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FAdV-1荧光定量PCR检测方法的建立及应用
1
作者 孟鸽 李阳 +11 位作者 封莹洁 蔡成杰 王阳 王莹 尚佳静 罗娟 刘冠慧 于晓慧 蒋文明 刘华雷 张永英 侯力丹 《中国动物检疫》 2025年第3期106-112,共7页
禽腺病毒血清型1型(fowl adenovirus serotype 1,FAdV-1)已成为近年来影响我国养禽业健康发展的重要病原之一。本研究针对FAdV-1 Hexon基因保守区域序列设计特异性引物和探针,通过特异性、敏感性、重复性试验等进行评估,构建了FAdV-1荧... 禽腺病毒血清型1型(fowl adenovirus serotype 1,FAdV-1)已成为近年来影响我国养禽业健康发展的重要病原之一。本研究针对FAdV-1 Hexon基因保守区域序列设计特异性引物和探针,通过特异性、敏感性、重复性试验等进行评估,构建了FAdV-1荧光定量PCR(qPCR)检测方法。利用该方法和常规PCR对130份临床家禽咽/肛双拭子样品进行检测,计算两种方法的符合率。结果显示:该方法对FAdV-1质粒标准品的最低检测限为4.3×10^(2) copies/μL,其灵敏度是常规PCR的100倍,与A群轮状病毒、H9亚型禽流感病毒、H10亚型禽流感病毒、新城疫病毒、传染性支气管炎病毒以及FAdV-Ⅰ其他血清型均无交叉反应;批内变异系数(CV)为0.38%~0.90%,批间CV为0.75%~1.15%,具有较好的重复性;该方法和常规PCR方法对130份临床家禽咽/肛双拭子的检测结果符合率为96.15%。结果表明,本研究建立的FAdV-1 qPCR方法敏感性高,特异性和重复性好,可用于FAdV-1感染的临床检测和流行病学调查。 展开更多
关键词 禽腺病毒血清型1型 荧光定量pcr 检测方法 性能评估
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牛冠状病毒TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立及应用 被引量：1
2
作者 蒲鹏 李晨露 +2 位作者 张琪 吴发兴 许信刚 《动物医学进展》 北大核心 2024年第2期7-10,共4页
为建立牛冠状病毒TaqMan荧光定量PCR检测方法,根据GenBank收录的牛冠状病毒AKS-01株N基因序列(KU886219)保守区设计特异性引物和探针,构建重组质粒并进行反应条件优化、特异性试验、重复性试验以及敏感性试验,建立一种检测BCoV的TaqMan... 为建立牛冠状病毒TaqMan荧光定量PCR检测方法,根据GenBank收录的牛冠状病毒AKS-01株N基因序列(KU886219)保守区设计特异性引物和探针,构建重组质粒并进行反应条件优化、特异性试验、重复性试验以及敏感性试验,建立一种检测BCoV的TaqMan荧光定量PCR方法。结果显示,建立的牛冠状病毒TaqMan荧光定量PCR检测方法特异性、敏感性和重复性均良好。该方法BCoV重组质粒标准品在5.75×10^(7)~5.75×10^(3)copies/μL时与Ct值呈现良好线性关系,该方法对牛轮状病毒、牛传染性鼻气管炎病毒、牛病毒性腹泻病毒、牛副流感病毒3型均无交叉反应,特异性良好;该方法对BCoV重组质粒标准品最低检测限为5.75×10^(1)copies/μL;批内和批间重复性试验结果稳定,变异系数均小于2%。利用所建立的TaqMan荧光定量PCR方法对收集的132份样品进行检测,与常规PCR相比,两者符合率为96.21%,可为BCoV的临床检测和流行病学调查提供技术支持。 展开更多
关键词 牛冠状病毒 TaqMan荧光定量pcr 检测方法
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羊贝氏柯克斯体TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立及应用
3
作者 张锐铮 于皓同 +3 位作者 王凯茸 张琪 张淑霞 许信刚 《动物医学进展》 北大核心 2024年第7期6-10,共5页
