旨在检测豫农黑猪全基因组拷贝数变异(copy number variations,CNVs),鉴定豫农黑猪生长相关性状候选基因。本研究收集了豫农黑猪2~5世代种群的生长相关性状数据(包括体长、体高、胸围、管围、腿臀围、背膘厚和眼肌深度),共807头猪(母猪...旨在检测豫农黑猪全基因组拷贝数变异(copy number variations,CNVs),鉴定豫农黑猪生长相关性状候选基因。本研究收集了豫农黑猪2~5世代种群的生长相关性状数据(包括体长、体高、胸围、管围、腿臀围、背膘厚和眼肌深度),共807头猪(母猪738头,公猪69头),体重范围为95~105 kg。随后采集该试验群体耳组织样本利用中芯一号50K SNP芯片进行基因分型,并使用PennCNV软件对基因型数据进行CNV检测,通过重叠CNV融合法构建拷贝数变异区域(copy number variable regions,CNVRs)图谱。而后使用Plink软件对生长相关性状进行CNV的全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)。结果,在18条常染色体上共鉴定到1432个CNVs,合并为232个CNVRs,其中CNV大小范围为2.7 kb至2.2 Mb,CNVR大小范围为4.5 kb至2.2 Mb,共覆盖56.4 Mb,占常染色体基因组的2.50%。通过GWAS分析,发现1个CNV在全基因组水平上与胸围性状显著相关,7个CNV在染色体水平上分别与胸围、管围和背膘厚性状显著相关,胸围性状中显著性最高的CNV也与管围性状显著相关。其中,位于17号染色体上的CLDN 23基因与背膘厚显著相关,推测其可能在肌肉发育或脂肪沉积中起重要调控作用。本研究结果为豫农黑猪基因组CNV的功能提供新见解,并为进一步分子标记辅助选择在豫农黑猪新品种培育中提供了重要的理论支持。展开更多
为探究大豆基于株高抗旱系数(drought resistance coefficient based on plant height,DCPH)和主茎节数抗旱系数(drought resistance coefficient based on number of main stem nodes,DCNS)的抗性遗传基础,本研究选取由113份大豆品种(...为探究大豆基于株高抗旱系数(drought resistance coefficient based on plant height,DCPH)和主茎节数抗旱系数(drought resistance coefficient based on number of main stem nodes,DCNS)的抗性遗传基础,本研究选取由113份大豆品种(系)组成的自然群体作为研究材料,在全生育期干旱胁迫和正常供水条件下测定了株高和主茎节数,分别计算两种类型的抗旱系数,并利用全基因组关联分析技术(Genome-Wide Association Study,GWAS),挖掘与大豆株高和主茎节数抗旱性相关的基因和位点。结果显示:利用1882531个SNP标记进行GWAS分析,DCPH显著关联的位点全部位于9号染色体上,而DCNS显著关联的位点全部位于6号染色体上。进一步分析确定了DCPH和DCNS的候选基因区间,分别筛选出41个与DCPH相关的候选基因和15个与DCNS相关的候选基因。这些基因可能参与大豆生长发育的调控、激素信号传导、细胞分裂和生长等过程。本研究不仅为深入解析大豆抗旱性的分子机制提供了重要线索,还为培育抗旱性强的大豆品种提供了宝贵的基因资源。展开更多
