HBV全基因核心蛋白变异株稳定表达载体的构建及其抗原表达 被引量：2

1

作者 陈伟红 刘志华 +2 位作者 王九平 何海棠 骆抗先 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2003年第4期324-325,共2页

通过定点突变技术将HBV质粒p3.8Ⅱ构建成核心蛋白变异株V6 0和L97。经序列测定和生物学活性检测后 ,亚克隆入EB病毒稳定表达载体。重组载体分别作内切酶酶切鉴定和序列测定证实 ,用脂质体介导转染HepG2 细胞稳定传代 ,定量测定各株培养... 通过定点突变技术将HBV质粒p3.8Ⅱ构建成核心蛋白变异株V6 0和L97。经序列测定和生物学活性检测后 ,亚克隆入EB病毒稳定表达载体。重组载体分别作内切酶酶切鉴定和序列测定证实 ,用脂质体介导转染HepG2 细胞稳定传代 ,定量测定各株培养上清HBV抗原表达。结果发现 ,3株HBsAg含量S/N值接近 ,变异株HBeAg含量S/CO值低于野生株。上述 展开更多

关键词 HBV 全基因核心蛋白变异株 稳定表达载体 构建 EB病毒

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基于全基因组重测序技术对平菇白色变异菌株的鉴定及遗传变异研究

2

作者 夏会楠 郝刘斌 +3 位作者 田雨 李海康 王春霞 郑素月 《江苏农业科学》 北大核心 2024年第18期41-49,共9页

以生产上收集的一个平菇白色变异菌株(Po50)、黑色出发菌株(Po51)和一个白色生产菌株(Po9)为材料,采用拮抗、酯酶同工酶和全基因组重测序方法对3个菌株进行鉴定。拮抗和酯酶同工酶结果表明,白色变异菌株和黑色出发菌株之间无明显拮抗和... 以生产上收集的一个平菇白色变异菌株(Po50)、黑色出发菌株(Po51)和一个白色生产菌株(Po9)为材料,采用拮抗、酯酶同工酶和全基因组重测序方法对3个菌株进行鉴定。拮抗和酯酶同工酶结果表明,白色变异菌株和黑色出发菌株之间无明显拮抗和酶谱差异,与生产平菇白色菌株差异较大;进一步通过全基因组重测序技术鉴定结果表明,3个菌株鉴定出大量的SNP(单核苷酸多态性位点)、InDel(插入缺失位点)、SV(结构变异位点)。平菇白色变异菌株Po50检测到SNP、InDel突变总数为1504391个,生产菌株Po9检测到SNP、InDel突变总数为1371818个,黑色出发菌株Po51检测到SNP、InDel突变总数为1501877个,通过生物信息手段分析白色变异菌株黑色出发菌株以及对照菌株Po9基因组间的结构差异,获得遗传变异图谱,可以对变异菌株进行快速精准鉴定。 展开更多

关键词 平菇 变异菌株 全基因组重测序技术 酯酶同工酶

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猪流行性腹泻病毒变异株(CH/YNKM-8/2013)的分离鉴定和全基因组序列分析 被引量：7

3

作者 吴美洲 陈芳洲 +3 位作者 李中华 万胜锋 叶十一 何启盖 《华中农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第4期93-99,共7页

为研究猪流行性腹泻病毒(PEDV)变异株特性,通过细胞培养、细胞病变(CPE)观察、RT-PCR、间接免疫荧光实验和透射电镜观察分离鉴定1株PEDV变异株(CH/YNKM-8/2013株)并分析了全基因组序列。运用基因组分段扩增方法,测得该毒株的全基因组序... 为研究猪流行性腹泻病毒(PEDV)变异株特性,通过细胞培养、细胞病变(CPE)观察、RT-PCR、间接免疫荧光实验和透射电镜观察分离鉴定1株PEDV变异株(CH/YNKM-8/2013株)并分析了全基因组序列。运用基因组分段扩增方法,测得该毒株的全基因组序列(GenBank登录号为KF761675.1)。该毒株S基因N端比CV777毒株S基因的N端长9bp,包括15bp的插入和6bp的缺失,表明CH/YNKM-8/2013为变异毒株。同源性分析显示,该毒株的基因组序列与我国广东2011年分离毒株LC的同源关系最近,相似性为99.6%,与韩国毒株KNU-1305和美国毒株USA/Minnesota84/2013的序列相似性均为99.0%,而与CV777疫苗毒株的相似性较低,为96.7%。序列进化树分析表明该毒株和我国新近毒株、韩国及美国的变异毒株进化关系较近,而与我国之前流行的PEDV毒株以及疫苗毒株CV777处于不同分支。 展开更多

