利用人类全基因组亚硫酸氢盐测序数据检测CNVs的研究 被引量：1

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作者 徐丹同 王祎菲 +6 位作者 蔡佳丽 龚文滔 潘向春 田雨晗 沈箐鹏 李加琪 袁晓龙 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期324-340,共17页

DNA甲基化异常可能导致拷贝数变异(copy number variants,CNVs)的发生,而CNVs的发生又可能改变DNA甲基化水平。全基因组亚硫酸氢盐测序(whole genome bisulfite sequencing,WGBS)技术能够获得DNA水平的测序数据,具有挖掘CNVs的潜力和优... DNA甲基化异常可能导致拷贝数变异(copy number variants,CNVs)的发生,而CNVs的发生又可能改变DNA甲基化水平。全基因组亚硫酸氢盐测序(whole genome bisulfite sequencing,WGBS)技术能够获得DNA水平的测序数据,具有挖掘CNVs的潜力和优势,但利用WGBS数据挖掘CNVs的效果尚不清楚。本研究选取了5款检测CNVs不同策略的软件(BreakDancer、cn.mops、CNVnator、DELLY、Pindel),基于人类的真实(2.62 billion reads)和模拟(12.35 billion reads)测序数据,进行150次CNVs检测,评估CNVs检出数量、精确率、召回率、相对检出能力、内存占用和运行时间等指标,旨在讨论利用WGBS数据检测CNVs的最佳方案。基于真实WGBS数据,Pindel检出缺失型和重复型CNVs的数量最多,CNVnator对缺失型CNVs的检测精确率最高,cn.mops对重复型CNVs的检测精确率最高,Pindel对缺失型CNVs的召回率最高,cn.mops对重复型CNVs的召回率最高。基于模拟WGBS数据,BreakDancer检出缺失型CNVs数量最多,cn.mops检出重复型CNVs数量最多,CNVnator对缺失型和重复型CNVs的检测精确率和召回率均为最高。与全基因组测序数据相比,CNVnator在真实和模拟WGBS数据中检出CNVs的能力与之相当。此外,DELLY和BreakDancer的内存占用峰值和CPU运行时间最小,CNVnator的内存占用峰值和CPU运行时间最大。结果表明,利用WGBS数据检测CNVs具有可行性,使用CNVnator和cn.mops在WGBS数据上检测CNVs的准确率较高,这些工作为利用WGBS数据深入研究CNVs和DNA甲基化之间的相互关系提供一定的参考和帮助。 展开更多

关键词 全基因组亚硫酸氢盐测序 拷贝数变异 软件评估

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亚硫酸氢盐-基因组测序法在检测基因异常甲基化中的应用 被引量：2

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作者 陈立军 王玮 +2 位作者 于利人 倪虹 呼文亮 《中国肿瘤临床》 CAS CSCD 北大核心 2006年第22期1280-1283,共4页

目的:介绍一种准确、敏感的检测多个标本、多个CG二核苷酸甲基化状态的方法。即亚硫酸氢盐-基因组测序法(BisulfiteGenomicSequencing,BGS)。方法:单链DNA的胞嘧啶可被亚硫酸氢盐修饰转变成尿嘧啶,而5'甲基胞嘧啶仍保持不变。这种... 目的:介绍一种准确、敏感的检测多个标本、多个CG二核苷酸甲基化状态的方法。即亚硫酸氢盐-基因组测序法(BisulfiteGenomicSequencing,BGS)。方法:单链DNA的胞嘧啶可被亚硫酸氢盐修饰转变成尿嘧啶,而5'甲基胞嘧啶仍保持不变。这种修饰处理可在甲基化和非甲基化基因组DNA间产生DNA序列差异,而这种DNA序列差异可通过BGS法较为灵敏地筛查出。利用该原理检测肝癌细胞AFP基因启动子区CG二核苷酸甲基化状态。结果:在癌细胞中发现两种异常甲基化,即高度甲基化及部分甲基化。结论:BGS法在基因甲基化检测中将有很大的应用潜能,为探讨肿瘤发生机制提供了新的分子分析方向。 展开更多

关键词 亚硫酸氢盐-基因组测序法 甲基化 甲胎蛋白

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重亚硫酸氢盐测序法检测Wnt信号通路抑制基因在急性早幼粒细胞白血病细胞中甲基化变化 被引量：8

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作者 晏建国 付海英 +5 位作者 沈建箴 周华蓉 张媛媛 黄劲龙 陈聪杰 黄思晗 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第5期1299-1304,共6页

