、抗生素敏感性实验和全基因组测序,结合CRISPR分型与单核苷酸多态性系统进化分析,解析其耐药表型与基因型的关联。结果共检出8株黄金海岸沙门氏菌,检出2~7类抗生素抗性基因。所有菌株的parC基因均存在T57S突变位点。50%(4/8)的菌株携带磺胺类耐药基因sul1或sul3;37.5%(3/8)检出超广谱β-内酰胺酶基因(bla_(CTX-M-55)、bla_(TEM-1))。多位点序列分型结果显示ST358(5株)与ST2529(3株)为优势型别,分别对应CRISPRⅠ群与Ⅱ群。SNP进化分析表明,病例分离株Sal-2214与多地区分离株亲缘关系密切(SNP差异≤20),提示跨地区传播可能。1株4岁腹泻儿童粪便分离株Sal-2214携带β-内酰胺类耐药基因(bla_(CTX-M-55)),对头孢噻肟(CTX)和头孢他啶(CAZ)呈高水平。结论自2022年起,扬州市开始出现黄金海岸沙门氏菌,呈现多重耐药特征,且存在与沿海地区菌株的遗传关联,需加强耐药监测及溯源研究。 展开更多
关键词 黄金海岸沙门氏菌 多重耐药 全基因组测序 CRISPR分型 单核苷酸多态性
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莫海威芽孢杆菌JK-18的全基因组测序及拮抗相关基因簇的分析
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作者 王瀚 王攀 +2 位作者 田凤鸣 卓平清 马静静 《福建农业学报》 北大核心 2025年第1期81-90,共10页
【目的】对核桃黑斑病病原拮抗菌莫海威芽孢杆菌JK-18进行全基因组测序和基因功能注释,初筛多种活性代谢产物合成基因簇。【方法】采用PacBio测序技术对从核桃根际土壤中筛选得到的莫海威芽孢杆菌JK-18进行全基因组测序,获得菌株基因组... 【目的】对核桃黑斑病病原拮抗菌莫海威芽孢杆菌JK-18进行全基因组测序和基因功能注释,初筛多种活性代谢产物合成基因簇。【方法】采用PacBio测序技术对从核桃根际土壤中筛选得到的莫海威芽孢杆菌JK-18进行全基因组测序,获得菌株基因组特征信息、基因功能注释及分类和次级代谢产物等关键信息。【结果】JK-18的基因组为一条环状闭合DNA,大小为4166746 bp,由1个环状染色体组成,共有4138个蛋白质编码基因。基因组中共预测到4种类型的CRISPR。GO、KEGG、EGGNOG、CAZY和CARD数据库中分别注释到5844、2299、3257、183和7个功能基因。应用在线软件AntiSMASH预测,该菌株基因组中包含Lichenysin、Macrobrevin和Aurantinin等聚酮类,Surfactin、Bacillomycin、Plipastatin、Fengycin等脂肽类,Dumulmycin及Dactylocycline A大环内酯类等多种活性代谢产物合成基因簇。【结论】通过全基因组测序及相关功能基因的挖掘分析,表明该菌株具有较好的生防潜能。相关研究结果对抗菌物质的后期深入研究具有重要的参考价值。 展开更多
关键词 核桃 莫海威芽孢杆菌 全基因组测序 合成基因簇
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