关键词 猪流行性腹泻病毒 变异毒株 分离 鉴定 全基因组序列分析

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一株PRV流行变异株的分离鉴定及致病性分析

4

作者 张丁中 黄剑波 +1 位作者 徐雷 朱玲 《四川农业大学学报》 北大核心 2025年第5期1324-1330,1390,共8页

【目的】为了解伪狂犬病毒变异株的特征以及变异毒株的致病性。【方法】采集腹泻且伴有神经症状的仔猪小脑,在BHK-21细胞上分离,经过3轮空斑纯化,并进行PCR鉴定以及IFA鉴定。提取PRV XJ株DNA,运用高通量测序,获得全基因组序列,并对分离... 【目的】为了解伪狂犬病毒变异株的特征以及变异毒株的致病性。【方法】采集腹泻且伴有神经症状的仔猪小脑,在BHK-21细胞上分离,经过3轮空斑纯化,并进行PCR鉴定以及IFA鉴定。提取PRV XJ株DNA,运用高通量测序,获得全基因组序列,并对分离的PRV变异株进行全基因序列分析以及仔猪致病性研究。【结果】PCR鉴定以及IFA鉴定表明该分离株为PRV病毒。遗传进化分析表明该PRV病毒与Ⅰ型Bartha-K61分属两个分支,与Ⅱ型变异株JS2012位于同一分支,表明PRV XJ株为Ⅱ型变异毒株。氨基酸序列分析结果发现:与参考变异毒株相比,PRV XJ株gB蛋白507位氨基酸突变为色氨酸;gE蛋白在409位氨基酸突变为异亮氨酸,其510位氨基酸突变为甘氨酸;gD蛋白在278位和279位插入了精氨酸和脯氨酸;TK蛋白无氨基酸突变。基因重组分析未发现重组现象。PRV XJ株攻毒组仔猪表现高热、食欲不振、精神萎靡等临床症状,组织病理学观察发现:肺泡壁增厚、可见浆液渗出;肝细胞肿胀变性有蛋白渗出;肾小管上皮细胞肿胀崩解脱落;脑部的神经元变性萎缩,核浓缩变小,空隙增多等明显的病理变化。【结论】本研究分离鉴定了一株Ⅱ型PRV变异毒株,并且该分离毒株是一株强毒株。 展开更多

关键词 伪狂犬变异株 致病性 全基因分析

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猪繁殖与呼吸综合征病毒TS株结构蛋白基因的克隆与变异分析

5

作者 王娇 赵泽坤 +1 位作者 王坤 孙继国 《中国动物检疫》 CAS 2010年第5期28-30,共3页

从河北唐山分离到一株疑似猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV),接种Marc-145细胞,经2代盲传后出现细胞病变,经鉴定为PRRSV,命名为TS株。利用RT-PCR扩增出TS株各基因的cDNA片段,然后克隆入pMD19-T载体并测序。应用DNAStar软件,结合其它河北... 从河北唐山分离到一株疑似猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV),接种Marc-145细胞,经2代盲传后出现细胞病变,经鉴定为PRRSV,命名为TS株。利用RT-PCR扩增出TS株各基因的cDNA片段,然后克隆入pMD19-T载体并测序。应用DNAStar软件,结合其它河北毒株与多株GenBank中已发表的PRRSV毒株相应基因进行序列比较。结果表明:PRRSV TS株与VR-2332同源性为88.9%-94.7%,与河北省2007年以来发现的8个毒株同源性很强,为98.0%-99.7%;与LV株的亲缘关系较远,同源性为61.2%-69.0%,属于美洲型。遗传进化树表明国内美洲型分离株明显分为2个亚群,所有河北省流行毒株属于同一亚群,且TS株与高致病性代表毒株JXA1关系非常近。本研究将为河北省预防和控制PRRS提供重要的理论数据。 展开更多

