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福建牡蛎致病菌沙氏弧菌的分离鉴定及全基因组分析
1
作者 葛辉 李慧耀 +12 位作者 巫旗生 宁岳 祁剑飞 温凭 郭香 潘洁茹 吴丽云 王为刚 王晓伟 李苗苗 戴燕彬 林向阳 林琪 《厦门大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第5期839-848,共10页
[目的]对患病福建牡蛎(Crassostrea angulata)幼虫进行病原分离鉴定和全基因组测序,以期为牡蛎细菌性疾病的预防和治疗提供科学依据.[方法]采用平板分离法进行病原微生物的分离纯化,结合形态学、生理生化特征和分子生物学对病原进行种... [目的]对患病福建牡蛎(Crassostrea angulata)幼虫进行病原分离鉴定和全基因组测序,以期为牡蛎细菌性疾病的预防和治疗提供科学依据.[方法]采用平板分离法进行病原微生物的分离纯化,结合形态学、生理生化特征和分子生物学对病原进行种属鉴定,并对分离得到的病原菌进行基因组测序和药物敏感性试验.[结果]从患病牡蛎幼虫分离纯化获得优势菌株M05,通过外观形态、生理生化特征和16S rRNA基因测序判定为沙氏弧菌(Vibrio chagasii).回归感染试验证实其可引起牡蛎幼虫发病死亡.基因组测序分析表明,M05菌株携带副定殖因子基因AcfB、溶血素基因和Ⅱ型分泌途径基因EpsD等毒力基因;此外,菌株本身及其携带的质粒中含有大量耐药基因,药物敏感性试验结果显示菌株对环丙沙星、替加环素和碳青霉烯类抗生素较敏感,对青霉素类、氨基糖苷类和头孢类抗生素均具有较强的耐药性.[结论]沙氏弧菌M05携带多种致病因子,可引起福建牡蛎幼虫感染,且对多种抗生素具有耐药性,研究结果可为福建牡蛎幼虫病害防控提供科学依据. 展开更多
关键词 水产养殖 福建牡蛎 沙氏弧菌 全基因组分析 药物敏感性试验
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具有潜在益生特性开菲尔慢生乳杆菌的筛选及全基因组分析 被引量：2
2
作者 刘湘芸 赵鑫 +3 位作者 王会莹 袁保壹 薄晓宇 包秋华 《中国乳品工业》 北大核心 2025年第2期5-13,共9页
为挖掘传统发酵乳制品中具有潜在益生特性的开菲尔慢生乳杆菌(Lentilactobacillus kefiri,L.kefiri)菌株。文章对10株L.kefiri进行体外益生特性检测,结果表明,L.kefiri NM119-2相较于其他菌株,益生性能良好,该菌株在pH=3的模拟人工胃液... 为挖掘传统发酵乳制品中具有潜在益生特性的开菲尔慢生乳杆菌(Lentilactobacillus kefiri,L.kefiri)菌株。文章对10株L.kefiri进行体外益生特性检测,结果表明,L.kefiri NM119-2相较于其他菌株,益生性能良好,该菌株在pH=3的模拟人工胃液中3 h存活率为57.55%,在0.3%胆盐中4 h存活率为95.79%;对氯霉素、青霉素、环丙沙星和庆大霉素等6种抗生素显示敏感;疏水性达80.36%;静置24 h后自凝聚能力为43.30%;DPPH自由基清除率为97.91%,羟自由基清除率为52.2%,超氧阴离子清除率为27.81%,综合抗氧化能力强。碳水化合物利用能力结果显示,L.kefiri NM119-2可利用D-葡萄糖、D-乳糖和D-果糖等9种糖。全基因组测序结果显示,L.kefiri NM119-2基因组全长为2.48 Mb,编码2611个基因,涵盖了氨基酸运输和代谢、碳水化合物代谢和磷酸化作用等相关基因;L.kefiri NM119-2耐药基因均位于染色体上,安全风险较低。 展开更多
关键词 开菲尔慢生乳杆菌 筛选 益生特性 全基因组分析
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黄河高原鳅血红蛋白基因家族全基因组分析及低氧胁迫响应
3
作者 谭瑾 郭守全 +6 位作者 刘丹 张存芳 聂苗苗 寇若彬 姚占雯 田菲 祁得林 《水生生物学报》 北大核心 2025年第5期62-72,共11页
为探究血红蛋白基因家族在黄河高原鳅(Triplophysa pappenheimi)低氧适应中的作用,研究基于黄河高原鳅基因组数据对血红蛋白基因家族进行了生物信息学分析,并开展低氧胁迫和基因表达检测。结果显示,黄河高原鳅血红蛋白基因家族由11个成... 为探究血红蛋白基因家族在黄河高原鳅(Triplophysa pappenheimi)低氧适应中的作用,研究基于黄河高原鳅基因组数据对血红蛋白基因家族进行了生物信息学分析,并开展低氧胁迫和基因表达检测。结果显示,黄河高原鳅血红蛋白基因家族由11个成员组成,其中包括6个α珠蛋白基因(hbaa1、hbaa2、hbae1、hbae3、hbae4和hbae5)和5个β珠蛋白基因(hbba1、hbba2、hbbe1.1、hbbe1.2和hbbe2)。Motif、Domain及基因结构分析结果均表明该家族成员具有较高的保守性,除hbbe2外,其余基因结构相似。染色体定位分析结果显示,血红蛋白基因家族成员分布在2条染色体上(Chr_07、Chr_17)。蛋白理化性质分析结果显示,除hbbe1.2为疏水性不稳定蛋白,其余基因产物均为疏水性稳定蛋白,其中hbae3、hbbe1.1、hbbe2为酸性蛋白;其余8个为碱性蛋白,其中α-螺旋是主要的二级结构。