【目的】挖掘西瓜耐盐相关的关键候选基因,为探究西瓜应答盐胁迫的机制、培育耐盐西瓜新品种奠定重要基础。【方法】通过对121份西瓜核心种质材料的耐盐性相关指标进行测定,利用全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)...【目的】挖掘西瓜耐盐相关的关键候选基因,为探究西瓜应答盐胁迫的机制、培育耐盐西瓜新品种奠定重要基础。【方法】通过对121份西瓜核心种质材料的耐盐性相关指标进行测定,利用全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)定位与表型数据相关的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)变异位点,并对候选区间内的基因进行功能注释,最终利用耐盐材料和盐敏感材料的转录组数据确定耐盐相关的关键候选基因。【结果】在根表面积指标下鉴定出1个显著SNP位点,在候选区间内获得23个基因;在根K^(+)含量指标下鉴定出25个显著SNP位点,在候选区间内获得25个基因;在根Na^(+)含量指标下鉴定出2个显著SNP位点,在候选区间内获得10个基因;在根可溶性糖含量指标下鉴定出1个显著SNP位点,在候选区间内获得18个基因。所有候选基因在150 mmol·L^(-1)Na Cl处理前后的耐盐和盐敏感材料中,Cla97C08G145130、Cla97C04G073300和Cla97C01G009540三个候选基因的表达量均受盐胁迫的诱导显著上调表达。【结论】推测Cla97C08G145130、Cla97C04G073300和Cla97C01G009540为西瓜耐盐相关的关键候选基因,为解析提高西瓜耐盐性的分子机制及开发分子标记用于辅助选择育种奠定了基础。展开更多
本研究以240份大麦品种(系)为材料,利用大麦40K SNP芯片进行基因型分析,并通过一年两点对8个农艺性状进行鉴定,基于混合线性模型(mixed linear model,MLM)进行全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)。结果表明,8个主要...本研究以240份大麦品种(系)为材料,利用大麦40K SNP芯片进行基因型分析,并通过一年两点对8个农艺性状进行鉴定,基于混合线性模型(mixed linear model,MLM)进行全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)。结果表明,8个主要农艺性状均呈现正态分布。使用Admixture软件对240份大麦品种(系)质控后的基因型进行群体结构分析,240份材料大致分为10个亚群。GWAS共检测到118个分别与株高、穗长、芒长、有效分蘖数、总分蘖数、穗粒数、穗粒重和千粒重显著相关的SNP位点,分布在1H、2H、3H、4H、5H、6H和7H染色体上,其中有6个SNP位点可同时控制两个农艺性状,2个SNP位点可同时控制3个农艺性状。确定了24个与SNP位点对应的QTL,其中控制株高的QTL有2个,穗长QTL有1个,芒长QTL有2个,有效分蘖数QTL有2个,总分蘖数QTL有1个,穗粒数QTL有4个,穗粒重QTL有10个,千粒重QTL有8个。在黄羊和永昌环境点中,稳定的QTL有1个,株高、穗长、有效分蘖数和总分蘖数只在一个环境点存在QTL位点,其余4个农艺性状分布在两个环境点不同的QTL位点中。根据关联分析结果,以显著位点上下游150 kb范围作为置信区间,在1H、2H、3H、4H、5H和6H染色体上共寻找到32个基因,基于前人研究和Blast基因注释共筛选到2个最有可能与大麦的生长发育等方面相关的候选基因。展开更多
旨在探究德州驴体尺性状的遗传基础,本研究采集2~3周岁的健康德州驴母驴血液作为试验材料,共139头。测定试验群体的体尺性状,并进行描述性统计分析。利用“家驴一号”40K液相芯片对全部个体进行基因分型。使用混合线性模型对11个体尺性...旨在探究德州驴体尺性状的遗传基础,本研究采集2~3周岁的健康德州驴母驴血液作为试验材料,共139头。测定试验群体的体尺性状,并进行描述性统计分析。利用“家驴一号”40K液相芯片对全部个体进行基因分型。使用混合线性模型对11个体尺性状进行全基因组关联分析(genome-wide association study, GWAS),并对候选基因进行功能注释和通路富集分析。结合精细映射和连锁不平衡分析,识别体尺性状的潜在因果SNPs位点。通过GWAS鉴定到3个全基因组显著和20个潜在显著的SNPs位点以及41个候选基因与体尺性状显著关联。GO和KEGG富集分析结果表明,候选基因显著富集在与成骨分化、骨骼肌发育和脂质代谢相关的生物学过程。综合精细映射和连锁不平衡分析,在16号染色体候选区域内检测到4个显著SNPs位点存在强连锁不平衡。本研究结果为德州驴体尺性状遗传机制的解析奠定了基础,为分子标记辅助选择在驴育种工作中的应用提供了参考依据。展开更多