关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 TS株 结构蛋白基因 遗传变异分析

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全株构树发酵饲料对猪生产性能与肉品质及免疫功能的影响

6

作者 张蓉 陈光吉 +6 位作者 熊先勤 张坤 刘凤丹 田雄 邹晓敏 杨洪 尚以顺 《贵州农业科学》 2025年第9期76-85,共10页

【目的】探明不同比例全株构树发酵饲料对猪生长性能与肉品质及免疫功能的影响,为利用构树降低饲养成本、提高养殖效益提供技术支撑。【方法】以三元杂交(大白、长白和杜洛克)育肥猪为研究对象,采用“全株构树+基础饲粮”厌氧发酵的方... 【目的】探明不同比例全株构树发酵饲料对猪生长性能与肉品质及免疫功能的影响,为利用构树降低饲养成本、提高养殖效益提供技术支撑。【方法】以三元杂交(大白、长白和杜洛克)育肥猪为研究对象,采用“全株构树+基础饲粮”厌氧发酵的方式制备全株构树发酵饲料,设置CK,基础饲粮;S_(1),基础饲粮+10%全株构树;S_(2),基础饲粮+20%全株构树;S_(3),基础饲粮+30%全株构树;S_(4),基础饲粮+40%全株构树,共5个处理,对比分析不同比例全株构树发酵饲料对猪生产性能与肉品质、免疫功能影响的差异。【结果】在10%~40%全株构树发酵饲料喂养下,猪的日增重降幅为28.56%~41.68%,干物质采食量降幅为32.81%~45.59%,屠宰率降幅为0.91%~5.74%,肌肉剪切力降幅为1.00%~44.34%,料重比降幅为3.75%~6.48%,肉色值增幅为4.27%~16.61%;不同比例全株构树发酵饲料对猪肌肉的单项氨基酸、必需氨基酸和非必需氨基酸无显著影响,但在10%、20%和30%全株构树发酵饲料喂养下,猪肉中总氨基酸含量分别比CK提高15.17%、8.43%和13.85%;此外,全株构树发酵饲料对肌肉反式脂肪酸有明显的下调作用。不同比例全株构树发酵饲料饲喂对猪空肠和脾脏中的IL-4和IFN-r因子均无显著影响,但免疫因子sIgA含量均有所提高;同时,可明显提高其肠道屏障中紧密连接蛋白ZO-1、Occludin和Claudin-1的基因相对表达量,以30%全株构树发酵饲料对猪肠道黏膜屏障功能的正面效应最优。【结论】10%~40%全株构树发酵饲料会降低育肥猪的生产性能,但可改善猪肉嫩度、肉色、肌肉脂肪酸组成和免疫功能,以30%的全株构树发酵饲料效果最优。 展开更多

关键词 猪 生产性能 肉品质 免疫功能 全株构树 肠道屏障功能 发酵饲料 蛋白基因

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水貂阿留申病毒5个分离株的全基因测序及遗传变异分析 被引量：1

7

作者 刘东旭 李健明 +3 位作者 时坤 曾范利 刘菲 杜锐 《动物医学进展》 北大核心 2015年第8期35-39,共5页

流行病学调查表明,水貂阿留申病是严重危害水貂养殖业的3大疫病之首。迄今为止,尚未开发出能有效防控水貂阿留申病的疫苗。本试验根据GenBank上公布的不同水貂阿留申病毒(ADV)毒株的基因序列,设计并合成了12对引物,对吉林农业大学经济... 流行病学调查表明,水貂阿留申病是严重危害水貂养殖业的3大疫病之首。迄今为止,尚未开发出能有效防控水貂阿留申病的疫苗。本试验根据GenBank上公布的不同水貂阿留申病毒(ADV)毒株的基因序列,设计并合成了12对引物,对吉林农业大学经济动物疾病实验室已分离和鉴定且具有致病性的5株水貂阿留申病毒野毒株进行全基因测序,并将测序结果与ADV参考毒株及细小病毒亚科各属代表种的全基因序列进行核苷酸序列分析及同源性比较。结果表明,所分离5株病毒基因组大小分别为4 537、4 539、4 562、4 572、4 569bp。同源性分析结果显示,分离的5株ADV毒株与欧美毒株ADV-G、ADVUtahl、ADV-SL3的核苷酸同源性最低为92.8%,最高为97.6%。通过DNA Star软件对5株ADV的VP2核苷酸推导的氨基酸序列分析可知,所分离的5个毒株中,有61个氨基酸发生突变。ADV-DL124和ADV-DL125与ADV-G株相同,在26-35位处缺失9个氨基酸,同时在36位缺失1个氨基酸(甘氨酸)。对这些改变位点的研究可为水貂阿留申病的致病机理及水貂阿留申病基因疫苗的构建积累资料。 展开更多