为建立检测贝氏柯克斯体(Coxiella burnetii)实时荧光定量PCR方法,根据GenBank上收录的C.burnetii RSA439株com1基因序列(CP040059.1)保守区设计特异性引物和探针,并构建重组质粒及优化反应条件,以期建立一种检测贝氏柯克斯体的Taq Man... 为建立检测贝氏柯克斯体(Coxiella burnetii)实时荧光定量PCR方法,根据GenBank上收录的C.burnetii RSA439株com1基因序列(CP040059.1)保守区设计特异性引物和探针,并构建重组质粒及优化反应条件,以期建立一种检测贝氏柯克斯体的Taq Man荧光定量PCR方法。结果显示,该方法所建立标准曲线线性关系良好;敏感性试验结果显示,最低检出限为2.45×10^(2) copies/μL,与PCR最低检出限为2.45×10^(4) copies/μL相比较,灵敏度提高了100倍;对羊支原体、羊流产衣原体、羊布鲁氏菌等均无交叉反应,批内和批间重复性试验结果稳定,变异系数均小于3%,说明特异性、重复性好;利用该方法对收集的126份样品进行检测,结果显示样品阳性率为9.52%,常规PCR检测阳性率为7.14%,符合率为90.47%。该方法可为贝氏柯克斯体临床上快速检测及防控提供技术支持。 展开更多
关键词 贝氏柯克斯 Taq Man荧光定量pcr 检测方法
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副结核分支杆菌实时荧光定量PCR检测方法的建立及应用
4
作者 平宇明 张宏莉 +8 位作者 班亚星 刘建奇 任希恩 邬彩丽 刘东霞 徐丽媛 杨雪娇 常华 李劼 《动物医学进展》 北大核心 2024年第7期1-6,共6页
为加强副结核分支杆菌(MAP)的检测、监测与防控,建立MAP荧光定量PCR(qPCR)检测方法,根据国内MAP流行菌株特异性插入序列IS900设计1对特异性引物和探针,构建重组阳性质粒用作建立qPCR的模板,优化反应体系和条件,验证该方法的特异性、敏... 为加强副结核分支杆菌(MAP)的检测、监测与防控,建立MAP荧光定量PCR(qPCR)检测方法,根据国内MAP流行菌株特异性插入序列IS900设计1对特异性引物和探针,构建重组阳性质粒用作建立qPCR的模板,优化反应体系和条件,验证该方法的特异性、敏感性和重复性。结果显示,该方法最低检测限为5拷贝/μL;重复试验中批内和批间变异系数均小于4%;与牛传染性鼻气管炎病毒、牛副流感病毒3型、牛轮状病毒、牛病毒性腹泻病毒、牛支原体、肺炎克雷伯菌和曼氏杆菌等病原检测无交叉反应,能特异性检出MAP。应用建立的qPCR开展了内蒙古自治区6个市的MAP临床样品检测和流行情况分析,结果显示MAP平均阳性率为0.85%(6/704)。结果表明,成功建立了MAP的实时荧光定量PCR检测方法,可用于临床中MAP的监测和调查,为MAP疾病诊断与监控提供了快捷的方法。 展开更多
关键词 副结核分支杆菌 实时荧光定量pcr 检测方法 感染调查
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牛病毒性腹泻病毒链特异性SYBR Green荧光定量PCR方法的建立及应用 被引量：7
5
作者 刘存 邓永 +3 位作者 梁琳 李金祥 张彦明 崔尚金 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第10期2079-2087,共9页
为了对牛病毒性腹泻病毒(bovine viral diarrhea virus,BVDV)复制过程中正、负链RNA进行定量检测,通过生物学软件DNAStar和Primer express 3.0设计BVDV正、负链RNA特异性反转录引物并在其5′端添加非病毒核苷酸标签序列以区分BVDV正、负... 为了对牛病毒性腹泻病毒(bovine viral diarrhea virus,BVDV)复制过程中正、负链RNA进行定量检测,通过生物学软件DNAStar和Primer express 3.0设计BVDV正、负链RNA特异性反转录引物并在其5′端添加非病毒核苷酸标签序列以区分BVDV正、负链RNA。同时设计荧光定量PCR引物与非病毒核苷酸标签序列组成引物对,建立了BVDV链特异性荧光定量RT-PCR(ssRT-qPCR)方法,对其敏感性、重复性、特异性进行评估并利用所建立BVDV ssRT-qPCR对不同接毒剂量下BVDV在细胞内复制过程中正、负链RNA进行定量检测。结果表明,以构建的pMD18T-BV+和pMD18T-BV-质粒为标准品建立的BVDV正链特异性荧光定量RT-PCR方法[ss(+)RT-qPCR]和负链特异性荧光定量RT-PCR方法[ss(-)RT-qPCR]在10 2~10 7拷贝范围内具有良好的线性关系,线性相关系数分别为0.998 1和0.995 3;敏感性试验结果显示,ssRT-qPCR敏感性较好,ss(+)RT-qPCR最低检测下限为10拷贝,ss(-)RT-qPCR最低检测下限为100拷贝。