目的:应用重亚硫酸氢盐测序法(bisulfite sequencing PCR,BSP)检测急性早幼粒细胞白血病细胞株(NB4)Wnt信号通路抑制基因启动子区CPG岛的甲基化状态,筛选NB4细胞中高甲基化的Wnt信号通路抑制基因,并探讨BSP法作为定量研究基因甲基化方... 目的:应用重亚硫酸氢盐测序法(bisulfite sequencing PCR,BSP)检测急性早幼粒细胞白血病细胞株(NB4)Wnt信号通路抑制基因启动子区CPG岛的甲基化状态,筛选NB4细胞中高甲基化的Wnt信号通路抑制基因,并探讨BSP法作为定量研究基因甲基化方法的优缺点。方法:以NB4细胞为研究对象,20例健康人单个核细胞为对照;常规提取DNA并用亚硫酸氢盐处理,然后用PCR扩增目标序列,应用重亚硫酸氢盐测序法(BSP)分析在NB4细胞中Wnt信号通路抑制基因基因的甲基化状态。并通过与甲基化特异性PCR(methylation specific PCR,M SP)、焦磷酸测序技术(pyrosequencing)比较、评价BSP法检测NB4细胞Wnt信号通路抑制基因甲基化状态的优缺点。结果:BSP产物克隆测序检测NB4细胞Wnt信号通路抑制基因甲基化发生率分别为:WIF-1基因95.26%,DKK3基因86%,SFRP1基因81.67%,SFRP2基因95.71%,SFRP4基因85%,SFRP5基因95%;20例健康人单个核细胞为对照组中Wnt信号通路抑制基因甲基化发生率分别为:WIF-1基因1.5%,DKK3基因4.2%,SFRP1基因0%,SFRP2基因0.9%,SFRP4基因2.5%,SFRP5基因1.75%。与正常人M NC相比,NB4细胞的Wnt信号通路相关抑制基因启动子甲基化率明显增高。结论:急性早幼粒细胞株NB4细胞中存在Wnt信号通路多个抑制基因高甲基化状态。此类基因异常甲基化有可能成为急性早幼粒细胞白血病的早期诊断指标和治疗靶点。 展开更多

关键词 重亚硫酸氢盐测序法 Wnt信号通路抑制基因 基因甲基化 急性早幼粒细胞白血病 NB4细胞

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柴达木盆地西台吉乃尔盐湖一株耐盐细菌的分离及其基因组分析

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作者 胡苗苗 魏青 +3 位作者 陈家瑞 刘子花 晏宇杰 徐荣 《生物学杂志》 北大核心 2025年第3期29-35,99,共8页

从柴达木盆地西台吉乃尔盐湖采集样品进行耐盐微生物富集培养、分离纯化,对菌株进行耐盐能力测试及全基因组测序,挖掘其基因组中与盐耐受相关的基因。分离到一株耐盐细菌,经16S rRNA基因测序,比对该菌株与Bacillus atrophaeus的相似性达... 从柴达木盆地西台吉乃尔盐湖采集样品进行耐盐微生物富集培养、分离纯化,对菌株进行耐盐能力测试及全基因组测序,挖掘其基因组中与盐耐受相关的基因。分离到一株耐盐细菌,经16S rRNA基因测序,比对该菌株与Bacillus atrophaeus的相似性达99.79%,将菌株命名为Bacillus atrophaeus W-4。在不同NaCl质量浓度梯度下测定菌株生长曲线探究菌株NaCl耐受性,结果显示该菌株最高耐受0.25 kg/L NaCl,是一株中度耐盐细菌。基因组测序分析显示,菌株W-4含1个染色体基因组,大小为4284607 bp。KEGG数据库注释分析发现,菌株基因组中有多种与NaCl耐受可能相关的基因,其中,与编码Na+转运体相关的基因有5个,与K^(+)转运体相关的基因有7个,与相容性溶质相关的基因有37个,与分子伴侣相关的基因有5个。研究结果表明,菌株W-4在遗传水平具备适应高盐环境的潜力,将为后续该耐盐菌株的应用研究提供一定的理论基础。 展开更多

关键词 极端环境 盐湖微生物 芽孢杆菌 全基因组测序 耐盐基因

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基于全基因组测序的耐盐金黄色葡萄球菌ZS01的耐盐机制研究

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作者 冯颖 张晓璐 +5 位作者 鲍晚秋 张霞 王心雨 刘伟 明庭红 苏秀榕 《江苏农业科学》 北大核心 2022年第24期50-58,共9页

为探讨金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)耐受盐胁迫的分子机制,以从盐渍水产品中分离的高耐盐菌株S.aureus ZS01和标准菌株S.aureus ATCC 27217作为研究对象,利用二代全基因组测序平台,采用比较组学方法,结合胁迫后金黄色葡萄球... 为探讨金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)耐受盐胁迫的分子机制,以从盐渍水产品中分离的高耐盐菌株S.aureus ZS01和标准菌株S.aureus ATCC 27217作为研究对象,利用二代全基因组测序平台,采用比较组学方法,结合胁迫后金黄色葡萄球菌生长活性和细胞壁通透性的变化,从DNA层面阐明金黄色葡萄球菌耐受盐胁迫的分子机制。结果表明,S.aureus ZS01特异的基因GO分类统计主要涉及膜的整体组件、胞外区、DNA结合和发病机制;KEGG途径主要集中在细胞群落原核生物、传染病:细菌、膜转运、复制和修复,其中与耐盐相关的基因主要涉及双组分信号转导系统、ABC转运系统、转录调控因子和DNA损伤修复,这些基因很可能就是S.aureus ZS01较标准菌株更耐盐的主要原因。 展开更多

关键词 耐盐 金黄色葡萄球菌 全基因组测序 耐盐分子机制 GO分类 KEGG途径

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DNA甲基化检测中亚硫酸氢盐修饰方法的改进与评价 被引量：1

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作者 叶松山 刘先娟 +2 位作者 侯俊然 毛秉豫 邱耕 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期611-615,共5页