关键词 水貂阿留申病毒 分离株 全基因 遗传变异

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猪繁殖与呼吸综合征病毒缺失变异株的基因组特征 被引量：92

8

作者 高志强 郭鑫 +2 位作者 杨汉春 陈艳红 查振林 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第6期578-584,共7页

对猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)分离株HB-2(sh)/2002的全基因组序列进行了测定与分析.该毒株基因组全长为15 373 nt(不包括PolyA尾),与国内外美洲型PRRSV分离株全序列相似性介于88.7%～95.1%之间.序列分析表明,该毒株是1个天然存在缺... 对猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)分离株HB-2(sh)/2002的全基因组序列进行了测定与分析.该毒株基因组全长为15 373 nt(不包括PolyA尾),与国内外美洲型PRRSV分离株全序列相似性介于88.7%～95.1%之间.序列分析表明,该毒株是1个天然存在缺失的变异毒株,其ORF1a的Nsp2存在编码12个氨基酸的连续36个核苷酸的缺失,ORF3存在编码1个氨基酸的3个核苷酸的缺失.这是国内外首次发现PRRSV存在缺失变异现象,研究结果补充和丰富了PRRSV毒株的基因组信息数据,为深入研究该毒株的遗传与变异及其与生物学特性的关系奠定了基础. 展开更多

关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 基因组特征 缺失 变异株 PRRSV 全基因组序列 序列相似性 生物学特性 变异毒株 首次发现 信息数据 研究结果 分离株 国内外 核苷酸 氨基酸 分析表 编码 全长 遗传

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鸡传染性支气管炎病毒广西流行株3种主要结构蛋白基因的遗传变异分析

9

《今日畜牧兽医》 2010年第12期68-68,共1页

了解鸡传染性支气管炎病毒（IBIV）广西流行株的遗传变异情况，应用RT—PCR方法对2004—2007年的7株广西IBV分离株的纤突蛋白S1基因、核（N）蛋白和膜（M）蛋白基因进行扩增、克隆、测序和同源性比较及系统进化分析。

关键词 鸡传染性支气管炎病毒 结构蛋白基因 遗传变异分析 流行株 广西 纤突蛋白S1基因 PCR方法 同源性比较

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IBV陕西分离株M基因的克隆与遗传变异分析

10

作者 王晶钰 罗艳 +2 位作者 邓小敏 郭抗抗 张彦明 《西北农林科技大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2007年第10期1-5,10,共6页

为了研究IBV陕西分离株M基因的遗传变异情况及分子特征，参照NCBI所登录的IBVM基因序列设计了1对引物，应用RT-PCR方法对陕西8株IBV分离株的M基因进行扩增，并构建克隆载体，对阳性质粒测序后进行核苷酸序列及氨基酸序列同源性和进化发... 为了研究IBV陕西分离株M基因的遗传变异情况及分子特征，参照NCBI所登录的IBVM基因序列设计了1对引物，应用RT-PCR方法对陕西8株IBV分离株的M基因进行扩增，并构建克隆载体，对阳性质粒测序后进行核苷酸序列及氨基酸序列同源性和进化发生关系分析，并对M蛋白的二级结构和跨膜区进行预测。结果表明，8个IBV分离株间的M基因核苷酸和M蛋白氨基酸同源性分别为92．3％～99．8％和95．4％～100％，分离毒株与参考毒株的M基因核苷酸和M蛋白氨基酸序列同源性分别为87．4％～99．5％和89．4％～99．5％；分离毒株与参考毒株M蛋白的α-螺旋结构主要分布在N端前100氨基酸肽段区，其他的部分主要是哥折叠和无规则卷曲结构；分离毒株的M蛋白均包含有3个跨膜区。表明IBV分离株M蛋白在基因序列和二级结构上相对保守。 展开更多