重复性试验结果显示,所建立的ssRT-qPCR批内和批间的变异系数为均小于1%,方法重复性良好。特异性试验显示,所建立的ssRT-qPCR方法与牛副流感病毒3型、牛传染性鼻气管炎病毒、牛呼吸道合胞体病毒等不存在交叉反应,特异性较好。利用建立的ssRT-qPCR对不同感染剂量下细胞内BVDV正、负链RNA进行定量分析,结果显示以10、0.1 MOI剂量接种BVDV于MDBK细胞后,BVDV正、负链RNA变化呈现先升后降再逐渐上升的趋势。以1 MOI剂量感染MDBK细胞,BVDV正、负链RNA的动态变化趋势略有差异,整体呈上升趋势。10、1 MOI接毒剂量接种细胞后,BVDV正、负链RNA在感染后36 h基本维持稳定水平,以0.1 MOI接种细胞后BVDV正、负链RNA在感染后24 h即达到稳定水平。BVDV链特异性检测进一步验证了所建立方法的适用性。该研究建立了BVDV链特异性荧光定量RT-PCR方法并利用该方法对BVDV在细胞内复制过程中正、负链RNA的动态变化过程进行描述,为研究宿主蛋白抗病毒机制、BVDV基因组RNA复制及调控机制等研究提供了研究手段。 展开更多
关键词 牛病毒性腹泻病毒 非病毒核苷酸序列标签 荧光定量pcr方法
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蒙古绵羊肌内脂肪沉积相关基因实时荧光定量PCR检测方法的建立 被引量：2
6
作者 苗海明 顾悦 +3 位作者 杨金丽 高爱武 黄亚娟 王海荣 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2013年第9期37-41,共5页
试验旨在建立一种适合于蒙古绵羊肌内脂肪沉积相关基因mRNA表达量的检测方法。根据GenBank中脂肪沉积相关基因的序列,分别设计1对特异性引物,然后通过克隆测序检测引物扩增片段的正确性,最后使用实时荧光定量PCR(Real-time PCR)技术验... 试验旨在建立一种适合于蒙古绵羊肌内脂肪沉积相关基因mRNA表达量的检测方法。根据GenBank中脂肪沉积相关基因的序列,分别设计1对特异性引物,然后通过克隆测序检测引物扩增片段的正确性,最后使用实时荧光定量PCR(Real-time PCR)技术验证方法的可行性。结果显示,最佳的PCR反应参数为:94℃预变性4 min;94℃变性30 s,58℃退火45 s,72℃延伸1 min,40个循环;72℃延伸5 min。各目的基因的熔解曲线峰值单一,目的产物稳定。结果表明成功建立了一种快速检测蒙古绵羊肌内脂肪沉积基因的Real-time PCR方法,可用于绵羊肌内脂肪沉积基因的检测及定量分析。 展开更多
关键词 蒙古绵羊 脂肪沉积 实时荧光定量pcr 方法建立
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荧光定量PCR检测弓形虫基因方法的建立 被引量：10
7
作者 王频佳 张德纯 《临床检验杂志》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期123-125,共3页
目的　建立荧光定量PCR检测弓形虫基因的方法,并进行实验室方法学评价。方法　PCR扩增弓形虫 529bp重复序列,经TA克隆后转化入大肠杆菌DH5α中;提取重组质粒鉴定后,作为模板建立荧光定量PCR标准曲线,并做重复性试验和临床标本检测。结... 目的　建立荧光定量PCR检测弓形虫基因的方法,并进行实验室方法学评价。方法　PCR扩增弓形虫 529bp重复序列,经TA克隆后转化入大肠杆菌DH5α中;提取重组质粒鉴定后,作为模板建立荧光定量PCR标准曲线,并做重复性试验和临床标本检测。结果　用重组质粒制作的标准曲线循环阈值与模板浓度有良好的线性关系,相关系数 0. 995,平均试验间变异系数 3. 28%,无非特异性扩增。临床标本检测阳性率为 43. 3%。结论　建立了检测弓形虫基因的荧光定量PCR方法,快速、灵敏、特异的特点适合临床实验室的应用。 展开更多
关键词 弓形虫 荧光定量pcr检测 临床标本 重组质粒 基因方法 DH5Α 非特异性 模板浓度 重复序列 克隆
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鸭腺病毒A型TaqMan实时荧光定量PCR检测方法的建立 被引量：2