目的:建立一种快速便捷的亚硫酸氢盐修饰DNA方法用于DNA甲基化检测。方法:提高亚硫酸氢盐浓度及修饰温度、缩短修饰时间并用玻璃奶回收DNA改进DNA修饰方法,用亚硫酸氢盐测序法分析MAGE-A3基因和DAP-K基因目的片段中胞嘧啶转化为胸腺嘧... 目的:建立一种快速便捷的亚硫酸氢盐修饰DNA方法用于DNA甲基化检测。方法:提高亚硫酸氢盐浓度及修饰温度、缩短修饰时间并用玻璃奶回收DNA改进DNA修饰方法,用亚硫酸氢盐测序法分析MAGE-A3基因和DAP-K基因目的片段中胞嘧啶转化为胸腺嘧啶的效率,评价改进方法与传统方法、试剂盒方法对DNA的修饰效果。结果:改进的方法可将操作过程缩短到3 h左右;非甲基化的胞嘧啶到胸腺嘧啶的转化率超过99%,与传统方法、试剂盒方法相比差异无统计学意义(χ~2=0.0564,P>0.05);只针对非甲基化的胞嘧啶进行转化修饰,而在对甲基化胞嘧啶过度修饰为胸腺嘧啶方面与传统方法无统计学差异(χ~2=0.0149,P>0.05)。结论:改进的亚硫酸氢盐DNA修饰方法修饰效率高,对甲基化的胞嘧啶过度修饰影响不显著,且具有节省时间,操作简便等优点。 展开更多

关键词 DNA甲基化 表观遗传学 亚硫酸氢盐测序 DNA修饰

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海洋蛭弧菌DA5全基因组测序及序列分析

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作者 陆友云 薛明 +1 位作者 李志桦 温崇庆 《热带海洋学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第6期112-119,共8页

为深入挖掘和利用海洋蛭弧菌及其基因资源,本研究利用IlluminaHiSeq测序平台对一株属于嗜盐噬菌弧菌(Halobacteriovorax)的海洋蛭弧菌DA5进行了全基因组测序,对基因组进行组装、基因预测和功能注释,并与其他8株蛭弧菌进行了比较基因组... 为深入挖掘和利用海洋蛭弧菌及其基因资源,本研究利用IlluminaHiSeq测序平台对一株属于嗜盐噬菌弧菌(Halobacteriovorax)的海洋蛭弧菌DA5进行了全基因组测序,对基因组进行组装、基因预测和功能注释,并与其他8株蛭弧菌进行了比较基因组分析。结果显示:DA5基因组大小为3.27Mb, GC含量为36.5%,预测编码基因3175个。在DA5基因组中注释到303个基因具有直系同源蛋白簇分类,与代谢通路相关基因1239个。比较基因组分析表明:DA5符合海洋蛭弧菌基因组的基本特征,与其他8株蛭弧菌共有467个同源基因家族,而DA5特有基因为266个。DA5中与细胞运动相关基因62个,其中编码甲基受体趋化蛋白、鞭毛蛋白、鞭毛马达及其开关蛋白基因均与嗜盐噬菌弧菌BAL6_X的对应基因亲缘关系最近。对DA5全基因组序列的注释和功能分析,为深入研究其捕食特性和作用机制,并更有效地利用其防控海水养殖细菌病害提供了基础。 展开更多

关键词 海洋蛭弧菌 嗜盐噬菌弧菌 全基因组测序 基因功能 比较基因组分析

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基于全基因组差异甲基化分析鉴别影响苏姜猪体重的候选基因 被引量：2

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作者 徐盼 仲德 +3 位作者 马政 刘林雨 王怡晖 赵旭庭 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2021年第8期2889-2900,共12页

本研究旨在分析不同体重苏姜猪的全基因组DNA甲基化差异,以期筛选出影响苏姜猪体重的差异甲基化基因(differentially methylated genes,DMGs)。利用全基因组重亚硫酸盐测序(whole genome bisulfite sequencing,WGBS)技术分析了3头180日... 本研究旨在分析不同体重苏姜猪的全基因组DNA甲基化差异,以期筛选出影响苏姜猪体重的差异甲基化基因(differentially methylated genes,DMGs)。利用全基因组重亚硫酸盐测序(whole genome bisulfite sequencing,WGBS)技术分析了3头180日龄高体重和3头180日龄低体重苏姜猪的全基因组DNA的甲基化程度、差异甲基化区域(differentially methylated regions,DMRs)和DMGs,对DMGs进行GO和KEGG分析,鉴别影响苏姜猪体重的候选基因。结果显示,苏姜猪全基因组范围内胞嘧啶(C)的平均甲基化率为4.1%,胞嘧啶(C)甲基化平均98.41%发生在CG序列上,CG序列环境下外显子、内含子和3′UTR的甲基化水平高于启动子和5′UTR。本研究共检测出1657个DMRs和575个DMGs,8号染色体上DMRs分布最多,88.89%的DMRs的长度在500 bp以内,62.78%的DMRs分布在远端基因间区,98个DMGs显著富集于TOR信号的负调控、碳水化合物衍生物分解代谢过程、脂肪细胞因子信号通路、FoxO信号通路等53个GO条目和29个信号通路,鉴别到5个与苏姜猪体重相关的候选基因:瘦素受体(leptin receptor,LEPR)基因、肿瘤坏死因子受体相关因子6(tumor necrosis factor receptor associated factor 6,TRAF6)基因、生肌因子6(myogenic factor 6,MYF6)基因、钙依赖性分泌激活因子2(calcium dependent secretion activator 2,CADPS2)基因和表皮生长因子(epidermal growth factor,EGF)基因。本研究利用WGBS绘制了高、低体重组苏姜猪的全基因组DNA甲基化图谱,为深入研究苏姜猪体重差异的分子机制奠定了基础。 展开更多

关键词 苏姜猪 DNA甲基化 全基因组重亚硫酸盐测序 体重 候选基因

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感染大片形吸虫水牛脊髓全基因组DNA的甲基化及其功能的分析 被引量：4