亚细胞定位预测结果显示,除hbae4基因产物位于细胞质中,hbae3位于细胞质和细胞外;其余血红蛋白基因均位于线粒体中。基因表达研究表明,在急性低氧胁迫12h(0.3±0.1 mg/L)后,hbaa1、hbaa2、hbba1和hbba2基因在肝脏、鳃和血液中的表达量具有上调趋势,但是差异不显著(P<0.05);在慢性低氧24h至96h[(3.0±0.1)mg/L]时,hbaa1、hbba1、hbaa2和hbba2基因在肝脏和血液中的表达量达到峰值(P<0.05),随着胁迫时间延长,上述基因的表达量均有所下调。在鳃组织中,hbaa1、hbaa2和hbba1的最高表达量出现在慢性低氧后的196h,而hbba2基因表达峰值出现在24h。研究展示了黄河高原鳅血红蛋白基因家族成员的低氧胁迫表达模式,为黄河高原鳅的低氧适应机制研究积累科学数据。 展开更多
关键词 血红蛋白基因家族 全基因组分析 低氧胁迫 黄河高原鳅
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一株牛肠病毒F型的全基因组分析及抗体检测间接ELISA方法的建立
4
作者 刘健 于泽海 +5 位作者 张玫瑜 李丹 王君 刘芳琴 张群 徐守振 《畜牧兽医学报》 北大核心 2025年第2期814-825,共12页
本研究从牛肠病毒(BEV)阳性粪便中通过接种BHK细胞进行蚀斑纯化分离得到一株F型肠道病毒,经过RT-PCR鉴定正确后送生物公司进行全基因测序以及进行TCID_(50)的测定,以MEGA11.0等生物信息学软件对BEV全基因进行分析并构建遗传进化树。以... 本研究从牛肠病毒(BEV)阳性粪便中通过接种BHK细胞进行蚀斑纯化分离得到一株F型肠道病毒,经过RT-PCR鉴定正确后送生物公司进行全基因测序以及进行TCID_(50)的测定,以MEGA11.0等生物信息学软件对BEV全基因进行分析并构建遗传进化树。以原核表达方式得到含BEV分离株VP3基因的重组蛋白,作为包被抗原,建立检测抗体的间接ELISA方法,并对建立的ELISA方法的特异性、灵敏性、重复性进行测定与用于临床样品的检测。结果显示,BEV分离株的TCID 50为10-6.26·mL^(-1),病毒分离株全长为7439 nt,ORF大小为6504 bp,编码2168个氨基酸,与F型肠道病毒BEV4遗传关系最近且核苷酸相似性最高,故分离到的病毒为F型肠道病毒,暂命名为BEV-QD,与其他F型毒株相比,BEV-QD株存在氨基酸的突变以及缺失并且大多集中在P2、P3区。本次建立的抗体检测间接ELISA方法重复性良好;阳性血清稀释1600倍后结果仍呈现阳性,灵敏性良好;与BVDV等阳性血清不发生特异性结合,特异性良好;检测40份临床样品中,13份为阳性,阳性率为32.5%。本研究分离到一株F型牛肠病毒突变株,建立了一种抗体间接ELISA方法。为牛肠病毒的检测和防控提供了基础手段。 展开更多
关键词 牛肠道病毒 分离鉴定 TCID_(50) 全基因组分析 ELISA
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水稻黄单胞菌噬菌体vB_XaS_HDB2的全基因组分析和生物学特性研究
5
作者 陈惠莹 何嘉欣 +4 位作者 朱斌 黄士轩 周星佑 伍君权 杨美艳 《作物学报》 北大核心 2025年第8期2087-2099,共13页
水稻白叶枯病是由水稻黄单胞菌(Xanthomonas oryzae pv.oryzae,Xoo)引起的一种常见病害,可导致水稻大面积减产,对粮食安全造成巨大威胁。防治白叶枯病的化学药剂种类少,效果欠佳且对环境危害大,亟需开发安全高效的新型抗菌剂。噬菌体因... 水稻白叶枯病是由水稻黄单胞菌(Xanthomonas oryzae pv.oryzae,Xoo)引起的一种常见病害,可导致水稻大面积减产,对粮食安全造成巨大威胁。防治白叶枯病的化学药剂种类少,效果欠佳且对环境危害大,亟需开发安全高效的新型抗菌剂。噬菌体因其裂解细菌的高度特异性而备受关注。本研究从稻虾田水中分离获得一株水稻黄单胞菌噬菌体,命名为vB_XaS_HDB2(HDB2)。电镜观察显示,噬菌体HDB2为长尾噬菌体,头部直径和尾部长度分别为(48±3)nm、(166±8)nm。全基因组分析结果显示,HDB2序列长43,697 bp,GC含量为54.31%,含有52个开放阅读框(ORFs)。其中30个为已知功能蛋白,按照不同功能分为DNA代谢、裂解、包装、结构4个模块;该噬菌体含有1个tRNA,不含毒力基因和抗生素耐药基因。ANI、蛋白网络图与系统发育树分析表明,HDB2属于Septimatrevirus属成员,与噬菌体vB_Xar_IVIA-DoCa8相似度最高(97.74%)。HDB2能够裂解52.9%(9/17)的受测黄单胞菌菌株;一步生长曲线显示,HDB2的潜伏期为3 h,裂解期为5 h,裂解量为44 pfu cell^(-1);HDB2具有较好的温度(4~60℃)和pH(4~11)耐受性。体外抑菌结果显示,感染复数大于0.1时,噬菌体HDB2能有效抑制黄单胞菌Xoo 2086的生长。综上所述,本研究分离纯化并鉴定了一株水稻黄单胞菌噬菌体,为噬菌体技术应用于作物细菌病害的防治提供了理论依据。 展开更多
关键词 水稻黄单胞菌 水稻白叶枯病 噬菌体 全基因组分析 生物学特性