8
作者 万春和 刘荣昌 +5 位作者 程龙飞 施少华 傅光华 陈红梅 傅秋玲 黄瑜 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2018年第5期1341-1348,共8页
试验旨在建立鸭腺病毒A型(duck adenovirus A,DAdV-A)TaqMan实时荧光定量PCR检测方法。根据DAdV-A Hexon基因序列设计特异性引物和探针,建立了基于TaqMan探针检测DAdV-A的实时荧光定量PCR检测方法,对其特异性、灵敏性、重复性进行检测,... 试验旨在建立鸭腺病毒A型(duck adenovirus A,DAdV-A)TaqMan实时荧光定量PCR检测方法。根据DAdV-A Hexon基因序列设计特异性引物和探针,建立了基于TaqMan探针检测DAdV-A的实时荧光定量PCR检测方法,对其特异性、灵敏性、重复性进行检测,用建立的TaqMan实时荧光定量PCR检测方法和常规PCR方法同时对福建地区临床收集的85份番鸭源病料进行DAdV-A感染的检测,比较其符合率。结果表明,试验成功建立了检测DAdV-A的实时荧光定量PCR检测方法,其扩增相关系数为0.996,扩增效率为99.9%;特异性强,对鸭常见病原(如鸭瘟病毒、鹅细小病毒、番鸭细小病毒、鸭圆环病毒、鸭源大肠杆菌、鸭疫里默氏杆菌和鸭源禽多杀性巴氏杆菌)检测均为阴性;灵敏度高,最低检测限为8.37拷贝/μL;重复性好,组内变异系数和组间变异系数分别为0.54%~1.28%和0.61%~2.39%。对临床送检的85份病料,TaqMan实时荧光定量PCR方法的阳性率为7.06%(6/85),PCR方法的阳性率为5.88%(5/85),且PCR检测的阳性样品经TaqMan实时荧光定量PCR方法检测均为阳性,符合率为100%。本研究建立了基于TaqMan探针检测DAdV-A的实时荧光定量PCR检测方法,为鸭群中开展DAdV-A的分子流行病学研究提供了有效技术手段。 展开更多
关键词 鸭腺病毒A型 Hexon基因 TAQMAN探针 实时荧光定量pcr方法
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犬Ⅰ型腺病毒荧光定量PCR检测方法的建立 被引量：1
9
作者 薛向红 赵辉 +5 位作者 卜研 闫喜军 廉士珍 朱言柱 刘昊 吕娇 《动物医学进展》 北大核心 2019年第3期36-40,共5页
通过分析对比GenBank公布的几株犬Ⅰ型腺病毒序列,针对犬Ⅰ型腺病毒特有的E3区,设计了1对特异性引物。对引物浓度、退火温度、扩增体系等条件优化后,建立了犬Ⅰ型腺病毒荧光定量PCR检测方法,并对40份CAV-Ⅰ人工感染银黑狐的粪便样品进... 通过分析对比GenBank公布的几株犬Ⅰ型腺病毒序列,针对犬Ⅰ型腺病毒特有的E3区,设计了1对特异性引物。对引物浓度、退火温度、扩增体系等条件优化后,建立了犬Ⅰ型腺病毒荧光定量PCR检测方法,并对40份CAV-Ⅰ人工感染银黑狐的粪便样品进行了检测。结果表明,与普通PCR相比,建立的犬Ⅰ型腺病毒荧光定量PCR检测方法具有特异性好、灵敏度高、重复性强的特点。该检测方法可用于Ⅰ型犬腺病毒的快速诊断与监测,并能够定量分析CAV-Ⅰ的感染程度。 展开更多
关键词 犬Ⅰ型腺病毒 荧光定量pcr 检测方法
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高致病性猪繁殖与呼吸综合征活疫苗(JXA1-R株)病毒含量荧光定量PCR方法的建立 被引量：3
10
作者 魏津 蒋卉 +6 位作者 戴志红 关孚时 李翠 张秀英 温芳 陆连寿 王在时 《中国兽药杂志》 2013年第10期39-42,共4页
为快速、准确测定高致病性猪繁殖与呼吸综合征(HP-PRRS)活疫苗(JXA1-R株)的病毒含量,根据GenBank中该病毒的保守基因序列设计合成了引物和探针,优化反应条件,建立了其活疫苗病毒含量的荧光定量PCR方法。用该方法测定疫苗样品的病毒含量... 为快速、准确测定高致病性猪繁殖与呼吸综合征(HP-PRRS)活疫苗(JXA1-R株)的病毒含量,根据GenBank中该病毒的保守基因序列设计合成了引物和探针,优化反应条件,建立了其活疫苗病毒含量的荧光定量PCR方法。用该方法测定疫苗样品的病毒含量,每头份稀释100倍后,Ct均值为17.08,病毒拷贝数均值为4.61×107copy/μL。将建立的荧光定量PCR与传统的TCID50方法进行相关性分析,相关系数r=0.83,表明该方法可用于HP-PRRS活疫苗半成品及成品的病毒含量测定。 展开更多