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作者 钟舒红 盛兆安 +7 位作者 李军 彭昊 吴翠兰 马春霞 彭红艳 黄维义 施维 潘艳 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期253-263,共11页

为探究感染大片形吸虫后不同时间水牛脊髓全基因组DNA甲基化的类型、占比及其感染后差异甲基化区域(DMR)涉及的功能及信号通路,本研究将大片形吸虫囊蚴经口灌胃感染8~10月龄水牛,分别于感染后3 d(J01)、10 d(J02)、28 d(J03)、42 d(J04)... 为探究感染大片形吸虫后不同时间水牛脊髓全基因组DNA甲基化的类型、占比及其感染后差异甲基化区域(DMR)涉及的功能及信号通路,本研究将大片形吸虫囊蚴经口灌胃感染8~10月龄水牛,分别于感染后3 d(J01)、10 d(J02)、28 d(J03)、42 d(J04)、70 d(J05)和98 d(J06)采集水牛脊髓,利用全基因组重亚硫酸盐测序技术(WGBS)对基因组DNA的甲基化测序,测序数据经过滤筛选后,采用Bismark软件分析各组水牛脊髓基因组DNA甲基化的类型及其占比(某种类型甲基化序列在该组全部可用测序序列中的占比以及该组某种C类型甲基化的数量在全部C类型甲基化中的占比),并采用weight methylation level对各组水牛脊髓基因组DNA 7个功能区域的甲基化进行聚类分析。WGBS测序结果经过滤后显示,平均每组测序长度为100.29 Gp,Q20%(质量值≥20的碱基占总碱基数的百分比)和Q30%分别达到95%和85%以上,6组样品亚硫酸盐(BS)转化率均大于99%,表明WGBS测序结果准确可靠;各组样品DNA甲基化类型和占比的分析及统计结果显示,J01~J06组基因组分别包含CG、CHG、CHH 3种类型的甲基化(mCG、m CH及m CHH),且以m CG类型占比最多(63.1%~71.7%,80.11%~85.73%),m CHH类型(0.9%~1.2%,11.27%~15.18%)及m CHG类型均较少(1.0%~1.2%,3.00%~4.84%);聚类分析结果显示,上述3种类型的甲基化主要分布在水牛脊髓基因组第1内含子和内部内含子。上述结果表明,感染大片形吸虫后水牛脊髓基因组DNA甲基化类型以m CG为主,且第1内含子和内部内含子的甲基化可能影响该两个区域相关基因的正常表达。利用R软件包分析各组水牛脊髓基因组之间是否存在DMR,并采用基于模型的亚硫酸氢盐测序数据分析(MOABS)筛选并统计各组之间的DMR及DMR的数量;采用DAVID软件分析各组DMR在其相应基因组中的分布;采用R语言对各组的DMR进行GO功能注释和KEEG富集分析。DMR的筛选及统计结果显示,各基因组间均存在DMR,且各组间均以CG类型DMR数量的差异最大。其中,J06与J01(7134个)、J06与J02(7174个)、J06与J03(6743个)、J04与J03组(11611个)之间DMR数量的差异最大,且96.42%~99.04%的DMR分布在基因组基因间区,0.96%~3.59%的DMR分布在基因组启动子区。DMR的GO功能分析显示,各组间CG类型DMR的GO功能注释结果基本相似,主要富集在细胞进程、生物调节、代谢过程、结合及催化活性等生物学过程;KEGG分析结果显示,各组间尤其是在感染后期(J06组和J04组)DMR主要富集在癌症及PI3K-Akt等信号通路中。上述结果表明,在大片吸虫慢性感染的过程中,尤其在感染中后期对水牛脊髓基因组基因间区相关基因的表达有影响,且甲基化的DNA可能主要通过以上两个信号通路影响相关基因的表达,进而影响水牛脊髓的各种生物学功能,最终引起水牛中枢神经系统疾病。这在一定程度阐释了寄生在肝脏的片形吸虫影响宿主中枢神经系统的机制。本研究为深入探究大片形吸虫感染对水牛神经系统的影响机制奠定了实验基础。 展开更多

关键词 水牛 大片形吸虫 脊髓 DNA甲基化 全基因组重亚硫酸盐测序技术 差异甲基化区域

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假肠膜明串珠菌HL64中关键D-乳酸脱氢酶的鉴定及其酶学性质研究

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作者 李鹏 刘兰 +1 位作者 王通 黄筱萍 《食品工业科技》 北大核心 2025年第12期165-172,共8页

假肠膜明串珠菌HL64合成高光学纯度D-乳酸,然而,关键D-乳酸脱氢酶尚不明晰。本文旨在通过全基因组测序,鉴定关键D-乳酸脱氢酶及其酶学性质,为进一步改造假肠膜明串珠菌HL64合成D-乳酸提供理论依据。半定量PCR初步确定关键D-乳酸脱氢酶,... 假肠膜明串珠菌HL64合成高光学纯度D-乳酸,然而,关键D-乳酸脱氢酶尚不明晰。本文旨在通过全基因组测序,鉴定关键D-乳酸脱氢酶及其酶学性质,为进一步改造假肠膜明串珠菌HL64合成D-乳酸提供理论依据。半定量PCR初步确定关键D-乳酸脱氢酶,克隆该基因,进行体外表达与纯化,深入研究相关酶学性质。结果表明LDH2(OYT93_08575)编码关键D-乳酸脱氢酶,其最适pH和反应温度分别是pH8和30℃。LDH2对丙酮酸及烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NADH)的K_(m)值分别为0.578 mmol/L及0.275 mmol/L,对丙酮酸的K_(cat)及K_(cat)/K_(m)值分别为45.04 s^(-1)及7.88×10^(4) L/(mol·s),表明LDH2对丙酮酸具有较高催化效率。除了将丙酮酸作为底物以外,LDH2对草酰乙酸及苯丙酮酸也具备一定的催化能力。 展开更多

