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面向新一代基因测序数据的拼接算法综述
被引量：
2
1
作者
颜珂
何威
+1 位作者
徐勇
张健
《计算机应用研究》
CSCD
北大核心
2016年第9期2573-2578,共6页
针对新一代DNA测序数据存在reads长度短、高覆盖度且存在错误数据等特点,研发满足实际应用的拼接软件,是序列拼接领域迫切的研究课题。探讨了全基因组序列拼接面临的挑战,研究了主流的几类拼接算法的拼接原理、操作流程,分析各种算法的...
针对新一代DNA测序数据存在reads长度短、高覆盖度且存在错误数据等特点,研发满足实际应用的拼接软件,是序列拼接领域迫切的研究课题。探讨了全基因组序列拼接面临的挑战,研究了主流的几类拼接算法的拼接原理、操作流程,分析各种算法的优缺点和适用范围,其中包括基于贪心图算法、基于OLC图算法、基于De Bruijn图算法等,并根据不同的标准列举了几类拼接算法之间的差异性,最后对基因拼接算法在未来的研究给出了建议。
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关键词
生物信息学
全基因组序列拼接
高通量
基因
测序
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职称材料
题名
面向新一代基因测序数据的拼接算法综述
被引量：
2
1
作者
颜珂
何威
徐勇
张健
机构
哈尔滨工业大学深圳研究生院智能感知与生物信息学创新团队
[
出处
《计算机应用研究》
CSCD
北大核心
2016年第9期2573-2578,共6页
基金
2014年深圳市未来产业发展专项资金资助项目(CXZZ20140904154910774,JCYJ20140904154645958)
文摘
针对新一代DNA测序数据存在reads长度短、高覆盖度且存在错误数据等特点,研发满足实际应用的拼接软件,是序列拼接领域迫切的研究课题。探讨了全基因组序列拼接面临的挑战,研究了主流的几类拼接算法的拼接原理、操作流程,分析各种算法的优缺点和适用范围,其中包括基于贪心图算法、基于OLC图算法、基于De Bruijn图算法等,并根据不同的标准列举了几类拼接算法之间的差异性,最后对基因拼接算法在未来的研究给出了建议。
关键词
生物信息学
全基因组序列拼接
高通量
基因
测序
Keywords
bioinformatics
whole genome assembly
high-throughput sequencing
分类号
TP391 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]
TP301.6 [自动化与计算机技术—计算机系统结构]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
面向新一代基因测序数据的拼接算法综述
颜珂
何威
徐勇
张健
《计算机应用研究》
CSCD
北大核心
2016
2
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