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1株黏质沙雷氏菌噬菌体的生物学特性及全基因组分析
6
作者 赵新凌 刘宇洋 +2 位作者 杨靖卿 卞心蓉 王心舞 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第11期5434-5443,共10页
【目的】分离能够裂解耐药黏质沙雷氏菌的噬菌体并对其进行生物学特性及全基因组分析,为临床应用噬菌体疗法防控黏质沙雷氏菌感染提供候选噬菌体,并为解决黏质沙雷氏菌耐药性问题提供新思路。【方法】本研究以从医院痰液样本中分离得到... 【目的】分离能够裂解耐药黏质沙雷氏菌的噬菌体并对其进行生物学特性及全基因组分析,为临床应用噬菌体疗法防控黏质沙雷氏菌感染提供候选噬菌体,并为解决黏质沙雷氏菌耐药性问题提供新思路。【方法】本研究以从医院痰液样本中分离得到的黏质沙雷氏菌Sm2为宿主菌,通过空斑法及双层平板法从污水处理厂采集的污水样品中分离纯化黏质沙雷氏菌噬菌体,进一步对其形态、裂解谱、生长曲线、温度耐受性及酸碱稳定性等生物学特性进行分析;通过Illumina HiSeq测序平台测定其全基因组序列,并对其基因组特征及遗传进化关系进行分析。【结果】从污水处理厂污水样品中分离得到1株黏质沙雷氏菌噬菌体vB_SamS_CC02,该噬菌体在LB平板上形成透亮噬菌斑。透射电镜观察显示,该噬菌体属于长尾病毒科,由直径为(58±10)nm的二十面体对称头部及1个长度为(110±10)nm的尾部组成。裂解谱测定结果显示,该噬菌体仅能特异性裂解黏质沙雷氏菌,对其他种属细菌无裂解作用。一步生长曲线测定结果显示,该噬菌体潜伏期为5 min,裂解周期约为30 min,爆发量可达105 PFU/cell。耐受性检测结果显示,60℃存放60 min仍可检测到部分活性噬菌体,具有良好的温度稳定性;pH_(2).0环境中放置60 min,其噬菌体效价稳定在104 PFU/mL,具有良好的酸碱耐受性。基因组测序结果显示,噬菌体vB_SamS_CC02基因组全长为163764 bp,GC含量为46%,基因组包含65个开放阅读框(ORFs),无毒力、耐药性或溶原相关基因。遗传进化分析结果显示,该噬菌体在全基因组水平上与沙雷氏菌噬菌体vB_SmaS_Serratianator(MW021755.1)序列相似性最高(96.83%),但基于末端酶大亚基序列的进化分析结果显示其属于一个单独进化分支,与已报道噬菌体亲缘关系较远。【结论】本研究成功分离得到1株特异性裂解黏质沙雷氏菌的噬菌体vB_SamS_CC02,该噬菌体裂解能力强、稳定性好。研究结果为临床应用噬菌体疗法防控耐药黏质沙雷氏菌感染提供了候选噬菌体。 展开更多
关键词 黏质沙雷氏菌 噬菌体 生物学特性 全基因组分析
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一株对草地贪夜蛾具有胃毒活性的克雷伯氏菌分离及全基因组分析
7
作者 郭鹬 任广豪 +3 位作者 刘金源 钟子雯 樊江斌 于欢 《环境昆虫学报》 北大核心 2025年第4期1213-1225,共13页
本研究从田间采集的菜青虫Pieris rapae L.中肠分离获得可培养的、菌落形态有显著差异的细菌菌落53个。将这些菌落接种至新鲜的LB培养基中培养3 d后,用于浸泡人工饲料并饲喂草地贪夜蛾Spodoptera frugiperda Smith 2龄幼虫,其中9株对草... 本研究从田间采集的菜青虫Pieris rapae L.中肠分离获得可培养的、菌落形态有显著差异的细菌菌落53个。将这些菌落接种至新鲜的LB培养基中培养3 d后,用于浸泡人工饲料并饲喂草地贪夜蛾Spodoptera frugiperda Smith 2龄幼虫,其中9株对草地贪夜蛾幼虫展现出一定的胃毒活性。针对杀虫活性最高的一株——克雷伯氏菌Klebsiella pneumoniae A7株进行了进一步的检测,发现其在培养后1 d、2 d和3 d后对草地贪夜蛾2龄幼虫处理96 h的致死率分别为26.39%±11.98%、8.33%±3.73%和56.25%±10.26%,均显著高于对照组试虫的死亡率(P<0.05)。全基因组测序的结果表明,A7基因组总长度为8.55 Mb,GC含量51.78%,可编码8148个基因,另含有3个质粒,大小分别为190495 bp、89806 bp和77436 bp。进一步的分析结果表明,A7株编码的748种基因中,有214种毒力基因的检出率在70%以上,306种毒力基因的检出率低于50%,其余228种毒力基因的检出率在50%~70%之间;进一步利用VFDB数据库对214种毒力基因检出率在70%以上的基因进行注释,分别注释到13类毒力相关基因。可以观察到A7在16S rDNA系统发育树上与其他克雷伯氏菌属Klebsiella sp.的亲缘关系。本研究报道了一种对草地贪夜蛾幼虫具有杀虫活性的克雷伯氏菌,结合基因组学的分析,为草地贪夜蛾的生物防治提供了依据。 展开更多
关键词 昆虫肠道分离细菌 草地贪夜蛾 杀虫活性检测 克雷伯氏菌 细菌全基因组分析
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藜麦 HSP20 基因家族全基因组分析及其对非生物胁迫的响应
8