关键词 假肠膜明串珠菌 全基因组测序 D-乳酸 D-乳酸脱氢酶 酶学性质 酶动力学

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极长链酰基辅酶A脱氢酶缺乏症致婴儿死亡1例

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作者 郑大 莫玉叶 +4 位作者 王宁 黎秋辰 张艺凰露 唐双柏 黄二文 《法医学杂志》 北大核心 2025年第1期85-88,共4页

1案例1.1简要案情某女婴,132日龄,于某年6月5日以“出生3个月23天不能抬头”为代主诉就诊于某市妇幼保健院康复科,初步诊断为发育迟缓、遗传代谢性疾病待排,入院给予对症治疗。6月13日患儿出现发热并伴有呻吟、呼吸稍促等症状,经儿科会... 1案例1.1简要案情某女婴,132日龄,于某年6月5日以“出生3个月23天不能抬头”为代主诉就诊于某市妇幼保健院康复科,初步诊断为发育迟缓、遗传代谢性疾病待排,入院给予对症治疗。6月13日患儿出现发热并伴有呻吟、呼吸稍促等症状,经儿科会诊后于6月14日09:30转入儿科,10:20患儿突发神志不清,经抢救无效宣布临床死亡。 展开更多

关键词 法医病理学 极长链酰基辅酶A脱氢酶缺乏症 婴儿 全基因组测序

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乌珠穆沁羊生长分化因子11基因外显子1序列CpG位点的甲基化模式分析 被引量：5

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作者 何小龙 李蓓 +6 位作者 付绍印 刘永斌 祁云霞 王标 特日格勒 荣威恒 达赖 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2016年第2期333-339,共7页

为了探讨乌珠穆沁羊生长分化因子11(growth differentiation factor 11,GDF11)基因外显子1的甲基化模式,本研究采用亚硫酸氢盐测序PCR(BSP)的方法对普通乌珠穆沁羊和多脊椎乌珠穆沁羊GDF11基因外显子1的甲基化水平进行检测,通过检测发... 为了探讨乌珠穆沁羊生长分化因子11(growth differentiation factor 11,GDF11)基因外显子1的甲基化模式,本研究采用亚硫酸氢盐测序PCR(BSP)的方法对普通乌珠穆沁羊和多脊椎乌珠穆沁羊GDF11基因外显子1的甲基化水平进行检测,通过检测发现普通乌珠穆沁羊GDF11基因外显子1的平均甲基化率为0.123,多脊椎乌珠穆沁羊的平均甲基化率为0.569,差异显著性检验表明这两组数据间差异极显著(P<0.01),即多脊椎乌珠穆沁羊GDF11基因外显子1中的CpG甲基化率极显著高于普通乌珠穆沁羊(P<0.01)。通过分析GDF11基因外显子1的13个CpGs位点发现,多脊椎乌珠穆沁羊CpG_11和CpG_13位点的甲基化率值最高,达到90%,推测这两个位点的甲基化可能与乌珠穆沁羊的脊椎数增加有关,是导致多脊椎发生的主要原因。 展开更多

关键词 乌珠穆沁羊 GDF11基因 CpG位点 甲基化 亚硫酸氢盐测序

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萎缩芽孢杆菌CNY01的生防特性及其对玉米的抗盐促生作用 被引量：5

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作者 孙亚楠 王春雪 +3 位作者 王欣 杜秉海 刘凯 汪城墙 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期248-260,共13页

【目的】从黄河三角洲盐碱地中筛选到具有抗盐促生作用的一株根际菌,制成菌剂用于缓解玉米植株的高盐胁迫。【方法】通过功能培养基、16S rDNA序列和全基因组分析,确定菌株种属以及对玉米植株的抗盐促生效果。【结果】从黄河三角洲盐碱... 【目的】从黄河三角洲盐碱地中筛选到具有抗盐促生作用的一株根际菌,制成菌剂用于缓解玉米植株的高盐胁迫。【方法】通过功能培养基、16S rDNA序列和全基因组分析,确定菌株种属以及对玉米植株的抗盐促生效果。【结果】从黄河三角洲盐碱地中筛选到一株可在0-16%的NaCl和pH 5-8的条件下正常生长的萎缩芽孢杆菌CNY01,该菌株可促进玉米在高盐条件下生长,具有降蛋白和解钾的能力,还可抑制青枯雷尔氏菌、串珠镰刀菌等病原菌的生长。玉米植株在含100 mmol/L NaCl的营养液中生长8 d时,施加菌株CNY01可使植株的生理株高、根长和鲜重分别提高38.80%(P<0.01)、23.73%和28.19%(P<0.01)。玉米植株在加100 mmol/L NaCl的高盐盆栽条件下生长28 d时,菌株CNY01可使植株的株高、地上鲜重和地下鲜重分别提高10.84%、41.87%(P<0.01)和23.29%。全基因组序列分析也预测出该菌株基因组中含有维持细胞渗透压、合成应激蛋白等缓解高盐胁迫的基因。【结论】从黄河三角洲盐碱地中筛选到一株具有防病促生功能的萎缩芽孢杆菌CNY01,对玉米植株有显著的抗盐促生作用,结合基因组结果预测到该菌株含有与抗盐促生相关基因,是重要的菌种资源。 展开更多