关键词 IBV M蛋白基因 遗传变异 分离株

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猪繁殖与呼吸综合征病毒GX1001株和GX1002株全基因组分子特征分析

11

作者 林昌华 施开创 +3 位作者 陶春爱 钟诚 莫胜兰 李刚 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2013年第4期1-9,共9页

为了解广西地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的变异情况及分子遗传特征,采用RT-PCR分段扩增2010年PRRSV广西地方分离株GX1001株和GX1002株基因片段,经克隆、测序、拼接,获得2个分离株的全基因序列。结果显示,不包括Poly(A)尾,GX1001株... 为了解广西地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的变异情况及分子遗传特征,采用RT-PCR分段扩增2010年PRRSV广西地方分离株GX1001株和GX1002株基因片段,经克隆、测序、拼接,获得2个分离株的全基因序列。结果显示,不包括Poly(A)尾,GX1001株、GX1002株基因组全长分别为15329和15318bp。同源性分析结果表明,2个分离株间全基因组核苷酸序列同源性为99.3%,与国内外北美洲型代表毒株间的全基因组核苷酸序列同源性为84.9%～99.5%,与欧洲型代表毒株间的同源性为61.5%～61.9%。序列分析结果表明,2个分离株的NSP2编码区均存在第481和533-561位,共30个氨基酸的不连续缺失,具有PRRSV高致病性变异毒株(HP-PRRSV)的遗传特征,但分别在不同区域出现新的突变、缺失及插入等变异现象。遗传进化分析结果表明,所有美洲型毒株可分为4个亚群,GX1001株和GX1002株均属于以高致病性JXA1株为代表的第4亚群。上述结果表明,本研究获得的PRRSV广西地方分离株GX1001株和GX1002株均属于HP-PRRSV,但其基因组在不同区域发生了新的遗传变异现象。 展开更多

关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 高致病性分离株 全基因组特征 变异分析

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鸡传染性法氏囊病病毒新型变异株衣壳蛋白重组真核表达质粒的免疫原性分析 被引量：3

12

作者 张文英 姜楠 +17 位作者 王雨龙 马广斌 牛鑫鑫 黄萌萌 王国栋 宋桂才 李凯琳 刘爱晶 王素艳 高立 崔红玉 刘长军 李凯 潘青 张艳萍 王笑梅 高玉龙 祁小乐 《中国家禽》 北大核心 2022年第6期31-35,共5页

为了研究针对传染性法氏囊病病毒(Infectious bursal disease virus,IBDV)新型变异株的特异性防控技术,试验通过RT-PCR方法扩增IBDV新型变异株代表毒株SHG19的衣壳蛋白VP2基因,将其克隆至真核表达载体pCAGGS上,获得重组质粒pCA-SHG19 V... 为了研究针对传染性法氏囊病病毒(Infectious bursal disease virus,IBDV)新型变异株的特异性防控技术,试验通过RT-PCR方法扩增IBDV新型变异株代表毒株SHG19的衣壳蛋白VP2基因,将其克隆至真核表达载体pCAGGS上,获得重组质粒pCA-SHG19 VP2,将重组质粒以100μg/只的剂量在聚乙烯亚胺(PEI)的作用下免疫4周龄BALB/c小鼠,用间接免疫荧光(IFA)和ELISA对血清抗体进行检测。结果表明:免疫鼠血清可特异性识别IBDV,ELISA抗体效价高达1∶16000以上,重组真核表达质粒pCA-SHG19 VP2的基因免疫在BALB/c小鼠模型上产生了良好的特异免疫应答。研究结果对IBD的综合防控研究具有参考意义。 展开更多

关键词 传染性法氏囊病病毒 新型变异株 衣壳蛋白 基因免疫

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加州鲈弹状病毒三水株全基因组序列测定及分析 被引量：2

13

作者 刘慧芳 张莉娟 +5 位作者 李宁求 梁红茹 林强 刘礼辉 牛银杰 付小哲 《西北农林科技大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2020年第3期30-38,共9页