作者 卢秋巍 常雅琴 +4 位作者 王晴 张晔荷 张丽 张鸿苑 郭富烨 《安徽农业科学》 2025年第18期110-117,共8页
在全基因组分析的基础上鉴定了CqHSP20基因家族,获得83个CqHSP20s基因,系统发育分析表明,CqHSP20可分为7个亚组。重复事件分析表明,串联重复(21.3%)和片段重复(56.3%)事件在促进CqHSP20基因家族的扩展中起着至关重要的作用。转录组分析... 在全基因组分析的基础上鉴定了CqHSP20基因家族,获得83个CqHSP20s基因,系统发育分析表明,CqHSP20可分为7个亚组。重复事件分析表明,串联重复(21.3%)和片段重复(56.3%)事件在促进CqHSP20基因家族的扩展中起着至关重要的作用。转录组分析表明,83个CqHSP20s基因中有35个在根或苗中响应高温胁迫,其中18个CqHSP20s基因显著上调,18个CqHSP20s基因显著下调。此外,83个CqHSP20s基因中有17个在根或苗中响应干旱胁迫,7个响应缺磷胁迫,10个响应高盐胁迫。 展开更多
关键词 藜麦 HSP20 基因家族 全基因组分析 非生物胁迫
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一株裂解耐氨苄西林金黄色葡萄球菌的噬菌体及其生物学特性与全基因组分析 被引量：2
9
作者 张雪丽 于浩淼 +3 位作者 闫振贵 杨少华 张亮 杨宏军 《山东农业科学》 北大核心 2024年第3期132-138,共7页
本研究旨在分离能够高效裂解耐药金黄色葡萄球菌的噬菌体,为噬菌体生物制品的研制提供候选材料。以耐氨苄西林金黄色葡萄球菌为宿主菌,用双层平板法分离噬菌体,通过透射电子显微镜观察噬菌体形态,并对其进行生物学特性分析及全基因组测... 本研究旨在分离能够高效裂解耐药金黄色葡萄球菌的噬菌体,为噬菌体生物制品的研制提供候选材料。以耐氨苄西林金黄色葡萄球菌为宿主菌,用双层平板法分离噬菌体,通过透射电子显微镜观察噬菌体形态,并对其进行生物学特性分析及全基因组测序分析。结果分离得到一株金黄色葡萄球菌噬菌体,效价达2.75×10^(10)PFU/mL,命名为SP688。该噬菌体具有长的不收缩尾巴,属长尾噬菌体科,对7株耐氨苄西林金葡菌均有裂解效果,最佳感染复数为1,可在10 h内抑制细菌生长,在温度-20~54℃范围和pH值3~11之间活性稳定,对紫外线敏感。全基因组分析显示,SP688基因组为环状DNA,全长45499 kb,GC含量为34.1%;预测到64个开放阅读框(ORFs),其中19个(29.69%)被预测功能。该噬菌体是一株新型裂解耐氨苄西林金黄色葡萄球菌的广谱噬菌体,可为噬菌体治疗提供材料。 展开更多
关键词 金黄色葡萄球菌 噬菌体 形态 生物学特性分析 全基因组分析
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1株羊源多重耐药肺炎克雷伯菌噬菌体的生物学特性及全基因组分析 被引量：2
10
作者 侯宫明珠 周海琴 +9 位作者 余星雨 李娜娜 李扬 屈勇刚 李彦芳 梁晏 严多 杨舒涵 邱正青 陈斯奇 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期2047-2057,共11页
【目的】多重耐药病原菌的出现对公共卫生安全构成严重威胁,本试验拟对1株羊源多重耐药肺炎克雷伯菌裂解性噬菌体进行生物学特性和基因组特征分析,为寻找可用于防治肺炎克雷伯菌感染的噬菌体制剂提供参考。【方法】以羊源多重耐药肺炎... 【目的】多重耐药病原菌的出现对公共卫生安全构成严重威胁,本试验拟对1株羊源多重耐药肺炎克雷伯菌裂解性噬菌体进行生物学特性和基因组特征分析,为寻找可用于防治肺炎克雷伯菌感染的噬菌体制剂提供参考。【方法】以羊源多重耐药肺炎克雷伯菌分离株YH-2为宿主菌,采用双层琼脂平板法从粪污样品中分离纯化噬菌体,通过透射电镜观察其形态;测定噬菌体宿主谱、最佳感染复数(MOI)、一步生长曲线、热稳定性、酸碱耐受性等生物学特性;基于全基因组测序对其基因组特点进行分析。【结果】试验成功分离到1株肺炎克雷伯菌裂解性噬菌体,命名为vB_KpnP_PYH-2(简称PYH-2),电镜观察发现PYH-2属于短尾噬菌体科,其噬菌斑中心透亮,周围有晕圈。随着培养时间的延长,晕圈会向四周扩散。噬菌体PYH-2不仅可以裂解1株羊源肺炎克雷伯菌,还能裂解5株奶牛乳房炎源肺炎克雷伯菌。噬菌体PYH-2的最佳MOI为0.001,潜伏期为15 min,爆发期为10 min,裂解量为63 PFU/cell;在40~50℃和pH 4.0~12.0的环境下均能保持稳定活性。噬菌PYH-2基因组全长45958 bp,GC含量为51.86%,不含耐药基因及毒力基因;全基因组中包含52个开发阅读框(ORFs),只有21个为已知功能基因,其中尾部相关蛋白有6个。【结论】本研究分离到1株潜伏期短、生物特性稳定、能高效杀菌的噬菌体,可作为裂解动物源肺炎克雷伯菌的噬菌体候选毒株,为噬菌体防治多重耐药性肺炎克雷伯菌感染奠定了基础。 展开更多
关键词 肺炎克雷伯菌 噬菌体 生物学特性 全基因组分析
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陆地棉GST基因家族全基因组分析 被引量：8
11