关键词 玉米 植物根际促生细菌 萎缩芽孢杆菌 抗盐促生 全基因组测序

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刺参基因组DNA甲基化水平及模式对温度变化的响应 被引量：2

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作者 温争争 左闪 +5 位作者 陈梦 周红学 孙国华 冯艳微 王卫军 杨建敏 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2021年第3期46-54,共9页

本研究为了探讨刺参(Apostichopus japonicus)在不同温度胁迫下的DNA甲基化水平与甲基化模式变化,利用全基因组重亚硫酸盐测序技术(WGBS)和酶联免疫吸附法(ELISA)对刺参在3个温度下(20℃、26℃和32℃)的纵肌、呼吸树、消化道和体壁4个... 本研究为了探讨刺参(Apostichopus japonicus)在不同温度胁迫下的DNA甲基化水平与甲基化模式变化,利用全基因组重亚硫酸盐测序技术(WGBS)和酶联免疫吸附法(ELISA)对刺参在3个温度下(20℃、26℃和32℃)的纵肌、呼吸树、消化道和体壁4个组织进行分析。WGBS测序结果显示,在消化道组织中,20℃、26℃和32℃温度组全基因组总甲基化水平分别为(1.70±0.01)%、(1.79±0.11)%和(1.59±0.04)%,26℃组处于休眠状态,刺参消化道基因组甲基化水平升高,而32℃组高温胁迫下,甲基化水平下降;在总甲基化位点中,CG类型是主要的甲基化修饰(96%以上),CHH和CHG位点占比较低;30%甲基化水平的甲基化位点中,CHG和CHH为本类型甲基化的最高点,且显著高于CG类型。ELISA检测结果显示,3种不同温度下,刺参呼吸树和消化道组织的甲基化水平范围为2.68%~3.29%,均高于纵肌和体壁组织;温度变化后,刺参呼吸树和消化道组织的总甲基化水平均有显著变化,而纵肌和体壁的总甲基化水平基本不变,表明DNA甲基化可能参与刺参的高温胁迫调控机制。刺参应对温度变化过程中DNA甲基化水平的研究,从表观遗传学视角解析温度升高对刺参不同组织的影响,可为丰富刺参甲基化研究内容和无脊椎动物的甲基化发生规律提供参考。 展开更多

关键词 刺参 DNA甲基化水平及模式 休眠 高温胁迫 全基因组重亚硫酸盐测序技术 酶联免疫吸附

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WT1和FGF9基因在克隆猪隐睾中mRNA表达和DNA甲基化状态分析 被引量：3

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作者 李芳芳 戴建军 +5 位作者 吴彩凤 张树山 张德福 顾晓龙 吴鋆龙 王昕 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期918-925,共8页

为探究本课题组获得的2头体细胞克隆猪隐睾症形成的可能原因,本研究利用相对荧光定量PCR技术检测了WT1和FGF9基因在睾丸组织中mRNA表达量变化,同时利用亚硫酸氢盐测序法分析了其启动子区CpG岛甲基化状态。结果表明:WT1和FGF9基因在2头... 为探究本课题组获得的2头体细胞克隆猪隐睾症形成的可能原因,本研究利用相对荧光定量PCR技术检测了WT1和FGF9基因在睾丸组织中mRNA表达量变化,同时利用亚硫酸氢盐测序法分析了其启动子区CpG岛甲基化状态。结果表明:WT1和FGF9基因在2头克隆猪睾丸中表达量均高于对照组,其中克隆猪C1中2个基因的表达量与对照组相比差异明显(3.49、9.83 vs 1.00)。亚硫酸氢盐测序结果显示,WT1基因启动子区在克隆猪C1和C2中的甲基化程度没有明显变化,而FGF9基因启动子区2个CpG岛在克隆猪C1中甲基化程度高于对照猪N(94.54%vs 18.18%,71.11%vs 26.67%),而在克隆猪C2中不明显。综上表明:WT1基因的异常表达可能是引起克隆猪发生隐睾的原因之一,但其甲基化水平不是影响该基因异常表达的因素;克隆猪C1睾丸组织FGF9基因启动子区发生超甲基化,这可能导致其mRNA表达异常,从而成为诱导克隆猪隐睾发生的可能原因。 展开更多

关键词 隐睾 克隆猪 甲基化 亚硫酸氢盐测序

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SOX11基因甲基化与宫颈癌的相关性研究 被引量：4

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作者 吴晓玲 崔雨蒙 +3 位作者 厉云 李晓芳 杨阳 高艳娥 《西安交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期249-254,共6页