【目的】对加州鲈弹状病毒弱毒三水株(MSRV-SS-7)及其母源株(MSRV-SS)进行全基因组克隆和测序分析。【方法】采用分段扩增方法对MSRV-SS-7及MSRV-SS基因组核心序列进行PCR扩增,第1轮根据鳜鱼弹状病毒(SCRV)基因序列(NC_008514.1)设计10... 【目的】对加州鲈弹状病毒弱毒三水株(MSRV-SS-7)及其母源株(MSRV-SS)进行全基因组克隆和测序分析。【方法】采用分段扩增方法对MSRV-SS-7及MSRV-SS基因组核心序列进行PCR扩增,第1轮根据鳜鱼弹状病毒(SCRV)基因序列(NC_008514.1)设计10对引物进行扩增并测序;在第1轮扩增产物测序、拼接基础上,设计8对引物进行第2轮扩增,拼接后获得基因组核心序列。同时用cDNA末端快速扩增法(RACE)获得3′和5′末端序列。采用Vector NTI 8.0对基因组核心序列和末端序列进行拼接,获得基因组全序列,使用Clone Manager 8.0对MSRV-SS-7和MSRV-SS进行序列比对分析;同时使用DNAMAN将基因组G基因序列转换为氨基酸序列,并通过MEGA 5.0与其他鱼类弹状病毒的G蛋白氨基酸序列进行进化树分析。【结果】MSRV-SS-7及其母源株MSRV-SS基因组全长均为11548 bp,包含N、P、M、G、L等5个结构基因,基因组结构为3′Leader-N-P-M-G-L-Trailer 5′;MSRV-SS-7与MSRV-SS全基因组中共有10处核苷酸不同。G蛋白进化分析表明,MSRV-SS-7及母源株MSRV-SS与SCRV亲缘关系最近,且与鲈鱼弹状病毒属(Perhabdovirus)聚为一支。【结论】克隆分析了MSRV-SS-7的全基因组序列,可以用于后续活疫苗的开发。 展开更多

关键词 鱼类弹状病毒 弱毒株 加州鲈 全基因组序列 G蛋白

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1株圆环病毒3型美国毒株全基因组克隆与遗传演化分析 被引量：1

14

作者 郑晶 郝桂英 +8 位作者 谢礼 安微 杨苗 陈瑛琪 张婧 郑巧 陈溪 陈孝宇 林华 《中国动物检疫》 CAS 2022年第1期116-123,共8页

为了解进口美国种猪中获取的猪圆环病毒3型(PCV3)毒株全基因组序列及遗传变异情况,根据GenBank中收录的PCV3基因组序列,设计2对特异性引物,对确诊感染PCV3的病死猪组织进行全基因组序列扩增、拼接、测序和序列分析。结果显示,获得的PCV... 为了解进口美国种猪中获取的猪圆环病毒3型(PCV3)毒株全基因组序列及遗传变异情况,根据GenBank中收录的PCV3基因组序列,设计2对特异性引物,对确诊感染PCV3的病死猪组织进行全基因组序列扩增、拼接、测序和序列分析。结果显示,获得的PCV3美国毒株(命名为PCV3_USA2021,GenBank登录号OL799306)全基因组序列长度约为2000 bp,与国内外不同地区的38个PCV3参考毒株同源性为98.7%~99.8%。其中,PCV3_USA2021株开放阅读框ORF1和ORF2与国内外38个参考毒株同源性分别为99.1%~99.9%和98.0%~100%。构建的全基因组系统进化树显示,该毒株为PCV3a亚型,与美国毒株(PCV3-US_SD2016)亲缘关系最近。本研究为PCV3的遗传变异、流行病学分析提供了参考,也为相关疫苗的研制打下了基础。 展开更多

关键词 猪圆环病毒3型 全基因组克隆 遗传演化分析 CAP蛋白 美国毒株

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2022年济南市3株输入性新型冠状病毒奥密克戎BQ.1全基因组特征分析 被引量：1

15

作者 白飒 刘保华 +4 位作者 闫荣军 赵辉 孙连波 张涛 韩焕美 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第11期1060-1064,共5页