作者 许磊 陈文 +4 位作者 司国阳 黄艺园 林毅 蔡永萍 高俊山 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2017年第8期737-752,共16页
谷胱甘肽转移酶(glutathione-S-transferase,GST)是一种普遍存在的具有多功能的超家族蛋白,在植物初次生代谢、逆境胁迫、胞间信号传递等方面具有重要作用;同时,作为配体其在植物激素代谢以及物质转运方面也发挥作用。为了解析陆地棉(Go... 谷胱甘肽转移酶(glutathione-S-transferase,GST)是一种普遍存在的具有多功能的超家族蛋白,在植物初次生代谢、逆境胁迫、胞间信号传递等方面具有重要作用;同时,作为配体其在植物激素代谢以及物质转运方面也发挥作用。为了解析陆地棉(Gossypium hirsutum L.)GST基因家族的信息,本研究对该基因家族成员的种类、进化关系、物理定位、基因结构和保守基序以及表达模式进行了分析。结果显示,在陆地棉全基因组中共含有70个GST基因,进化树和基因结构分析将该家族分为U族、F族、T族、Z族、EF1Bγ族和TCHQD族。基因定位分析发现,除了AD/At2、AD/At4、AD/At5、AD/Dt5、AD/Dt10号染色体上没有GST基因外,其他染色体上都有GST基因,并且在AD/At9、AD/Dt7、AD/Dt12、AD/Dt13这4条染色体上出现基因簇。对F族(Phi类)9个GST基因进行荧光定量分析,结果表明,除Gh GSTF1可能为假基因外,Gh GSTF2~9等8个基因在陆地棉根、茎、叶以及各个发育时期的纤维中均有表达;结合生物信息学分析,推测Gh GSTF8可能参与原花青素/花青素的转运和积累;Gh GSTF4、Gh GSTF6和Gh GSTF9可能在调节陆地棉的生长和胁迫反应中起作用,而Gh GSTF2、Gh GSTF3、Gh GSTF5和Gh GSTF7的功能还有待进一步研究。本研究为陆地棉GST基因家族的分子进化及功能研究提供了理论依据。 展开更多
关键词 陆地棉 谷胱甘肽转移酶 全基因组分析 进化
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沪农灵芝1号全基因组分析和演化比较 被引量：8
12
作者 龚明 鲍大鹏 +1 位作者 唐传红 张劲松 《食用菌学报》 CSCD 北大核心 2016年第2期1-5,19,共6页
对"沪灵芝"(Ganoderma lucidum SH)等23个真菌物种进行全基因组系统发生分析,进一步选取其中具有代表性的物种进行比较基因组学分析。全基因组系统发生分析和分子钟估计结果显示,沪灵芝分化时间(8.75百万年前)明显晚于灵芝属... 对"沪灵芝"(Ganoderma lucidum SH)等23个真菌物种进行全基因组系统发生分析,进一步选取其中具有代表性的物种进行比较基因组学分析。全基因组系统发生分析和分子钟估计结果显示,沪灵芝分化时间(8.75百万年前)明显晚于灵芝属分化时间(180百万年前);基因家族尺寸和直系同源基因数目分析显示,与另外参试灵芝菌种相比沪灵芝基因家族具有一定的收缩趋势;进一步对基因家族数目进行比较的结果显示,沪灵芝逆转录酶家族发生了显著扩增。GO功能分析提示沪灵芝逆转录酶家族的功能富集主要为核酸结合功能和酶的催化活性。 展开更多
关键词 灵芝 全基因组分析 分子钟 基因扩增 GO功能分析
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葡萄WRKY转录因子家族全基因组分析 被引量：6
13
作者 李成慧 蔡斌 《经济林研究》 北大核心 2013年第4期127-131,共5页
为了给进一步开展葡萄WRKY基因家族的功能和分子进化机制的研究提供理论依据,利用葡萄全基因组数据,采用生物信息学的方法,在葡萄全基因组水平上对葡萄WRKY基因家族进行了系谱进化关系、保守模体、共线性关系及表达情况等方面的分析。... 为了给进一步开展葡萄WRKY基因家族的功能和分子进化机制的研究提供理论依据,利用葡萄全基因组数据,采用生物信息学的方法,在葡萄全基因组水平上对葡萄WRKY基因家族进行了系谱进化关系、保守模体、共线性关系及表达情况等方面的分析。结果表明,葡萄基因组中共存在55个WRKY基因,命名为VvWRKY1～VvWRKY55,这些WRKY基因归属于7个亚家族。共线性分析结果表明,亚家族Ⅱb的6个成员可能起源于形成葡萄物种的"古代六倍体化"事件。对公共数据库中葡萄RNA-Seq数据的分析结果表明,有9个WRKY基因对生物和非生物胁迫有响应。 展开更多
关键词 葡萄 WRKY基因 生物信息学 进化 全基因组分析
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花生GSTs家族基因的全基因组分析 被引量：1
14
作者 王通 迟晓元 +4 位作者 王冕 潘丽娟 陈明娜 陈娜 焦坤 《花生学报》 北大核心 2019年第4期25-34,共10页