文摘为探究大豆基于株高抗旱系数(drought resistance coefficient based on plant height,DCPH)和主茎节数抗旱系数(drought resistance coefficient based on number of main stem nodes,DCNS)的抗性遗传基础,本研究选取由113份大豆品种(系)组成的自然群体作为研究材料,在全生育期干旱胁迫和正常供水条件下测定了株高和主茎节数,分别计算两种类型的抗旱系数,并利用全基因组关联分析技术(Genome-Wide Association Study,GWAS),挖掘与大豆株高和主茎节数抗旱性相关的基因和位点。结果显示:利用1882531个SNP标记进行GWAS分析,DCPH显著关联的位点全部位于9号染色体上,而DCNS显著关联的位点全部位于6号染色体上。进一步分析确定了DCPH和DCNS的候选基因区间,分别筛选出41个与DCPH相关的候选基因和15个与DCNS相关的候选基因。这些基因可能参与大豆生长发育的调控、激素信号传导、细胞分裂和生长等过程。本研究不仅为深入解析大豆抗旱性的分子机制提供了重要线索,还为培育抗旱性强的大豆品种提供了宝贵的基因资源。
文摘本研究以240份大麦品种(系)为材料,利用大麦40K SNP芯片进行基因型分析,并通过一年两点对8个农艺性状进行鉴定,基于混合线性模型(mixed linear model,MLM)进行全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)。结果表明,8个主要农艺性状均呈现正态分布。使用Admixture软件对240份大麦品种(系)质控后的基因型进行群体结构分析,240份材料大致分为10个亚群。GWAS共检测到118个分别与株高、穗长、芒长、有效分蘖数、总分蘖数、穗粒数、穗粒重和千粒重显著相关的SNP位点,分布在1H、2H、3H、4H、5H、6H和7H染色体上,其中有6个SNP位点可同时控制两个农艺性状,2个SNP位点可同时控制3个农艺性状。确定了24个与SNP位点对应的QTL,其中控制株高的QTL有2个,穗长QTL有1个,芒长QTL有2个,有效分蘖数QTL有2个,总分蘖数QTL有1个,穗粒数QTL有4个,穗粒重QTL有10个,千粒重QTL有8个。在黄羊和永昌环境点中,稳定的QTL有1个,株高、穗长、有效分蘖数和总分蘖数只在一个环境点存在QTL位点,其余4个农艺性状分布在两个环境点不同的QTL位点中。根据关联分析结果,以显著位点上下游150 kb范围作为置信区间,在1H、2H、3H、4H、5H和6H染色体上共寻找到32个基因,基于前人研究和Blast基因注释共筛选到2个最有可能与大麦的生长发育等方面相关的候选基因。
文摘旨在探究德州驴体尺性状的遗传基础,本研究采集2~3周岁的健康德州驴母驴血液作为试验材料,共139头。测定试验群体的体尺性状,并进行描述性统计分析。利用“家驴一号”40K液相芯片对全部个体进行基因分型。使用混合线性模型对11个体尺性状进行全基因组关联分析(genome-wide association study, GWAS),并对候选基因进行功能注释和通路富集分析。结合精细映射和连锁不平衡分析,识别体尺性状的潜在因果SNPs位点。通过GWAS鉴定到3个全基因组显著和20个潜在显著的SNPs位点以及41个候选基因与体尺性状显著关联。GO和KEGG富集分析结果表明,候选基因显著富集在与成骨分化、骨骼肌发育和脂质代谢相关的生物学过程。综合精细映射和连锁不平衡分析,在16号染色体候选区域内检测到4个显著SNPs位点存在强连锁不平衡。本研究结果为德州驴体尺性状遗传机制的解析奠定了基础,为分子标记辅助选择在驴育种工作中的应用提供了参考依据。
