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基于免疫信息学方法设计针对猪急性腹泻综合征冠状病毒S、M及E蛋白的多表位疫苗
被引量：
10
1
作者
李世念
刘婉宁
+1 位作者
陈亚萍
王金涛
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2022年第3期1057-1066,共10页
【目的】设计针对猪急性腹泻综合征冠状病毒(Swine acute diarrhea syndrome coronavirus,SADS-CoV)S、M及E蛋白的多表位疫苗。【方法】本研究选用IEDB预测SADS-CoV S、M及E蛋白T淋巴细胞主要组织相容性复合体Ⅰ(MHCⅠ)类分子结合表位;...
【目的】设计针对猪急性腹泻综合征冠状病毒(Swine acute diarrhea syndrome coronavirus,SADS-CoV)S、M及E蛋白的多表位疫苗。【方法】本研究选用IEDB预测SADS-CoV S、M及E蛋白T淋巴细胞主要组织相容性复合体Ⅰ(MHCⅠ)类分子结合表位;用NetMHCIIpan 4.0 Serve预测T淋巴细胞MHCⅡ类分子结合表位;用Immunomedicine Group、IEDB预测B淋巴细胞表位。将各个服务器预测结果筛选出重叠表位区域作为优势表位,运用IEDB、AllerTOP v 2.0 Servers筛选出高保守性、非致敏性的优势表位区域,通过柔性linker串联成多表位疫苗。对构建的多表位疫苗进行抗原性、理化性质、N-糖基化位点、二级结构和三级结构预测。使用分子对接评估多表位疫苗与免疫受体的结合能力,最后进行基因克隆。【结果】经筛选后的高保守性、非致敏性优势表位构建的多表位疫苗相对分子质量为35.30 ku,为稳定亲水蛋白,具有良好的抗原性,存在1个N-糖基化位点,在二级结构中α-螺旋、β-折叠、无规则卷曲和β-转角分别占22.11%、20.35%、50.88%和6.67%。三级结构Ramachandran作图显示优势区域中含有残基数占到90.00%,进行细化后优势区域的残基数增加到91.92%,三级结构突出表位作图也证明多表位疫苗具有良好的免疫原性,分子对接表明多表位疫苗与TLR3具有高亲和力。经密码子优化、反向翻译和基因克隆确保设计的多表位疫苗在大肠杆菌K12表达系统中高效、稳定的表达。【结论】构建的多表位疫苗抗原可有效表达并可能诱导强烈的T细胞和B细胞免疫应答。本研究为SADS-CoV多表位疫苗的设计提供了一种新的方法,为SADS-CoV多表位疫苗的研发提供了理论依据及数据支持。
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关键词
猪急性腹泻综合征冠状病毒(SADS-CoV)
结构蛋白
免疫信息学方法
T淋巴细胞表位
B淋巴细胞表
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职称材料
题名
基于免疫信息学方法设计针对猪急性腹泻综合征冠状病毒S、M及E蛋白的多表位疫苗
被引量：
10
1
作者
李世念
刘婉宁
陈亚萍
王金涛
机构
黑龙江八一农垦大学动物科技学院
出处
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2022年第3期1057-1066,共10页
基金
黑龙江八一农垦大学引进人才科研启动计划(XYB201913)。
文摘
【目的】设计针对猪急性腹泻综合征冠状病毒(Swine acute diarrhea syndrome coronavirus,SADS-CoV)S、M及E蛋白的多表位疫苗。【方法】本研究选用IEDB预测SADS-CoV S、M及E蛋白T淋巴细胞主要组织相容性复合体Ⅰ(MHCⅠ)类分子结合表位;用NetMHCIIpan 4.0 Serve预测T淋巴细胞MHCⅡ类分子结合表位;用Immunomedicine Group、IEDB预测B淋巴细胞表位。将各个服务器预测结果筛选出重叠表位区域作为优势表位,运用IEDB、AllerTOP v 2.0 Servers筛选出高保守性、非致敏性的优势表位区域,通过柔性linker串联成多表位疫苗。对构建的多表位疫苗进行抗原性、理化性质、N-糖基化位点、二级结构和三级结构预测。使用分子对接评估多表位疫苗与免疫受体的结合能力,最后进行基因克隆。【结果】经筛选后的高保守性、非致敏性优势表位构建的多表位疫苗相对分子质量为35.30 ku,为稳定亲水蛋白,具有良好的抗原性,存在1个N-糖基化位点,在二级结构中α-螺旋、β-折叠、无规则卷曲和β-转角分别占22.11%、20.35%、50.88%和6.67%。三级结构Ramachandran作图显示优势区域中含有残基数占到90.00%,进行细化后优势区域的残基数增加到91.92%,三级结构突出表位作图也证明多表位疫苗具有良好的免疫原性,分子对接表明多表位疫苗与TLR3具有高亲和力。经密码子优化、反向翻译和基因克隆确保设计的多表位疫苗在大肠杆菌K12表达系统中高效、稳定的表达。【结论】构建的多表位疫苗抗原可有效表达并可能诱导强烈的T细胞和B细胞免疫应答。本研究为SADS-CoV多表位疫苗的设计提供了一种新的方法,为SADS-CoV多表位疫苗的研发提供了理论依据及数据支持。
关键词
猪急性腹泻综合征冠状病毒(SADS-CoV)
结构蛋白
免疫信息学方法
T淋巴细胞表位
B淋巴细胞表
Keywords
Swine acute diarrhea syndrome coronavirus(SADS-CoV)
structural protein
immunoinformatics method
T lymphocyte epitope
B lymphocyte epitope
multi-epitope vaccine
分类号
S852.651 [农业科学—基础兽医学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于免疫信息学方法设计针对猪急性腹泻综合征冠状病毒S、M及E蛋白的多表位疫苗
李世念
刘婉宁
陈亚萍
王金涛
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2022
10
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