关键词 高致病性猪繁殖与呼吸综合征 病毒含量测定 荧光定量pcr方法
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鸭肠炎病毒疫苗株EvaGreen实时荧光定量PCR方法的建立
11
作者 万春和 刘荣昌 +5 位作者 程龙飞 傅光华 施少华 陈红梅 傅秋玲 黄瑜 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第7期1558-1566,共9页
鸭肠炎病毒(duck enteritis virus,DEV)疫苗株自1960年以来一直被用于防控DEV感染,该疫苗安全稳定、生产技术成熟、可快速诱导机体体液免疫和细胞免疫。DEV的基因组庞大,复制非必需区多,可容纳多个外源基因的插入,被广泛用来作为基因工... 鸭肠炎病毒(duck enteritis virus,DEV)疫苗株自1960年以来一直被用于防控DEV感染,该疫苗安全稳定、生产技术成熟、可快速诱导机体体液免疫和细胞免疫。DEV的基因组庞大,复制非必需区多,可容纳多个外源基因的插入,被广泛用来作为基因工程载体来开发疫苗。当前,尚未见仅针对DEV疫苗株的实时荧光定量PCR检测方法相关研究报道。本研究通过分析DEV疫苗株和强毒株UL2基因特点,明确DEV疫苗株在UL2基因上存在528bp连续核苷酸缺失,设计针对该差异的实时荧光定量PCR引物,建立了EvaGreen实时荧光定量PCR检测DEV疫苗株的方法。结果表明,建立的检测DEV疫苗株实时荧光定量检测方法,当UL2基因含量为5.25×101~5.25×106拷贝·μL^(-1)时有良好的线性扩增,其标准曲线方程Y轴截距为34.95,斜率为-3.218,扩增相关系数为0.999,扩增效率为100%;敏感性强,最低检测限为52.5拷贝·μL^(-1);特异性好,对DEV疫苗株扩增产物的熔解曲线分析,仅出现1个单特异峰值[Tm=(90.62±0.28)℃],无引物二聚体,对其他鸭源传染病病原(如鸭肠炎病毒强毒、番鸭细小病毒、鸭圆环病毒、番鸭源鹅细小病毒、新型基因重组型鸭细小病毒、鸭腺病毒A型、鸭源鹅多瘤病毒、鸭源大肠杆菌、鸭疫里默菌和鸭源禽多杀性巴氏杆菌)检测均为阴性;重复性好,组内变异系数和组间变异系数分别为0.55%~1.72%和0.92%~2.49%。本研究建立了DEV疫苗株实时荧光定量检测方法,为评价DEV活载体基因工程疫苗免疫防控机制提供参考。 展开更多
关键词 鸭肠炎病毒 疫苗株 UL2基因 EvaGreen 实时荧光定量pcr方法
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布鲁氏菌种荧光定量PCR快速检测方法的建立 被引量：9
12
作者 刘丽娅 陆桂丽 +7 位作者 王杰 沈辰峰 马晓菁 薛晶 叶锋 易新萍 王金泉 钟旗 《中国动物检疫》 CAS 2017年第10期65-71,共7页
根据荧光定量PCR原理和技术,通过与Gene Bank数据库中布鲁氏菌基因组进行序列比对,选择不同种属布鲁氏菌的特异性位点,设计3对引物和Taqman荧光探针。将3对引物进行独立的种特异荧光定量PCR实验优化,最终实现在1次荧光定量PCR反应中完... 根据荧光定量PCR原理和技术,通过与Gene Bank数据库中布鲁氏菌基因组进行序列比对,选择不同种属布鲁氏菌的特异性位点,设计3对引物和Taqman荧光探针。将3对引物进行独立的种特异荧光定量PCR实验优化,最终实现在1次荧光定量PCR反应中完成对牛种、羊种、猪种布鲁氏菌的鉴别和定量。该检测方法特异、敏感、快速,既能实现对布鲁氏菌的分种,又能实现定量快速检测,对于布鲁氏菌病的流行病学调查和防治都具有重要意义。 展开更多
关键词 布鲁氏菌 荧光定量pcr 检测方法
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3种食源性致病菌TaqMan多重荧光定量PCR检测方法的建立 被引量：12
13
作者 王华健 张宁 +7 位作者 杨威 赵志强 李茜 陆安 田勇 何欣 赵兴华 李杰峰 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第4期1201-1209,共9页
