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不同生物型牛病毒性腹泻病毒感染MDBK细胞后免疫相关基因表达谱分析
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作者 马艳华 昝晓慧 +4 位作者 王岩 武有志 王镓磊 郭利 王炜 《中国动物传染病学报》 CAS 北大核心 2023年第1期153-158,共6页
为研究牛病毒性腹泻病毒(BVDV)感染细胞后的免疫相关基因在不同时间差异表达,以及细胞病变型(CP)和非致细胞病变型(NCP)牛病毒性腹泻病毒感染MDBK细胞后免疫相关基因表达差异及功能,本研究采用基因表达谱芯片技术,将BVDV NM01株和JL株... 为研究牛病毒性腹泻病毒(BVDV)感染细胞后的免疫相关基因在不同时间差异表达,以及细胞病变型(CP)和非致细胞病变型(NCP)牛病毒性腹泻病毒感染MDBK细胞后免疫相关基因表达差异及功能,本研究采用基因表达谱芯片技术,将BVDV NM01株和JL株分别接种MDBK细胞,同时设正常细胞对照,分别将接种48 h、72 h和96 h后的细胞和对照细胞收集,提取总RNA,进行免疫相关基因扫描分析。实验结果显示:BVDV感染后48 h,MN01株病毒感染细胞有9个基因上调,1个基因下调;JL株有3个基因上调,3个基因下调;感染后72h,MN01株病毒感染细胞有33个基因上调,14个基因下调;JL株有15个基因上调,8个基因下调;感染后96 h,MN01株病毒感染细胞有43个基因上调,30个基因下调;JL株有7个基因上调,7个基因下调。通过研究不同生物型BVDV感染MDBK细胞后相关免疫基因表达情况,为进一步了解BVDV感染细胞的免疫机理提供了线索。 展开更多
关键词 BVDV NM 01株 BVDV JL株 不同生物型BVDV 免疫相关基因表达谱
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基于经皮冠状动脉介入治疗术后支架内再狭窄的免疫相关基因及免疫细胞浸润的生物信息学分析
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作者 冯玉飞 金珊 +3 位作者 王玉冰 鲁印飞 庞丽娟 刘克坚 《吉林大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期749-758,共10页
目的:筛选支架内再狭窄(ISR)中差异表达的免疫相关基因(DEIRGs),分析ISR中免疫细胞浸润情况,并阐明ISR发生发展的机制。方法:由基因表达数据库(GEO)下载GSE46560数据集样本mRNA基因表达数据,分为ISR组与非ISR(non-ISR)组。采用R软件“Li... 目的:筛选支架内再狭窄(ISR)中差异表达的免疫相关基因(DEIRGs),分析ISR中免疫细胞浸润情况,并阐明ISR发生发展的机制。方法:由基因表达数据库(GEO)下载GSE46560数据集样本mRNA基因表达数据,分为ISR组与非ISR(non-ISR)组。采用R软件“Limma”包筛选出差异表达基因(DEGs)并与免疫相关基因(IRGs)交集获得ISR中DEIRGs。采用R软件进行DEIRGs的基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,采用STRING数据库构建蛋白-蛋白互作(PPI)网络,以Cytoscape软件可视化并计算核心基因(Hub基因)。绘制Hub基因的受试者工作特征(ROC)曲线,计算ROC曲线下面积(AUC),并评价其诊断价值。采用CIBERSORT软件分析ISR中免疫细胞浸润情况,Pearson相关分析法分析免疫细胞间及其与关键基因之间的相关性。结果:共鉴定出331个DEGs(P<0.05,|log_(2)FC|>1),其中176个基因表达上调,155个基因表达下调,获得38个DEIRGs。GO功能富集分析,在生物过程(BP)中DEIRGs主要富集在防御反应、免疫反应和免疫系统;在细胞组分(CC)中DEIRGs主要定位于胞外区和细胞质膜等;在分子功能(MF)中主要参与调控信号受体结合和细胞因子受体活性等。KEGG信号通路富集分析,ISR中DEIRGs主要富集于磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K-AKT)和转化生长因子β(TGF-β)等信号通路。PPI网络,前10位Hub基因中CD19具有最高节点。与non-ISR组比较,ISR组样本中CD19 mRNA表达水平明显升高(P<0.05)。CD19 mRNA表达的ROC曲线中AUC值为0.92(P<0.05)。免疫细胞浸润分析,与non-ISR组比较,ISR组患者滤泡辅助性T淋巴细胞(Tfh)浸润水平升高(P<0.05),初始B淋巴细胞、 CD8+T淋巴细胞、幼稚CD4+T淋巴细胞和M0巨噬细胞等浸润水平升高,但差异无统计学意义(P>0.05),记忆性B淋巴细胞、活化性记忆CD4+T淋巴细胞、调节性T淋巴细胞、静息性自然杀伤(NK)细胞、活化性NK细胞、单核细胞、静息性肥大细胞和中性粒细胞等浸润水平降低,但差异无统计学意义(P>0.05)。Tfh与M0巨噬细胞和静息肥大细胞等呈正相关关系(r=0.88,P<0.05;r=0.68,P<0.05),与单核细胞和中性粒细胞呈负相关关系(r=-0.49,P<0.05;r=-0.42,P<0.05)。结论:CD19可能通过调控PI3K-AKT信号通路激活影响Tfh和B淋巴细胞,促进ISR的发生发展。CD19可作为诊断ISR的生物标志物。 展开更多
关键词 支架内再狭窄 CD19 差异表达免疫相关基因 免疫浸润 生物标志物
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烟雾病免疫相关基因研究 被引量：20
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作者 陈赞 菅凤增 +2 位作者 王伊鹏 何川 凌锋 《中国脑血管病杂志》 CAS 2005年第5期198-201,共4页
目的通过分析烟雾(moyamoya)病患者外周血液淋巴细胞和正常人外周血液淋巴细胞免疫相关基因表达的差异,探讨烟雾病的发病机制。方法分别采集烟雾病患者和正常人血液标本各22份,提取烟雾病患者和正常人外周血液淋巴细胞的总RNA,将mRNA逆... 目的通过分析烟雾(moyamoya)病患者外周血液淋巴细胞和正常人外周血液淋巴细胞免疫相关基因表达的差异,探讨烟雾病的发病机制。方法分别采集烟雾病患者和正常人血液标本各22份,提取烟雾病患者和正常人外周血液淋巴细胞的总RNA,将mRNA逆转录为cDNA,用Cy5和Cy3标记作为探针,与含有492个基因的自身免疫和炎症反应基因芯片进行杂交。以ScanArray4000荧光扫描仪扫描芯片上两种荧光信号,用计算机进行处理和分析。结果烟雾病患者外周血液淋巴细胞和正常人血液淋巴细胞比较,差异表达2倍以上的基因共有32个,其中19个基因表达增加,13个基因表达降低。结论烟雾病发生与患者的免疫相关基因异常有关。 展开更多
关键词 烟雾病 相关基因研究 外周血液淋巴细胞 免疫相关基因表达 Array 正常人 发病机制 血液标本 总RNA cDNA mRNA 基因芯片 炎症反应 自身免疫 Scan 差异表达 表达降低 基因异常 患者 逆转录 光信号 扫描仪 计算机
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