目的检测正常宫颈组织、宫颈癌组织及宫颈癌细胞系中SOX11基因的甲基化状态并探讨甲基化状态与SOX11基因表达的关系。方法亚硫酸氢盐测序法及TA克隆分析正常宫颈、宫颈癌组织及宫颈癌细胞系中SOX11基因启动子区DNA的甲基化状态。RT-PCR... 目的检测正常宫颈组织、宫颈癌组织及宫颈癌细胞系中SOX11基因的甲基化状态并探讨甲基化状态与SOX11基因表达的关系。方法亚硫酸氢盐测序法及TA克隆分析正常宫颈、宫颈癌组织及宫颈癌细胞系中SOX11基因启动子区DNA的甲基化状态。RT-PCR检测宫颈癌细胞系、宫颈癌组织及正常宫颈组织中SOX11基因mRNA表达。结果宫颈癌组织中SOX11基因呈高甲基化状态,平均甲基化率为81.07%,远高于正常宫颈组织中SOX11甲基化率(12.86%),差异具有统计学意义(P<0.001)。宫颈癌细胞系HeLa、SiHa、C33-A和CaSki中SOX11均呈高甲基化状态,其甲基化率分别为90.71%、97.14%、77.14%、99.64%。宫颈癌组织中SOX11基因mRNA的表达量远低于正常宫颈组织中的表达,差异有统计学意义(P<0.001)。SOX11基因的表达与其启动子区高甲基化呈负相关(P<0.001,r=-0.808)。经去甲基化剂5-氮杂胞苷处理后,在宫颈癌细胞系中SOX11 mRNA的表达水平明显升高。宫颈癌HPV感染可能增加SOX11启动子甲基化发生。结论宫颈癌组织中SOX11基因启动子区的DNA高甲基化而使其表达沉默。 展开更多

关键词 宫颈癌 SOX11基因 亚硫酸氢盐测序法 甲基化

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牦牛ACTA1基因启动子区克隆、DNA甲基化与组织表达相关性分析 被引量：6

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作者 杨勤 柴志欣 +2 位作者 王吉坤 王会 钟金城 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2020年第1期222-229,共8页

为了探究骨骼肌α肌动蛋白1(ACTA1)基因在肌肉和脂肪等6个组织中的甲基化状态及mRNA表达水平,以类乌齐牦牛、麦洼牦牛为研究对象,成功克隆了牦牛ACTA1基因启动子区序列,且采用重亚硫酸氢盐测序法(BSP)检测ACTA1基因启动子区甲基化模式,... 为了探究骨骼肌α肌动蛋白1(ACTA1)基因在肌肉和脂肪等6个组织中的甲基化状态及mRNA表达水平,以类乌齐牦牛、麦洼牦牛为研究对象,成功克隆了牦牛ACTA1基因启动子区序列,且采用重亚硫酸氢盐测序法(BSP)检测ACTA1基因启动子区甲基化模式,并通过实时荧光定量PCR检测ACTA1基因在臀大肌、心脏、肾脏、肺脏、肝脏和脂肪组织中的mRNA表达水平。结果显示,牦牛ACTA1基因转录起始位点上游及第一外显子区部分序列总长为1028 bp;BSP法分析发现肌肉组织DNA甲基化水平最低,脂肪组织甲基化率最高,其中,类乌齐牦牛臀大肌、心脏、肾脏、肺脏、肝脏和脂肪的甲基化概率分别为6.25%,6.88%,20.00%,16.25%,26.25%,29.38%,麦洼牦牛臀大肌、心脏、肾脏、肺脏、肝脏和脂肪的甲基化概率分别为5.00%,7.50%,18.13%,20.00%,26.25%,28.75%;ACTA1基因mRNA表达量在肾脏、肺脏、肝脏和脂肪均极显著低于臀大肌(P<0.01),且显著低于心脏(P<0.05),类乌齐牦牛和麦洼牦牛心脏mRNA表达量具有显著性差异(P<0.05),类乌齐牦牛肺脏组织甲基化率显著低于麦洼牦牛(P<0.05),其他各组织甲基化率和mRNA表达量差异均不显著(P>0.05),各组织甲基化水平与ACTA1基因mRNA表达量呈极显著负相关(r=-0.797,P=0.002)。结果表明,ACTA1基因DNA甲基化模式对肌肉发育具有一定的调控作用,可为牦牛遗传育种表观遗传标记提供部分数据支持。 展开更多

关键词 牦牛 ACTA1基因 启动子区 DNA甲基化 重亚硫酸氢盐测序 组织表达

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DNA甲基化修饰对金钱鱼卵巢Cyp17a1表达水平的影响 被引量：1

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作者 周一帆 江政霆 +5 位作者 李雨 焦开智 潘书慧 许芮 李广丽 江东能 《广东海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期46-53,共8页

【目的】分析DNA甲基化修饰对金钱鱼(Scatophagus argus)卵巢Cyp17a1表达的影响,进一步认识卵巢发育成熟相关基因表达的调控机制。【方法】分别取卵巢发育III、IV期的金钱鱼,以及投喂添加0(对照)、50、100μg/g雌二醇饲料30 d的2龄雌鱼,... 【目的】分析DNA甲基化修饰对金钱鱼(Scatophagus argus)卵巢Cyp17a1表达的影响,进一步认识卵巢发育成熟相关基因表达的调控机制。【方法】分别取卵巢发育III、IV期的金钱鱼,以及投喂添加0(对照)、50、100μg/g雌二醇饲料30 d的2龄雌鱼,用MethPrimer软件分析其Cyp17a1基因CpG二核苷酸位点分布特征,并预测CpG岛;采用亚硫酸氢盐测序法检测不同发育时期卵巢以及投喂雌二醇个体卵巢中的Cyp17a1的DNA甲基化修饰水平,并用实时荧光定量PCR分析Cyp17a1基因表达水平。【结果】金钱鱼Cyp17a1翻译起始位点2000 bp后无CpG岛,取第1外显子含有5个CpG位点(翻译起始位点后106、116、129、148和203 bp处)的区域用于DNA甲基化水平检测。金钱鱼III期卵巢Cyp17a1外显子1的DNA甲基化修饰水平显著高于IV期卵巢(P<0.05),与其mRNA表达水平呈负相关。116、129和203 bp处DNA甲基化存在发育时期差异,但106和148 bp处差异不显著(P>0.05)。投喂雌二醇后,金钱鱼卵巢Cyp17a1 mRNA表达水平和第1外显子CpG富集区域整体DNA甲基化修饰水平无显著变化(P>0.05),但雌激素处理雌鱼翻译起始位点后148、203 bp处甲基化水平明显上升(P<0.05)。【结论】金钱鱼卵巢Cyp17a1第一个外显子CpG富集区的整体甲基化水平与基因表达呈负相关,饲料E2可上调Cyp17a1第一个外显子148、205 bp处甲基化水平,表明甲基化修饰参与金钱鱼Cyp17a1的表达调控。 展开更多