谷胱甘肽转移酶(glutathione-S-transferase,GST)是一类重要的多功能超家族酶,普遍存在于植物体中,作为配体或结合蛋白,在调控植物的生长发育、解除外界毒素作用过程起到重要作用。为全面了解花生GSTs基因家族的结构特性,本论文通过生... 谷胱甘肽转移酶(glutathione-S-transferase,GST)是一类重要的多功能超家族酶,普遍存在于植物体中,作为配体或结合蛋白,在调控植物的生长发育、解除外界毒素作用过程起到重要作用。为全面了解花生GSTs基因家族的结构特性,本论文通过生物信息分析技术对花生GST基因家族进行全基因组鉴定和表达特性分析,结果表明,在花生全基因组中一共有163个GSTs基因,其中A组基因中含有76个,B组基因中含有87个。基因结构和发育进化树将花生GST基因分为6类:Tau、Theta、Lamda、EF1Bγ、Phi和DHAR,花生GST家族基因结构进化相对保守,但各基因的内含子数量及长度有较大差异,其中EK5R9的外显子数最多,达19个;而K7JNV的内含子最长,约18 kb。MEME分析发现,花生GST家族基因中存在9个保守域,各基因中的保守结构域为6~8个不等。染色体定位显示,花生GSTs家族基因在花生A、B染色体组上呈不均匀分布,在A02、A03、A07、A09、B02、B03、B05、B08和B09号染色体上存在1~2个基因簇。表达分析发现,只有80个花生GST基因具有组织表达差异,其中6个的组织表达有极显著差异。本研究为GSTs基因的功能研究及花生抗逆性提高提供了理论依据。 展开更多
关键词 花生 谷胱甘肽转移酶 基因家族 全基因组分析
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两种兰科植物CaM及CML基因家族全基因组分析 被引量：5
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作者 杨前宇 王涛 +2 位作者 梁立雄 李潞滨 刘蕾 《林业科学研究》 CSCD 北大核心 2018年第6期15-25,共11页
[目的]探讨Ca M和CML基因家族在兰科植物不同组织和与菌根真菌建立共生关系过程中的潜在功能。[方法]依据已发表的拟南芥Ca M和CML基因家族蛋白序列,利用生物信息学方法对小兰屿蝴蝶兰和铁皮石斛全基因组进行搜索,通过多种生物软件或在... [目的]探讨Ca M和CML基因家族在兰科植物不同组织和与菌根真菌建立共生关系过程中的潜在功能。[方法]依据已发表的拟南芥Ca M和CML基因家族蛋白序列,利用生物信息学方法对小兰屿蝴蝶兰和铁皮石斛全基因组进行搜索,通过多种生物软件或在线工具对Ca M和CML基因家族蛋白序列进行筛选及确定、蛋白结构分析、系统进化分析及结构域预测;利用转录组数据绘制heatmap图,对小兰屿蝴蝶兰不同组织(花、叶、茎、根)及石斛种子与美胞胶膜菌共生条件下Ca M和CML基因家族的表达情况进行分析。[结果]在小兰屿蝴蝶兰和铁皮石斛全基因组中均预测到4个Ca M蛋白和54个CML蛋白;小兰屿蝴蝶兰Ca M及CML家族基因中39个基因没有内含子,19个基因具有内含子;铁皮石斛Ca M及CML基因家族中有41个基因没有内含子,17个基因具有内含子;系统进化分析将小兰屿蝴蝶兰和铁皮石斛Ca M和CML蛋白家族各分为10个亚家族;小兰屿蝴蝶兰中9个基因在叶中的表达相对于花、茎、根为上调表达,2个基因在叶中的表达相对于花、茎、根却为下调表达; 3个基因在花中的表达相对于叶、茎、根为上调表达; 3个基因在花和叶中的表达相对于茎和根为上调表达;铁皮石斛中4个基因在与美胞胶膜菌共生萌发文库中的表达相对于非共生文库为上调表达; 4个基因在共生萌发文库中的表达相对于非共生文库为下调表达。[结论]Ca M及CML家族基因在兰科植物不同组织具有重要作用,且参与铁皮石斛种子与美孢胶膜菌共生萌发的生物学调控过程。 展开更多
关键词 小兰屿蝴蝶兰 铁皮石斛 CaM基因家族 CML基因家族 全基因组分析
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贝莱斯芽孢杆菌Pm9生物防治潜力及全基因组分析 被引量：21
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作者 李永丽 周洲 +1 位作者 曲良建 尹新明 《河南农业大学学报》 CAS CSCD 2021年第6期1081-1088,共8页
为探究贝莱斯芽孢杆菌(Bacillus velezensis)Pm9对植物病害的生防潜力,明确其抑菌广谱性、无菌发酵滤液抑菌活性的稳定性、抑菌机制和抑菌物质遗传基础,并为生防制剂开发利用提供依据,采用平板对峙法测定菌株Pm9对小麦赤霉病菌(Fusarium... 为探究贝莱斯芽孢杆菌(Bacillus velezensis)Pm9对植物病害的生防潜力,明确其抑菌广谱性、无菌发酵滤液抑菌活性的稳定性、抑菌机制和抑菌物质遗传基础,并为生防制剂开发利用提供依据,采用平板对峙法测定菌株Pm9对小麦赤霉病菌(Fusarium graminearum)、小麦全蚀病菌(Gaeumannomyces graminis)、小麦纹枯病菌(Rizoctonia cerealis)、君子兰茎基腐病菌(Fusarium proliferatum)、番茄灰霉病菌(Botrytis cinerea)和南天竹炭疽病菌(Colletotrichum karstii)6种供试植物病原菌的抑制作用。以葡萄座腔菌(Botryosphaeria dothidea)为供试病原菌,测定菌株Pm9无菌发酵液抑菌物质稳定性,并考察无菌发酵滤液对葡萄座腔菌孢子萌发和菌丝生长的影响。利用3代Nanopore测序仪测定菌株Pm9的全基因序列,通过BLAST比对分析明确抑菌作用的遗传基础。