目的从病毒基因组水平上了解3株济南市同一时期不同来源的输入性新冠病毒(SARS-CoV-2)的全基因组特征和变异情况,为进一步完善口岸新冠肺炎疫情防控工作提供科学依据。方法选取济南市3例输入性新冠病毒感染者的鼻咽拭子样本,采用二代测... 目的从病毒基因组水平上了解3株济南市同一时期不同来源的输入性新冠病毒(SARS-CoV-2)的全基因组特征和变异情况,为进一步完善口岸新冠肺炎疫情防控工作提供科学依据。方法选取济南市3例输入性新冠病毒感染者的鼻咽拭子样本,采用二代测序技术进行全基因组测序,通过生物学信息软件进行变异位点和同源性分析。结果成功从3例无症状感染病例样本中获得SARS-CoV-2全基因组序列,全长在29835 bp~29844 bp。Pangolin分型结果显示,3例样本基因型依次为OmicronBQ.1,BQ.1.1,BQ.1.12,与原始毒株相比,分别产生了77、80、78个碱基位点的突变,涉及60~63处非同义突变,主要集中在S和ORF1ab基因上。结论OmicronBQ.1及其分支为济南口岸首次检出的输入性新冠病毒基因型,为口岸新冠病毒的溯源及防控提供理论依据。 展开更多

关键词 新型冠状病毒 境外输入 奥密克戎变异株 全基因组测序 进化分析

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猪细小病毒1型突变株分离鉴定及全基因组进化分析 被引量：1

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作者 于永乐 姚延珠 +4 位作者 张瑞华 陈超 赵婷 单虎 韩先杰 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2023年第1期232-238,共7页

旨在对猪细小病毒1型(PPV1)突变株生物学特性进行分析。对采自山东不同地区养猪场的67份流产胎儿组织样品进行PPV的分离和培养,经电镜观察和IFA试验进行鉴定,通过Overlap PCR对分离株进行全基因序列扩增,SnapGene V4进行序列拼接和比对... 旨在对猪细小病毒1型(PPV1)突变株生物学特性进行分析。对采自山东不同地区养猪场的67份流产胎儿组织样品进行PPV的分离和培养,经电镜观察和IFA试验进行鉴定,通过Overlap PCR对分离株进行全基因序列扩增,SnapGene V4进行序列拼接和比对,利用DNAMAN V6对基因组末端5′UTR和3′UTR二级结构进行展示和比较,应用MEGA V7进行遗传进化分析,最后利用多步生长曲线绘制对分离株在易感细胞内的增殖能力进行比较。共分离得到3株病毒,均鉴定为PPV1型毒株,分别命名为SDPV1、SDPV2和SDPV3,GenBank登录号分别为ON924737、ON924738和ON924739;3个分离株全基因序列长度基本一致,其中5′-UTR序列高度保守,呈Y型结构;而3′-UTR呈U型结构,个别碱基有所差异;VP2氨基酸序列中有5个非同义突变位点,分别为T20A、R82K、Q226E、D366N和K407N,为国内毒株首次发现。生长曲线显示,突变株生长趋势相对较快,与PPV-QN株相比,最高滴度相差10倍。报道了包含新型变异位点的PPV毒株的基因组特征。 展开更多

关键词 猪细小病毒1型 突变株 全基因组 遗传变异

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Streptomyces sp.DJ菌株产生的角蛋白酶的序列分析 被引量：1

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作者 柯野 杨家臣 +2 位作者 屈奇奇 袁小枚 黄镜如 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2021年第10期2274-2280,共7页

【目的】解析Streptomyces sp.DJ菌株编码的3种角蛋白酶的氨基酸序列、二级结构、三级结构及其功能的关系。【方法】基于DJ菌株全基因组测序结果,利用Bio-edit、DNAMAN、Discovery Studio2.5等软件、https://swissmodel.expasy.org/等... 【目的】解析Streptomyces sp.DJ菌株编码的3种角蛋白酶的氨基酸序列、二级结构、三级结构及其功能的关系。【方法】基于DJ菌株全基因组测序结果,利用Bio-edit、DNAMAN、Discovery Studio2.5等软件、https://swissmodel.expasy.org/等网站对其3种角蛋白酶的序列和结构进行了分析和预测。【结果】DJ菌株胞外分泌3种角蛋白酶(K1、K2和K3)均属于S8家族的丝氨酸蛋白酶,信号肽、前导肽和成熟肽在氨基酸残基的组成、极性和长度等方面较一致。3种酶均能以5WSL.1.A为模板进行同源建模,每种酶的3-D结构中均含有6个α螺旋、2个3_(10)α螺旋和15个β折叠的二级结构;其中K1酶含有2个二硫键,1Ca和2Ca位点,K2和K3各有1个二硫键,1Ca位点;3种酶的Pro270残基位于loop环,而仅有K2的Pro242残基位于loop环中。3种酶底物结合区域主要由疏水性残基构成,偏向于疏水性强的底物。3种酶的底物结合区域比较而言,S1和S2对底物特异性起关键作用;由于3种酶的S1和S2中重要位点残基的不保守性,使其底物特异性具有差异。【结论】DJ菌株中3种角蛋白酶在氨基酸、二硫键、脯氨酸和钙结合等的不同致使酶稳定性的不同;并且由于其表面电荷分布、底物结合区域的差异构成对羽毛水解位点的互补性,这可能是DJ菌株高效降解羽毛的重要原因。 展开更多