旨在建立一种可同时快速检测大肠杆菌O157∶H7、沙门菌和产单核细胞李氏杆菌3种食源性致病菌的TaqMan多重荧光定量PCR(qPCR)方法。针对大肠杆菌O157∶H7 rfbE基因、沙门菌invA基因和产单核细胞李氏杆菌hlyA基因的保守序列分别设计特异... 旨在建立一种可同时快速检测大肠杆菌O157∶H7、沙门菌和产单核细胞李氏杆菌3种食源性致病菌的TaqMan多重荧光定量PCR(qPCR)方法。针对大肠杆菌O157∶H7 rfbE基因、沙门菌invA基因和产单核细胞李氏杆菌hlyA基因的保守序列分别设计特异性引物和TaqMan探针,建立多重qPCR反应体系,进行特异性、灵敏性和重复性试验,应用建立的方法检测生鲜食品中致病菌并与国家标准方法对比。结果显示:建立的多重qPCR方法特异性好,只扩增3种靶细菌;灵敏性最低检测值均为10^(4) copies·μL^(-1);重复性良好,批内变异系数为0.09%~2.97%,批间变异系数为0.23%~7.82%;对120份生鲜肉样品进行检测对比,两种方法均检出2份大肠杆菌O157∶H7,21份产单核细胞李氏杆菌,多重qPCR方法检出14份沙门菌,比国标法多检出1份,建立的方法可检出所有受污染样品。综上表明,建立的多重qPCR检测方法能快速、准确检测食品中大肠杆菌O157∶H7、沙门菌和产单核细胞李氏杆菌3种食源性致病菌,为食品安全提供技术保障。 展开更多
关键词 食源性致病菌 多重荧光定量pcr 检测方法 大肠杆菌O157∶H7 沙门菌 产单核细胞李氏杆菌
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牛病毒性腹泻病毒实时荧光定量RT-PCR方法的建立及应用 被引量：6
14
作者 王荣 李文文 +3 位作者 王研 刘亚刚 余琼 任永刚 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2014年第2期35-39,共5页
持续性感染和免疫耐受是牛病毒性腹泻病的重要特征,这一特征给该病的诊断、检疫及防控造成很大困难,为此,建立快速实用、高效敏感的牛病毒性腹泻病毒(bovine viral diarrhea virus,BVDV)检测方法具有重要意义。据GenBank中登录的BVDV 5... 持续性感染和免疫耐受是牛病毒性腹泻病的重要特征,这一特征给该病的诊断、检疫及防控造成很大困难,为此,建立快速实用、高效敏感的牛病毒性腹泻病毒(bovine viral diarrhea virus,BVDV)检测方法具有重要意义。据GenBank中登录的BVDV 5′UTR保守区域设计并合成1对特异性引物,以SYBR GreenⅠ染料为扩增指示剂,建立了BVDV实时荧光定量RT-PCR检测方法。结果表明,该方法具有快速、敏感、特异、重复性好等优点。该方法的建立为牛病毒性腹泻病的早期快速诊断和有效检出持续性感染动物提供了手段,是该病检疫和诊断方法的补充和完善。 展开更多
关键词 牛病毒性腹泻病毒 实时荧光定量RT—pcr 5′UTR 检测方法
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BVDV 1型和2型TaqMan双重实时荧光定量PCR检测方法的建立 被引量：5
15
作者 麻宝艺 盛陈艳 +6 位作者 刘宏莹 马青霞 汪婷婷 李健明 时坤 杜锐 冷雪 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2022年第6期2326-2335,共10页
【目的】建立一种快速检测牛病毒性腹泻病毒1型(BVDV1)和2型(BVDV2)的TaqMan双重实时荧光定量PCR方法。【方法】根据GenBank上收录的95株BVDV1和BVDV25′-非编码区设计特异性引物,构建含有BVDV1和BVDV2目的片段的阳性质粒,优化反应条件... 【目的】建立一种快速检测牛病毒性腹泻病毒1型(BVDV1)和2型(BVDV2)的TaqMan双重实时荧光定量PCR方法。【方法】根据GenBank上收录的95株BVDV1和BVDV25′-非编码区设计特异性引物,构建含有BVDV1和BVDV2目的片段的阳性质粒,优化反应条件,构建标准曲线,进行双重实时荧光定量PCR方法的特异性、敏感性和重复性检测,并利用建立的实时荧光定量PCR检测方法对采自吉林省的临床样品进行检测。【结果】建立的双重实时荧光定量PCR方法最适退火温度为57.0℃,最适引物浓度为0.5μmol/L,最适探针浓度为0.3μmol/L,BVDV1和BVDV2型的标准曲线分别为:Y=-3.54X+37.36(R^(2)=0.990)和Y=-3.18X+35.95(R^(2)=0.997)。对牛传染性鼻气管炎病毒(IBRV)、牛呼吸道合胞体病毒(BRSV)和牛副流感病毒3型(BPIV3)均无特异性扩增,批内和批间变异系数均<3%,检测下限为10拷贝/μL。临床样品检测结果显示,总体阳性率为23.1%(36/156),其中BVDV1阳性率为17.9%(28/156),BVDV2阳性率为5.1%(8/156)。【结论】本研究建立了可同时快速、准确鉴别BVDV1和BVDV2的TaqMan双重实时荧光定量PCR方法,为BVDV的防控与净化提供技术支撑。 展开更多