结果表明,菌株Pm9对6种植物病原菌均具有抑制作用,抑制率在55.5%~87.5%之间。菌株Pm9无菌发酵滤液在pH 4~10之间抑菌活性稳定,耐受酸碱范围广,同时对紫外线照射和蛋白酶K不敏感,80℃以内具有较强的热稳定性。菌株Pm9可使葡萄座腔菌菌丝膨大畸形,抑制菌丝生长和孢子萌发。菌株Pm9含有合成地非西丁(difficidin)、丰原素(fengycin)、bacillibactin、表面活性素(surfactin)等多种肽聚糖和聚酮糖类抗性化合物的基因簇,以及能够降解病原菌细胞壁的β-1,3-葡聚糖酶和几丁质酶相关的基因。贝莱斯芽孢杆菌Pm9可抑制多种植物病原菌的生长,抑菌物质稳定性高,具有产生多种肽聚糖和聚酮糖类抗性化合物和细胞壁水解酶的能力,本研究为菌株Pm9进一步开发应用奠定了基础。 展开更多
关键词 内生细菌 抑菌广谱性 贝莱斯芽孢杆菌 全基因组分析 抑菌稳定性 抗菌机制
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特异性识别K1荚膜大肠杆菌的噬菌体PNJ1809-36生物学特性及全基因组分析 被引量：6
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作者 巩倩雯 李一昊 +5 位作者 曾颃 于沛欣 钱新杰 王瑜欣 戴建君 汤芳 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期1677-1688,共12页
本研究以K1荚膜大肠杆菌DE058(avian pathogenic Escherichia coli )为宿主菌,从鸡粪中分离烈性噬菌体PNJ1809-36并对其进行生物学特性的研究和基因组测序及分析。将噬菌体PNJ1809-36进行分离纯化,通过形态学观察、最佳MOI测定、一步生... 本研究以K1荚膜大肠杆菌DE058(avian pathogenic Escherichia coli )为宿主菌,从鸡粪中分离烈性噬菌体PNJ1809-36并对其进行生物学特性的研究和基因组测序及分析。将噬菌体PNJ1809-36进行分离纯化,通过形态学观察、最佳MOI测定、一步生长曲线测定、温度和酸碱耐受性测定、体外裂解能力测定以及全基因组测序及分析来研究该噬菌体的生物学特性和基因组特征。结果显示:噬菌体PNJ1809-36能够形成清晰透明的噬菌斑,其电镜照片显示为具有收缩尾部的肌尾科噬菌体;宿主谱分析结果显示,该噬菌体能够特异性裂解具有K1荚膜的大肠杆菌;最佳MOI为0.01;一步生长曲线结果显示,其潜伏期为10 min,爆发期为40 min;噬菌体PNJ1809-36在40和50 ℃下存活良好,60 ℃ 30 min可使噬菌体完全失活;噬菌体在pH3~11之间均可存活,最适pH为6;体外裂解试验表明,该噬菌体可在6 h内完全抑制宿主菌的生长。经基因组测序与分析,噬菌体PNJ1809-36基因组全长为152 343 bp,GC含量为39.11%,含有277个开放阅读框(ORF),11个tRNA基因。同源性分析显示其与早期发现的K1特异性的短尾噬菌体(如K1F、K1E)的同源性较低,而与噬菌体nepoznato、PVP-SE 1和phAPEC8等K1特异性噬菌体同源性较高,基因序列相似性达90%。噬菌体PNJ1809-36是一株特异性识别K1荚膜大肠杆菌的烈性噬菌体,属于肌尾科噬菌体新的系统发育分支。其针对K1荚膜的特性,提示该噬菌体在鉴定K1型大肠杆菌和治疗K1型大肠杆菌引起的疾病方面存在潜力。 展开更多
关键词 噬菌体 K1荚膜 大肠杆菌 生物学特性 全基因组分析
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1株大肠杆菌噬菌体vB_EcoP_GN07的分离鉴定及全基因组分析 被引量：3
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作者 王乐平 潘艳 +10 位作者 谭奕舟 李磊 韩凯欧 曹雅洁 李军 周雨晴 廖玉英 马东鑫 龚俞 彭昊 王晓晔 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期1522-1531,共10页
【目的】探究大肠杆菌噬菌体vB_EcoP_GN07的生物学特性和全基因组特征,为开发噬菌体“鸡尾酒”制剂防治致病性大肠杆菌病提供生物学材料。【方法】采用双层平板法从广西南宁某养鸡场分离到1株大肠杆菌裂解性噬菌体vB_EcoP_GN07;通过透... 【目的】探究大肠杆菌噬菌体vB_EcoP_GN07的生物学特性和全基因组特征,为开发噬菌体“鸡尾酒”制剂防治致病性大肠杆菌病提供生物学材料。【方法】采用双层平板法从广西南宁某养鸡场分离到1株大肠杆菌裂解性噬菌体vB_EcoP_GN07;通过透射电镜观察、宿主谱测定、pH和温度稳定性评估、最佳感染复数(MOI)测定、一步生长曲线测定、全基因组测序等方法了解噬菌体的形态学、生物学特性和全基因组特性。【结果】透射电镜显示,vB_EcoP_GN07头部直径为45 nm±5 nm,尾部长约25 nm,属于短尾噬菌体科,宿主特异性强;在4~60℃可以保持效价稳定,在pH 3.0~11.0可以保持噬菌体活性;该噬菌体的最佳MOI为10-2;一步生长曲线显示该噬菌体潜伏期为60 min,裂解量为560 PFU/cell;测序结果显示其属于双链线型DNA,长度为70120 bp,GC含量为42.8%;噬菌体vB_EcoP_GN07共有81个开放阅读框,其中23个为已知功能蛋白。经BLASTN比对显示,vB_EcoP_GN07与NCBI数据库中其他噬菌体相似性较低,符合N4-like属噬菌体的特点,没有发现与耐药性、毒力因子、毒素和溶源性相关蛋白。【结论】试验成功分离到1株大肠杆菌噬菌体vB_EcoP_GN07,其具有裂解能力强、特异性强、耐酸碱的特点,与其他噬菌体相似性较低,为1株新的N4-like噬菌体。结果可为未来应用大肠杆菌噬菌体vB_EcoP_GN07开发新型杀菌剂提供理论依据。 展开更多