关键词 金钱鱼 Cyp17a1 基因表达 亚硫酸氢盐测序法 DNA甲基化

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干旱胁迫及复水处理对白菜型油菜生理指标和DNA甲基化水平的影响

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作者 古再丽努尔·穆萨 马骊 +8 位作者 张亚宏 刘丽君 杨刚 王旺田 蒲媛媛 孙万仓 方彦 范婷婷 武军艳 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第12期2122-2135,共14页

为了解析干旱处理对白菜型油菜生理指标及DNA甲基化水平的影响,本研究对白菜型油菜陇油7号进行正常供水(对照)、干旱胁迫、干旱后复水3个处理,分析不同处理后油菜生理指标及DNA甲基化水平的变化。结果表明,与正常供水相比,当白菜型油菜... 为了解析干旱处理对白菜型油菜生理指标及DNA甲基化水平的影响,本研究对白菜型油菜陇油7号进行正常供水(对照)、干旱胁迫、干旱后复水3个处理,分析不同处理后油菜生理指标及DNA甲基化水平的变化。结果表明,与正常供水相比,当白菜型油菜受到干旱胁迫时,丙二醛含量、超氧化物歧化酶活性、过氧化物酶活性、过氧化氢酶活性均有所增加,增加幅度分别为167.27%、254.85%、103.24%、164.64%,渗透调节物质脯氨酸、可溶性蛋白增加量分别为:3.21μg/g、0.048μg/mg,叶片相对含水量显著下降,下降幅度为53.64%。复水后各项生理指标得到部分恢复;与正常供水相比,干旱后油菜甲基化率呈上升趋势,干旱后复水组甲基化率高于干旱和对照,甲基化率达到20.56%。GO富集结果显示,差异甲基化基因在生物学过程、核及分子功能等条目中富集。KEGG功能富集分析表明,差异甲基化基因主要在泛素介导的蛋白水解、胞吞作用、ABC转运蛋白、光合生物中的碳固定等代谢相关通路中富集。甲基化率和生理指标之间存在一定的相关性,结合GO和KEGG的富集结果,发现有7个差异甲基化基因编码过氧化物酶。本研究结果将为调控油菜耐旱性机制的研究和耐旱新品种选育提供依据。 展开更多

关键词 白菜型油菜 干旱胁迫 复水 DNA甲基化 全基因组重亚硫酸盐测序

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RG108对猪胎儿成纤维细胞甲基化水平及克隆胚胎发育的影响 被引量：2

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作者 顾晓龙 张廷宇 +8 位作者 戴建军 吴彩凤 张树山 徐利 李翔 韩晓 李芳芳 曾宪垠 张德福 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第1期14-21,共8页

本研究使用RG108处理猪胎儿成纤维细胞(Porcine fetal fibroblast,PFF),研究其对细胞甲基化水平和核移植效率的影响。使用0.05、0.5、5和50μmol·L-1RG108分别处理细胞24、48和72 h后,用高效液相色谱和亚硫酸氢盐测序(Bisulfite se... 本研究使用RG108处理猪胎儿成纤维细胞(Porcine fetal fibroblast,PFF),研究其对细胞甲基化水平和核移植效率的影响。使用0.05、0.5、5和50μmol·L-1RG108分别处理细胞24、48和72 h后,用高效液相色谱和亚硫酸氢盐测序(Bisulfite sequencing PCR,BSP)法分析细胞整体甲基化水平和印迹基因H19和IGF2R的DMR区甲基化率,并检测RG108处理对细胞生长、凋亡、染色体变化及随后的核移植效率的影响。整体甲基化水平结果通过两因素方差分析,发现RG108处理浓度与处理时间无交互作用,处理浓度间细胞甲基化水平差异不显著,但处理时间却能显著的影响甲基化水平,且50μmol·L-1RG108处理细胞72 h后整体甲基化水平显著低于对照组。BSP分析结果表明,5和50μmol·L-1处理PFF 72 h后H19的DMR区域甲基化率显著降低。RG108对细胞生长有一定的抑制作用,且0.5、5和50μmol·L-1组经处理72 h后凋亡比例显著提高,但对细胞的染色体数目没有显著影响。PFF经5和50μmol·L-1RG108处理72 h后能显著提高卵裂率和囊胚细胞数,且5μmol·L-1组囊胚率也显著提高。结果表明,RG108降低细胞整体甲基化水平呈时间依赖性,且同时降低H19的DMR区域甲基化率。PFF经5μmol·L-1浓度处理72 h组能显著提高核移植胚胎效率。 展开更多

关键词 克隆猪 RG108 甲基化 细胞凋亡 核移植 亚硫酸氢盐测序

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