关键词 牛病毒性腹泻病毒(BVDV) TaqMan实时荧光定量pcr方法 探针
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番茄环纹斑点病毒(TZSV)实时荧光定量PCR检测方法的建立 被引量：4
16
作者 徐弢 郑雪 +7 位作者 张晓林 陈永对 穆野 陈勇 郑宽瑜 赵立华 刘小烛 张洁 《山东农业科学》 2017年第7期139-144,共6页
本研究根据番茄环纹斑点病毒(Tomato zonate spot virus,TZSV)保守N基因(Gen Bank登录号:13YV639)设计一对特异性引物,通过优化反应条件和反应体系,构建了TZSV的SYBR Green RT-qPCR检测方法。该方法稳定可靠,组内和组间的变异系数都小于... 本研究根据番茄环纹斑点病毒(Tomato zonate spot virus,TZSV)保守N基因(Gen Bank登录号:13YV639)设计一对特异性引物,通过优化反应条件和反应体系,构建了TZSV的SYBR Green RT-qPCR检测方法。该方法稳定可靠,组内和组间的变异系数都小于2%;标准曲线的斜率和相关系数分别为-3.39和0.996,扩增效率为97.44%;最低能检测到1.07×10~4copies/μL的阳性质粒,灵敏度为常规PCR的1 000倍。同时利用构建的RT-qPCR方法检测TSWV、TNSa V、PCSV和TZSV四种病毒,只有TZSV有特异扩增曲线,表明该方法特异性良好。本研究构建的RT-qPCR方法能够为TZSV的早期预警与动态监测提供可靠的技术支撑。 展开更多
关键词 番茄环纹斑点病毒 实时荧光定量pcr 检测方法
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猕猴桃溃疡病菌实时荧光定量PCR检测方法的建立和应用 被引量：3
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作者 谢锦添 俞超 +2 位作者 谭志文 吴月燕 马立孟 《中国南方果树》 北大核心 2017年第6期1-5,共5页
为建立猕猴桃溃疡病PSA病原菌的实时荧光定量PCR方法,根据hrpW基因设计一对引物P3F/P5R,扩增片段大小为247bp,构建该片段的阳性质粒用于荧光定量PCR标准曲线的制作;评价引物的灵敏度、特异性,并验证其实际应用效果。结果表明,该方法能... 为建立猕猴桃溃疡病PSA病原菌的实时荧光定量PCR方法,根据hrpW基因设计一对引物P3F/P5R,扩增片段大小为247bp,构建该片段的阳性质粒用于荧光定量PCR标准曲线的制作;评价引物的灵敏度、特异性,并验证其实际应用效果。结果表明,该方法能特异性地检测出PSA病原菌,灵敏度为100fg/μL。以采集的无病症和有病症猕猴桃枝条为样品,本方法可检测到无病症枝条中最低浓度为8.45×10-5 ng/μL的PSA病原菌。本实验建立的实时荧光定量PCR检测猕猴桃溃疡病菌方法可用于猕猴桃溃疡病感病样品的早期诊断,对该病原菌的预防诊治具有重要意义。 展开更多
关键词 猕猴桃溃疡病菌 实时荧光定量pcr 检测方法 应用
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检测山羊嵴病毒的实时荧光定量PCR方法的建立和应用 被引量：2
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作者 阿比克哈莫 余忠华 +1 位作者 景志忠 汤承 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第5期1349-1358,共10页