关键词 大肠杆菌 噬菌体 生物学特性 全基因组分析 比较基因组学
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铁皮石斛phytocyanin基因家族全基因组分析 被引量：4
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作者 宋争 李潞滨 +1 位作者 梁立雄 王涛 《林业科学研究》 CSCD 北大核心 2018年第2期98-106,共9页
[目的]探讨Phytocyanins(PCs)在铁皮石斛发育过程和逆境胁迫环境下的潜在功能。[方法]利用拟南芥和水稻phytocyanin基因家族蛋白序列(At PCs和Os PCs),采用本地化软件BLASTP对铁皮石斛全基因组数据库进行搜索,并采用SMART和pfam数据库... [目的]探讨Phytocyanins(PCs)在铁皮石斛发育过程和逆境胁迫环境下的潜在功能。[方法]利用拟南芥和水稻phytocyanin基因家族蛋白序列(At PCs和Os PCs),采用本地化软件BLASTP对铁皮石斛全基因组数据库进行搜索,并采用SMART和pfam数据库验证质体蓝素样结构域,获得铁皮石斛phytocyanin基因家族编码序列(Do PCs);利用Signal P4.1、Big-PI Plant Predictor、Net NGlyc1.0 Server等在线软件对Do PC家族序列的结构特点进行分析;利用软件Clustal W和MEGA对Do PC基因进行氨基酸序列的比对和系统进化分析;利用转录组数据绘制heatmap图对Do PCs基因在与美孢胶膜菌共生萌发的种子中的表达情况进行分析。[结果]显示:铁皮石斛全基因组中共预测到包含PCLD结构域的38个Do PCs,可分属4个亚家族,2个Cys残基在Do PCs家族中高度保守;19条Do PCs蛋白序列含有4个完整的保守铜结合配体(His、Cys、His、Gln/Met),有32条Do PCs骨架中含有N-端信号肽,22条Do PCs含有糖基磷脂酰肌醇锚定位点,有27条Do PCs含N-糖基化位点;16个Do PCs基因在与美孢胶膜菌共生萌发的种子中检测到表达,其中,Do UCL2,4和Do ENODL14基因表达量最高,7个基因在共生萌发的种子中明显上调表达,只有Do ENODL6基因明显下调表达。[结论]在全基因组范围内分析铁皮石斛Do PC家族蛋白结构特点,可以为探究兰科植物与微生物共生的相互作用及进一步研究兰科菌根形成的分子机制提供数据基础。 展开更多
关键词 铁皮石斛 phytocyanin基因家族 全基因组分析 共生萌发种子
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1株鸽源基因Ⅶ型新城疫强毒株的分离鉴定及全基因组分析 被引量：2
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作者 李梦娇 栗永华 +11 位作者 杨彬 徐智凯 王汉青 仇旭升 孙英杰 谭磊 廖瑛 宋翠萍 刘炜炜 丁铲 孟春春 吴艳涛 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2020年第7期5-9,14,共6页
为进一步了解新城疫病毒(NDV)的遗传进化规律,从疑似NDV感染的鸽群中通过鸡胚接种分离出1株新城疫强毒株,将其命名为Pigeon/China/SHJD13/2017,经噬斑纯化后测定其鸡胚平均死亡时间(MDT)为57.2 h,1日龄雏鸡脑内致病指数(ICPI)为2,毒力... 为进一步了解新城疫病毒(NDV)的遗传进化规律,从疑似NDV感染的鸽群中通过鸡胚接种分离出1株新城疫强毒株,将其命名为Pigeon/China/SHJD13/2017,经噬斑纯化后测定其鸡胚平均死亡时间(MDT)为57.2 h,1日龄雏鸡脑内致病指数(ICPI)为2,毒力指标属于强毒NDV。参考GenBank公布的NDV全基因组序列,共设计了11对引物,对其进行全基因组测序,序列测定结果显示:分离株属于基因Ⅶ型NDV,其基因组全长15192 bp,登录号为MK937786,F基因共包含553个aa,裂解位点的氨基酸残基为112 R-R-Q-K-R-F 117,符合NDV强毒株的分子特征。通过序列同源性比对分析,该分离株与鸡源强毒株Chicken/China/SDWF07/2011亲缘关系较近,表明该鸽源分离毒株可能来自于感染的鸡群。 展开更多
关键词 鸽子 基因Ⅶ型新城疫病毒 全基因组分析
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