关键词 Streptomyces sp.DJ菌株 全基因组测序 角蛋白酶 序列分析

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H7N1禽流感病毒非结构蛋白-1（NS1）发生变异

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《中国家禽》 北大核心 2006年第15期59-59,共1页

鉴于国际组织推荐在禽流感防制计划中使用免疫动物感染鉴别措施，位于意大利的新城疫和禽流感OIE和FAO参考实验室通过对分离自禽类的40株A型流感病毒的ns1基因进行序列测定和比较系统发育情况，研究了禽流感分离株保守性NS1蛋白。这些... 鉴于国际组织推荐在禽流感防制计划中使用免疫动物感染鉴别措施，位于意大利的新城疫和禽流感OIE和FAO参考实验室通过对分离自禽类的40株A型流感病毒的ns1基因进行序列测定和比较系统发育情况，研究了禽流感分离株保守性NS1蛋白。这些分离株为22株低致病性H7型病毒株和18株高致病性H7型病毒株， 展开更多

关键词 禽流感病毒 非结构蛋白 变异 A型流感病毒 高致病性 NS1基因 分离株 动物感染 国际组织 系统发育

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我国完成首例中东呼吸综合征病例病毒全基因组序列测定

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《生物学教学》 北大核心 2015年第11期71-71,共1页

据科学网2015年6月6日援引报道,中国疾控中心病毒病所与广东省及惠州市疾控中心合作,完成我国首例输入性中东呼吸综合征（MERS）病例的病毒全基因组序列测定。序列分析结果表明,该病毒与当前中东地区MERSCo V（引起MERS的新型冠状病毒... 据科学网2015年6月6日援引报道,中国疾控中心病毒病所与广东省及惠州市疾控中心合作,完成我国首例输入性中东呼吸综合征（MERS）病例的病毒全基因组序列测定。序列分析结果表明,该病毒与当前中东地区MERSCo V（引起MERS的新型冠状病毒）流行株高度同源,根据遗传学相关分析,初步推测该毒株最终可能来源于中东地区的沙特阿拉伯。 展开更多

关键词 全基因组序列 病毒基因组 中东地区 疾控中心 序列分析结果 流行株 输入性 高度同源 相关分析 结构蛋白基因

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我国部分地区猪圆环病毒2型分离株的遗传变异分析

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《今日畜牧兽医》 2010年第1期68-68,共1页

为了解我国猪圆环病毒2型（PCV2）流行毒株遗传变异情况，本研究对本实验室分离到的19株PCV2分离株通过病毒全基因组克隆和测序分析，将其分为2个大基因群和3个亚群，其基因组分别为1766nt、1767nt和1768nt，各占15．8％、73．7％和10．... 为了解我国猪圆环病毒2型（PCV2）流行毒株遗传变异情况，本研究对本实验室分离到的19株PCV2分离株通过病毒全基因组克隆和测序分析，将其分为2个大基因群和3个亚群，其基因组分别为1766nt、1767nt和1768nt，各占15．8％、73．7％和10．5％。以1767nt毒株为基准，其基因组第39或1039位有1个碱基缺失后突变成1766nt毒株：第1040位有1个碱基插入后突变成1768nt毒株。 展开更多

关键词 猪圆环病毒2型 遗传变异分析 分离株 全基因组克隆 流行毒株 测序分析 PCV2 实验室

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