山羊嵴病毒(caprine kobuvirus,CKoV)是国内山羊新发病毒,本试验目的是建立检测CKoV的实时荧光定量PCR方法,并对西南三省腹泻山羊粪样进行该病毒的检测。选择CKoV最保守的3D基因序列,设计3D基因引物,初步设计实时荧光定量PCR,经优化反... 山羊嵴病毒(caprine kobuvirus,CKoV)是国内山羊新发病毒,本试验目的是建立检测CKoV的实时荧光定量PCR方法,并对西南三省腹泻山羊粪样进行该病毒的检测。选择CKoV最保守的3D基因序列,设计3D基因引物,初步设计实时荧光定量PCR,经优化反应条件和反应体系,成功建立了检测CKoV的TB Green染料法实时荧光定量PCR方法。该方法在病毒浓度2.23×10^(2)~2.23×108 copies·μL^(-1)范围内线性关系良好,相关系数为0.9992,扩增效率为110%;此方法具有良好的特异性和稳定性,最低检测限为2.23×10^(1) copies·μL^(-1)。采用所建立的方法对2020年1—4月采集自四川、云南和重庆的共15个场79份山羊腹泻粪样本进行检测,结果CKoV的平均检出率为25.3%,场阳性率为53.3%。并且本试验获得了13个完整的CKoV 3D基因,遗传进化分析表明这13个3D基因具有独特的进化趋势。本研究为CKoV的分子检测提供了一种新的技术手段和基础流行病学数据。 展开更多
关键词 山羊嵴病毒 实时荧光定量pcr方法 山羊 腹泻
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实时荧光定量PCR模板核酸提取方法的比较 被引量：2
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作者 罗忠永 王印 杨泽晓 《动物医学进展》 北大核心 2016年第11期53-56,共4页
对病料核酸提取前处理方法进行优化,选择酚/氯仿法、试剂盒提取法和DNA/RNA同提取法,比较提取效果,为实验室核酸提取提供参考。配制模拟样品,通过实时荧光定量PCR比较3种方法提取效果。结果表明,提取纯度为试剂盒提取法>酚/氯仿法>... 对病料核酸提取前处理方法进行优化,选择酚/氯仿法、试剂盒提取法和DNA/RNA同提取法,比较提取效果,为实验室核酸提取提供参考。配制模拟样品,通过实时荧光定量PCR比较3种方法提取效果。结果表明,提取纯度为试剂盒提取法>酚/氯仿法>DNA/RNA同提取法。提取效率为酚/氯仿法>DNA/RNA同提取法>试剂盒提取法。表明各提取方法效果差异显著(P<0.01),为实验室核酸提取提供了参考。 展开更多
关键词 核酸提取方法 实时荧光定量pcr 提取效果
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猪圆环病毒2型Taqman探针法实时荧光定量PCR检测方法的建立 被引量：9
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作者 石林 吴瑗 +8 位作者 巴少波 刘正奎 陈琳 王磊 邵春艳 孙静 周莹姗 王晓杜 宋厚辉 《浙江农林大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第6期1133-1138,共6页
猪圆环病毒2型(PCV2)是一种引起仔猪Sus scrofa多系统衰竭综合征、免疫抑制、皮肤肾病综合征等疾病的病原体。根据GenBank中PCV2 ORF1基因序列设计合成特异性引物和探针,以PCV2基因组DNA为模板,通过聚合酶链式反应(PCR)扩增目的片段,并... 猪圆环病毒2型(PCV2)是一种引起仔猪Sus scrofa多系统衰竭综合征、免疫抑制、皮肤肾病综合征等疾病的病原体。根据GenBank中PCV2 ORF1基因序列设计合成特异性引物和探针,以PCV2基因组DNA为模板,通过聚合酶链式反应(PCR)扩增目的片段,并将目的片段克隆至pMD18-T载体,构建阳性标准品。以阳性标准品为模板,优化荧光定量PCR反应条件,建立标准曲线,进行灵敏性、重复性和特异性验证,并应用此方法对临床样品进行检测。结果表明:阳性质粒标准品构建成功,该检测方法的引物与探针的最佳浓度皆为0.2μmol·L^(-1),线性检测范围为2.1×10^(13)~2.1×10~6拷贝·L^(-1),最低检测限值为8.828×10~6拷贝·L^(-1),且与其他相关疾病无交叉反应;各批次检测变异系数低,检测方法稳定性好。本研究建立的敏感性高、特异性好的实时荧光定量PCR方法,为PCV2的快速检测提供了新工具。 展开更多
关键词 动物学 猪圆环病毒2型 实时荧光定量pcr 灵敏性 特异性 检测方法
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