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铜绿假单胞菌PvdD蛋白主要特性及抗原表位的生物信息学分析
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作者 蔡其刚 王芬 《青海畜牧兽医杂志》 2022年第6期18-24,51,共8页
为了分析铜绿假单胞菌中假单胞菌素合成酶D(PaPvdD)蛋白的主要特性与抗原表位,进而为研制基于合成酶D(PvdD)的铜绿假单胞菌疫苗提供依据,本研究首先从NCBI蛋白质数据库中下载PaPvdD蛋白的氨基酸序列,然后采用ProtParam、SignalP 4.1、PS... 为了分析铜绿假单胞菌中假单胞菌素合成酶D(PaPvdD)蛋白的主要特性与抗原表位,进而为研制基于合成酶D(PvdD)的铜绿假单胞菌疫苗提供依据,本研究首先从NCBI蛋白质数据库中下载PaPvdD蛋白的氨基酸序列,然后采用ProtParam、SignalP 4.1、PSORTb 3.0、MotifScan、SYFPEITHI等在线分析软件,结合DNAMAN、DNAStar等生物信息学软件分析、预测PaPvdD蛋白的理化性质、信号肽序列、亚细胞定位、翻译后修饰位点以及B、T细胞表位。结果表明,PaPvdD蛋白由2448氨基酸(aa)组成,是一种亲水性的不稳定蛋白,不含有信号肽序列和跨膜结构域,可能定位于细胞质。PaPvdD蛋白含有3个B细胞表位(分别位于687~723 aa、1748~1784 aa、2194~2210 aa)和5个T细胞表位(分别位于97~105 aa、152~160 aa、697~705 aa、787~795 aa、1005~1013 aa)。本研究通过生物信息学方法筛选出了PaPvdD蛋白的3个B细胞表位和5个T细胞表位,这为研制基于PvdD的铜绿假单胞菌疫苗提供了理论基础。 展开更多
关键词 铜绿假单胞菌 假单胞菌素 假单胞菌素合成酶D 生物信息学 抗原表位
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