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狂犬病毒GSQY-Dog-China-2013株全基因组序列测定和遗传进化分析
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作者 邢广旭 姜中毅 +2 位作者 焦文强 王方雨 张改平 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2023年第1期8-13,共6页
为了全面分析我国狂犬病病毒遗传进化情况,本试验使用反转录PCR(RT-PCR)方法将狂犬病病毒GSQY-Dog-China-2013分为10个片段进行扩增,回收目的片段并与pMD20-T simple载体连接,转化JM109感受态细胞,挑取阳性克隆进行测序;使用DNASTAR软... 为了全面分析我国狂犬病病毒遗传进化情况,本试验使用反转录PCR(RT-PCR)方法将狂犬病病毒GSQY-Dog-China-2013分为10个片段进行扩增,回收目的片段并与pMD20-T simple载体连接,转化JM109感受态细胞,挑取阳性克隆进行测序;使用DNASTAR软件中的Edit Seq通过拼接相邻片段之间的重叠序列获得GSQY-Dog-China-2013全基因组序列,构建系统进化树进行遗传进化分析。结果显示,GSQY-Dog-China-2013全长11924核苷酸(nt),包含5个开放阅读框,分别编码核蛋白(N)、磷蛋白(P)、基质蛋白(M)、糖蛋白(G)和转录大蛋白(L);基于全基因组序列的进化树分析显示,GSQY-Dog-China-2013株和国内分离株形成一个分支,在国内分离株中与SXYL15株和SXBJ15株形成一个分支,亲缘关系最接近,提示GSQY-Dog-China-2013可能源自我国陕西省。本试验系甘肃省首次报道狂犬病病毒全基因组序列,进一步丰富了我国狂犬病病毒遗传进化数据,为狂犬病全面防治以及疫苗研发提供了数据支持。 展开更多
关键词 狂犬病病毒 GSQY-Dog-China-2013 全基因组序列测定 遗传进化分析
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关中奶山羊源D型产气荚膜梭菌全基因组序列测定及其分子特征分析 被引量:3
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作者 吴克 冯航 +1 位作者 王娟 杨增岐 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第11期3967-3974,共8页
本研究自陕西省富平县某规模化关中奶山羊养殖场腹泻奶山羊肛门拭子中分离到5株产气荚膜梭菌,命名为21-D-1~21-D-5。毒素基因检测表明,其均为携带etx的D型产气荚膜梭菌,且21-D-5携带食源性致病毒素基因cpe。全基因组序列测定显示,5株D... 本研究自陕西省富平县某规模化关中奶山羊养殖场腹泻奶山羊肛门拭子中分离到5株产气荚膜梭菌,命名为21-D-1~21-D-5。毒素基因检测表明,其均为携带etx的D型产气荚膜梭菌,且21-D-5携带食源性致病毒素基因cpe。全基因组序列测定显示,5株D型产气荚膜梭菌基因组大小、GC含量和基因数量稳定;单核苷酸多态性(SNPs)分析显示,21-D-1和21-D-2以及21-D-3和21-D-4之间的SNPs差异极低(<25),表明其大概率属于相同的产气荚膜梭菌菌株。分离的D型产气荚膜梭菌基因组中共检测到15种毒素基因,其中,毒素基因etx在分离的D型菌株中高度保守、基因环境相似,且在菌株21-D-5中毒素基因cpe位于etx下游。此外,包括噁唑烷酮类耐药基因optrA在内的9种耐药基因也在分离株中被检测到,并且erm(A)、optrA和fexA具有共同传播的可能性。本研究为国内首次对D型产气荚膜梭菌进行全基因组序列测定分析,结果对产气荚膜梭菌疾病的防治和基因组的进一步研究具有参考价值。 展开更多
关键词 关中奶山羊 D型产气荚膜梭菌 全基因组序列测定分析
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基因Ⅶ型新城疫病毒蛋鸡分离株的生物学特性及全基因组序列分析
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作者 蔡丝丝 崔智豪 +3 位作者 刘玲 陈亮 陈瑞爱 王林川 《中国家禽》 北大核心 2015年第9期21-26,共6页
对广东某蛋鸡场新城疫病毒分离株(命名GD0526)进行生物学特性研究及全基因组序列分析,结果显示该分离株具血凝活性,能被特异性新城疫病毒标准阳性血清所抑制,动物回归试验出现新城疫典型症状。该毒株MDT为43.38h、ICPI为1.73、IVPI为2.3... 对广东某蛋鸡场新城疫病毒分离株(命名GD0526)进行生物学特性研究及全基因组序列分析,结果显示该分离株具血凝活性,能被特异性新城疫病毒标准阳性血清所抑制,动物回归试验出现新城疫典型症状。该毒株MDT为43.38h、ICPI为1.73、IVPI为2.37,F基因裂解位点为112R-R-Q-K-R-F117,符合强毒株特征。抗体增长规律和免疫交叉保护试验说明该毒株免疫原性较好,能产生较高水平的抗体,对试验鸡提供很好的保护。全基因组克隆和测序分析表明该毒株全基因组长15192bp,属基因Ⅶd型,与Shangdong-02-2010株核苷酸序列具有很高的同源性,而与LaSota株的相似性较低。 展开更多
关键词 新城疫病毒 全基因组序列测定
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鸭坦布苏病毒分离鉴定及全基因组序列分析 被引量:7
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作者 王宾宾 闫大为 +6 位作者 倪欣涛 李雪松 滕巧泱 杨健美 陈鸿军 刘芹防 李泽君 《中国动物传染病学报》 CAS 北大核心 2017年第6期8-14,共7页
本文采集2015年浙江省2个鸭养殖场中疑似鸭坦布苏病毒(Duck Tembusu virus,DTMUV)感染的雌麻鸭卵巢病料,经组织研磨处理,DF-1细胞纯化,成功分离了2株鸭坦布苏病毒(DTMUV),分别命名为ZJ201501和ZJ201504。利用9对两两相互重叠的PCR引物,... 本文采集2015年浙江省2个鸭养殖场中疑似鸭坦布苏病毒(Duck Tembusu virus,DTMUV)感染的雌麻鸭卵巢病料,经组织研磨处理,DF-1细胞纯化,成功分离了2株鸭坦布苏病毒(DTMUV),分别命名为ZJ201501和ZJ201504。利用9对两两相互重叠的PCR引物,对这2株病毒的全基因进行分段PCR扩增,经序列测定和拼接,得到病毒的全基因组序列。核苷酸序列和E蛋白氨基酸序列比对分析发现:ZJ201501和ZJ201504的核苷酸同源性高达99.9%,全长氨基酸仅有2个位点差异;与选取的19株DTMUV参考序列相比,在核苷酸水平和E蛋白氨基酸水平上,其同源性分别大于97.1%和98.4%,而ZJ201501和ZJ201504与早期分离的DTMUV FX2010遗传距离最远,这表明DTMUV在鸭群中发生了一定的变异。本研究为进一步了解DTMUV的遗传进化提供了理论依据。 展开更多
关键词 鸭坦布苏病毒 分离鉴定 全基因组序列测定 进化树
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